vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include <QObject>
  24 #include <QString> //TODO delete
  25 #include <QMessageBox>
  26
  27 #include "vvLandmarks.h"
  28 #include "vvImage.h"
  29 #include "vvMesh.h"
  30 #include "vvMeshActor.h"
  31 #include "vvClipPolyData.h"
  32
  33 #include <vtkSmartPointer.h>
  34 #include <vtkImageViewer2.h>
  35 #include <vtkImageReslice.h>
  36 #include <vtkImageMapToColors.h>
  37 #include <vtkCaptionActor2D.h>
  38
  39 class vtkActor;
  40 class vtkActor2D;
  41 class vtkCursor2D;
  42 class vtkPolyDataMapper2D;
  43 class vtkProperty2D;
  44 class vtkClipPolyData;
  45 class vtkImageActor;
  46 class vvBlendImageActor;
  47 class vtkBox;
  48 class vtkCornerAnnotation;
  49 class vtkExtractVOI;
  50 class vtkPolyDataMapper2D;
  51 class vtkPolyDataMapper;
  52 class vtkGlyph3D;
  53 class vvGlyph2D;
  54 class vvGlyphSource;
  55 class vtkCursor3D;
  56 class vtkCutter;
  57 class vtkAssignAttribute;
  58 class vtkScalarBarActor;
  59 class vtkTransform;
  60 class vtkImageReslice;
  61
  62 class vvSlicer: public QObject, public vtkImageViewer2 {
  63
  64 Q_OBJECT
  65
  66 public:
  67   static vvSlicer *New();
  68   vtkTypeMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  69   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  70
  71   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  72   vvImage::Pointer GetImage() {
  73     return mImage;
  74   }
  75
  76   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  77   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  78     return mOverlay;
  79   }
  80   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  81   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  82   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  83   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  84   vtkActor* GetVFActor() ;
  85   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  86
  87   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion, int fusionSequenceCode = -1);
  88   vvImage::Pointer GetFusion() {
  89     return mFusion;
  90   }
  91   void ShowFusionLegend(bool show) { showFusionLegend = show; }
  92
  93   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  94      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  95      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  96   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  97   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  98   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  99
 100   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
 101   vvImage *GetVF() {
 102     return mVF;
 103   }
 104
 105   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
 106   void SetTSlice(int t, bool updateLinkedImages = true);
 107
 108   void SetFusionSequenceTSlice(int t);
 109
 110   void SetSliceOrientation(int orientation);
 111   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 112   int GetTSlice();
 113   int GetFusionTSlice();
 114   int GetOverlayTSlice();
 115   int GetMaxCurrentTSlice();
 116   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 117   void SetSlice(int s);
 118   int GetTMax();
 119
 120   void SetOpacity(double s);
 121   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 122   void SetDisplayMode(bool i);
 123   void FlipHorizontalView();
 124   void FlipVerticalView();
 125   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 126   void Render();
 127   ///Sets the camera to fit the image in the window
 128   void ResetCamera();
 129
 130   void SetVFSubSampling(int sub);
 131   int GetVFSubSampling() {
 132     return mSubSampling;
 133   }
 134   void SetVFScale(int scale);
 135   void SetVFWidth(int width);
 136   int GetVFScale() {
 137     return mScale;
 138   }
 139   void SetVFLog(int log);
 140   int GetVFLog() {
 141     return mVFLog;
 142   }
 143
 144   void SetFileName(std::string filename) {
 145     mFileName = filename;
 146   }
 147   std::string GetFileName() {
 148     return mFileName;
 149   }
 150
 151   double* GetCursorPosition() {
 152     return mCursor;
 153   }
 154   vtkTransform * GetSlicingTransform() { return mSlicingTransform; }
 155   vtkTransform * GetConcatenatedTransform() { return mConcatenatedTransform; }
 156   vtkTransform * GetConcatenatedFusionTransform() { return mConcatenatedFusionTransform; }
 157   vtkTransform * GetConcatenatedOverlayTransform() { return mConcatenatedOverlayTransform; }
 158
 159   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 160   double* GetCurrentPosition();
 161
 162   void UpdateCursorPosition();
 163   void SetCursorVisibility(bool s);
 164
 165   bool GetCursorVisibility();
 166   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 167
 168   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 169   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 170
 171   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image, vtkTransform *transform);
 172
 173   void RemoveLandmarks();
 174   void DisplayLandmarks();
 175   void ForceUpdateDisplayExtent();
 176
 177   int* GetDisplayExtent();
 178   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 179    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 180   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 181   ///Toggle temporal superposition of contours
 182   void ToggleContourSuperposition();
 183
 184   virtual void SetColorWindow(double s);
 185   virtual void SetColorLevel(double s);
 186
 187   double GetOverlayColorWindow();
 188   double GetOverlayColorLevel();
 189   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 190
 191   void SetOverlayColorWindow(double s);
 192   void SetOverlayColorLevel(double s);
 193   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 194
 195   /**
 196    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 197    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 198    * are returned by GetExtent
 199    * */
 200   void EnableReducedExtent(bool b);
 201   void SetReducedExtent(int * ext);
 202
 203   bool ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 204   int GetOrientation();
 205   int * GetExtent();
 206
 207   double* GetVFColor() {
 208     return mVFColor;
 209   }
 210   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 211
 212   //necessary to flag the secondary sequence
 213   void SetFusionSequenceCode(int code) {mFusionSequenceCode=code;}
 214   void SetRegisterExtent(int [6]);
 215   void GetRegisterExtent(int [6]);
 216
 217   void SetSlicerNumber(const int nbSlicer) {mSlicerNumber = nbSlicer;}
 218   int GetSlicerNumber() const {return mSlicerNumber;}
 219
 220 signals:
 221   void UpdateDisplayExtentBegin(int);
 222   void UpdateDisplayExtentEnd(int);
 223
 224 protected:
 225   vvSlicer();
 226   ~vvSlicer();
 227
 228   std::string mFileName;
 229   vvImage::Pointer mImage;
 230   vvImage::Pointer mOverlay;
 231   vvImage::Pointer mFusion;
 232   vvImage::Pointer mVF;
 233
 234   vvLandmarks* mLandmarks;
 235
 236   int mFusionSequenceCode; //-1: not involved in a fusion sequence, 0: main sequence (CT), 1: secondary sequence (US)
 237
 238   //                         __________ Image coordinates accounting for spacing and origin
 239   //                            Λ  Λ
 240   //                            |  | vvImage.GetTransform()
 241   //                            |  |
 242   // GetConcatenatedTransform() | _|___ VV world coordinates (mm) (displayed in VV)             mCurrentBeforeSlicingTransform
 243   //                            |  Λ
 244   //                            |  | GetSlicingTransform()
 245   //                            |  |
 246   //                         ___|__|___ VTK world coordinates (mm) (never displayed)            mCurrent
 247
 248   vtkSmartPointer<vtkTransform> mSlicingTransform;
 249   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 250   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedTransform;
 251   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 252   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedOverlayTransform;
 253   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 254   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 255   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 256   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedFusionTransform;
 257   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 258   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 259   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 260   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 261   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 262   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 263   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 264   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 265   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 266   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 267   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 268   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 269   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 270   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 271   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 272   vtkSmartPointer<vvClipPolyData> mLandClipper;
 273   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 274   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 275   std::vector<vtkSmartPointer<vtkCaptionActor2D> > mLandLabelActors;
 276   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 277   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 278   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 279
 280   int mSlicerNumber;
 281   int mCurrentTSlice;
 282   int mCurrentFusionTSlice;
 283   int mCurrentOverlayTSlice;
 284   double mCurrent[3];
 285   double mCurrentBeforeSlicingTransform[3];
 286   double mCursor[4];
 287   int mSubSampling;
 288   int mScale;
 289   int mVFLog;
 290   int mVFWidth;
 291   double mVFColor[3];
 292   bool mUseReducedExtent;
 293   int * mReducedExtent;
 294   int * mRegisterExtent;
 295   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 296   bool showFusionLegend;
 297
 298 private:
 299   void UpdateOrientation();
 300   void UpdateDisplayExtent();
 301   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkInformation *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 302                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 303   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 304                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 305   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 306   void SetContourSlice();
 307
 308   // Visibility of the different elements that can be set from outside the object.
 309   // Note that vvSlicer also check if the element is to be displayed according to
 310   // the extent of the displayed object.
 311   // These members have been introduced to fix Bug #1883.
 312   bool mImageVisibility;
 313   bool mOverlayVisibility;
 314   bool mFusionVisibility;
 315   bool mVFVisibility;
 316   bool mFirstSetSliceOrientation;
 317 };
 318 #endif