vv/vvQDicomSeriesSelector.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  19 #define VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  20 #include <itkGDCMImageIO.h>
  21 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
  22 #include <gdcmFile.h>
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include <gdcmImageReader.h>
  25 #include <gdcmDataSetHelper.h>
  26 #include <gdcmStringFilter.h>
  27 #else
  28 #include <gdcmDocEntry.h>
  29 #endif
  30
  31 #include "vvQDicomSeriesSelector.h"
  32 //#include "vvUserConfig.h"
  33
  34 //====================================================================
  35 vvDicomSeriesSelector::vvDicomSeriesSelector(QWidget* parent)
  36   :QDialog(parent)
  37 {
  38   // Set GUI
  39   ui.setupUi(this);
  40   // Correct GUI for splitter ...
  41   //   QSplitter * splitter = new QSplitter(this);
  42   //   splitter->setOrientation(Qt::Horizontal);
  43   //   ui.gridLayout1->addWidget(splitter, 0, 0, 1, 1);
  44   //   ui.mFrameLeft->setParent(splitter);
  45   //   ui.mFrameRight->setParent(splitter);
  46   //  ui.toolBox->setCurrentIndex(0);
  47
  48
  49
  50   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(false);
  51
  52   connect(ui.mBrowseButton, SIGNAL(released()),
  53           this, SLOT(BrowseButtonRelease()));
  54   connect(ui.mSearchButton, SIGNAL(released()),
  55           this, SLOT(SearchButtonRelease()));
  56   connect(ui.mListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  57           this, SLOT(itemSelectionChanged()));
  58   connect(ui.mDicomDetailsListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  59           this, SLOT(itemDetailsSelectionChanged()));
  60
  61   // Initialization
  62   /*    if (config::get_current_path() != QString(0))
  63     mFoldername = config::get_current_path();
  64     else*/
  65   mFoldername = QFileInfo("./").absolutePath();
  66
  67   mPreviousPath = mFoldername;
  68   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
  69   //  ui.mTableWidget->setRowCount(0);
  70 }
  71 //====================================================================
  72
  73 //====================================================================
  74 void vvDicomSeriesSelector::show()
  75 {
  76   QDialog::show();
  77   //grabKeyboard();
  78   // ui.mListWidget->grabKeyboard();
  79   //  ui.mDicomDetailsListWidget->grabKeyboard();
  80 }
  81 //====================================================================
  82
  83 //====================================================================
  84 void vvDicomSeriesSelector::close()
  85 {
  86   QDialog::close();
  87   // ui.mListWidget->releaseKeyboard()
  88   //releaseKeyboard();
  89 }
  90 //====================================================================
  91
  92 //====================================================================
  93 void vvDicomSeriesSelector::BrowseButtonRelease()
  94 {
  95   QFileDialog dialog(this);
  96   dialog.setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
  97   dialog.setFilter("DICOM files (*.dcm); All files (*)");
  98   mFoldername = dialog.getExistingDirectory(this,
  99                 "Select a folder to find DICOM image",
 100                 mPreviousPath);
 101   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
 102   mPreviousPath = QFileInfo(mFoldername).absolutePath();
 103   //    config::set_current_path(mPreviousPath);
 104 }
 105 //====================================================================
 106
 107 //====================================================================
 108 void vvDicomSeriesSelector::SearchButtonRelease()
 109 {
 110   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 111   NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();
 112   nameGenerator->SetUseSeriesDetails(true);
 113   //nameGenerator->SetDirectory(mFoldername.toStdString());
 114   nameGenerator->SetRecursive(ui.mIsRecursiveCheckBox->checkState() == Qt::Checked);
 115
 116   //ds gérer recursive moi-meme pour progress ...
 117   nameGenerator->SetInputDirectory(mFoldername.toStdString());
 118
 119   // insert in table
 120   typedef std::vector<std::string> SeriesIdContainer;
 121   const SeriesIdContainer & seriesUID = nameGenerator->GetSeriesUIDs();
 122
 123   for (unsigned int i=0; i<seriesUID.size(); i++) {
 124     // std::cout << seriesUID[i] << std::endl; //ds verif existe pas déja
 125
 126     if (mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]]) {
 127       std::cout << seriesUID[i] << " exist" << std::endl;
 128     } else {
 129       // store filenames
 130       std::vector<std::string> * filenames = new std::vector<std::string>;
 131       const std::vector<std::string> & temp = nameGenerator->GetFileNames(seriesUID[i]);
 132       for (unsigned int j=0; j<temp.size(); j++) {
 133         filenames->push_back(temp[j]);
 134       }
 135       mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]] = filenames;
 136
 137       // store first header
 138 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 139       gdcm::ImageReader reader;
 140       reader.SetFileName( (*filenames)[0].c_str() );
 141       reader.Read();
 142       mDicomHeader[seriesUID[i]] = &reader.GetFile();
 143 #else
 144       gdcm::File *header = new gdcm::File();
 145       header->SetFileName((*filenames)[0]);
 146       header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 147       header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 148       header->Load();
 149
 150
 151       //
 152       DD(header->GetEntryValue(0x0028,0x0030).c_str());
 153
 154       //DS TEST DAVID
 155       DD(header->GetXSize());
 156       DD(header->GetYSize());
 157       DD(header->GetZSize());
 158       DD(header->GetXSpacing());
 159       DD(header->GetYSpacing());
 160       DD(header->GetZSpacing());
 161       DD(header->GetXOrigin());
 162       DD(header->GetYOrigin());
 163       DD(header->GetZOrigin());
 164       DD("\n");
 165       /*
 166         QString size = QString("%1x%2x%3")
 167         .arg(header->GetXSize())
 168         .arg(header->GetYSize())
 169         .arg(header->GetZSize());
 170         QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 171         .arg(header->GetXSpacing())
 172         .arg(header->GetYSpacing())
 173         .arg(header->GetZSpacing());
 174         QString origin = QString("%1x%2x%3")
 175         .arg(header->GetXOrigin())
 176         .arg(header->GetYOrigin())
 177         .arg(header->GetZOrigin());
 178       */
 179
 180
 181       mDicomHeader[seriesUID[i]] = header;
 182 #endif
 183
 184       // new item
 185       QListWidgetItem *newItem = new QListWidgetItem;
 186       newItem->setText(seriesUID[i].c_str());
 187       ui.mListWidget->insertItem(i, newItem);
 188
 189       //AddSerieToTheTable(i, *filenames);
 190     }
 191   }
 192 }
 193 //====================================================================
 194
 195 //====================================================================
 196 void vvDicomSeriesSelector::itemSelectionChanged()
 197 {
 198   //  mLabelSelected.setText(
 199   mCurrentSerie = ui.mListWidget->selectedItems()[0]->text().toStdString();
 200   mFilenames = mListOfSeriesFilenames[mCurrentSerie];
 201   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(true);
 202
 203   if (mDicomInfo[mCurrentSerie] == "") {
 204     //  QString m;
 205     //  m = QString("Patient : <font color=\"blue\">%1</font><br>").arg(mDicomHeader[s]->GetEntryValue(0x0010,0x0010).c_str()); // Patient's name
 206     mDicomInfo[mCurrentSerie] = MakeDicomInfo(mCurrentSerie, mDicomHeader[mCurrentSerie]);
 207   }
 208   ui.mDicomInfoPanel->setText(mDicomInfo[mCurrentSerie]);
 209
 210   // Detail tab
 211   ui.mDicomDetailsListWidget->clear();
 212   for (unsigned int i=0; i<mFilenames->size(); i++) {
 213     QListWidgetItem * newItem = new QListWidgetItem;
 214     newItem->setText(QFileInfo((*mFilenames)[i].c_str()).fileName());
 215     ui.mDicomDetailsListWidget->insertItem(i, newItem);
 216   }
 217
 218 }
 219 //====================================================================
 220
 221 //====================================================================
 222 void vvDicomSeriesSelector::itemDetailsSelectionChanged()
 223 {
 224   unsigned int i = ui.mDicomDetailsListWidget->currentRow();
 225   if (i<mFilenames->size()) {
 226     if (mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] == "") {
 227       std::ostringstream s;
 228       mDicomHeader[mCurrentSerie]->Print(s);
 229
 230       QString l;
 231       gdcm::File * header = mDicomHeader[mCurrentSerie];
 232 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 233       gdcm::StringFilter sf;
 234       sf.SetFile( *header );
 235       gdcm::DataSet &ds = header->GetDataSet();
 236       gdcm::DataSet::ConstIterator it = ds.Begin();
 237       for (; it != ds.End(); ++it )
 238         {
 239         const gdcm::DataElement & ref = *it;
 240         const gdcm::Tag &         tag = ref.GetTag();
 241         gdcm::VR vr = gdcm::DataSetHelper::ComputeVR(*header, ds, tag);
 242         if ( vr & ( gdcm::VR::OB | gdcm::VR::OF | gdcm::VR::OW | gdcm::VR::SQ | gdcm::VR::UN ) )
 243           {
 244           // What is the behavior for binary stuff ?
 245           }
 246         else /* if ( vr & gdcm::VR::VRASCII ) */
 247           {
 248           if ( tag.IsPublic() )
 249             {
 250             std::pair<std::string, std::string> p = sf.ToStringPair(tag);
 251             l += QString("%1 : %2\n")
 252               .arg( p.first.c_str() )
 253               .arg( p.second.c_str() );
 254             }
 255           }
 256         }
 257 #else
 258       gdcm::DocEntry * e = header->GetFirstEntry();
 259       while (e) {
 260         if (e->GetName() != "gdcm::Unknown") {
 261           l += QString("%1 : %2\n")
 262                .arg(e->GetName().c_str())
 263                .arg((header->GetEntryValue(e->GetGroup(), e->GetElement())).c_str());
 264         }
 265         e = header->GetNextEntry();
 266       }
 267 #endif
 268
 269       mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] = l.toStdString();
 270     }
 271     ui.mDicomDetailsLabel->setText(mDicomDetails[(*mFilenames)[i]].c_str());
 272   }
 273 }
 274 //====================================================================
 275
 276 //====================================================================
 277 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, gdcm::File *header)
 278 {
 279   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 280 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 281   QString ss;
 282 #else
 283   QString size = QString("%1x%2x%3")
 284                  .arg(header->GetXSize())
 285                  .arg(header->GetYSize())
 286                  .arg(header->GetZSize());
 287   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 288                     .arg(header->GetXSpacing())
 289                     .arg(header->GetYSpacing())
 290                     .arg(header->GetZSpacing());
 291   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 292                    .arg(header->GetXOrigin())
 293                    .arg(header->GetYOrigin())
 294                    .arg(header->GetZOrigin());
 295   QString ss =
 296     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 297     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 298     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 299     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 300     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 301     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 302     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 303     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 304     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 305     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 306     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 307     AddInfo(        "Pixel type : ", header->GetPixelType());
 308 #endif
 309   return ss;
 310 }
 311 //====================================================================
 312
 313 //====================================================================
 314 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(gdcm::File *header, QString n, uint16_t group, uint16_t elem)
 315 {
 316 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 317   gdcm::StringFilter sf;
 318   sf.SetFile( *header );
 319   gdcm::Tag t( group, elem );
 320   std::string s = sf.ToString( t );
 321   return AddInfo(n.toStdString(), s);
 322 #else
 323   return AddInfo(n.toStdString(), header->GetEntryValue(group, elem));
 324 #endif
 325 }
 326 //====================================================================
 327
 328 //====================================================================
 329 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(std::string n, std::string m)
 330 {
 331   QString s = QString("%1 <font color=\"blue\">%2</font><br>").
 332               arg(n.c_str()).arg(m.c_str());
 333   return s;
 334 }
 335 //====================================================================
 336
 337 //====================================================================
 338 void vvDicomSeriesSelector::AddSerieToTheTable(int i, std::vector<std::string> & filenames)
 339 {
 340 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
 341 #else
 342   gdcm::File *header = new gdcm::File();
 343   header->SetFileName(filenames[0]);
 344   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 345   header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 346   header->Load();
 347   //header->Print(cout);
 348   // ->GetValEntry
 349   //  mDicomHeader[] = header;
 350
 351   /*
 352
 353   QTableWidgetItem *newItem = new
 354   QTableWidgetItem(QString("# images = %1").arg(header->GetImageNumber()));
 355   //  newItem->setCheckState(Qt::Checked);
 356   //newItem->setFlags(!Qt::ItemIsEditable);
 357   DD(ui.mTableWidget->rowCount());
 358   ui.mTableWidget->setItem(i, 0, newItem);
 359   */
 360 #endif
 361 }
 362 //====================================================================
 363
 364 #endif // VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX