vv/vvMesh.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef vvMesh_h
  19 #define vvMesh_h
  20 #include <string>
  21 #include <utility>
  22 #include <vector>
  23
  24 #include <itkObjectFactory.h>
  25
  26 #include "vvImage.h"
  27
  28 class vtkPolyData;
  29 class vtkImageData;
  30
  31 /** A vvMesh is assumed to be either a 3D closed surface
  32  *  or a series of surfaces
  33  *  It uses a dual representation: both binary mask and mesh**/
  34 class vvMesh : public itk::LightObject
  35 {
  36 public:
  37     typedef vvMesh Self;
  38     typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  39     itkNewMacro(Self);
  40
  41     void ReadFromVTK(const char * filename);
  42     std::string structure_name;
  43     ///Contour color, [0,1]
  44     double r,g,b;
  45
  46     vtkPolyData* GetMesh(unsigned int i) const {return meshes[i];}
  47     void AddMesh(vtkPolyData* p);
  48     ///Removes all meshes in the object
  49     void RemoveMeshes();
  50     unsigned int GetNumberOfMeshes() { return meshes.size(); }
  51
  52     vtkImageData* GetMask(unsigned int i) const {return masks[i];}
  53     void AddMask(vtkImageData* im);
  54     void RemoveMasks();
  55     unsigned int GetNumberOfMasks() { return masks.size(); }
  56
  57     ///Pretty-print information about the mesh
  58     void Print() const;
  59     ///Copies the meta-informations from another mesh
  60     void CopyInformation(vvMesh::Pointer input);
  61     void SetSpacing(double spacing) {slice_spacing=spacing;}
  62     double GetSpacing() {return slice_spacing;}
  63     ///Recompute the meshes from the masks
  64     void ComputeMeshes();
  65     /**Recompute the masks from the meshes.
  66      * extrude means that the mesh must be extruded before binarizing,
  67      * which is useful when creating a mesh from a stack of slices */
  68     void ComputeMasks(vtkImageData* sample,bool extrude=false);
  69     ///Create a new vvMesh by propagating the mesh with a displacement VF
  70     void propagateContour(vvImage::Pointer vf);
  71 protected:
  72     ///The spacing between the planar contour, assumed to be constant
  73     double slice_spacing;
  74     std::vector<vtkPolyData *> meshes;
  75     std::vector<vtkImageData *> masks;
  76
  77     vvMesh();
  78     ~vvMesh();
  79 };
  80
  81 ///Propagate a contour using a vector of motion fields, returns a 4D contour
  82
  83 #endif