vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27
  28 #include <vtkSmartPointer.h>
  29 #include <vtkImageViewer2.h>
  30 #include <vtkImageReslice.h>
  31
  32 class vtkActor;
  33 class vtkActor2D;
  34 class vtkCursor2D;
  35 class vtkPolyDataMapper2D;
  36 class vtkProperty2D;
  37 class vtkClipPolyData;
  38 class vtkImageActor;
  39 class vvBlendImageActor;
  40 class vtkBox;
  41 class vtkCornerAnnotation;
  42 class vtkExtractVOI;
  43 class vtkPolyDataMapper2D;
  44 class vtkPolyDataMapper;
  45 class vtkGlyph3D;
  46 class vvGlyph2D;
  47 class vvGlyphSource;
  48 class vtkCursor3D;
  49 class vtkCutter;
  50 class vtkAssignAttribute;
  51 class vtkScalarBarActor;
  52 class vtkTransform;
  53 class vtkImageReslice;
  54
  55 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  56 {
  57 public:
  58   static vvSlicer *New();
  59   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  60   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  61
  62   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  63   vvImage::Pointer GetImage() {
  64     return mImage;
  65   }
  66
  67   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  68   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  69     return mOverlay;
  70   }
  71   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  72   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  73   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetFusionMapper() ;
  74   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  75   vtkActor* GetVFActor() ;
  76   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  77
  78   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  79   vvImage::Pointer GetFusion() {
  80     return mFusion;
  81   }
  82
  83   /**Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  84      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  85      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  86   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  87   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  88
  89   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  90   vvImage *GetVF() {
  91     return mVF;
  92   }
  93
  94   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
  95   void SetTSlice(int t);
  96   void SetSliceOrientation(int orientation);
  97   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
  98   int GetTSlice();
  99   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 100   void SetSlice(int s);
 101   int GetTMax() {
 102     return (unsigned int)mImage->GetVTKImages().size() - 1;
 103   }
 104
 105   void SetOpacity(double s);
 106   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 107   void SetDisplayMode(bool i);
 108   void FlipHorizontalView();
 109   void FlipVerticalView();
 110   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, int X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 111   void Render();
 112   ///Sets the camera to fit the image in the window
 113   void ResetCamera();
 114
 115   void SetVFSubSampling(int sub);
 116   int GetVFSubSampling() {
 117     return mSubSampling;
 118   }
 119   void SetVFScale(int scale);
 120   void SetVFWidth(int width);
 121   int GetVFScale() {
 122     return mScale;
 123   }
 124   void SetVFLog(int log);
 125   int GetVFLog() {
 126     return mVFLog;
 127   }
 128
 129   void SetFileName(std::string filename) {
 130     mFileName = filename;
 131   }
 132   std::string GetFileName() {
 133     return mFileName;
 134   }
 135
 136   double* GetCursorPosition() {
 137     return mCursor;
 138   }
 139
 140   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 141   double* GetCurrentPosition() {
 142     return mCurrent;
 143   }
 144
 145   void UpdateCursorPosition();
 146   void SetCursorVisibility(bool s);
 147
 148   bool GetCursorVisibility();
 149   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 150
 151   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 152   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 153
 154   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max);
 155
 156   void UpdateLandmarks();
 157   void ForceUpdateDisplayExtent();
 158
 159   int* GetDisplayExtent();
 160   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 161    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 162   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 163   ///Toggle temporal superposition of contours
 164   void ToggleContourSuperposition();
 165
 166   virtual void SetColorWindow(double s);
 167   virtual void SetColorLevel(double s);
 168
 169
 170   void EnableReducedExtent(bool b);
 171   void SetReducedExtent(int * ext);
 172
 173   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 174   int GetOrientation();
 175   int * GetExtent();
 176
 177   double* GetVFColor() {
 178     return mVFColor;
 179   }
 180   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 181
 182 protected:
 183   vvSlicer();
 184   ~vvSlicer();
 185
 186   std::string mFileName;
 187   vvImage::Pointer mImage;
 188   vvImage::Pointer mOverlay;
 189   vvImage::Pointer mFusion;
 190   vvImage::Pointer mVF;
 191
 192   vvLandmarks* mLandmarks;
 193
 194   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 195   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 196   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 197   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 198   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 199   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mFusionMapper;
 200   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 201   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 202   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 203   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 204   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 205   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 206   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 207   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 208   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 209   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 210   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 211   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 212   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 213   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 214   vtkSmartPointer<vtkClipPolyData> mLandClipper;
 215   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 216   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 217   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 218   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 219   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 220
 221   int mCurrentTSlice;
 222   double mCurrent[3];
 223   double mCursor[4];
 224   int mSubSampling;
 225   int mScale;
 226   int mVFLog;
 227   int mVFWidth;
 228   double mVFColor[3];
 229   bool mUseReducedExtent;
 230   int * mReducedExtent;
 231   int * mInitialExtent;
 232
 233 private:
 234   void UpdateOrientation();
 235   void UpdateDisplayExtent();
 236   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 237                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 238   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 239   void SetContourSlice();
 240
 241
 242 };
 243 #endif