vv/vvLandmarks.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #include "vvLandmarks.h"
  19
  20 #include <ios>
  21 #include <fstream>
  22 #include <sstream>
  23 #include <string>
  24 #include <locale.h>
  25
  26 #include "vtkPolyData.h"
  27 #include "vtkPoints.h"
  28 #include "vtkFloatArray.h"
  29 #include "vtkPointData.h"
  30 #include "clitkCommon.h"
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 vvLandmarks::vvLandmarks(int size)
  34 {
  35   mLandmarks.resize(0);
  36   mFilename = "";
  37
  38   for (int i = 0; i < size; i++) {
  39     vtkPoints *points = vtkPoints::New();
  40     mPoints.push_back(points);
  41   }
  42   mPolyData = vtkPolyData::New();
  43   mIds = vtkFloatArray::New();
  44   mLabels = vtkStringArray::New();
  45   mLabels->SetName("labels");
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 vvLandmarks::~vvLandmarks()
  52 {
  53   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++) {
  54     mPoints[i]->Delete();
  55   }
  56   /*for(unsigned int i = 0; i < mText.size(); i++) {
  57     mText[i]->Delete();
  58     }*/
  59   if (mIds)
  60     mIds->Delete();
  61   if (mPolyData)
  62     mPolyData->Delete();
  63   if (mLabels)
  64     mLabels->Delete();
  65 }
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 void vvLandmarks::AddLandmark(float x,float y,float z,float t,double value)
  71 {
  72   vvLandmark point;
  73   vtkIdType idPoint;
  74   point.coordinates[0] = x;
  75   point.coordinates[1] = y;
  76   point.coordinates[2] = z;
  77   point.coordinates[3] = t;
  78   point.pixel_value=value;
  79   mLandmarks.push_back(point);
  80
  81   idPoint = mPoints[int(t)]->InsertNextPoint(x,y,z);
  82   std::string str_vtkIdType;        // string which will contain the result
  83   std::ostringstream convert;       // stream used for the conversion
  84   convert << idPoint;                   // insert the textual representation of 'idPoint' in the characters in the stream
  85   str_vtkIdType = convert.str();    // set 'str_vtkIdType' to the contents of the stream
  86   mLabels->InsertNextValue(str_vtkIdType.c_str());
  87
  88   std::stringstream numberVal;
  89   numberVal << (mLandmarks.size()-1);
  90   /*
  91   vvLandmarksGlyph *number = vvLandmarksGlyph::New();
  92   number->SetText(numberVal.str().c_str());
  93   number->BackingOff();
  94   DD(numberVal.str().c_str());
  95   mText.push_back(number);
  96   */
  97
  98   mIds->InsertNextTuple1(0.55);
  99   //mIds->InsertTuple1(mLandmarks.size(),mLandmarks.size());
 100   SetTime(int(t));
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 void vvLandmarks::RemoveLastLandmark()
 107 {
 108   mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->SetNumberOfPoints(
 109                                                                mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->GetNumberOfPoints()-1);
 110   //  mText.pop_back();
 111   mLandmarks.pop_back();
 112   mIds->RemoveLastTuple();
 113   mLabels->SetNumberOfValues(mLabels->GetNumberOfValues()-1);
 114   mLabels->Modified();
 115   mPolyData->Modified();
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 void vvLandmarks::RemoveLandmark(int index)
 122 {
 123   // erase a vtkPoint by shifiting the array .
 124   // not a problem here because there are no
 125   // pologyons linking the points
 126   int npoints = mPoints[mLandmarks[index].coordinates[3]]->GetNumberOfPoints();
 127   int t = mLandmarks[index].coordinates[3];
 128   for (int i = index; i < npoints - 1; i++) {
 129     mPoints[t]->InsertPoint(i, mPoints[t]->GetPoint(i+1));
 130         std::string str_i;                   // string which will contain the result
 131         std::ostringstream convert;      // stream used for the conversion
 132         convert << i;                        // insert the textual representation of 'i' in the characters in the stream
 133         str_i = convert.str();           // set 'str_i' to the contents of the stream
 134         mLabels->SetValue(i,str_i.c_str());
 135     }
 136   mPoints[t]->SetNumberOfPoints(npoints-1);
 137   mLabels->SetNumberOfValues(npoints-1);
 138   mLabels->Modified();
 139   mPolyData->Modified();
 140
 141   mLandmarks.erase(mLandmarks.begin() + index);
 142   mIds->RemoveLastTuple();
 143 }
 144 //--------------------------------------------------------------------
 145
 146
 147 //--------------------------------------------------------------------
 148 void vvLandmarks::ChangeComments(int index, std::string comments)
 149 {
 150   mLandmarks[index].comments = comments;
 151 }
 152 //--------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 //--------------------------------------------------------------------
 156 double vvLandmarks::GetPixelValue(int index)
 157 {
 158   return mLandmarks[index].pixel_value;
 159 }
 160 //--------------------------------------------------------------------
 161
 162
 163 //--------------------------------------------------------------------
 164 float* vvLandmarks::GetCoordinates(int index)
 165 {
 166   return mLandmarks[index].coordinates;
 167 }
 168 //--------------------------------------------------------------------
 169
 170
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172 std::string vvLandmarks::GetComments(int index)
 173 {
 174   return mLandmarks[index].comments;
 175 }
 176 //--------------------------------------------------------------------
 177
 178
 179 //--------------------------------------------------------------------
 180 void vvLandmarks::LoadFile(std::string filename)
 181 {
 182   std::ifstream fp(filename.c_str(), std::ios::in|std::ios::binary);
 183   if (!fp.is_open()) {
 184     std::cerr <<"Unable to open file " << filename << std::endl;
 185     return;
 186   }
 187   mFilename = filename;
 188   mLandmarks.clear();
 189   vtkIdType idPoint;
 190   char line[255];
 191   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++)
 192     mPoints[i]->SetNumberOfPoints(0);
 193   bool first_line=true;
 194   while (fp.getline(line,255)) {
 195     //    DD(line);
 196     std::string stringline = line;
 197     if (first_line) {
 198       first_line=false;
 199       ///New landmark format: first line is "LANDMARKSXX", where XX is the version number
 200       if (stringline.size() >= 10 && stringline.compare(0,9,"LANDMARKS")==0) {
 201         std::istringstream ss(stringline.c_str()+9);
 202         ss >> mFormatVersion;
 203         continue; //skip first line
 204       } else
 205         mFormatVersion=0;
 206     }
 207     if (stringline.size() > 1) {
 208       vvLandmark point;
 209       int previousSpace = 0;
 210       int space=0;
 211       if (mFormatVersion>0) {
 212         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 213         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 214           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"index");
 215           continue;
 216         }
 217         //int index = atoi(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace).c_str());
 218         previousSpace = space;
 219       }
 220       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 221       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 222         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"x position");
 223         continue;
 224       }
 225       point.coordinates[0] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 226       //      DD(point.coordinates[0]);
 227       previousSpace = space;
 228       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 229       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 230         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"y position");
 231         continue;
 232       }
 233       point.coordinates[1] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 234       //      DD(point.coordinates[1]);
 235       previousSpace = space;
 236       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 237       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 238         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"z position");
 239         continue;
 240       }
 241       point.coordinates[2] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 242       previousSpace = space;
 243       if (mFormatVersion>0) {
 244         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 245         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 246           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"t position");
 247           continue;
 248         }
 249         point.coordinates[3] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 250         previousSpace = space;
 251         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 252         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 253           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"pixel value");
 254           continue;
 255         }
 256         point.pixel_value = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 257         //        DD(point.pixel_value);
 258       } else {
 259         point.pixel_value=0.; //Not in file
 260         point.coordinates[3]=0.;
 261       }
 262       previousSpace = space;
 263       //this is the maximum size of comments
 264       space = (stringline.find("\n", previousSpace+1) < 254 ? stringline.find("\n", previousSpace+1) : 254);
 265       if (previousSpace != -1) {
 266         point.comments = stringline.substr(previousSpace,space - (previousSpace)).c_str();
 267       }
 268       //      DD(point.comments);
 269       mLandmarks.push_back(point);
 270       mIds->InsertNextTuple1(0.55);
 271      idPoint = mPoints[int(point.coordinates[3])]->InsertNextPoint(
 272                                                           point.coordinates[0],point.coordinates[1],point.coordinates[2]);
 273      std::string str_vtkIdType;     // string which will contain the result
 274      std::ostringstream convert;        // stream used for the conversion
 275      convert << idPoint;                    // insert the textual representation of 'idPoint' in the characters in the stream
 276      str_vtkIdType = convert.str(); // set 'str_vtkIdType' to the contents of the stream
 277      mLabels->InsertNextValue(str_vtkIdType.c_str());
 278     }
 279   }
 280   SetTime(0);
 281 }
 282 //--------------------------------------------------------------------
 283
 284
 285 //--------------------------------------------------------------------
 286 bool vvLandmarks::ErrorMsg(int num,const char * text)
 287 {
 288   std::cerr << "error when loading point " << num << " at " << text << std::endl;
 289   return false;
 290 }
 291 //--------------------------------------------------------------------
 292
 293
 294 //--------------------------------------------------------------------
 295 void vvLandmarks::SaveFile(std::string filename)
 296 {
 297   std::string fileContent = "LANDMARKS1\n"; //File format version identification
 298   for (unsigned int i = 0; i < mLandmarks.size(); i++) {
 299     std::stringstream out;
 300     out.imbue(std::locale("C")); //This is to specify that the dot is to be used as the decimal separator
 301     out << i << " "
 302         << mLandmarks[i].coordinates[0] << " "
 303         << mLandmarks[i].coordinates[1] << " "
 304         << mLandmarks[i].coordinates[2] << " "
 305         << mLandmarks[i].coordinates[3] << " "
 306         << mLandmarks[i].pixel_value << " ";
 307     fileContent += out.str();
 308     if (mLandmarks[i].comments.size() == 0)
 309       fileContent += " ";
 310     else
 311       fileContent += mLandmarks[i].comments;
 312     fileContent += "\n";
 313   }
 314   std::ofstream fp(filename.c_str(), std::ios::trunc);
 315   if ( !fp ) {
 316     std::cerr << "Unable to open file" << std::endl;
 317     return;
 318   }
 319   fp << fileContent.c_str()<< std::endl;
 320   fp.close();
 321 }
 322 //--------------------------------------------------------------------
 323
 324
 325 //--------------------------------------------------------------------
 326 void vvLandmarks::SetTime(int time)
 327 {
 328   if (time >= 0 && time <= ((int)mPoints.size() -1)) {
 329     mPolyData->SetPoints(mPoints[time]);
 330     mPolyData->GetPointData()->SetScalars(mIds);
 331     mPolyData->GetPointData()->AddArray(mLabels);
 332     mPolyData->Modified();
 333     mPolyData->Update();
 334   }
 335 }
 336 //--------------------------------------------------------------------
 337
 338
 339 //--------------------------------------------------------------------
 340 std::string vvLandmarks::replace_dots(std::string input)
 341 {
 342   ///Replaces the dots used in the file with the decimal separator in use on the platform
 343   lconv * conv=localeconv();
 344   unsigned int position = input.find( "." );
 345   while ( position < input.size() ) {
 346     input.replace(position, 1, conv->decimal_point);
 347     position = input.find( ".", position + 1 );
 348   }
 349   return input;
 350 }
 351 //--------------------------------------------------------------------