vv/vvQDicomSeriesSelector.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  19 #define VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  20 #include <itkGDCMImageIO.h>
  21 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
  22 #include <gdcmFile.h>
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include <gdcmImageReader.h>
  25 #include <gdcmDataSetHelper.h>
  26 #include <gdcmStringFilter.h>
  27 #include <gdcmImageHelper.h>
  28 #else
  29 #include <gdcmDocEntry.h>
  30 #endif
  31
  32 #include "vvQDicomSeriesSelector.h"
  33 //#include "vvUserConfig.h"
  34
  35 //====================================================================
  36 vvDicomSeriesSelector::vvDicomSeriesSelector(QWidget* parent)
  37   :QDialog(parent)
  38 {
  39   // Set GUI
  40   ui.setupUi(this);
  41   // Correct GUI for splitter ...
  42   //   QSplitter * splitter = new QSplitter(this);
  43   //   splitter->setOrientation(Qt::Horizontal);
  44   //   ui.gridLayout1->addWidget(splitter, 0, 0, 1, 1);
  45   //   ui.mFrameLeft->setParent(splitter);
  46   //   ui.mFrameRight->setParent(splitter);
  47   //  ui.toolBox->setCurrentIndex(0);
  48
  49
  50
  51   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(false);
  52
  53   connect(ui.mBrowseButton, SIGNAL(released()),
  54           this, SLOT(BrowseButtonRelease()));
  55   connect(ui.mSearchButton, SIGNAL(released()),
  56           this, SLOT(SearchButtonRelease()));
  57   connect(ui.mListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  58           this, SLOT(itemSelectionChanged()));
  59   connect(ui.mDicomDetailsListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  60           this, SLOT(itemDetailsSelectionChanged()));
  61
  62   // Initialization
  63   /*    if (config::get_current_path() != QString(0))
  64     mFoldername = config::get_current_path();
  65     else*/
  66   mFoldername = QFileInfo("./").absolutePath();
  67
  68   mPreviousPath = mFoldername;
  69   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
  70   //  ui.mTableWidget->setRowCount(0);
  71 }
  72 //====================================================================
  73
  74 //====================================================================
  75 void vvDicomSeriesSelector::show()
  76 {
  77   QDialog::show();
  78   //grabKeyboard();
  79   // ui.mListWidget->grabKeyboard();
  80   //  ui.mDicomDetailsListWidget->grabKeyboard();
  81 }
  82 //====================================================================
  83
  84 //====================================================================
  85 void vvDicomSeriesSelector::close()
  86 {
  87   QDialog::close();
  88   // ui.mListWidget->releaseKeyboard()
  89   //releaseKeyboard();
  90 }
  91 //====================================================================
  92
  93 //====================================================================
  94 void vvDicomSeriesSelector::BrowseButtonRelease()
  95 {
  96   QFileDialog dialog(this);
  97   QStringList filters;
  98   filters << "DICOM files (*.dcm)"
  99           << "All files (*)";
 100   dialog.setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 101   dialog.setNameFilters(filters);
 102   //dialog.setFilter(tr("DICOM files (*.dcm); All files (*)"));
 103   mFoldername = dialog.getExistingDirectory(this,
 104                 "Select a folder to find DICOM image",
 105                 mPreviousPath);
 106   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
 107   mPreviousPath = QFileInfo(mFoldername).absolutePath();
 108   //    config::set_current_path(mPreviousPath);
 109 }
 110 //====================================================================
 111
 112 //====================================================================
 113 void vvDicomSeriesSelector::SearchButtonRelease()
 114 {
 115   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 116   NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();
 117   nameGenerator->SetUseSeriesDetails(true);
 118   //nameGenerator->SetDirectory(mFoldername.toStdString());
 119   nameGenerator->SetRecursive(ui.mIsRecursiveCheckBox->checkState() == Qt::Checked);
 120
 121   //ds gérer recursive moi-meme pour progress ...
 122   nameGenerator->SetInputDirectory(mFoldername.toStdString());
 123
 124   // insert in table
 125   typedef std::vector<std::string> SeriesIdContainer;
 126   const SeriesIdContainer & seriesUID = nameGenerator->GetSeriesUIDs();
 127
 128   for (unsigned int i=0; i<seriesUID.size(); i++) {
 129     // std::cout << seriesUID[i] << std::endl; //ds verif existe pas déja
 130
 131     if (mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]]) {
 132       std::cout << seriesUID[i] << " exist" << std::endl;
 133     } else {
 134       // store filenames
 135       std::vector<std::string> * filenames = new std::vector<std::string>;
 136       const std::vector<std::string> & temp = nameGenerator->GetFileNames(seriesUID[i]);
 137       for (unsigned int j=0; j<temp.size(); j++) {
 138         filenames->push_back(temp[j]);
 139       }
 140       mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]] = filenames;
 141
 142       // store first header
 143 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 144       mDicomHeader[seriesUID[i]].SetFileName( (*filenames)[0].c_str() );
 145       mDicomHeader[seriesUID[i]].Read();
 146 #else
 147       gdcm::File *header = new gdcm::File();
 148       header->SetFileName((*filenames)[0]);
 149       header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 150       header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 151       header->Load();
 152
 153
 154       //
 155       DD(header->GetEntryValue(0x0028,0x0030).c_str());
 156
 157       //DS TEST DAVID
 158       DD(header->GetXSize());
 159       DD(header->GetYSize());
 160       DD(header->GetZSize());
 161       DD(header->GetXSpacing());
 162       DD(header->GetYSpacing());
 163       DD(header->GetZSpacing());
 164       DD(header->GetXOrigin());
 165       DD(header->GetYOrigin());
 166       DD(header->GetZOrigin());
 167       DD("\n");
 168       /*
 169         QString size = QString("%1x%2x%3")
 170         .arg(header->GetXSize())
 171         .arg(header->GetYSize())
 172         .arg(header->GetZSize());
 173         QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 174         .arg(header->GetXSpacing())
 175         .arg(header->GetYSpacing())
 176         .arg(header->GetZSpacing());
 177         QString origin = QString("%1x%2x%3")
 178         .arg(header->GetXOrigin())
 179         .arg(header->GetYOrigin())
 180         .arg(header->GetZOrigin());
 181       */
 182
 183
 184       mDicomHeader[seriesUID[i]] = header;
 185 #endif
 186
 187       // new item
 188       QListWidgetItem *newItem = new QListWidgetItem;
 189       newItem->setText(seriesUID[i].c_str());
 190       ui.mListWidget->insertItem(i, newItem);
 191
 192       //AddSerieToTheTable(i, *filenames);
 193     }
 194   }
 195 }
 196 //====================================================================
 197
 198 //====================================================================
 199 void vvDicomSeriesSelector::itemSelectionChanged()
 200 {
 201   //  mLabelSelected.setText(
 202   mCurrentSerie = ui.mListWidget->selectedItems()[0]->text().toStdString();
 203   mFilenames = mListOfSeriesFilenames[mCurrentSerie];
 204   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(true);
 205
 206   if (mDicomInfo[mCurrentSerie] == "") {
 207     //  QString m;
 208     //  m = QString("Patient : <font color=\"blue\">%1</font><br>").arg(mDicomHeader[s]->GetEntryValue(0x0010,0x0010).c_str()); // Patient's name
 209
 210     mDicomInfo[mCurrentSerie] = MakeDicomInfo(mCurrentSerie, mDicomHeader[mCurrentSerie]);
 211   }
 212   ui.mDicomInfoPanel->setText(mDicomInfo[mCurrentSerie]);
 213
 214   // Detail tab
 215   ui.mDicomDetailsListWidget->clear();
 216   for (unsigned int i=0; i<mFilenames->size(); i++) {
 217     QListWidgetItem * newItem = new QListWidgetItem;
 218     newItem->setText(QFileInfo((*mFilenames)[i].c_str()).fileName());
 219     ui.mDicomDetailsListWidget->insertItem(i, newItem);
 220   }
 221
 222 }
 223 //====================================================================
 224
 225 //====================================================================
 226 void vvDicomSeriesSelector::itemDetailsSelectionChanged()
 227 {
 228   unsigned int i = ui.mDicomDetailsListWidget->currentRow();
 229   if (i<mFilenames->size()) {
 230     if (mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] == "") {
 231       std::ostringstream s;
 232       QString l;
 233
 234 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 235       mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile().Print(s);
 236       const gdcm::File& header = mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile();
 237       gdcm::StringFilter sf;
 238       sf.SetFile( header );
 239       const gdcm::DataSet &ds = header.GetDataSet();
 240       gdcm::DataSet::ConstIterator it = ds.Begin();
 241       for (; it != ds.End(); ++it )
 242         {
 243         const gdcm::DataElement & ref = *it;
 244         const gdcm::Tag &         tag = ref.GetTag();
 245         gdcm::VR vr = gdcm::DataSetHelper::ComputeVR(header, ds, tag);
 246         if ( vr & ( gdcm::VR::OB | gdcm::VR::OF | gdcm::VR::OW | gdcm::VR::SQ | gdcm::VR::UN ) )
 247           {
 248           // What is the behavior for binary stuff ?
 249           }
 250         else /* if ( vr & gdcm::VR::VRASCII ) */
 251           {
 252           if ( tag.IsPublic() )
 253             {
 254             std::pair<std::string, std::string> p = sf.ToStringPair(tag);
 255             l += QString("%1 : %2\n")
 256               .arg( p.first.c_str() )
 257               .arg( p.second.c_str() );
 258             }
 259           }
 260         }
 261 #else
 262       mDicomHeader[mCurrentSerie]->Print(s);
 263       gdcm::File * header = mDicomHeader[mCurrentSerie];
 264       gdcm::DocEntry * e = header->GetFirstEntry();
 265       while (e) {
 266         if (e->GetName() != "gdcm::Unknown") {
 267           l += QString("%1 : %2\n")
 268                .arg(e->GetName().c_str())
 269                .arg((header->GetEntryValue(e->GetGroup(), e->GetElement())).c_str());
 270         }
 271         e = header->GetNextEntry();
 272       }
 273 #endif
 274
 275       mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] = l.toStdString();
 276     }
 277     ui.mDicomDetailsLabel->setText(mDicomDetails[(*mFilenames)[i]].c_str());
 278   }
 279 }
 280 //====================================================================
 281
 282 //====================================================================
 283 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 284 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, const gdcm::Reader& header)
 285 {
 286   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 287   const gdcm::File &f = header.GetFile();
 288   std::vector<double> thespacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 289   std::vector<double> theorigin = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(f);
 290
 291   QString size = QString("%1x%2x%3")
 292                  .arg(0)
 293                  .arg(0)
 294                  .arg(0);
 295   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 296                     .arg(thespacing[0])
 297                     .arg(thespacing[1])
 298                     .arg(thespacing[2]);
 299   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 300                    .arg(theorigin[0])
 301                    .arg(theorigin[1])
 302                    .arg(theorigin[2]);
 303
 304   QString ss =
 305     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 306     AddInfo(&header.GetFile(), "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 307     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 308     AddInfo(&header.GetFile(), "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 309     AddInfo(&header.GetFile(), "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 310     AddInfo(&header.GetFile(), "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 311     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 312     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 313     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 314     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 315     AddInfo(&header.GetFile(), "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 316     AddInfo(        "Pixel type : ", "");
 317   return ss;
 318 }
 319 #else
 320 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, gdcm::File *header)
 321 {
 322   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 323   QString size = QString("%1x%2x%3")
 324                  .arg(header->GetXSize())
 325                  .arg(header->GetYSize())
 326                  .arg(header->GetZSize());
 327   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 328                     .arg(header->GetXSpacing())
 329                     .arg(header->GetYSpacing())
 330                     .arg(header->GetZSpacing());
 331   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 332                    .arg(header->GetXOrigin())
 333                    .arg(header->GetYOrigin())
 334                    .arg(header->GetZOrigin());
 335   QString ss =
 336     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 337     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 338     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 339     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 340     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 341     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 342     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 343     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 344     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 345     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 346     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 347     AddInfo(        "Pixel type : ", header->GetPixelType());
 348   return ss;
 349 }
 350 #endif
 351 //====================================================================
 352
 353 //====================================================================
 354 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(const gdcm::File *header, QString n, uint16_t group, uint16_t elem)
 355 {
 356 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 357   gdcm::StringFilter sf;
 358   sf.SetFile( *header );
 359   gdcm::Tag t( group, elem );
 360   std::string s = sf.ToString( t );
 361   return AddInfo(n.toStdString(), s);
 362 #else
 363   return AddInfo(n.toStdString(), const_cast<gdcm::File*>(header)->GetEntryValue(group, elem));
 364 #endif
 365 }
 366 //====================================================================
 367
 368 //====================================================================
 369 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(std::string n, std::string m)
 370 {
 371   QString s = QString("%1 <font color=\"blue\">%2</font><br>").
 372               arg(n.c_str()).arg(m.c_str());
 373   return s;
 374 }
 375 //====================================================================
 376
 377 //====================================================================
 378 void vvDicomSeriesSelector::AddSerieToTheTable(int i, std::vector<std::string> & filenames)
 379 {
 380 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 381 #else
 382   gdcm::File *header = new gdcm::File();
 383   header->SetFileName(filenames[0]);
 384   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 385   header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 386   header->Load();
 387   //header->Print(cout);
 388   // ->GetValEntry
 389   //  mDicomHeader[] = header;
 390
 391   /*
 392
 393   QTableWidgetItem *newItem = new
 394   QTableWidgetItem(QString("# images = %1").arg(header->GetImageNumber()));
 395   //  newItem->setCheckState(Qt::Checked);
 396   //newItem->setFlags(!Qt::ItemIsEditable);
 397   DD(ui.mTableWidget->rowCount());
 398   ui.mTableWidget->setItem(i, 0, newItem);
 399   */
 400 #endif
 401 }
 402 //====================================================================
 403
 404 #endif // VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX