vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27
  28 #include <vtkSmartPointer.h>
  29 #include <vtkImageViewer2.h>
  30 #include <vtkImageReslice.h>
  31
  32 class vtkActor;
  33 class vtkActor2D;
  34 class vtkCursor2D;
  35 class vtkPolyDataMapper2D;
  36 class vtkProperty2D;
  37 class vtkClipPolyData;
  38 class vtkImageActor;
  39 class vvBlendImageActor;
  40 class vtkBox;
  41 class vtkCornerAnnotation;
  42 class vtkExtractVOI;
  43 class vtkPolyDataMapper2D;
  44 class vtkPolyDataMapper;
  45 class vtkGlyph3D;
  46 class vvGlyph2D;
  47 class vvGlyphSource;
  48 class vtkCursor3D;
  49 class vtkCutter;
  50 class vtkAssignAttribute;
  51 class vtkScalarBarActor;
  52 class vtkTransform;
  53 class vtkImageReslice;
  54
  55 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  56 {
  57 public:
  58   static vvSlicer *New();
  59   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  60   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  61
  62   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  63   vvImage::Pointer GetImage() {
  64     return mImage;
  65   }
  66
  67   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  68   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  69     return mOverlay;
  70   }
  71   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  72   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  73   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetFusionMapper() ;
  74   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  75   vtkActor* GetVFActor() ;
  76   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  77
  78   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  79   vvImage::Pointer GetFusion() {
  80     return mFusion;
  81   }
  82
  83   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  84      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  85      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  86   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  87   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  88   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  89
  90   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  91   vvImage *GetVF() {
  92     return mVF;
  93   }
  94
  95   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
  96   void SetTSlice(int t);
  97   void SetSliceOrientation(int orientation);
  98   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
  99   int GetTSlice();
 100   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 101   void SetSlice(int s);
 102   int GetTMax() {
 103     return (unsigned int)mImage->GetVTKImages().size() - 1;
 104   }
 105
 106   void SetOpacity(double s);
 107   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 108   void SetDisplayMode(bool i);
 109   void FlipHorizontalView();
 110   void FlipVerticalView();
 111   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 112   void Render();
 113   ///Sets the camera to fit the image in the window
 114   void ResetCamera();
 115
 116   void SetVFSubSampling(int sub);
 117   int GetVFSubSampling() {
 118     return mSubSampling;
 119   }
 120   void SetVFScale(int scale);
 121   void SetVFWidth(int width);
 122   int GetVFScale() {
 123     return mScale;
 124   }
 125   void SetVFLog(int log);
 126   int GetVFLog() {
 127     return mVFLog;
 128   }
 129
 130   void SetFileName(std::string filename) {
 131     mFileName = filename;
 132   }
 133   std::string GetFileName() {
 134     return mFileName;
 135   }
 136
 137   double* GetCursorPosition() {
 138     return mCursor;
 139   }
 140
 141   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 142   double* GetCurrentPosition() {
 143     return mCurrent;
 144   }
 145
 146   void UpdateCursorPosition();
 147   void SetCursorVisibility(bool s);
 148
 149   bool GetCursorVisibility();
 150   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 151
 152   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 153   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 154
 155   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max);
 156
 157   void UpdateLandmarks();
 158   void ForceUpdateDisplayExtent();
 159
 160   int* GetDisplayExtent();
 161   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 162    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 163   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 164   ///Toggle temporal superposition of contours
 165   void ToggleContourSuperposition();
 166
 167   virtual void SetColorWindow(double s);
 168   virtual void SetColorLevel(double s);
 169
 170   /**
 171    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 172    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 173    * are returned by GetExtent
 174    * */
 175   void EnableReducedExtent(bool b);
 176   void SetReducedExtent(int * ext);
 177
 178   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 179   int GetOrientation();
 180   int * GetExtent();
 181
 182   double* GetVFColor() {
 183     return mVFColor;
 184   }
 185   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 186
 187 protected:
 188   vvSlicer();
 189   ~vvSlicer();
 190
 191   std::string mFileName;
 192   vvImage::Pointer mImage;
 193   vvImage::Pointer mOverlay;
 194   vvImage::Pointer mFusion;
 195   vvImage::Pointer mVF;
 196
 197   vvLandmarks* mLandmarks;
 198
 199   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 200   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 201   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 202   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 203   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 204   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mFusionMapper;
 205   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 206   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 207   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 208   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 209   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 210   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 211   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 212   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 213   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 214   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 215   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 216   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 217   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 218   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 219   vtkSmartPointer<vtkClipPolyData> mLandClipper;
 220   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 221   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 222   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 223   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 224   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 225
 226   int mCurrentTSlice;
 227   double mCurrent[3];
 228   double mCursor[4];
 229   int mSubSampling;
 230   int mScale;
 231   int mVFLog;
 232   int mVFWidth;
 233   double mVFColor[3];
 234   bool mUseReducedExtent;
 235   int * mReducedExtent;
 236   int * mInitialExtent;
 237
 238 private:
 239   void UpdateOrientation();
 240   void UpdateDisplayExtent();
 241   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 242                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 243   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 244   void SetContourSlice();
 245
 246
 247 };
 248 #endif