vv/vvLandmarks.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #include "vvLandmarks.h"
  19
  20 #include <ios>
  21 #include <fstream>
  22 #include <sstream>
  23 #include <string>
  24 #include <locale.h>
  25
  26 #include "vtkPolyData.h"
  27 #include "vtkPoints.h"
  28 #include "vtkFloatArray.h"
  29 #include "vtkPointData.h"
  30 #include "clitkCommon.h"
  31
  32 vvLandmarks::vvLandmarks(int size)
  33 {
  34   mLandmarks.resize(0);
  35   mFilename = "";
  36
  37   for (int i = 0; i < size; i++) {
  38     vtkPoints *points = vtkPoints::New();
  39     mPoints.push_back(points);
  40   }
  41   mPolyData = vtkPolyData::New();
  42   mIds = vtkFloatArray::New();
  43 }
  44
  45 vvLandmarks::~vvLandmarks()
  46 {
  47   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++) {
  48     mPoints[i]->Delete();
  49   }
  50   /*for(unsigned int i = 0; i < mText.size(); i++) {
  51     mText[i]->Delete();
  52     }*/
  53   if (mIds)
  54     mIds->Delete();
  55   if (mPolyData)
  56     mPolyData->Delete();
  57 }
  58
  59 void vvLandmarks::AddLandmark(float x,float y,float z,float t,double value)
  60 {
  61   vvLandmark point;
  62   point.coordinates[0] = x;
  63   point.coordinates[1] = y;
  64   point.coordinates[2] = z;
  65   point.coordinates[3] = t;
  66   point.pixel_value=value;
  67   mLandmarks.push_back(point);
  68   mPoints[int(t)]->InsertNextPoint(x,y,z);
  69
  70   /*std::stringstream numberVal;
  71     numberVal << (mLandmarks.size()-1);
  72     vvLandmarksGlyph *number = vvLandmarksGlyph::New();
  73     number->SetText(numberVal.str().c_str());
  74     number->BackingOff();
  75     mText.push_back(number);*/
  76   mIds->InsertNextTuple1(0.55);
  77   //mIds->InsertTuple1(mLandmarks.size(),mLandmarks.size());
  78   SetTime(int(t));
  79 }
  80
  81 void vvLandmarks::RemoveLastLandmark()
  82 {
  83   mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->SetNumberOfPoints(
  84                                                                mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->GetNumberOfPoints()-1);
  85   mPolyData->Modified();
  86   //mText.pop_back();
  87   mLandmarks.pop_back();
  88   mIds->RemoveLastTuple();
  89 }
  90
  91 void vvLandmarks::ChangeComments(int index, std::string comments)
  92 {
  93   mLandmarks[index].comments = comments;
  94 }
  95
  96 double vvLandmarks::GetPixelValue(int index)
  97 {
  98   return mLandmarks[index].pixel_value;
  99 }
 100
 101 float* vvLandmarks::GetCoordinates(int index)
 102 {
 103   return mLandmarks[index].coordinates;
 104 }
 105
 106 std::string vvLandmarks::GetComments(int index)
 107 {
 108   return mLandmarks[index].comments;
 109 }
 110
 111 void vvLandmarks::LoadFile(std::string filename)
 112 {
 113   std::ifstream fp(filename.c_str(), std::ios::in|std::ios::binary);
 114   if (!fp.is_open()) {
 115     std::cerr <<"Unable to open file " << filename << std::endl;
 116     return;
 117   }
 118   mFilename = filename;
 119   mLandmarks.clear();
 120   char line[255];
 121   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++)
 122     mPoints[i]->SetNumberOfPoints(0);
 123   bool first_line=true;
 124   while (fp.getline(line,255)) {
 125     std::string stringline = line;
 126     if (first_line) {
 127       first_line=false;
 128       ///New landmark format: first line is "LANDMARKSXX", where XX is the version number
 129       if (stringline.size() >= 10 && stringline.compare(0,9,"LANDMARKS")==0) {
 130         std::istringstream ss(stringline.c_str()+9);
 131         ss >> mFormatVersion;
 132         continue; //skip first line
 133       } else
 134         mFormatVersion=0;
 135     }
 136     if (stringline.size() > 1) {
 137       vvLandmark point;
 138       int previousSpace = 0;
 139       int space=0;
 140       if (mFormatVersion>0) {
 141         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 142         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 143           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"index");
 144           continue;
 145         }
 146         //int index = atoi(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace).c_str());
 147         previousSpace = space;
 148       }
 149       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 150       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 151         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"x position");
 152         continue;
 153       }
 154       point.coordinates[0] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 155       previousSpace = space;
 156       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 157       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 158         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"y position");
 159         continue;
 160       }
 161       point.coordinates[1] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 162       previousSpace = space;
 163       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 164       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 165         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"z position");
 166         continue;
 167       }
 168       point.coordinates[2] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 169       previousSpace = space;
 170       if (mFormatVersion>0) {
 171         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 172         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 173           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"t position");
 174           continue;
 175         }
 176         point.coordinates[3] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 177         previousSpace = space;
 178         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 179         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 180           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"pixel value");
 181           continue;
 182         }
 183         point.pixel_value = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 184       } else {
 185         point.pixel_value=0.; //Not in file
 186         point.coordinates[3]=0.;
 187       }
 188       previousSpace = space;
 189       //this is the maximum size of comments
 190       space = (stringline.find("\n", previousSpace+1) < 254 ? stringline.find("\n", previousSpace+1) : 254);
 191       point.comments = stringline.substr(previousSpace,space - (previousSpace)).c_str();
 192       mLandmarks.push_back(point);
 193       mIds->InsertNextTuple1(0.55);
 194       mPoints[int(point.coordinates[3])]->InsertNextPoint(
 195                                                           point.coordinates[0],point.coordinates[1],point.coordinates[2]);
 196     }
 197   }
 198   SetTime(0);
 199 }
 200
 201 bool vvLandmarks::ErrorMsg(int num,const char * text)
 202 {
 203   std::cerr << "error when loading point " << num << " at " << text << std::endl;
 204   return false;
 205 }
 206
 207 void vvLandmarks::SaveFile(std::string filename)
 208 {
 209   std::string fileContent = "LANDMARKS1\n"; //File format version identification
 210   for (unsigned int i = 0; i < mLandmarks.size(); i++) {
 211     std::stringstream out;
 212     out.imbue(std::locale("C")); //This is to specify that the dot is to be used as the decimal separator
 213     out << i << " "
 214         << mLandmarks[i].coordinates[0] << " "
 215         << mLandmarks[i].coordinates[1] << " "
 216         << mLandmarks[i].coordinates[2] << " "
 217         << mLandmarks[i].coordinates[3] << " "
 218         << mLandmarks[i].pixel_value << " ";
 219     fileContent += out.str();
 220     if (mLandmarks[i].comments.size() == 0)
 221       fileContent += " ";
 222     else
 223       fileContent += mLandmarks[i].comments;
 224     fileContent += "\n";
 225   }
 226   std::ofstream fp(filename.c_str(), std::ios::trunc);
 227   if ( !fp ) {
 228     std::cerr << "Unable to open file" << std::endl;
 229     return;
 230   }
 231   fp << fileContent.c_str()<< std::endl;
 232   fp.close();
 233 }
 234
 235 void vvLandmarks::SetTime(int time)
 236 {
 237   if (time >= 0 && time <= ((int)mPoints.size() -1)) {
 238     mPolyData->SetPoints(mPoints[time]);
 239     mPolyData->GetPointData()->SetScalars(mIds);
 240     mPolyData->Modified();
 241     mPolyData->Update();
 242   }
 243 }
 244
 245 std::string vvLandmarks::replace_dots(std::string input)
 246 {
 247   ///Replaces the dots used in the file with the decimal separator in use on the platform
 248   lconv * conv=localeconv();
 249   unsigned int position = input.find( "." );
 250   while ( position < input.size() ) {
 251     input.replace(position, 1, conv->decimal_point);
 252     position = input.find( ".", position + 1 );
 253   }
 254   return input;
 255 }