vv/vvMeshReader.h

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   3  Program:   vv
   4  Language:  C++
   5  Author :   Joel Schaerer (joel.schaerer@insa-lyon.fr)
   6  Program:   vv
   7
   8 Copyright (C) 2008
   9 Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
  10 CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  11
  12 This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  13 it under the terms of the GNU General Public License as published by
  14 the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  15
  16 This program is distributed in the hope that it will be useful,
  17 but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  19 GNU General Public License for more details.
  20
  21 You should have received a copy of the GNU General Public License
  22 along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  25 #ifndef vvMeshReader_h
  26 #define vvMeshReader_h
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  28 #include <QThread>
  29
  30 #include <string>
  31
  32 #include "vvImage.h"
  33 #include "vvMesh.h"
  34
  35 class vvMeshReader : public QThread
  36 {
  37 public:
  38     ///Returns the contour names present in a dc struct file
  39     std::vector<std::pair<int,std::string> > GetROINames();
  40
  41     vvMeshReader();
  42     void SetFilename(const std::string f) { filename=f; }
  43     void SetModeToVTK() {vtk_mode=true;}
  44     void SetSelectedItems(const std::vector<int> & items) {selected_contours=items;}
  45     void SetImage(vvImage::Pointer im) {image=im;}
  46     void SetPropagationVF(vvImage::Pointer vf) {this->vf=vf;}
  47     std::vector<vvMesh::Pointer> GetOutput() {return result;}
  48     ///Called from the main thread, runs the reader and displays the progress bar
  49     void Update();
  50
  51 protected:
  52     void run();
  53     std::string filename;
  54     ///Indicates if the reader should expect a vtk polydata file instead of a dicom-struct
  55     bool vtk_mode;
  56     ///The list of indexes of contours the reader should read
  57     std::vector<int> selected_contours;
  58     ///Image the mesh will be displayed over, for binarization
  59     vvImage::Pointer image;
  60     std::vector<vvMesh::Pointer> result;
  61
  62     ///Read a DC-struct file and return an extruded version of the contours
  63     std::vector<vvMesh::Pointer> readSelectedContours();
  64     ///Vector field used to propagate the contour
  65     vvImage::Pointer vf;
  66     ///Binarize the output of readSelectedContours() and mesh it with a Marching Cubes
  67     void Remesh(vvMesh::Pointer roi);
  68 };
  69
  70 #endif