vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include <QString> //TODO delete
  24 #include <QMessageBox>
  25
  26 #include "vvLandmarks.h"
  27 #include "vvImage.h"
  28 #include "vvMesh.h"
  29 #include "vvMeshActor.h"
  30 #include "vvClipPolyData.h"
  31
  32 #include <vtkSmartPointer.h>
  33 #include <vtkImageViewer2.h>
  34 #include <vtkImageReslice.h>
  35 #include <vtkImageMapToColors.h>
  36 #include <vtkCaptionActor2D.h>
  37
  38 class vtkActor;
  39 class vtkActor2D;
  40 class vtkCursor2D;
  41 class vtkPolyDataMapper2D;
  42 class vtkProperty2D;
  43 class vtkClipPolyData;
  44 class vtkImageActor;
  45 class vvBlendImageActor;
  46 class vtkBox;
  47 class vtkCornerAnnotation;
  48 class vtkExtractVOI;
  49 class vtkPolyDataMapper2D;
  50 class vtkPolyDataMapper;
  51 class vtkGlyph3D;
  52 class vvGlyph2D;
  53 class vvGlyphSource;
  54 class vtkCursor3D;
  55 class vtkCutter;
  56 class vtkAssignAttribute;
  57 class vtkScalarBarActor;
  58 class vtkTransform;
  59 class vtkImageReslice;
  60
  61 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  62 {
  63 public:
  64   static vvSlicer *New();
  65   vtkTypeMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  66   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  67
  68   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  69   vvImage::Pointer GetImage() {
  70     return mImage;
  71   }
  72
  73   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  74   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  75     return mOverlay;
  76   }
  77   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  78   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  79   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  80   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  81   vtkActor* GetVFActor() ;
  82   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  83
  84   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion, int fusionSequenceCode = -1);
  85   vvImage::Pointer GetFusion() {
  86     return mFusion;
  87   }
  88   void ShowFusionLegend(bool show) { showFusionLegend = show; }
  89
  90   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  91      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  92      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  93   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  94   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  95   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  96
  97   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  98   vvImage *GetVF() {
  99     return mVF;
 100   }
 101
 102   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
 103   void SetTSlice(int t, bool updateLinkedImages = true);
 104
 105   void SetFusionSequenceTSlice(int t);
 106
 107   void SetSliceOrientation(int orientation);
 108   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 109   int GetTSlice();
 110   int GetFusionTSlice();
 111   int GetOverlayTSlice();
 112   int GetMaxCurrentTSlice();
 113   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 114   void SetSlice(int s);
 115   int GetTMax();
 116
 117   void SetOpacity(double s);
 118   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 119   void SetDisplayMode(bool i);
 120   void FlipHorizontalView();
 121   void FlipVerticalView();
 122   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 123   void Render();
 124   ///Sets the camera to fit the image in the window
 125   void ResetCamera();
 126
 127   void SetVFSubSampling(int sub);
 128   int GetVFSubSampling() {
 129     return mSubSampling;
 130   }
 131   void SetVFScale(int scale);
 132   void SetVFWidth(int width);
 133   int GetVFScale() {
 134     return mScale;
 135   }
 136   void SetVFLog(int log);
 137   int GetVFLog() {
 138     return mVFLog;
 139   }
 140
 141   void SetFileName(std::string filename) {
 142     mFileName = filename;
 143   }
 144   std::string GetFileName() {
 145     return mFileName;
 146   }
 147
 148   double* GetCursorPosition() {
 149     return mCursor;
 150   }
 151   vtkTransform * GetSlicingTransform() { return mSlicingTransform; }
 152   vtkTransform * GetConcatenatedTransform() { return mConcatenatedTransform; }
 153   vtkTransform * GetConcatenatedFusionTransform() { return mConcatenatedFusionTransform; }
 154   vtkTransform * GetConcatenatedOverlayTransform() { return mConcatenatedOverlayTransform; }
 155
 156   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 157   double* GetCurrentPosition();
 158
 159   void UpdateCursorPosition();
 160   void SetCursorVisibility(bool s);
 161
 162   bool GetCursorVisibility();
 163   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 164
 165   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 166   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 167
 168   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image, vtkTransform *transform);
 169
 170   void UpdateLandmarks();
 171   void ForceUpdateDisplayExtent();
 172
 173   int* GetDisplayExtent();
 174   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 175    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 176   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 177   ///Toggle temporal superposition of contours
 178   void ToggleContourSuperposition();
 179
 180   virtual void SetColorWindow(double s);
 181   virtual void SetColorLevel(double s);
 182
 183   double GetOverlayColorWindow();
 184   double GetOverlayColorLevel();
 185   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 186
 187   void SetOverlayColorWindow(double s);
 188   void SetOverlayColorLevel(double s);
 189   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 190
 191   /**
 192    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 193    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 194    * are returned by GetExtent
 195    * */
 196   void EnableReducedExtent(bool b);
 197   void SetReducedExtent(int * ext);
 198
 199   bool ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 200   int GetOrientation();
 201   int * GetExtent();
 202
 203   double* GetVFColor() {
 204     return mVFColor;
 205   }
 206   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 207
 208   //necessary to flag the secondary sequence
 209   void SetFusionSequenceCode(int code) {mFusionSequenceCode=code;}
 210   void SetRegisterExtent(int [6]);
 211   void GetRegisterExtent(int [6]);
 212
 213 protected:
 214   vvSlicer();
 215   ~vvSlicer();
 216
 217   std::string mFileName;
 218   vvImage::Pointer mImage;
 219   vvImage::Pointer mOverlay;
 220   vvImage::Pointer mFusion;
 221   vvImage::Pointer mVF;
 222
 223   vvLandmarks* mLandmarks;
 224
 225   int mFusionSequenceCode; //-1: not involved in a fusion sequence, 0: main sequence (CT), 1: secondary sequence (US)
 226
 227   //                         __________ Image coordinates accounting for spacing and origin
 228   //                            Λ  Λ
 229   //                            |  | vvImage.GetTransform()
 230   //                            |  |
 231   // GetConcatenatedTransform() | _|___ VV world coordinates (mm) (displayed in VV)             mCurrentBeforeSlicingTransform
 232   //                            |  Λ
 233   //                            |  | GetSlicingTransform()
 234   //                            |  |
 235   //                         ___|__|___ VTK world coordinates (mm) (never displayed)            mCurrent
 236
 237   vtkSmartPointer<vtkTransform> mSlicingTransform;
 238   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 239   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedTransform;
 240   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 241   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedOverlayTransform;
 242   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 243   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 244   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 245   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedFusionTransform;
 246   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 247   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 248   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 249   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 250   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 251   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 252   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 253   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 254   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 255   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 256   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 257   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 258   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 259   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 260   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 261   vtkSmartPointer<vvClipPolyData> mLandClipper;
 262   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 263   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 264   std::vector<vtkSmartPointer<vtkCaptionActor2D> > mLandLabelActors;
 265   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 266   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 267   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 268
 269   int mCurrentTSlice;
 270   int mCurrentFusionTSlice;
 271   int mCurrentOverlayTSlice;
 272   double mCurrent[3];
 273   double mCurrentBeforeSlicingTransform[3];
 274   double mCursor[4];
 275   int mSubSampling;
 276   int mScale;
 277   int mVFLog;
 278   int mVFWidth;
 279   double mVFColor[3];
 280   bool mUseReducedExtent;
 281   int * mReducedExtent;
 282   int * mRegisterExtent;
 283   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 284   bool showFusionLegend;
 285
 286 private:
 287   void UpdateOrientation();
 288   void UpdateDisplayExtent();
 289   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkInformation *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 290                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 291   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 292                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 293   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 294   void SetContourSlice();
 295
 296   // Visibility of the different elements that can be set from outside the object.
 297   // Note that vvSlicer also check if the element is to be displayed according to
 298   // the extent of the displayed object.
 299   // These members have been introduced to fix Bug #1883.
 300   bool mImageVisibility;
 301   bool mOverlayVisibility;
 302   bool mFusionVisibility;
 303   bool mVFVisibility;
 304   bool mFirstSetSliceOrientation;
 305 };
 306 #endif