vv/vvMeshReader.h

   1 #ifndef vvMeshReader_h
   2 #define vvMeshReader_h
   3 #include <QThread>
   4
   5 #include <string>
   6
   7 #include "vvImage.h"
   8 #include "vvMesh.h"
   9
  10 class vvMeshReader : public QThread
  11 {
  12 public:
  13     ///Returns the contour names present in a dc struct file
  14     std::vector<std::pair<int,std::string> > GetROINames();
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  16     vvMeshReader();
  17     void SetFilename(const std::string f) { filename=f; }
  18     void SetModeToVTK() {vtk_mode=true;}
  19     void SetSelectedItems(const std::vector<int> & items) {selected_contours=items;}
  20     void SetImage(vvImage::Pointer im) {image=im;}
  21     void SetPropagationVF(vvImage::Pointer vf) {this->vf=vf;}
  22     std::vector<vvMesh::Pointer> GetOutput() {return result;}
  23     ///Called from the main thread, runs the reader and displays the progress bar
  24     void Update();
  25
  26 protected:
  27     void run();
  28     std::string filename;
  29     ///Indicates if the reader should expect a vtk polydata file instead of a dicom-struct
  30     bool vtk_mode;
  31     ///The list of indexes of contours the reader should read
  32     std::vector<int> selected_contours;
  33     ///Image the mesh will be displayed over, for binarization
  34     vvImage::Pointer image;
  35     std::vector<vvMesh::Pointer> result;
  36
  37     ///Read a DC-struct file and return an extruded version of the contours
  38     std::vector<vvMesh::Pointer> readSelectedContours();
  39     ///Vector field used to propagate the contour
  40     vvImage::Pointer vf;
  41     ///Binarize the output of readSelectedContours() and mesh it with a Marching Cubes
  42     void Remesh(vvMesh::Pointer roi);
  43 };
  44
  45 #endif