vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27
  28 #include <vtkSmartPointer.h>
  29 #include <vtkImageViewer2.h>
  30 #include <vtkImageReslice.h>
  31 #include <vtkImageMapToColors.h>
  32
  33 class vtkActor;
  34 class vtkActor2D;
  35 class vtkCursor2D;
  36 class vtkPolyDataMapper2D;
  37 class vtkProperty2D;
  38 class vtkClipPolyData;
  39 class vtkImageActor;
  40 class vvBlendImageActor;
  41 class vtkBox;
  42 class vtkCornerAnnotation;
  43 class vtkExtractVOI;
  44 class vtkPolyDataMapper2D;
  45 class vtkPolyDataMapper;
  46 class vtkGlyph3D;
  47 class vvGlyph2D;
  48 class vvGlyphSource;
  49 class vtkCursor3D;
  50 class vtkCutter;
  51 class vtkAssignAttribute;
  52 class vtkScalarBarActor;
  53 class vtkTransform;
  54 class vtkImageReslice;
  55
  56 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  57 {
  58 public:
  59   static vvSlicer *New();
  60   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  61   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  62
  63   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  64   vvImage::Pointer GetImage() {
  65     return mImage;
  66   }
  67
  68   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  69   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  70     return mOverlay;
  71   }
  72   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  73   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  74   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  75   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  76   vtkActor* GetVFActor() ;
  77   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  78
  79   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  80   vvImage::Pointer GetFusion() {
  81     return mFusion;
  82   }
  83   void ShowFusionLegend(bool show) { showFusionLegend = show; }
  84
  85   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  86      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  87      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  88   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  89   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  90   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  91
  92   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  93   vvImage *GetVF() {
  94     return mVF;
  95   }
  96
  97   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
  98   void SetTSlice(int t);
  99   void SetSliceOrientation(int orientation);
 100   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 101   int GetTSlice();
 102   int GetFusionTSlice();
 103   int GetOverlayTSlice();
 104   int GetMaxCurrentTSlice();
 105   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 106   void SetSlice(int s);
 107   int GetTMax();
 108
 109   void SetOpacity(double s);
 110   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 111   void SetDisplayMode(bool i);
 112   void FlipHorizontalView();
 113   void FlipVerticalView();
 114   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 115   void Render();
 116   ///Sets the camera to fit the image in the window
 117   void ResetCamera();
 118
 119   void SetVFSubSampling(int sub);
 120   int GetVFSubSampling() {
 121     return mSubSampling;
 122   }
 123   void SetVFScale(int scale);
 124   void SetVFWidth(int width);
 125   int GetVFScale() {
 126     return mScale;
 127   }
 128   void SetVFLog(int log);
 129   int GetVFLog() {
 130     return mVFLog;
 131   }
 132
 133   void SetFileName(std::string filename) {
 134     mFileName = filename;
 135   }
 136   std::string GetFileName() {
 137     return mFileName;
 138   }
 139
 140   double* GetCursorPosition() {
 141     return mCursor;
 142   }
 143
 144   vtkTransform * GetSlicingTransform() { return mSlicingTransform; }
 145   vtkTransform * GetConcatenatedTransform() { return mConcatenatedTransform; }
 146   vtkTransform * GetConcatenatedFusionTransform() { return mConcatenatedFusionTransform; }
 147   vtkTransform * GetConcatenatedOverlayTransform() { return mConcatenatedOverlayTransform; }
 148
 149   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 150   double* GetCurrentPosition();
 151
 152   void UpdateCursorPosition();
 153   void SetCursorVisibility(bool s);
 154
 155   bool GetCursorVisibility();
 156   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 157
 158   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 159   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 160
 161   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image, vtkTransform *transform);
 162
 163   void UpdateLandmarks();
 164   void ForceUpdateDisplayExtent();
 165
 166   int* GetDisplayExtent();
 167   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 168    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 169   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 170   ///Toggle temporal superposition of contours
 171   void ToggleContourSuperposition();
 172
 173   virtual void SetColorWindow(double s);
 174   virtual void SetColorLevel(double s);
 175
 176   double GetOverlayColorWindow();
 177   double GetOverlayColorLevel();
 178   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 179
 180   void SetOverlayColorWindow(double s);
 181   void SetOverlayColorLevel(double s);
 182   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 183
 184   /**
 185    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 186    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 187    * are returned by GetExtent
 188    * */
 189   void EnableReducedExtent(bool b);
 190   void SetReducedExtent(int * ext);
 191
 192   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 193   int GetOrientation();
 194   int * GetExtent();
 195
 196   double* GetVFColor() {
 197     return mVFColor;
 198   }
 199   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 200
 201 protected:
 202   vvSlicer();
 203   ~vvSlicer();
 204
 205   std::string mFileName;
 206   vvImage::Pointer mImage;
 207   vvImage::Pointer mOverlay;
 208   vvImage::Pointer mFusion;
 209   vvImage::Pointer mVF;
 210
 211   vvLandmarks* mLandmarks;
 212
 213   //                         __________ Image coordinates accounting for spacing and origin
 214   //                            Λ  Λ
 215   //                            |  | vvImage.GetTransform()
 216   //                            |  |
 217   // GetConcatenatedTransform() | _|___ VV world coordinates (mm) (displayed in VV)             mCurrentBeforeSlicingTransform
 218   //                            |  Λ
 219   //                            |  | GetSlicingTransform()
 220   //                            |  |
 221   //                         ___|__|___ VTK world coordinates (mm) (never displayed)            mCurrent
 222
 223   vtkSmartPointer<vtkTransform> mSlicingTransform;
 224   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 225   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedTransform;
 226   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 227   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedOverlayTransform;
 228   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 229   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 230   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 231   vtkSmartPointer<vtkTransform> mConcatenatedFusionTransform;
 232   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 233   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 234   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 235   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 236   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 237   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 238   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 239   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 240   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 241   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 242   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 243   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 244   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 245   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 246   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 247   vtkSmartPointer<vtkClipPolyData> mLandClipper;
 248   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 249   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 250   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 251   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 252   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 253
 254   int mCurrentTSlice;
 255   int mCurrentFusionTSlice;
 256   int mCurrentOverlayTSlice;
 257   double mCurrent[3];
 258   double mCurrentBeforeSlicingTransform[3];
 259   double mCursor[4];
 260   int mSubSampling;
 261   int mScale;
 262   int mVFLog;
 263   int mVFWidth;
 264   double mVFColor[3];
 265   bool mUseReducedExtent;
 266   int * mReducedExtent;
 267   int * mInitialExtent;
 268   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 269   bool showFusionLegend;
 270
 271 private:
 272   void UpdateOrientation();
 273   void UpdateDisplayExtent();
 274   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 275                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 276   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 277   void SetContourSlice();
 278
 279
 280 };
 281 #endif