vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27 #include "vvClipPolyData.h"
  28
  29 #include <vtkSmartPointer.h>
  30 #include <vtkImageViewer2.h>
  31 #include <vtkImageReslice.h>
  32 #include <vtkImageMapToColors.h>
  33 #include <vtkCaptionActor2D.h>
  34
  35 class vtkActor;
  36 class vtkActor2D;
  37 class vtkCursor2D;
  38 class vtkPolyDataMapper2D;
  39 class vtkProperty2D;
  40 class vtkClipPolyData;
  41 class vtkImageActor;
  42 class vvBlendImageActor;
  43 class vtkBox;
  44 class vtkCornerAnnotation;
  45 class vtkExtractVOI;
  46 class vtkPolyDataMapper2D;
  47 class vtkPolyDataMapper;
  48 class vtkGlyph3D;
  49 class vvGlyph2D;
  50 class vvGlyphSource;
  51 class vtkCursor3D;
  52 class vtkCutter;
  53 class vtkAssignAttribute;
  54 class vtkScalarBarActor;
  55 class vtkTransform;
  56 class vtkImageReslice;
  57
  58 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  59 {
  60 public:
  61   static vvSlicer *New();
  62   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  63   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  64
  65   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  66   vvImage::Pointer GetImage() {
  67     return mImage;
  68   }
  69
  70   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  71   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  72     return mOverlay;
  73   }
  74   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  75   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  76   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  77   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  78   vtkActor* GetVFActor() ;
  79   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  80
  81   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  82   vvImage::Pointer GetFusion() {
  83     return mFusion;
  84   }
  85   void ShowFusionLegend(bool show) { showFusionLegend = show; }
  86
  87   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  88      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  89      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  90   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  91   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  92   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  93
  94   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  95   vvImage *GetVF() {
  96     return mVF;
  97   }
  98
  99   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
 100   void SetTSlice(int t);
 101   void SetSliceOrientation(int orientation);
 102   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 103   int GetTSlice();
 104   int GetFusionTSlice();
 105   int GetOverlayTSlice();
 106   int GetMaxCurrentTSlice();
 107   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 108   void SetSlice(int s);
 109   int GetTMax();
 110
 111   void SetOpacity(double s);
 112   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 113   void SetDisplayMode(bool i);
 114   void FlipHorizontalView();
 115   void FlipVerticalView();
 116   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 117   void Render();
 118   ///Sets the camera to fit the image in the window
 119   void ResetCamera();
 120
 121   void SetVFSubSampling(int sub);
 122   int GetVFSubSampling() {
 123     return mSubSampling;
 124   }
 125   void SetVFScale(int scale);
 126   void SetVFWidth(int width);
 127   int GetVFScale() {
 128     return mScale;
 129   }
 130   void SetVFLog(int log);
 131   int GetVFLog() {
 132     return mVFLog;
 133   }
 134
 135   void SetFileName(std::string filename) {
 136     mFileName = filename;
 137   }
 138   std::string GetFileName() {
 139     return mFileName;
 140   }
 141
 142   double* GetCursorPosition() {
 143     return mCursor;
 144   }
 145
 146   vtkTransform * GetSlicingTransform() { return mSlicingTransform; }
 147   vtkTransform * GetConcatenatedTransform() { return mConcatenatedTransform; }
 148   vtkTransform * GetConcatenatedFusionTransform() { return mConcatenatedFusionTransform; }
 149   vtkTransform * GetConcatenatedOverlayTransform() { return mConcatenatedOverlayTransform; }
 150
 151   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 152   double* GetCurrentPosition();
 153
 154   void UpdateCursorPosition();
 155   void SetCursorVisibility(bool s);
 156
 157   bool GetCursorVisibility();
 158   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 159
 160   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 161   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 162
 163   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image, vtkTransform *transform);
 164
 165   void UpdateLandmarks();
 166   void ForceUpdateDisplayExtent();
 167
 168   int* GetDisplayExtent();
 169   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 170    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 171   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 172   ///Toggle temporal superposition of contours
 173   void ToggleContourSuperposition();
 174
 175   virtual void SetColorWindow(double s);
 176   virtual void SetColorLevel(double s);
 177
 178   double GetOverlayColorWindow();
 179   double GetOverlayColorLevel();
 180   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 181
 182   void SetOverlayColorWindow(double s);
 183   void SetOverlayColorLevel(double s);
 184   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 185
 186   /**
 187    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 188    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 189    * are returned by GetExtent
 190    * */
 191   void EnableReducedExtent(bool b);
 192   void SetReducedExtent(int * ext);
 193
 194   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 195   int GetOrientation();
 196   int * GetExtent();
 197
 198   double* GetVFColor() {
 199     return mVFColor;
 200   }
 201   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 202
 203 protected:
 204   vvSlicer();
 205   ~vvSlicer();
 206
 207   std::string mFileName;
 208   vvImage::Pointer mImage;
 209   vvImage::Pointer mOverlay;
 210   vvImage::Pointer mFusion;
 211   vvImage::Pointer mVF;
 212
 213   vvLandmarks* mLandmarks;
 214
 215   //                         __________ Image coordinates accounting for spacing and origin
 216   //                            Λ  Λ
 217   //                            |  | vvImage.GetTransform()
 218   //                            |  |
 219   // GetConcatenatedTransform() | _|___ VV world coordinates (mm) (displayed in VV)             mCurrentBeforeSlicingTransform
 220   //                            |  Λ
 221   //                            |  | GetSlicingTransform()
 222   //                            |  |
 223   //                         ___|__|___ VTK world coordinates (mm) (never displayed)            mCurrent
 224
 225   vtkSmartPointer<vtkTransform> mSlicingTransform;
 226   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 227   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedTransform;
 228   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 229   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedOverlayTransform;
 230   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 231   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 232   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 233   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedFusionTransform;
 234   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 235   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 236   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 237   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 238   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 239   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 240   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 241   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 242   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 243   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 244   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 245   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 246   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 247   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 248   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 249   vtkSmartPointer<vvClipPolyData> mLandClipper;
 250   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 251   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 252   std::vector<vtkSmartPointer<vtkCaptionActor2D> > mLandLabelActors;
 253   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 254   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 255   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 256
 257   int mCurrentTSlice;
 258   int mCurrentFusionTSlice;
 259   int mCurrentOverlayTSlice;
 260   double mCurrent[3];
 261   double mCurrentBeforeSlicingTransform[3];
 262   double mCursor[4];
 263   int mSubSampling;
 264   int mScale;
 265   int mVFLog;
 266   int mVFWidth;
 267   double mVFColor[3];
 268   bool mUseReducedExtent;
 269   int * mReducedExtent;
 270   int * mInitialExtent;
 271   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 272   bool showFusionLegend;
 273
 274 private:
 275   void UpdateOrientation();
 276   void UpdateDisplayExtent();
 277   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 278                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 279   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 280   void SetContourSlice();
 281
 282
 283 };
 284 #endif