vv/vvMesh.h

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   2
   3  Program:   vv
   4  Language:  C++
   5  Author :   Joel Schaerer (joel.schaerer@insa-lyon.fr)
   6  Program:   vv
   7
   8 Copyright (C) 2008
   9 Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
  10 CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  11
  12 This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  13 it under the terms of the GNU General Public License as published by
  14 the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  15
  16 This program is distributed in the hope that it will be useful,
  17 but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  19 GNU General Public License for more details.
  20
  21 You should have received a copy of the GNU General Public License
  22 along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  23
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  25 #ifndef vvMesh_h
  26 #define vvMesh_h
  27
  28 #include <string>
  29 #include <utility>
  30 #include <vector>
  31
  32 #include <itkObjectFactory.h>
  33
  34 #include "vvImage.h"
  35
  36 class vtkPolyData;
  37 class vtkImageData;
  38
  39 /** A vvMesh is assumed to be either a 3D closed surface
  40  *  or a series of surfaces
  41  *  It uses a dual representation: both binary mask and mesh**/
  42 class vvMesh : public itk::LightObject
  43 {
  44 public:
  45     typedef vvMesh Self;
  46     typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  47     itkNewMacro(Self);
  48
  49     void ReadFromVTK(const char * filename);
  50     std::string structure_name;
  51     ///Contour color, [0,1]
  52     double r,g,b;
  53
  54     vtkPolyData* GetMesh(unsigned int i) const {return meshes[i];}
  55     void AddMesh(vtkPolyData* p);
  56     ///Removes all meshes in the object
  57     void RemoveMeshes();
  58     unsigned int GetNumberOfMeshes() { return meshes.size(); }
  59
  60     vtkImageData* GetMask(unsigned int i) const {return masks[i];}
  61     void AddMask(vtkImageData* im);
  62     void RemoveMasks();
  63     unsigned int GetNumberOfMasks() { return masks.size(); }
  64
  65     ///Pretty-print information about the mesh
  66     void Print() const;
  67     ///Copies the meta-informations from another mesh
  68     void CopyInformation(vvMesh::Pointer input);
  69     void SetSpacing(double spacing) {slice_spacing=spacing;}
  70     double GetSpacing() {return slice_spacing;}
  71     ///Recompute the meshes from the masks
  72     void ComputeMeshes();
  73     /**Recompute the masks from the meshes.
  74      * extrude means that the mesh must be extruded before binarizing,
  75      * which is useful when creating a mesh from a stack of slices */
  76     void ComputeMasks(vtkImageData* sample,bool extrude=false);
  77     ///Create a new vvMesh by propagating the mesh with a displacement VF
  78     void propagateContour(vvImage::Pointer vf);
  79 protected:
  80     ///The spacing between the planar contour, assumed to be constant
  81     double slice_spacing;
  82     std::vector<vtkPolyData *> meshes;
  83     std::vector<vtkImageData *> masks;
  84
  85     vvMesh();
  86     ~vvMesh();
  87 };
  88
  89 ///Propagate a contour using a vector of motion fields, returns a 4D contour
  90
  91 #endif