vv/vvQDicomSeriesSelector.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  19 #define VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  20 #include <itkGDCMImageIO.h>
  21 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
  22 #include <gdcmFile.h>
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include <gdcmImageReader.h>
  25 #include <gdcmDataSetHelper.h>
  26 #include <gdcmStringFilter.h>
  27 #include <gdcmImageHelper.h>
  28 #else
  29 #include <gdcmDocEntry.h>
  30 #endif
  31
  32 #include "vvQDicomSeriesSelector.h"
  33 //#include "vvUserConfig.h"
  34
  35 //====================================================================
  36 vvDicomSeriesSelector::vvDicomSeriesSelector(QWidget* parent)
  37   :QDialog(parent)
  38 {
  39   // Set GUI
  40   ui.setupUi(this);
  41   // Correct GUI for splitter ...
  42   //   QSplitter * splitter = new QSplitter(this);
  43   //   splitter->setOrientation(Qt::Horizontal);
  44   //   ui.gridLayout1->addWidget(splitter, 0, 0, 1, 1);
  45   //   ui.mFrameLeft->setParent(splitter);
  46   //   ui.mFrameRight->setParent(splitter);
  47   //  ui.toolBox->setCurrentIndex(0);
  48
  49
  50
  51   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(false);
  52
  53   connect(ui.mBrowseButton, SIGNAL(released()),
  54           this, SLOT(BrowseButtonRelease()));
  55   connect(ui.mSearchButton, SIGNAL(released()),
  56           this, SLOT(SearchButtonRelease()));
  57   connect(ui.mListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  58           this, SLOT(itemSelectionChanged()));
  59   connect(ui.mDicomDetailsListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  60           this, SLOT(itemDetailsSelectionChanged()));
  61
  62   // Initialization
  63   /*    if (config::get_current_path() != QString(0))
  64     mFoldername = config::get_current_path();
  65     else*/
  66   mFoldername = QFileInfo("./").absolutePath();
  67
  68   mPreviousPath = mFoldername;
  69   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
  70   //  ui.mTableWidget->setRowCount(0);
  71 }
  72 //====================================================================
  73
  74 //====================================================================
  75 void vvDicomSeriesSelector::show()
  76 {
  77   QDialog::show();
  78   //grabKeyboard();
  79   // ui.mListWidget->grabKeyboard();
  80   //  ui.mDicomDetailsListWidget->grabKeyboard();
  81 }
  82 //====================================================================
  83
  84 //====================================================================
  85 void vvDicomSeriesSelector::close()
  86 {
  87   QDialog::close();
  88   // ui.mListWidget->releaseKeyboard()
  89   //releaseKeyboard();
  90 }
  91 //====================================================================
  92
  93 //====================================================================
  94 void vvDicomSeriesSelector::BrowseButtonRelease()
  95 {
  96   QFileDialog dialog(this);
  97   dialog.setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
  98   dialog.setFilter("DICOM files (*.dcm); All files (*)");
  99   mFoldername = dialog.getExistingDirectory(this,
 100                 "Select a folder to find DICOM image",
 101                 mPreviousPath);
 102   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
 103   mPreviousPath = QFileInfo(mFoldername).absolutePath();
 104   //    config::set_current_path(mPreviousPath);
 105 }
 106 //====================================================================
 107
 108 //====================================================================
 109 void vvDicomSeriesSelector::SearchButtonRelease()
 110 {
 111   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 112   NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();
 113   nameGenerator->SetUseSeriesDetails(true);
 114   //nameGenerator->SetDirectory(mFoldername.toStdString());
 115   nameGenerator->SetRecursive(ui.mIsRecursiveCheckBox->checkState() == Qt::Checked);
 116
 117   //ds gérer recursive moi-meme pour progress ...
 118   nameGenerator->SetInputDirectory(mFoldername.toStdString());
 119
 120   // insert in table
 121   typedef std::vector<std::string> SeriesIdContainer;
 122   const SeriesIdContainer & seriesUID = nameGenerator->GetSeriesUIDs();
 123
 124   for (unsigned int i=0; i<seriesUID.size(); i++) {
 125     // std::cout << seriesUID[i] << std::endl; //ds verif existe pas déja
 126
 127     if (mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]]) {
 128       std::cout << seriesUID[i] << " exist" << std::endl;
 129     } else {
 130       // store filenames
 131       std::vector<std::string> * filenames = new std::vector<std::string>;
 132       const std::vector<std::string> & temp = nameGenerator->GetFileNames(seriesUID[i]);
 133       for (unsigned int j=0; j<temp.size(); j++) {
 134         filenames->push_back(temp[j]);
 135       }
 136       mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]] = filenames;
 137
 138       // store first header
 139 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 140       gdcm::ImageReader reader;
 141       reader.SetFileName( (*filenames)[0].c_str() );
 142       reader.Read();
 143       mDicomHeader[seriesUID[i]] = &reader.GetFile();
 144 #else
 145       gdcm::File *header = new gdcm::File();
 146       header->SetFileName((*filenames)[0]);
 147       header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 148       header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 149       header->Load();
 150
 151
 152       //
 153       DD(header->GetEntryValue(0x0028,0x0030).c_str());
 154
 155       //DS TEST DAVID
 156       DD(header->GetXSize());
 157       DD(header->GetYSize());
 158       DD(header->GetZSize());
 159       DD(header->GetXSpacing());
 160       DD(header->GetYSpacing());
 161       DD(header->GetZSpacing());
 162       DD(header->GetXOrigin());
 163       DD(header->GetYOrigin());
 164       DD(header->GetZOrigin());
 165       DD("\n");
 166       /*
 167         QString size = QString("%1x%2x%3")
 168         .arg(header->GetXSize())
 169         .arg(header->GetYSize())
 170         .arg(header->GetZSize());
 171         QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 172         .arg(header->GetXSpacing())
 173         .arg(header->GetYSpacing())
 174         .arg(header->GetZSpacing());
 175         QString origin = QString("%1x%2x%3")
 176         .arg(header->GetXOrigin())
 177         .arg(header->GetYOrigin())
 178         .arg(header->GetZOrigin());
 179       */
 180
 181
 182       mDicomHeader[seriesUID[i]] = header;
 183 #endif
 184
 185       // new item
 186       QListWidgetItem *newItem = new QListWidgetItem;
 187       newItem->setText(seriesUID[i].c_str());
 188       ui.mListWidget->insertItem(i, newItem);
 189
 190       //AddSerieToTheTable(i, *filenames);
 191     }
 192   }
 193 }
 194 //====================================================================
 195
 196 //====================================================================
 197 void vvDicomSeriesSelector::itemSelectionChanged()
 198 {
 199   //  mLabelSelected.setText(
 200   mCurrentSerie = ui.mListWidget->selectedItems()[0]->text().toStdString();
 201   mFilenames = mListOfSeriesFilenames[mCurrentSerie];
 202   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(true);
 203
 204   if (mDicomInfo[mCurrentSerie] == "") {
 205     //  QString m;
 206     //  m = QString("Patient : <font color=\"blue\">%1</font><br>").arg(mDicomHeader[s]->GetEntryValue(0x0010,0x0010).c_str()); // Patient's name
 207     DD(mCurrentSerie)
 208     mDicomInfo[mCurrentSerie] = MakeDicomInfo(mCurrentSerie, mDicomHeader[mCurrentSerie]);
 209   }
 210   ui.mDicomInfoPanel->setText(mDicomInfo[mCurrentSerie]);
 211
 212   // Detail tab
 213   ui.mDicomDetailsListWidget->clear();
 214   for (unsigned int i=0; i<mFilenames->size(); i++) {
 215     QListWidgetItem * newItem = new QListWidgetItem;
 216     newItem->setText(QFileInfo((*mFilenames)[i].c_str()).fileName());
 217     ui.mDicomDetailsListWidget->insertItem(i, newItem);
 218   }
 219
 220 }
 221 //====================================================================
 222
 223 //====================================================================
 224 void vvDicomSeriesSelector::itemDetailsSelectionChanged()
 225 {
 226   unsigned int i = ui.mDicomDetailsListWidget->currentRow();
 227   if (i<mFilenames->size()) {
 228     if (mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] == "") {
 229       std::ostringstream s;
 230       mDicomHeader[mCurrentSerie]->Print(s);
 231
 232       QString l;
 233       gdcm::File * header = mDicomHeader[mCurrentSerie];
 234 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 235       gdcm::StringFilter sf;
 236       sf.SetFile( *header );
 237       gdcm::DataSet &ds = header->GetDataSet();
 238       gdcm::DataSet::ConstIterator it = ds.Begin();
 239       for (; it != ds.End(); ++it )
 240         {
 241         const gdcm::DataElement & ref = *it;
 242         const gdcm::Tag &         tag = ref.GetTag();
 243         gdcm::VR vr = gdcm::DataSetHelper::ComputeVR(*header, ds, tag);
 244         if ( vr & ( gdcm::VR::OB | gdcm::VR::OF | gdcm::VR::OW | gdcm::VR::SQ | gdcm::VR::UN ) )
 245           {
 246           // What is the behavior for binary stuff ?
 247           }
 248         else /* if ( vr & gdcm::VR::VRASCII ) */
 249           {
 250           if ( tag.IsPublic() )
 251             {
 252             std::pair<std::string, std::string> p = sf.ToStringPair(tag);
 253             l += QString("%1 : %2\n")
 254               .arg( p.first.c_str() )
 255               .arg( p.second.c_str() );
 256             }
 257           }
 258         }
 259 #else
 260       gdcm::DocEntry * e = header->GetFirstEntry();
 261       while (e) {
 262         if (e->GetName() != "gdcm::Unknown") {
 263           l += QString("%1 : %2\n")
 264                .arg(e->GetName().c_str())
 265                .arg((header->GetEntryValue(e->GetGroup(), e->GetElement())).c_str());
 266         }
 267         e = header->GetNextEntry();
 268       }
 269 #endif
 270
 271       mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] = l.toStdString();
 272     }
 273     ui.mDicomDetailsLabel->setText(mDicomDetails[(*mFilenames)[i]].c_str());
 274   }
 275 }
 276 //====================================================================
 277
 278 //====================================================================
 279 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, gdcm::File *header)
 280 {
 281   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 282 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 283   const gdcm::File &f = *header;
 284   std::vector<double> thespacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 285   std::vector<double> theorigin = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(f);
 286
 287   QString size = QString("%1x%2x%3")
 288                  .arg(0)
 289                  .arg(0)
 290                  .arg(0);
 291   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 292                     .arg(thespacing[0])
 293                     .arg(thespacing[1])
 294                     .arg(thespacing[2]);
 295   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 296                    .arg(theorigin[0])
 297                    .arg(theorigin[1])
 298                    .arg(theorigin[2]);
 299
 300   QString ss =
 301     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 302     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 303     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 304     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 305     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 306     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 307     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 308     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 309     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 310     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 311     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 312     AddInfo(        "Pixel type : ", 0);
 313 #else
 314   QString size = QString("%1x%2x%3")
 315                  .arg(header->GetXSize())
 316                  .arg(header->GetYSize())
 317                  .arg(header->GetZSize());
 318   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 319                     .arg(header->GetXSpacing())
 320                     .arg(header->GetYSpacing())
 321                     .arg(header->GetZSpacing());
 322   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 323                    .arg(header->GetXOrigin())
 324                    .arg(header->GetYOrigin())
 325                    .arg(header->GetZOrigin());
 326   QString ss =
 327     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 328     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 329     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 330     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 331     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 332     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 333     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 334     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 335     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 336     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 337     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 338     AddInfo(        "Pixel type : ", header->GetPixelType());
 339 #endif
 340   return ss;
 341 }
 342 //====================================================================
 343
 344 //====================================================================
 345 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(gdcm::File *header, QString n, uint16_t group, uint16_t elem)
 346 {
 347 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 348   gdcm::StringFilter sf;
 349   sf.SetFile( *header );
 350   gdcm::Tag t( group, elem );
 351   std::string s = sf.ToString( t );
 352   return AddInfo(n.toStdString(), s);
 353 #else
 354   return AddInfo(n.toStdString(), header->GetEntryValue(group, elem));
 355 #endif
 356 }
 357 //====================================================================
 358
 359 //====================================================================
 360 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(std::string n, std::string m)
 361 {
 362   QString s = QString("%1 <font color=\"blue\">%2</font><br>").
 363               arg(n.c_str()).arg(m.c_str());
 364   return s;
 365 }
 366 //====================================================================
 367
 368 //====================================================================
 369 void vvDicomSeriesSelector::AddSerieToTheTable(int i, std::vector<std::string> & filenames)
 370 {
 371 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 372 #else
 373   gdcm::File *header = new gdcm::File();
 374   header->SetFileName(filenames[0]);
 375   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 376   header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 377   header->Load();
 378   //header->Print(cout);
 379   // ->GetValEntry
 380   //  mDicomHeader[] = header;
 381
 382   /*
 383
 384   QTableWidgetItem *newItem = new
 385   QTableWidgetItem(QString("# images = %1").arg(header->GetImageNumber()));
 386   //  newItem->setCheckState(Qt::Checked);
 387   //newItem->setFlags(!Qt::ItemIsEditable);
 388   DD(ui.mTableWidget->rowCount());
 389   ui.mTableWidget->setItem(i, 0, newItem);
 390   */
 391 #endif
 392 }
 393 //====================================================================
 394
 395 #endif // VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX