vv/vvSlicer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef __vvSlicer_h
  19 #define __vvSlicer_h
  20 #include <iostream>
  21 #include <vector>
  22
  23 #include "vvLandmarks.h"
  24 #include "vvImage.h"
  25 #include "vvMesh.h"
  26 #include "vvMeshActor.h"
  27
  28 #include <vtkSmartPointer.h>
  29 #include <vtkImageViewer2.h>
  30 #include <vtkImageReslice.h>
  31 #include <vtkImageMapToColors.h>
  32
  33 class vtkActor;
  34 class vtkActor2D;
  35 class vtkCursor2D;
  36 class vtkPolyDataMapper2D;
  37 class vtkProperty2D;
  38 class vtkClipPolyData;
  39 class vtkImageActor;
  40 class vvBlendImageActor;
  41 class vtkBox;
  42 class vtkCornerAnnotation;
  43 class vtkExtractVOI;
  44 class vtkPolyDataMapper2D;
  45 class vtkPolyDataMapper;
  46 class vtkGlyph3D;
  47 class vvGlyph2D;
  48 class vvGlyphSource;
  49 class vtkCursor3D;
  50 class vtkCutter;
  51 class vtkAssignAttribute;
  52 class vtkScalarBarActor;
  53 class vtkTransform;
  54 class vtkImageReslice;
  55
  56 class vvSlicer: public vtkImageViewer2
  57 {
  58 public:
  59   static vvSlicer *New();
  60   vtkTypeRevisionMacro(vvSlicer,vtkImageViewer2);
  61   void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  62
  63   void SetImage(vvImage::Pointer inputImages);
  64   vvImage::Pointer GetImage() {
  65     return mImage;
  66   }
  67
  68   void SetOverlay(vvImage::Pointer inputOverlay);
  69   vvImage::Pointer GetOverlay() {
  70     return mOverlay;
  71   }
  72   vtkImageMapToWindowLevelColors* GetOverlayMapper();
  73   vvBlendImageActor* GetOverlayActor() ;
  74   vtkImageMapToColors* GetFusionMapper() ;
  75   vtkImageActor* GetFusionActor() ;
  76   vtkActor* GetVFActor() ;
  77   vtkCornerAnnotation* GetAnnotation();
  78
  79   void SetFusion(vvImage::Pointer inputFusion);
  80   vvImage::Pointer GetFusion() {
  81     return mFusion;
  82   }
  83
  84   /**Get/Set an actor's visibility ("overlay, fusion, vf, contour...")
  85      Overlay index is the index of the overlay by type, eg. if there are
  86      5 contours and we want to activate the 3rd one, pass 2 **/
  87   bool GetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  88   void SetActorVisibility(const std::string& actor_type, int overlay_index,bool vis);
  89   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
  90
  91   void SetVF(vvImage::Pointer vf);
  92   vvImage *GetVF() {
  93     return mVF;
  94   }
  95
  96   void SetLandmarks(vvLandmarks* landmarks);
  97   void SetTSlice(int t);
  98   void SetSliceOrientation(int orientation);
  99   void AdjustResliceToSliceOrientation(vtkImageReslice *reslice);
 100   int GetTSlice();
 101   ///Reimplemented from vtkImageViewer2 to add polydata support
 102   void SetSlice(int s);
 103   int GetTMax() {
 104     return (unsigned int)mImage->GetVTKImages().size() - 1;
 105   }
 106
 107   void SetOpacity(double s);
 108   void SetRenderWindow(int orientation, vtkRenderWindow * rw);
 109   void SetDisplayMode(bool i);
 110   void FlipHorizontalView();
 111   void FlipVerticalView();
 112   static double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int &ix, int &iy, int &iz, int component=0);
 113   void Render();
 114   ///Sets the camera to fit the image in the window
 115   void ResetCamera();
 116
 117   void SetVFSubSampling(int sub);
 118   int GetVFSubSampling() {
 119     return mSubSampling;
 120   }
 121   void SetVFScale(int scale);
 122   void SetVFWidth(int width);
 123   int GetVFScale() {
 124     return mScale;
 125   }
 126   void SetVFLog(int log);
 127   int GetVFLog() {
 128     return mVFLog;
 129   }
 130
 131   void SetFileName(std::string filename) {
 132     mFileName = filename;
 133   }
 134   std::string GetFileName() {
 135     return mFileName;
 136   }
 137
 138   double* GetCursorPosition() {
 139     return mCursor;
 140   }
 141
 142   void SetCurrentPosition(double x, double y, double z, int t);
 143   double* GetCurrentPosition() {
 144     return mCurrent;
 145   }
 146
 147   void UpdateCursorPosition();
 148   void SetCursorVisibility(bool s);
 149
 150   bool GetCursorVisibility();
 151   void SetCursorColor(int r,int g, int b);
 152
 153   void SetCornerAnnotationVisibility(bool s);
 154   bool GetCornerAnnotationVisibility();
 155
 156   void GetExtremasAroundMousePointer(double & min, double & max, vtkImageData *image);
 157
 158   void UpdateLandmarks();
 159   void ForceUpdateDisplayExtent();
 160
 161   int* GetDisplayExtent();
 162   /**Add a polydata to be displayed as a contour over the image
 163    ** the contour can be propagated to a time sequence using a motion field */
 164   void AddContour(vvMesh::Pointer contours,bool propagate);
 165   ///Toggle temporal superposition of contours
 166   void ToggleContourSuperposition();
 167
 168   virtual void SetColorWindow(double s);
 169   virtual void SetColorLevel(double s);
 170
 171   double GetOverlayColorWindow();
 172   double GetOverlayColorLevel();
 173   bool GetLinkOverlayWindowLevel() { return mLinkOverlayWindowLevel; }
 174
 175   void SetOverlayColorWindow(double s);
 176   void SetOverlayColorLevel(double s);
 177   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b) { mLinkOverlayWindowLevel = b; }
 178
 179   /**
 180    * When it is enabled, beware of a call to GetExtent.
 181    * we must have setted mReducedExtent otherwhise random values
 182    * are returned by GetExtent
 183    * */
 184   void EnableReducedExtent(bool b);
 185   void SetReducedExtent(int * ext);
 186
 187   void ClipDisplayedExtent(int extent[6], int refExtent[6]);
 188   int GetOrientation();
 189   int * GetExtent();
 190
 191   double* GetVFColor() {
 192     return mVFColor;
 193   }
 194   void SetVFColor(double r, double g, double b);
 195
 196 protected:
 197   vvSlicer();
 198   ~vvSlicer();
 199
 200   std::string mFileName;
 201   vvImage::Pointer mImage;
 202   vvImage::Pointer mOverlay;
 203   vvImage::Pointer mFusion;
 204   vvImage::Pointer mVF;
 205
 206   vvLandmarks* mLandmarks;
 207
 208   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mImageReslice;
 209   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mOverlayReslice;
 210   vtkSmartPointer<vtkImageMapToWindowLevelColors> mOverlayMapper;
 211   vtkSmartPointer<vvBlendImageActor> mOverlayActor;
 212   vtkSmartPointer<vtkImageReslice> mFusionReslice;
 213   vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> mFusionMapper;
 214   vtkSmartPointer<vtkImageActor> mFusionActor;
 215   vtkSmartPointer<vtkCornerAnnotation> ca;
 216   vtkSmartPointer<vtkCursor2D> crossCursor;
 217   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper2D> pdm;
 218   vtkSmartPointer<vtkActor2D> pdmA;
 219   vtkSmartPointer<vvGlyphSource> mArrow;
 220   vtkSmartPointer<vtkAssignAttribute> mAAFilter;
 221   vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> mVOIFilter;
 222   vtkSmartPointer<vvGlyph2D> mGlyphFilter;
 223   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mVFMapper;
 224   vtkSmartPointer<vtkLookupTable> mVFColorLUT;
 225   vtkSmartPointer<vtkActor> mVFActor;
 226   vtkSmartPointer<vtkGlyph3D> mLandGlyph;
 227   vtkSmartPointer<vtkCursor3D> mCross;
 228   vtkSmartPointer<vtkClipPolyData> mLandClipper;
 229   vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> mLandMapper;
 230   vtkSmartPointer<vtkActor> mLandActor;
 231   vtkSmartPointer<vtkBox> mClipBox;
 232   vtkSmartPointer<vtkScalarBarActor> legend;
 233   std::vector<vvMeshActor*> mSurfaceCutActors;
 234
 235   int mCurrentTSlice;
 236   double mCurrent[3];
 237   double mCursor[4];
 238   int mSubSampling;
 239   int mScale;
 240   int mVFLog;
 241   int mVFWidth;
 242   double mVFColor[3];
 243   bool mUseReducedExtent;
 244   int * mReducedExtent;
 245   int * mInitialExtent;
 246   bool mLinkOverlayWindowLevel;
 247
 248 private:
 249   void UpdateOrientation();
 250   void UpdateDisplayExtent();
 251   void ConvertImageToImageDisplayExtent(vtkImageData *sourceImage, const int sourceExtent[6],
 252                                         vtkImageData *targetImage, int targetExtent[6]);
 253   ///Sets the surfaces to be cut on the image slice: update the vtkCutter
 254   void SetContourSlice();
 255
 256
 257 };
 258 #endif