vv/vvMesh.h

   1 #ifndef vvMesh_h
   2 #define vvMesh_h
   3 #include <string>
   4 #include <utility>
   5 #include <vector>
   6
   7 #include <itkObjectFactory.h>
   8
   9 #include "vvImage.h"
  10
  11 class vtkPolyData;
  12 class vtkImageData;
  13
  14 /** A vvMesh is assumed to be either a 3D closed surface
  15  *  or a series of surfaces
  16  *  It uses a dual representation: both binary mask and mesh**/
  17 class vvMesh : public itk::LightObject
  18 {
  19 public:
  20     typedef vvMesh Self;
  21     typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  22     itkNewMacro(Self);
  23
  24     void ReadFromVTK(const char * filename);
  25     std::string structure_name;
  26     ///Contour color, [0,1]
  27     double r,g,b;
  28
  29     vtkPolyData* GetMesh(unsigned int i) const {return meshes[i];}
  30     void AddMesh(vtkPolyData* p);
  31     ///Removes all meshes in the object
  32     void RemoveMeshes();
  33     unsigned int GetNumberOfMeshes() { return meshes.size(); }
  34
  35     vtkImageData* GetMask(unsigned int i) const {return masks[i];}
  36     void AddMask(vtkImageData* im);
  37     void RemoveMasks();
  38     unsigned int GetNumberOfMasks() { return masks.size(); }
  39
  40     ///Pretty-print information about the mesh
  41     void Print() const;
  42     ///Copies the meta-informations from another mesh
  43     void CopyInformation(vvMesh::Pointer input);
  44     void SetSpacing(double spacing) {slice_spacing=spacing;}
  45     double GetSpacing() {return slice_spacing;}
  46     ///Recompute the meshes from the masks
  47     void ComputeMeshes();
  48     /**Recompute the masks from the meshes.
  49      * extrude means that the mesh must be extruded before binarizing,
  50      * which is useful when creating a mesh from a stack of slices */
  51     void ComputeMasks(vtkImageData* sample,bool extrude=false);
  52     ///Create a new vvMesh by propagating the mesh with a displacement VF
  53     void propagateContour(vvImage::Pointer vf);
  54 protected:
  55     ///The spacing between the planar contour, assumed to be constant
  56     double slice_spacing;
  57     std::vector<vtkPolyData *> meshes;
  58     std::vector<vtkImageData *> masks;
  59
  60     vvMesh();
  61     ~vvMesh();
  62 };
  63
  64 ///Propagate a contour using a vector of motion fields, returns a 4D contour
  65
  66 #endif