vv/vvMeshReader.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef vvMeshReader_h
  19 #define vvMeshReader_h
  20 #include <QThread>
  21
  22 #include <string>
  23
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26
  27 class vvMeshReader : public QThread
  28 {
  29 public:
  30     ///Returns the contour names present in a dc struct file
  31     std::vector<std::pair<int,std::string> > GetROINames();
  32
  33     vvMeshReader();
  34     void SetFilename(const std::string f) { filename=f; }
  35     void SetModeToVTK() {vtk_mode=true;}
  36     void SetSelectedItems(const std::vector<int> & items) {selected_contours=items;}
  37     void SetImage(vvImage::Pointer im) {image=im;}
  38     void SetPropagationVF(vvImage::Pointer vf) {this->vf=vf;}
  39     std::vector<vvMesh::Pointer> GetOutput() {return result;}
  40     ///Called from the main thread, runs the reader and displays the progress bar
  41     void Update();
  42
  43 protected:
  44     void run();
  45     std::string filename;
  46     ///Indicates if the reader should expect a vtk polydata file instead of a dicom-struct
  47     bool vtk_mode;
  48     ///The list of indexes of contours the reader should read
  49     std::vector<int> selected_contours;
  50     ///Image the mesh will be displayed over, for binarization
  51     vvImage::Pointer image;
  52     std::vector<vvMesh::Pointer> result;
  53
  54     ///Read a DC-struct file and return an extruded version of the contours
  55     std::vector<vvMesh::Pointer> readSelectedContours();
  56     ///Vector field used to propagate the contour
  57     vvImage::Pointer vf;
  58     ///Binarize the output of readSelectedContours() and mesh it with a Marching Cubes
  59     void Remesh(vvMesh::Pointer roi);
  60 };
  61
  62 #endif