vv/vvQDicomSeriesSelector.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  19 #define VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  20 #include <itkGDCMImageIO.h>
  21 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
  22 #include <gdcmFile.h>
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include <gdcmImageReader.h>
  25 #include <gdcmDataSetHelper.h>
  26 #include <gdcmStringFilter.h>
  27 #include <gdcmImageHelper.h>
  28 #else
  29 #include <gdcmDocEntry.h>
  30 #endif
  31
  32 #include "vvQDicomSeriesSelector.h"
  33 //#include "vvUserConfig.h"
  34
  35 //====================================================================
  36 vvDicomSeriesSelector::vvDicomSeriesSelector(QWidget* parent)
  37   :QDialog(parent)
  38 {
  39   // Set GUI
  40   ui.setupUi(this);
  41   // Correct GUI for splitter ...
  42   //   QSplitter * splitter = new QSplitter(this);
  43   //   splitter->setOrientation(Qt::Horizontal);
  44   //   ui.gridLayout1->addWidget(splitter, 0, 0, 1, 1);
  45   //   ui.mFrameLeft->setParent(splitter);
  46   //   ui.mFrameRight->setParent(splitter);
  47   //  ui.toolBox->setCurrentIndex(0);
  48
  49
  50
  51   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(false);
  52
  53   connect(ui.mBrowseButton, SIGNAL(released()),
  54           this, SLOT(BrowseButtonRelease()));
  55   connect(ui.mSearchButton, SIGNAL(released()),
  56           this, SLOT(SearchButtonRelease()));
  57   connect(ui.mListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  58           this, SLOT(itemSelectionChanged()));
  59   connect(ui.mDicomDetailsListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  60           this, SLOT(itemDetailsSelectionChanged()));
  61
  62   // Initialization
  63   /*    if (config::get_current_path() != QString(0))
  64     mFoldername = config::get_current_path();
  65     else*/
  66   mFoldername = QFileInfo("./").absolutePath();
  67
  68   mPreviousPath = mFoldername;
  69   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
  70   //  ui.mTableWidget->setRowCount(0);
  71 }
  72 //====================================================================
  73
  74 //====================================================================
  75 void vvDicomSeriesSelector::show()
  76 {
  77   QDialog::show();
  78   //grabKeyboard();
  79   // ui.mListWidget->grabKeyboard();
  80   //  ui.mDicomDetailsListWidget->grabKeyboard();
  81 }
  82 //====================================================================
  83
  84 //====================================================================
  85 void vvDicomSeriesSelector::close()
  86 {
  87   QDialog::close();
  88   // ui.mListWidget->releaseKeyboard()
  89   //releaseKeyboard();
  90 }
  91 //====================================================================
  92
  93 //====================================================================
  94 void vvDicomSeriesSelector::BrowseButtonRelease()
  95 {
  96   QFileDialog dialog(this);
  97   dialog.setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
  98   dialog.setFilter("DICOM files (*.dcm); All files (*)");
  99   mFoldername = dialog.getExistingDirectory(this,
 100                 "Select a folder to find DICOM image",
 101                 mPreviousPath);
 102   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
 103   mPreviousPath = QFileInfo(mFoldername).absolutePath();
 104   //    config::set_current_path(mPreviousPath);
 105 }
 106 //====================================================================
 107
 108 //====================================================================
 109 void vvDicomSeriesSelector::SearchButtonRelease()
 110 {
 111   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 112   NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();
 113   nameGenerator->SetUseSeriesDetails(true);
 114   //nameGenerator->SetDirectory(mFoldername.toStdString());
 115   nameGenerator->SetRecursive(ui.mIsRecursiveCheckBox->checkState() == Qt::Checked);
 116
 117   //ds gérer recursive moi-meme pour progress ...
 118   nameGenerator->SetInputDirectory(mFoldername.toStdString());
 119
 120   // insert in table
 121   typedef std::vector<std::string> SeriesIdContainer;
 122   const SeriesIdContainer & seriesUID = nameGenerator->GetSeriesUIDs();
 123
 124   for (unsigned int i=0; i<seriesUID.size(); i++) {
 125     // std::cout << seriesUID[i] << std::endl; //ds verif existe pas déja
 126
 127     if (mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]]) {
 128       std::cout << seriesUID[i] << " exist" << std::endl;
 129     } else {
 130       // store filenames
 131       std::vector<std::string> * filenames = new std::vector<std::string>;
 132       const std::vector<std::string> & temp = nameGenerator->GetFileNames(seriesUID[i]);
 133       for (unsigned int j=0; j<temp.size(); j++) {
 134         filenames->push_back(temp[j]);
 135       }
 136       mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]] = filenames;
 137
 138       // store first header
 139 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 140       mDicomHeader[seriesUID[i]].SetFileName( (*filenames)[0].c_str() );
 141       mDicomHeader[seriesUID[i]].Read();
 142 #else
 143       gdcm::File *header = new gdcm::File();
 144       header->SetFileName((*filenames)[0]);
 145       header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 146       header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 147       header->Load();
 148
 149
 150       //
 151       DD(header->GetEntryValue(0x0028,0x0030).c_str());
 152
 153       //DS TEST DAVID
 154       DD(header->GetXSize());
 155       DD(header->GetYSize());
 156       DD(header->GetZSize());
 157       DD(header->GetXSpacing());
 158       DD(header->GetYSpacing());
 159       DD(header->GetZSpacing());
 160       DD(header->GetXOrigin());
 161       DD(header->GetYOrigin());
 162       DD(header->GetZOrigin());
 163       DD("\n");
 164       /*
 165         QString size = QString("%1x%2x%3")
 166         .arg(header->GetXSize())
 167         .arg(header->GetYSize())
 168         .arg(header->GetZSize());
 169         QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 170         .arg(header->GetXSpacing())
 171         .arg(header->GetYSpacing())
 172         .arg(header->GetZSpacing());
 173         QString origin = QString("%1x%2x%3")
 174         .arg(header->GetXOrigin())
 175         .arg(header->GetYOrigin())
 176         .arg(header->GetZOrigin());
 177       */
 178
 179
 180       mDicomHeader[seriesUID[i]] = header;
 181 #endif
 182
 183       // new item
 184       QListWidgetItem *newItem = new QListWidgetItem;
 185       newItem->setText(seriesUID[i].c_str());
 186       ui.mListWidget->insertItem(i, newItem);
 187
 188       //AddSerieToTheTable(i, *filenames);
 189     }
 190   }
 191 }
 192 //====================================================================
 193
 194 //====================================================================
 195 void vvDicomSeriesSelector::itemSelectionChanged()
 196 {
 197   //  mLabelSelected.setText(
 198   mCurrentSerie = ui.mListWidget->selectedItems()[0]->text().toStdString();
 199   mFilenames = mListOfSeriesFilenames[mCurrentSerie];
 200   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(true);
 201
 202   if (mDicomInfo[mCurrentSerie] == "") {
 203     //  QString m;
 204     //  m = QString("Patient : <font color=\"blue\">%1</font><br>").arg(mDicomHeader[s]->GetEntryValue(0x0010,0x0010).c_str()); // Patient's name
 205
 206     mDicomInfo[mCurrentSerie] = MakeDicomInfo(mCurrentSerie, mDicomHeader[mCurrentSerie]);
 207   }
 208   ui.mDicomInfoPanel->setText(mDicomInfo[mCurrentSerie]);
 209
 210   // Detail tab
 211   ui.mDicomDetailsListWidget->clear();
 212   for (unsigned int i=0; i<mFilenames->size(); i++) {
 213     QListWidgetItem * newItem = new QListWidgetItem;
 214     newItem->setText(QFileInfo((*mFilenames)[i].c_str()).fileName());
 215     ui.mDicomDetailsListWidget->insertItem(i, newItem);
 216   }
 217
 218 }
 219 //====================================================================
 220
 221 //====================================================================
 222 void vvDicomSeriesSelector::itemDetailsSelectionChanged()
 223 {
 224   unsigned int i = ui.mDicomDetailsListWidget->currentRow();
 225   if (i<mFilenames->size()) {
 226     if (mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] == "") {
 227       std::ostringstream s;
 228       QString l;
 229
 230 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 231       mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile().Print(s);
 232       const gdcm::File& header = mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile();
 233       gdcm::StringFilter sf;
 234       sf.SetFile( header );
 235       const gdcm::DataSet &ds = header.GetDataSet();
 236       gdcm::DataSet::ConstIterator it = ds.Begin();
 237       for (; it != ds.End(); ++it )
 238         {
 239         const gdcm::DataElement & ref = *it;
 240         const gdcm::Tag &         tag = ref.GetTag();
 241         gdcm::VR vr = gdcm::DataSetHelper::ComputeVR(header, ds, tag);
 242         if ( vr & ( gdcm::VR::OB | gdcm::VR::OF | gdcm::VR::OW | gdcm::VR::SQ | gdcm::VR::UN ) )
 243           {
 244           // What is the behavior for binary stuff ?
 245           }
 246         else /* if ( vr & gdcm::VR::VRASCII ) */
 247           {
 248           if ( tag.IsPublic() )
 249             {
 250             std::pair<std::string, std::string> p = sf.ToStringPair(tag);
 251             l += QString("%1 : %2\n")
 252               .arg( p.first.c_str() )
 253               .arg( p.second.c_str() );
 254             }
 255           }
 256         }
 257 #else
 258       mDicomHeader[mCurrentSerie]->Print(s);
 259       gdcm::File * header = mDicomHeader[mCurrentSerie];
 260       gdcm::DocEntry * e = header->GetFirstEntry();
 261       while (e) {
 262         if (e->GetName() != "gdcm::Unknown") {
 263           l += QString("%1 : %2\n")
 264                .arg(e->GetName().c_str())
 265                .arg((header->GetEntryValue(e->GetGroup(), e->GetElement())).c_str());
 266         }
 267         e = header->GetNextEntry();
 268       }
 269 #endif
 270
 271       mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] = l.toStdString();
 272     }
 273     ui.mDicomDetailsLabel->setText(mDicomDetails[(*mFilenames)[i]].c_str());
 274   }
 275 }
 276 //====================================================================
 277
 278 //====================================================================
 279 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 280 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, const gdcm::Reader& header)
 281 {
 282   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 283   const gdcm::File &f = header.GetFile();
 284   std::vector<double> thespacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 285   std::vector<double> theorigin = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(f);
 286
 287   QString size = QString("%1x%2x%3")
 288                  .arg(0)
 289                  .arg(0)
 290                  .arg(0);
 291   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 292                     .arg(thespacing[0])
 293                     .arg(thespacing[1])
 294                     .arg(thespacing[2]);
 295   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 296                    .arg(theorigin[0])
 297                    .arg(theorigin[1])
 298                    .arg(theorigin[2]);
 299
 300   QString ss =
 301     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 302     AddInfo(&header.GetFile(), "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 303     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 304     AddInfo(&header.GetFile(), "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 305     AddInfo(&header.GetFile(), "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 306     AddInfo(&header.GetFile(), "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 307     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 308     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 309     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 310     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 311     AddInfo(&header.GetFile(), "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 312     AddInfo(        "Pixel type : ", "");
 313   return ss;
 314 }
 315 #else
 316 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, gdcm::File *header)
 317 {
 318   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 319   QString size = QString("%1x%2x%3")
 320                  .arg(header->GetXSize())
 321                  .arg(header->GetYSize())
 322                  .arg(header->GetZSize());
 323   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 324                     .arg(header->GetXSpacing())
 325                     .arg(header->GetYSpacing())
 326                     .arg(header->GetZSpacing());
 327   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 328                    .arg(header->GetXOrigin())
 329                    .arg(header->GetYOrigin())
 330                    .arg(header->GetZOrigin());
 331   QString ss =
 332     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 333     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 334     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 335     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 336     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 337     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 338     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 339     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 340     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 341     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 342     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 343     AddInfo(        "Pixel type : ", header->GetPixelType());
 344   return ss;
 345 }
 346 #endif
 347 //====================================================================
 348
 349 //====================================================================
 350 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(const gdcm::File *header, QString n, uint16_t group, uint16_t elem)
 351 {
 352 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 353   gdcm::StringFilter sf;
 354   sf.SetFile( *header );
 355   gdcm::Tag t( group, elem );
 356   std::string s = sf.ToString( t );
 357   return AddInfo(n.toStdString(), s);
 358 #else
 359   return AddInfo(n.toStdString(), const_cast<gdcm::File*>(header)->GetEntryValue(group, elem));
 360 #endif
 361 }
 362 //====================================================================
 363
 364 //====================================================================
 365 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(std::string n, std::string m)
 366 {
 367   QString s = QString("%1 <font color=\"blue\">%2</font><br>").
 368               arg(n.c_str()).arg(m.c_str());
 369   return s;
 370 }
 371 //====================================================================
 372
 373 //====================================================================
 374 void vvDicomSeriesSelector::AddSerieToTheTable(int i, std::vector<std::string> & filenames)
 375 {
 376 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 377 #else
 378   gdcm::File *header = new gdcm::File();
 379   header->SetFileName(filenames[0]);
 380   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 381   header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 382   header->Load();
 383   //header->Print(cout);
 384   // ->GetValEntry
 385   //  mDicomHeader[] = header;
 386
 387   /*
 388
 389   QTableWidgetItem *newItem = new
 390   QTableWidgetItem(QString("# images = %1").arg(header->GetImageNumber()));
 391   //  newItem->setCheckState(Qt::Checked);
 392   //newItem->setFlags(!Qt::ItemIsEditable);
 393   DD(ui.mTableWidget->rowCount());
 394   ui.mTableWidget->setItem(i, 0, newItem);
 395   */
 396 #endif
 397 }
 398 //====================================================================
 399
 400 #endif // VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX