vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27
  28 #include <vtkSmartPointer.h>
  29 #include <vtkImageViewer2.h>
  30 #include <vtkImageReslice.h>
  31 #include <vtkImageMapToColors.h>
  32
  33 class vtkActor;
  34 class vtkActor2D;
  35 class vtkCursor2D;
  36 class vtkPolyDataMapper2D;
  37 class vtkProperty2D;
  38 class vtkClipPolyData;
  39 class vtkImageActor;
  40 class vvBlendImageActor;
  41 class vtkBox;
  42 class vtkCornerAnnotation;
  43 class vtkExtractVOI;
  44 class vtkPolyDataMapper2D;
  45 class vtkPolyDataMapper;
  46 class vtkGlyph3D;
  47 class vvGlyph2D;
  48 class vvGlyphSource;
  49 class vtkCursor3D;
  50 class vtkCutter;
  51 class vtkAssignAttribute;
  52 class vtkScalarBarActor;
  53 class vtkTransform;
  54 class vtkImageReslice;
  55
  56 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  57 {
  58 public:
  59   static vvSlicer *New();
  60   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  61   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  62
  63   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  64   vvImage::Pointer GetImage() {
  65     return mImage;
  66   }
  67
  68   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  69   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  70     return mOverlay;
  71   }
  72   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  73   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  74   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  75   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  76   vtkActor* GetVFActor() ;
  77   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  78
  79   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  80   vvImage::Pointer GetFusion() {
  81     return mFusion;
  82   }
  83   void ShowFusionLegend(bool show) { showFusionLegend = show; }
  84
  85   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  86      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  87      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  88   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  89   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  90   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  91
  92   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  93   vvImage *GetVF() {
  94     return mVF;
  95   }
  96
  97   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
  98   void SetTSlice(int t);
  99   void SetSliceOrientation(int orientation);
 100   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 101   int GetTSlice();
 102   int GetFusionTSlice();
 103   int GetOverlayTSlice();
 104   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 105   void SetSlice(int s);
 106   int GetTMax() {
 107     return (unsigned int)mImage->GetVTKImages().size() - 1;
 108   }
 109
 110   void SetOpacity(double s);
 111   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 112   void SetDisplayMode(bool i);
 113   void FlipHorizontalView();
 114   void FlipVerticalView();
 115   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 116   void Render();
 117   ///Sets the camera to fit the image in the window
 118   void ResetCamera();
 119
 120   void SetVFSubSampling(int sub);
 121   int GetVFSubSampling() {
 122     return mSubSampling;
 123   }
 124   void SetVFScale(int scale);
 125   void SetVFWidth(int width);
 126   int GetVFScale() {
 127     return mScale;
 128   }
 129   void SetVFLog(int log);
 130   int GetVFLog() {
 131     return mVFLog;
 132   }
 133
 134   void SetFileName(std::string filename) {
 135     mFileName = filename;
 136   }
 137   std::string GetFileName() {
 138     return mFileName;
 139   }
 140
 141   double* GetCursorPosition() {
 142     return mCursor;
 143   }
 144
 145   vtkTransform * GetSlicingTransform() { return mSlicingTransform; }
 146   vtkTransform * GetConcatenatedTransform() { return mConcatenatedTransform; }
 147   vtkTransform * GetConcatenatedFusionTransform() { return mConcatenatedFusionTransform; }
 148   vtkTransform * GetConcatenatedOverlayTransform() { return mConcatenatedOverlayTransform; }
 149
 150   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 151   double* GetCurrentPosition();
 152
 153   void UpdateCursorPosition();
 154   void SetCursorVisibility(bool s);
 155
 156   bool GetCursorVisibility();
 157   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 158
 159   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 160   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 161
 162   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image, vtkTransform *transform);
 163
 164   void UpdateLandmarks();
 165   void ForceUpdateDisplayExtent();
 166
 167   int* GetDisplayExtent();
 168   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 169    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 170   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 171   ///Toggle temporal superposition of contours
 172   void ToggleContourSuperposition();
 173
 174   virtual void SetColorWindow(double s);
 175   virtual void SetColorLevel(double s);
 176
 177   double GetOverlayColorWindow();
 178   double GetOverlayColorLevel();
 179   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 180
 181   void SetOverlayColorWindow(double s);
 182   void SetOverlayColorLevel(double s);
 183   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 184
 185   /**
 186    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 187    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 188    * are returned by GetExtent
 189    * */
 190   void EnableReducedExtent(bool b);
 191   void SetReducedExtent(int * ext);
 192
 193   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 194   int GetOrientation();
 195   int * GetExtent();
 196
 197   double* GetVFColor() {
 198     return mVFColor;
 199   }
 200   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 201
 202 protected:
 203   vvSlicer();
 204   ~vvSlicer();
 205
 206   std::string mFileName;
 207   vvImage::Pointer mImage;
 208   vvImage::Pointer mOverlay;
 209   vvImage::Pointer mFusion;
 210   vvImage::Pointer mVF;
 211
 212   vvLandmarks* mLandmarks;
 213
 214   //                         __________ Image coordinates accounting for spacing and origin
 215   //                            Λ  Λ
 216   //                            |  | vvImage.GetTransform()
 217   //                            |  |
 218   // GetConcatenatedTransform() | _|___ VV world coordinates (mm) (displayed in VV)             mCurrentBeforeSlicingTransform
 219   //                            |  Λ
 220   //                            |  | GetSlicingTransform()
 221   //                            |  |
 222   //                         ___|__|___ VTK world coordinates (mm) (never displayed)            mCurrent
 223
 224   vtkSmartPointer<vtkTransform> mSlicingTransform;
 225   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 226   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedTransform;
 227   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 228   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedOverlayTransform;
 229   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 230   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 231   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 232   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedFusionTransform;
 233   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 234   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 235   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 236   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 237   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 238   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 239   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 240   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 241   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 242   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 243   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 244   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 245   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 246   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 247   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 248   vtkSmartPointer<vtkClipPolyData> mLandClipper;
 249   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 250   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 251   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 252   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 253   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 254
 255   int mCurrentTSlice;
 256   int mCurrentFusionTSlice;
 257   int mCurrentOverlayTSlice;
 258   double mCurrent[3];
 259   double mCurrentBeforeSlicingTransform[3];
 260   double mCursor[4];
 261   int mSubSampling;
 262   int mScale;
 263   int mVFLog;
 264   int mVFWidth;
 265   double mVFColor[3];
 266   bool mUseReducedExtent;
 267   int * mReducedExtent;
 268   int * mInitialExtent;
 269   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 270   bool showFusionLegend;
 271
 272 private:
 273   void UpdateOrientation();
 274   void UpdateDisplayExtent();
 275   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 276                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 277   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 278   void SetContourSlice();
 279
 280
 281 };
 282 #endif