vv/vvSlicerManager.cxx

   1 /*=========================================================================\r
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv\r
   3 \r
   4   Authors belong to:\r
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/\r
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr\r
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr\r
   8 \r
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even\r
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.\r
  12 \r
  13   It is distributed under dual licence\r
  14 \r
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file\r
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html\r
  17   ======================================================================-====*/\r
  18 \r
  19 #include "vvSlicerManager.h"\r
  20 #include "vvSlicer.h"\r
  21 #include "vvImage.h"\r
  22 #include "vvSlicerManagerCommand.h"\r
  23 #include "vvInteractorStyleNavigator.h"\r
  24 #include "vvLandmarks.h"\r
  25 #include "vvMesh.h"\r
  26 #include "vvBlendImageActor.h"\r
  27 \r
  28 #include <vtkImageActor.h>\r
  29 #include <vtkImageData.h>\r
  30 #include <vtkRenderWindow.h>\r
  31 #include <vtkRendererCollection.h>\r
  32 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>\r
  33 #include <vtkImageMapToWindowLevelColors.h>\r
  34 #include <vtkWindowLevelLookupTable.h>\r
  35 #include <vtkColorTransferFunction.h>\r
  36 #include <vtkImageClip.h>\r
  37 #include <vtkLODActor.h>\r
  38 #include <vtkPointData.h>\r
  39 #include <vtksys/SystemTools.hxx>\r
  40 #include <vtkCamera.h>\r
  41 \r
  42 #include <qfileinfo.h>\r
  43 #include <QMessageBox>\r
  44 //----------------------------------------------------------------------------\r
  45 vvSlicerManager::vvSlicerManager(int numberOfSlicers)\r
  46 {\r
  47   mFileName = "";\r
  48   mId = "";\r
  49   mVFName = "";\r
  50   mOverlayName = "";\r
  51   mFusionName = "";\r
  52   mVFId = "";\r
  53   mLastError = "";\r
  54   mType = vvImageReader::UNDEFINEDIMAGETYPE;\r
  55   mColorMap = 0;\r
  56   mPreset = 0;\r
  57   mOverlayColor = 130;\r
  58 \r
  59   mFusionOpacity = 30;\r
  60   mFusionThresOpacity = 1;\r
  61   mFusionColorMap = 3;\r
  62   mFusionWindow = 1000;\r
  63   mFusionLevel = 1000;\r
  64   mFusionShowLegend = true;\r
  65   \r
  66   mFusionSequenceInvolvementCode = -1;\r
  67   mFusionSequenceIndexLinkedManager = -1;\r
  68   mFusionSequenceFrameIndex = -1;\r
  69   mFusionSequenceNbFrames = 0;\r
  70   mFusionSequenceSpatialSyncFlag = false;\r
  71   mFusionSequenceTemporalSyncFlag = false;\r
  72 \r
  73   mLandmarks = NULL;\r
  74   mLinkedId.resize(0);\r
  75 \r
  76   for ( int i = 0; i < numberOfSlicers; i++)\r
  77     mSlicers.push_back(vtkSmartPointer<vvSlicer>::New());\r
  78   mSelectedSlicer = -1;\r
  79   \r
  80   mPreviousSlice.resize(numberOfSlicers);\r
  81   mPreviousTSlice.resize(numberOfSlicers);\r
  82   mSlicingPreset = WORLD_SLICING;\r
  83 \r
  84   \r
  85 }\r
  86 //----------------------------------------------------------------------------\r
  87 \r
  88 \r
  89 //----------------------------------------------------------------------------\r
  90 vvSlicerManager::~vvSlicerManager()\r
  91 {\r
  92   if (mLandmarks)\r
  93     delete mLandmarks;\r
  94 }\r
  95 //----------------------------------------------------------------------------\r
  96 \r
  97 \r
  98 //------------------------------------------------------------------------------\r
  99 void vvSlicerManager::SetFilename(std::string filename, int number)\r
 100 {\r
 101   mFileName = filename;\r
 102   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 103   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 104   mBaseFileNameNumber = number;\r
 105 \r
 106   mFileName = mBaseFileName;\r
 107   if (number != 0) {\r
 108     mFileName.append("_"+clitk::toString(number));\r
 109   }\r
 110   mFileName.append(vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(filename));\r
 111 \r
 112   for(unsigned int i=0; i<mSlicers.size(); i++) {\r
 113     mSlicers[i]->SetFileName(mFileName);//vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 114   }\r
 115   \r
 116 }\r
 117 //------------------------------------------------------------------------------\r
 118 \r
 119 \r
 120 //----------------------------------------------------------------------------\r
 121 void vvSlicerManager::AddContour(vvMesh::Pointer contour,bool propagate)\r
 122 {\r
 123   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 124     mSlicers[i]->AddContour(contour,propagate);\r
 125   }\r
 126 }\r
 127 //----------------------------------------------------------------------------\r
 128 \r
 129 \r
 130 //----------------------------------------------------------------------------\r
 131 void vvSlicerManager::ToggleContourSuperposition()\r
 132 {\r
 133   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
 134     mSlicers[i]->ToggleContourSuperposition();\r
 135 }\r
 136 //----------------------------------------------------------------------------\r
 137 \r
 138 //----------------------------------------------------------------------------\r
 139 std::string vvSlicerManager::GetListOfAbsoluteFilePathInOneString(const std::string &actorType)\r
 140 {\r
 141   vvImageReader *reader = NULL;\r
 142 \r
 143   if(actorType=="image")\r
 144     reader = mReader;\r
 145   else if(actorType=="overlay")\r
 146     reader = mOverlayReader;\r
 147   else if(actorType=="fusion")\r
 148     reader = mFusionReader;\r
 149   else if(actorType=="vector")\r
 150     reader = mVectorReader;\r
 151   else if(actorType=="fusionSequence")\r
 152         reader = mFusionSequenceReader;\r
 153 \r
 154   if(!reader)\r
 155     return "";\r
 156 \r
 157   std::string list;\r
 158   for(unsigned int i=0; i<reader->GetInputFilenames().size(); i++){\r
 159     QFileInfo fileinfo(reader->GetInputFilenames()[i].c_str()); //Do not show the path\r
 160     if(i)\r
 161       list += '\n';\r
 162     list += fileinfo.absoluteFilePath().toStdString();\r
 163   }\r
 164   return list;\r
 165 }\r
 166 //----------------------------------------------------------------------------\r
 167 \r
 168 \r
 169 //----------------------------------------------------------------------------\r
 170 bool vvSlicerManager::SetImage(std::string filename, vvImageReader::LoadedImageType type, int n, unsigned int slice)\r
 171 {\r
 172   mType = type;\r
 173   if (mReader.IsNull())\r
 174     mReader = vvImageReader::New();\r
 175   std::vector<std::string> filenames;\r
 176   filenames.push_back(filename);\r
 177   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 178   mReader->SetSlice(slice); // Only used for SLICED type\r
 179   mReader->Update(type);\r
 180 \r
 181   SetFilename(filename, n);\r
 182   //  mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 183   //mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 184   //mBaseFileNameNumber = n;\r
 185 \r
 186   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 187     mImage=mReader->GetOutput();\r
 188     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 189       mSlicers[i]->SetFileName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 190       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 191     }\r
 192   } else {\r
 193     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 194     return false;\r
 195   }\r
 196   // if (n!=0) {\r
 197   //   mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 198   // }\r
 199   return true;\r
 200 }\r
 201 //----------------------------------------------------------------------------\r
 202 \r
 203 \r
 204 //----------------------------------------------------------------------------\r
 205 void vvSlicerManager::SetImage(vvImage::Pointer image)\r
 206 {\r
 207   mImage=image;\r
 208   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 209     mSlicers[i]->SetImage(image);\r
 210   }\r
 211 }\r
 212 //----------------------------------------------------------------------------\r
 213 \r
 214 \r
 215 //----------------------------------------------------------------------------\r
 216 bool vvSlicerManager::SetImages(std::vector<std::string> filenames, vvImageReader::LoadedImageType type, int n)\r
 217 {\r
 218   mType = type;\r
 219   std::string fileWithoutExtension = vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(filenames[0]);\r
 220   if (type == vvImageReader::DICOM)\r
 221     fileWithoutExtension += "_dicom";\r
 222   else if (type == vvImageReader::MERGED)\r
 223     fileWithoutExtension += "_merged";\r
 224   else if (type == vvImageReader::MERGEDWITHTIME)\r
 225     fileWithoutExtension += "_merged_wt";\r
 226 \r
 227   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 228   mFileName = fileWithoutExtension + vtksys::SystemTools::GetFilenameExtension(filenames[0]);\r
 229   if (mReader.IsNull())\r
 230     mReader = vvImageReader::New();\r
 231   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 232   mReader->Update(type);\r
 233 \r
 234   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 235   mBaseFileNameNumber = n;\r
 236 \r
 237   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 238     mImage=mReader->GetOutput();\r
 239     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 240       mSlicers[i]->SetFileName(fileWithoutExtension);\r
 241       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 242     }\r
 243   } else {\r
 244     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 245     return false;\r
 246   }\r
 247   if (n!=0) {\r
 248     mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 249   }\r
 250   return true;\r
 251 }\r
 252 //----------------------------------------------------------------------------\r
 253 \r
 254 \r
 255 //----------------------------------------------------------------------------\r
 256 bool vvSlicerManager::SetOverlay(std::vector<std::string> filenames,int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 257 {\r
 258   mOverlayName = filenames[0];\r
 259   mOverlayComponent = component;\r
 260   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 261     mLastError = " Overlay dimension cannot be greater than reference image!";\r
 262     return false;\r
 263   }\r
 264   if (mOverlayReader.IsNull())\r
 265     mOverlayReader = vvImageReader::New();\r
 266   mOverlayReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 267   mOverlayReader->Update(type);\r
 268   if (mOverlayReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 269     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 270       mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
 271     }\r
 272   } else {\r
 273     mLastError = mOverlayReader->GetLastError();\r
 274     return false;\r
 275   }\r
 276   return true;\r
 277 }\r
 278 //----------------------------------------------------------------------------\r
 279 \r
 280 \r
 281 //----------------------------------------------------------------------------\r
 282 bool vvSlicerManager::SetFusion(std::string filename,int dim, std::string component)\r
 283 {\r
 284   mFusionName = filename;\r
 285   mFusionComponent = component;\r
 286   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 287     mLastError = " Overlay dimension cannot be greater then reference image!";\r
 288     return false;\r
 289   }\r
 290   if (mFusionReader.IsNull())\r
 291     mFusionReader = vvImageReader::New();\r
 292   std::vector<std::string> filenames;\r
 293   filenames.push_back(filename);\r
 294   mFusionReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 295   mFusionReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),component.c_str(),mType);\r
 296   if (mFusionReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 297     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 298       mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
 299     }\r
 300   } else {\r
 301     mLastError = mFusionReader->GetLastError();\r
 302     return false;\r
 303   }\r
 304   double *fusRange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 305   mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 306   mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 307 \r
 308   return true;\r
 309 }\r
 310 //----------------------------------------------------------------------------\r
 311 \r
 312 //----------------------------------------------------------------------------\r
 313 //this function is called by vvMainWindow::AddFusionSequence for the primary sequence (CT), while the given files constitute the secondary sequence.\r
 314 bool vvSlicerManager::SetFusionSequence(std::vector<std::string> filenames, int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 315 {\r
 316         mFusionSequenceInvolvementCode = 0;\r
 317 \r
 318         mFusionName = filenames[0];\r
 319         mFusionComponent = component;\r
 320 \r
 321         if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 322                 mLastError = " Fusion Sequence dimension cannot be greater than reference image!";\r
 323                 return false;\r
 324         }\r
 325 \r
 326         if (mFusionSequenceReader.IsNull())\r
 327                 mFusionSequenceReader = vvImageReader::New();\r
 328 \r
 329         mFusionSequenceReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 330         mFusionSequenceReader->Update(type);\r
 331 \r
 332 \r
 333         if (mFusionSequenceReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 334                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 335                         mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 336                 }\r
 337         } else {\r
 338                 mLastError = mFusionSequenceReader->GetLastError();\r
 339                 return false;\r
 340         }\r
 341         double *fusRange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 342         mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 343         mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 344 \r
 345         //store the initial transform matrices of each frame, and reset them to identity\r
 346         mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
 347         for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size() ; i++) {\r
 348                 AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
 349                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 350                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Update();\r
 351         }\r
 352 \r
 353         //adjust the time slider in the overlay panel\r
 354         mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size()-1; //actually, this is the maximum index...\r
 355         mFusionSequenceFrameIndex = std::max<int>( 0, std::min<int>(mFusionSequenceFrameIndex, mFusionSequenceNbFrames));\r
 356 \r
 357         return true;\r
 358 }\r
 359 //----------------------------------------------------------------------------\r
 360 \r
 361 \r
 362 //----------------------------------------------------------------------------\r
 363 bool vvSlicerManager::SetVF(std::string filename)\r
 364 {\r
 365   if (mVectorReader.IsNull())\r
 366     mVectorReader = vvImageReader::New();\r
 367   mVectorReader->SetInputFilename(filename);\r
 368   \r
 369   if (mType == vvImageReader::IMAGEWITHTIME)\r
 370     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELDWITHTIME);\r
 371   else\r
 372     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD);\r
 373   if (mVectorReader->GetLastError().size() != 0) {\r
 374     mLastError = mVectorReader->GetLastError();\r
 375     return false;\r
 376   } else\r
 377     return SetVF(mVectorReader->GetOutput(),filename);\r
 378 }\r
 379 //----------------------------------------------------------------------------\r
 380 \r
 381 \r
 382 //----------------------------------------------------------------------------\r
 383 bool vvSlicerManager::SetVF(vvImage::Pointer vf,std::string filename)\r
 384 {\r
 385   if (vf->GetNumberOfDimensions() > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 386     mLastError = "Sorry, vector field dimension cannot be greater then reference image.";\r
 387     return false;\r
 388   }\r
 389   if (vf->GetNumberOfDimensions() == 4) {\r
 390     if (vf->GetSpacing()[3] != mImage->GetSpacing()[3]) {\r
 391       mLastError = "Sorry, vector field time spacing cannot be different from time spacing of the reference image.";\r
 392       return false;\r
 393     }\r
 394     if (vf->GetOrigin()[3] != mImage->GetOrigin()[3]) {\r
 395       mLastError = "Sorry, vector field time origin cannot be different from time origin of the reference image.";\r
 396       return false;\r
 397     }\r
 398   }\r
 399   mVF=vf;\r
 400   mVFName = filename;\r
 401   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 402     mSlicers[i]->SetVF(vf);\r
 403   }\r
 404   return true;\r
 405 }\r
 406 //----------------------------------------------------------------------------\r
 407 \r
 408 \r
 409 //----------------------------------------------------------------------------\r
 410 vvSlicer* vvSlicerManager::GetSlicer(int i)\r
 411 {\r
 412   return mSlicers[i];\r
 413 }\r
 414 //----------------------------------------------------------------------------\r
 415 \r
 416 \r
 417 //----------------------------------------------------------------------------\r
 418 void vvSlicerManager::UpdateSlicer(int num, bool state)\r
 419 {\r
 420   if (mSlicers[num]->GetImage()) {\r
 421     mSlicers[num]->SetDisplayMode(state);\r
 422   }\r
 423 }\r
 424 //----------------------------------------------------------------------------\r
 425 \r
 426 \r
 427 //----------------------------------------------------------------------------\r
 428 void vvSlicerManager::SetSlicerWindow(int i, vtkRenderWindow* RW)\r
 429 {\r
 430   mSlicers[i]->SetRenderWindow(i,RW);\r
 431 }\r
 432 //----------------------------------------------------------------------------\r
 433 \r
 434 \r
 435 //----------------------------------------------------------------------------\r
 436 void vvSlicerManager::SetInteractorStyleNavigator(int i, vtkInteractorStyle* style)\r
 437 {\r
 438   vvSlicerManagerCommand *smc = vvSlicerManagerCommand::New();\r
 439   smc->SM = this;\r
 440   smc->SetSlicerNumber(i);\r
 441   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->SetInteractorStyle(style);\r
 442 \r
 443   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 444     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::KeyPressEvent, smc);\r
 445   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 446     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::WindowLevelEvent, smc);\r
 447   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 448     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndWindowLevelEvent, smc);\r
 449   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 450     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartWindowLevelEvent, smc);\r
 451   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 452     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::PickEvent, smc);\r
 453   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 454     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartPickEvent, smc);\r
 455   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 456     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeaveEvent, smc);\r
 457   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 458     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::UserEvent, smc);\r
 459   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 460     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelForwardEvent, smc);\r
 461   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 462     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelBackwardEvent, smc);\r
 463   // mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 464   //   GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent, smc);\r
 465   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 466     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndPickEvent, smc);\r
 467   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 468     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndInteractionEvent, smc);\r
 469   smc->Delete();\r
 470 }\r
 471 //----------------------------------------------------------------------------\r
 472 \r
 473 \r
 474 //----------------------------------------------------------------------------\r
 475 void vvSlicerManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer)\r
 476 {\r
 477   emit LeftButtonReleaseSignal(slicer);\r
 478 }\r
 479 //----------------------------------------------------------------------------\r
 480 \r
 481 \r
 482 //----------------------------------------------------------------------------\r
 483 void vvSlicerManager::EmitMousePositionUpdated(int slicer)\r
 484 {\r
 485   emit MousePositionUpdatedSignal(slicer);\r
 486 }\r
 487 //----------------------------------------------------------------------------\r
 488 \r
 489 \r
 490 //----------------------------------------------------------------------------\r
 491 void vvSlicerManager::EmitKeyPressed(std::string KeyPress)\r
 492 {\r
 493   emit KeyPressedSignal(KeyPress);\r
 494 }\r
 495 //----------------------------------------------------------------------------\r
 496 \r
 497 \r
 498 //----------------------------------------------------------------------------\r
 499 void vvSlicerManager::SetSliceOrientation(int slicer, int orientation)\r
 500 {\r
 501   mSlicers[slicer]->SetSliceOrientation(orientation);\r
 502   emit UpdateOrientation(slicer, orientation);\r
 503 }\r
 504 //----------------------------------------------------------------------------\r
 505 \r
 506 //----------------------------------------------------------------------------\r
 507 int vvSlicerManager::GetTSlice()\r
 508 {\r
 509   return mSlicers[0]->GetTSlice();\r
 510 }\r
 511 //----------------------------------------------------------------------------\r
 512 \r
 513 //----------------------------------------------------------------------------\r
 514 void vvSlicerManager::SetTSlice(int slice, bool updateLinkedImages)\r
 515 {\r
 516         if (!updateLinkedImages) {\r
 517                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 518                         mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 519                         UpdateTSlice(i);\r
 520                 }\r
 521                 return;\r
 522         }\r
 523 \r
 524 \r
 525   if (slice < 0)\r
 526     slice = 0;\r
 527   else if (slice > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 528     slice = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 529   if (mLandmarks)\r
 530     mLandmarks->SetTime(slice);\r
 531   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 532     if (slice != mSlicers[i]->GetMaxCurrentTSlice()) {\r
 533       mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 534       UpdateTSlice(i);\r
 535     }\r
 536   }\r
 537 }\r
 538 //----------------------------------------------------------------------------\r
 539 \r
 540 \r
 541 //----------------------------------------------------------------------------\r
 542 void vvSlicerManager::SetFusionSequenceTSlice(int slice)\r
 543 {\r
 544         for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 545                 mSlicers[i]->SetFusionSequenceTSlice(slice);\r
 546                 UpdateTSlice(i);\r
 547         }\r
 548 }\r
 549 //----------------------------------------------------------------------------\r
 550 \r
 551 \r
 552 //----------------------------------------------------------------------------\r
 553 void vvSlicerManager::SetNextTSlice(int originating_slicer)\r
 554 {\r
 555   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 556   t++;\r
 557   if (t > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 558     t = 0;\r
 559   //std::cout << "vvSlicerManager::SetNextTSlice" << std::endl;\r
 560   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t);\r
 561 }\r
 562 //----------------------------------------------------------------------------\r
 563 \r
 564 \r
 565 //----------------------------------------------------------------------------\r
 566 void vvSlicerManager::SetPreviousTSlice(int originating_slicer)\r
 567 {\r
 568   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 569   t--;\r
 570   if (t < 0)\r
 571     t = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 572   //std::cout << "vvSlicerManager::SetPreviousTSlice" << std::endl;\r
 573   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t);\r
 574 }\r
 575 //----------------------------------------------------------------------------\r
 576 \r
 577 \r
 578 //----------------------------------------------------------------------------\r
 579 void vvSlicerManager::ToggleInterpolation()\r
 580 {\r
 581   bool interpolate=!(mSlicers[0]->GetImageActor()->GetInterpolate());\r
 582   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 583     mSlicers[i]->GetImageActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 584     if (mSlicers[i]->GetOverlayActor())\r
 585       mSlicers[i]->GetOverlayActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 586     if (mSlicers[i]->GetFusionActor())\r
 587       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 588   }\r
 589 }\r
 590 //----------------------------------------------------------------------------\r
 591 \r
 592 \r
 593 //----------------------------------------------------------------------------\r
 594 void vvSlicerManager::SetTSliceInSlicer(int tslice, int slicer)\r
 595 {\r
 596   if (tslice < 0)\r
 597     tslice = 0;\r
 598   else if (tslice > mSlicers[slicer]->GetTMax())\r
 599     tslice = mSlicers[slicer]->GetTMax();\r
 600   if (mLandmarks)\r
 601     mLandmarks->SetTime(tslice);\r
 602 \r
 603   if (mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice() == tslice) return;\r
 604 \r
 605   mSlicers[slicer]->SetTSlice(tslice);\r
 606 \r
 607   if(mSlicingPreset==VOXELS_SLICING) {\r
 608     vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
 609     mImage->GetTransform()[mSlicers[slicer]->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
 610     this->GetSlicer(slicer)->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
 611     imageTransformInverse->Delete();\r
 612   }\r
 613 \r
 614   UpdateTSlice(slicer);\r
 615 }\r
 616 //----------------------------------------------------------------------------\r
 617 \r
 618 \r
 619 //----------------------------------------------------------------------------\r
 620 void vvSlicerManager::SetColorWindow(double s)\r
 621 {\r
 622   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 623     mSlicers[i]->SetColorWindow(s);\r
 624   }\r
 625 }\r
 626 //----------------------------------------------------------------------------\r
 627 \r
 628 //----------------------------------------------------------------------------\r
 629 void vvSlicerManager::SetColorLevel(double s)\r
 630 {\r
 631   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 632     mSlicers[i]->SetColorLevel(s);\r
 633   }\r
 634 }\r
 635 //----------------------------------------------------------------------------\r
 636 \r
 637 //----------------------------------------------------------------------------\r
 638 void vvSlicerManager::SetOverlayColorWindow(double s)\r
 639 {\r
 640   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 641     mSlicers[i]->SetOverlayColorWindow(s);\r
 642   }\r
 643 }\r
 644 //----------------------------------------------------------------------------\r
 645 \r
 646 //----------------------------------------------------------------------------\r
 647 void vvSlicerManager::SetOverlayColorLevel(double s)\r
 648 {\r
 649   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 650     mSlicers[i]->SetOverlayColorLevel(s);\r
 651   }\r
 652 }\r
 653 //----------------------------------------------------------------------------\r
 654 \r
 655 //----------------------------------------------------------------------------\r
 656 void vvSlicerManager::SetLinkOverlayWindowLevel(bool b)\r
 657 {\r
 658   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 659     mSlicers[i]->SetLinkOverlayWindowLevel(b);\r
 660   }\r
 661 }\r
 662 //----------------------------------------------------------------------------\r
 663 \r
 664 //----------------------------------------------------------------------------\r
 665 void vvSlicerManager::SetCursorAndCornerAnnotationVisibility(int s)\r
 666 {\r
 667   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 668     mSlicers[i]->SetCursorVisibility(s);\r
 669     mSlicers[i]->SetCornerAnnotationVisibility(s);\r
 670   }\r
 671 }\r
 672 //----------------------------------------------------------------------------\r
 673 \r
 674 //----------------------------------------------------------------------------\r
 675 void vvSlicerManager::SetOpacity(int i, double factor)\r
 676 {\r
 677   mSlicers[i]->SetOpacity(1/factor);\r
 678 }\r
 679 //----------------------------------------------------------------------------\r
 680 \r
 681 \r
 682 //----------------------------------------------------------------------------\r
 683 void vvSlicerManager::UpdateViews(int current,int slicer)\r
 684 {\r
 685   double p[3], pt[3];\r
 686   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 687   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 688   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 689   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 690 \r
 691   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])\r
 692     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 693   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])\r
 694     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 695   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])\r
 696     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 697 \r
 698   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 699       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 700       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 701       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 702       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 703       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
 704     mSlicers[slicer]->UpdateCursorPosition();\r
 705     mSlicers[slicer]->SetCursorColor(10,212,255);\r
 706     mSelectedSlicer = slicer;\r
 707 \r
 708     switch (mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation()) {\r
 709     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 710       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 711         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 712       break;\r
 713 \r
 714     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 715       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 716         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 717       break;\r
 718 \r
 719     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 720       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 721         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 722       break;\r
 723     }\r
 724     mSlicers[slicer]->Render();\r
 725 \r
 726     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 727       if (i != (unsigned int)slicer\r
 728           && mSlicers[i]->GetRenderer()->GetDraw()\r
 729           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[0] > 2\r
 730           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[1] > 2) {\r
 731         mSlicers[i]->SetCurrentPosition(p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 732         mSlicers[i]->UpdateCursorPosition();\r
 733         if (current) { //do not display corner annotation if image is the one picked\r
 734           mSlicers[i]->SetCurrentPosition(-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,\r
 735                                           -VTK_DOUBLE_MAX, mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 736           mSlicers[i]->SetCursorColor(255,10,212);\r
 737         } else {\r
 738           mSlicers[i]->SetCursorColor(150,10,282);\r
 739         }\r
 740         switch (mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 741         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 742           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 743             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 744           break;\r
 745 \r
 746         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 747           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 748             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 749           break;\r
 750 \r
 751         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 752           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 753             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 754           break;\r
 755         }\r
 756         \r
 757         mSlicers[i]->Render();\r
 758         \r
 759         UpdateSlice(i);\r
 760         UpdateTSlice(i);\r
 761       }\r
 762     }\r
 763   }\r
 764 }\r
 765 //----------------------------------------------------------------------------\r
 766 \r
 767 \r
 768 //----------------------------------------------------------------------------\r
 769 void vvSlicerManager::UpdateLinked(int slicer)\r
 770 {\r
 771   double p[3], pt[3];\r
 772   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 773   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 774   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 775   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 776   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 777   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 778   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 779 \r
 780   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 781       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 782       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 783       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 784       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 785       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
 786     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++) {\r
 787                 if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) {\r
 788                         //this SlicerManager is involved in fusionSequence => do not synchronize the times\r
 789       //TODO: check is something more specific should be done ...\r
 790                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], -1);\r
 791                 }\r
 792                 else {\r
 793                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 794                 }\r
 795     }\r
 796   }\r
 797 }\r
 798 //----------------------------------------------------------------------------\r
 799 \r
 800 //----------------------------------------------------------------------------\r
 801 void vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation(vvSlicer *refSlicer, bool bPropagate)\r
 802 {\r
 803   vtkCamera *refCam = refSlicer->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 804 \r
 805   double refPosition[3];\r
 806   refCam->GetPosition(refPosition);\r
 807   refPosition[refSlicer->GetSliceOrientation()] = refSlicer->GetSlice() *\r
 808       refSlicer->GetInput()->GetSpacing()[refSlicer->GetSliceOrientation()] +\r
 809       refSlicer->GetInput()->GetOrigin()[refSlicer->GetSliceOrientation()];\r
 810 \r
 811   refSlicer->GetSlicingTransform()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 812   mSlicers[0]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 813 \r
 814   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 815     vtkCamera *camera = mSlicers[i]->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 816     camera->SetParallelScale(refCam->GetParallelScale());\r
 817 \r
 818     double position[3], focal[3];\r
 819     camera->GetPosition(position);\r
 820     camera->GetFocalPoint(focal);\r
 821 \r
 822     for(int j=0; j<3; j++) {\r
 823       if(j!=mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 824         position[j] = refPosition[j];\r
 825         focal[j]    = refPosition[j];\r
 826       }\r
 827     }\r
 828 \r
 829     camera->SetFocalPoint(focal);\r
 830     camera->SetPosition(position);\r
 831 \r
 832     //Fix for bug #243\r
 833     mSlicers[i]->ForceUpdateDisplayExtent();\r
 834   }\r
 835   \r
 836   Render();\r
 837   if(bPropagate)\r
 838     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++)\r
 839       emit UpdateLinkedNavigation(*i, this, refSlicer);\r
 840 }\r
 841 //----------------------------------------------------------------------------\r
 842 \r
 843 //----------------------------------------------------------------------------\r
 844 double vvSlicerManager::GetColorWindow() const\r
 845 {\r
 846   if (mSlicers.size())\r
 847     return mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
 848   return -1;\r
 849 }\r
 850 //----------------------------------------------------------------------------\r
 851 \r
 852 \r
 853 //----------------------------------------------------------------------------\r
 854 double vvSlicerManager::GetColorLevel() const\r
 855 {\r
 856   if (mSlicers.size())\r
 857     return mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
 858   return -1;\r
 859 }\r
 860 //----------------------------------------------------------------------------\r
 861 \r
 862 //----------------------------------------------------------------------------\r
 863 double vvSlicerManager::GetOverlayColorWindow() const\r
 864 {\r
 865   if (mSlicers.size())\r
 866     return mSlicers[0]->GetOverlayColorWindow();\r
 867   return -1;\r
 868 }\r
 869 //----------------------------------------------------------------------------\r
 870 \r
 871 //----------------------------------------------------------------------------\r
 872 double vvSlicerManager::GetOverlayColorLevel() const\r
 873 {\r
 874   if (mSlicers.size())\r
 875     return mSlicers[0]->GetOverlayColorLevel();\r
 876   return -1;\r
 877 }\r
 878 //----------------------------------------------------------------------------\r
 879 \r
 880 //----------------------------------------------------------------------------\r
 881 bool vvSlicerManager::GetLinkOverlayWindowLevel() const\r
 882 {\r
 883   if (mSlicers.size())\r
 884     return mSlicers[0]->GetLinkOverlayWindowLevel();\r
 885   return -1;\r
 886 }\r
 887 //----------------------------------------------------------------------------\r
 888 \r
 889 //------------------------------------------------------------------------------\r
 890 void vvSlicerManager::ResetTransformationToIdentity(const std::string actorType)\r
 891 {\r
 892   if(actorType == "image")\r
 893     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 894       this->GetImage()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 895   else if(actorType == "overlay")\r
 896     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 897       this->GetSlicer(0)->GetOverlay()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 898   else if(actorType == "fusion")\r
 899     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 900       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 901   else if(actorType == "fusionSequence") //TODO: Check what should really be done here\r
 902     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 903       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 904   else if(actorType == "vf")\r
 905     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 906       this->GetVF()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 907   else\r
 908     return;\r
 909 \r
 910   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
 911     this->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();\r
 912     this->GetSlicer(i)->ResetCamera();\r
 913     this->GetSlicer(i)->Render();\r
 914   }\r
 915 }\r
 916 //------------------------------------------------------------------------------\r
 917 \r
 918 //----------------------------------------------------------------------------\r
 919 void vvSlicerManager::Render()\r
 920 {\r
 921   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 922     mSlicers[i]->Render();\r
 923   }\r
 924 }\r
 925 //----------------------------------------------------------------------------\r
 926 \r
 927 \r
 928 //----------------------------------------------------------------------------\r
 929 void vvSlicerManager::GenerateDefaultLookupTable()\r
 930 {\r
 931   SetPreset(mPreset);\r
 932   SetColorMap(mColorMap);\r
 933 }\r
 934 //----------------------------------------------------------------------------\r
 935 \r
 936 \r
 937 //----------------------------------------------------------------------------\r
 938 void vvSlicerManager::Reload()\r
 939 {\r
 940   mReader->Update(mType);\r
 941   mImage=mReader->GetOutput();\r
 942   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 943     mSlicers[i]->SetImage(mImage);\r
 944   }\r
 945   \r
 946   //if this image is the primary sequence of a fusion sequence, then the main transform matrix should be updated.\r
 947   if (this->IsMainSequenceOfFusionSequence()) {\r
 948           SetFusionSequenceMainTransformMatrix( mImage->GetTransform()[0]->GetMatrix() );\r
 949   }\r
 950 }\r
 951 //----------------------------------------------------------------------------\r
 952 \r
 953 \r
 954 //----------------------------------------------------------------------------\r
 955 void vvSlicerManager::ReloadFusion()\r
 956 {\r
 957   mFusionReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),mType);\r
 958 \r
 959   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 960     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
 961     mSlicers[i]->Render();\r
 962   }\r
 963 }\r
 964 //----------------------------------------------------------------------------\r
 965 \r
 966 //----------------------------------------------------------------------------\r
 967 //the secondary sequence is being reloaded.\r
 968 void vvSlicerManager::ReloadFusionSequence()\r
 969 {\r
 970   mFusionSequenceReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),vvImageReader::MERGEDWITHTIME);\r
 971 \r
 972   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 973     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), 1);\r
 974     mSlicers[i]->Render();\r
 975   }\r
 976 \r
 977   //Update the slider\r
 978   mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size();\r
 979   if (mFusionSequenceFrameIndex>=mFusionSequenceNbFrames) {\r
 980           mFusionSequenceFrameIndex=0;\r
 981   }\r
 982 \r
 983   //Update the list of initial transforms\r
 984   mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
 985   for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceNbFrames ; i++) {\r
 986           this->AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
 987   }\r
 988 \r
 989 }\r
 990 //----------------------------------------------------------------------------\r
 991 \r
 992 \r
 993 //----------------------------------------------------------------------------\r
 994 void vvSlicerManager::ReloadOverlay()\r
 995 {\r
 996   mOverlayReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mOverlayComponent.c_str(),mType);\r
 997   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 998     mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
 999     mSlicers[i]->Render();\r
1000   }\r
1001 }\r
1002 //----------------------------------------------------------------------------\r
1003 \r
1004 \r
1005 //----------------------------------------------------------------------------\r
1006 void vvSlicerManager::ReloadVF()\r
1007 {\r
1008   mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD); //deletes the old images through the VF::Init() function\r
1009   mVF=mVectorReader->GetOutput();\r
1010   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1011     mSlicers[i]->SetVF(mVF);\r
1012     mSlicers[i]->Render();\r
1013   }\r
1014 }\r
1015 //----------------------------------------------------------------------------\r
1016 \r
1017 \r
1018 //----------------------------------------------------------------------------\r
1019 void vvSlicerManager::RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index)\r
1020 {\r
1021   if (actor_type =="overlay")\r
1022     mOverlayReader = NULL;\r
1023 \r
1024   if (actor_type =="fusion")\r
1025     mFusionReader = NULL;\r
1026 \r
1027   if (actor_type =="fusionSequence") {\r
1028     mFusionSequenceReader = NULL;\r
1029   }\r
1030 \r
1031   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1032     mSlicers[i]->RemoveActor(actor_type,overlay_index);\r
1033 \r
1034   if (actor_type=="vector") {\r
1035     mVF=NULL;\r
1036     mVectorReader=NULL;\r
1037   }\r
1038 }\r
1039 //----------------------------------------------------------------------------\r
1040 \r
1041 \r
1042 //----------------------------------------------------------------------------\r
1043 void vvSlicerManager::RemoveActors()\r
1044 {\r
1045   ///This method leaks a few objects. See RemoveActor for what a\r
1046   ///correct implementation would look like\r
1047   //DS -> probably due to the reader (now released in the\r
1048   //RemoveActor() function. (I hope)\r
1049   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1050     mSlicers[i]->SetDisplayMode(0);\r
1051     mSlicers[i]->GetRenderer()->RemoveActor(mSlicers[i]->GetImageActor());\r
1052   }\r
1053 }\r
1054 //----------------------------------------------------------------------------\r
1055 \r
1056 \r
1057 //----------------------------------------------------------------------------\r
1058 void vvSlicerManager::UpdateInfoOnCursorPosition(int slicer)\r
1059 {\r
1060 //TODO: this is probably here that I shall prevent the overlayPanel to disappear when the mouse goes over the linked sequence!\r
1061   //  int view = mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation();\r
1062   //  int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1063   double x = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[0];\r
1064   double y = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[1];\r
1065   double z = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[2];\r
1066   double X = (x - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])/\r
1067     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1068   double Y = (y - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])/\r
1069     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1070   double Z = (z - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])/\r
1071     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1072   double value = -VTK_DOUBLE_MAX;\r
1073   int displayVec = 0;\r
1074   double xVec=0, yVec=0, zVec=0, valueVec=0;\r
1075   int displayOver = 0;\r
1076   int displayFus = 0;\r
1077   double valueOver=0, valueFus=0;\r
1078   if (X >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0] &&\r
1079       X <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1] &&\r
1080       Y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2] &&\r
1081       Y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3] &&\r
1082       Z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4] &&\r
1083       Z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]) {\r
1084 \r
1085     value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[slicer]->GetInput(), X, Y, Z);\r
1086 \r
1087     if (mSlicers[slicer]->GetVFActor() ) {\r
1088       displayVec = 1;\r
1089       unsigned int currentTime = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1090       vtkImageData *vf = NULL;\r
1091 \r
1092       if (mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages().size() > currentTime)\r
1093         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[currentTime];\r
1094       else\r
1095         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[0];\r
1096 \r
1097       if (vf) {\r
1098         double Xvf = (x - vf->GetOrigin()[0])/ vf->GetSpacing()[0];\r
1099         double Yvf = (y - vf->GetOrigin()[1])/ vf->GetSpacing()[1];\r
1100         double Zvf = (z - vf->GetOrigin()[2])/ vf->GetSpacing()[2];\r
1101         xVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 0);\r
1102         yVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 1);\r
1103         zVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 2);\r
1104         valueVec = sqrt(xVec*xVec + yVec*yVec + zVec*zVec);\r
1105       }\r
1106     }\r
1107     if (mSlicers[slicer]->GetOverlayActor() ) {\r
1108       displayOver = 1;\r
1109       vtkImageData *overlay = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetOverlayMapper()->GetInput());\r
1110       double Xover = (x - overlay->GetOrigin()[0]) / overlay->GetSpacing()[0];\r
1111       double Yover = (y - overlay->GetOrigin()[1]) / overlay->GetSpacing()[1];\r
1112       double Zover = (z - overlay->GetOrigin()[2]) / overlay->GetSpacing()[2];\r
1113       valueOver = this->GetScalarComponentAsDouble(overlay, Xover, Yover, Zover);\r
1114     }\r
1115 \r
1116         if ( mSlicers[slicer]->GetFusionActor() ) {\r
1117                 displayFus = 1;\r
1118                 vtkImageData *fusion = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetFusionMapper()->GetInput());\r
1119                 double Xover = (x - fusion->GetOrigin()[0]) / fusion->GetSpacing()[0];\r
1120                 double Yover = (y - fusion->GetOrigin()[1]) / fusion->GetSpacing()[1];\r
1121                 double Zover = (z - fusion->GetOrigin()[2]) / fusion->GetSpacing()[2];\r
1122                 valueFus = this->GetScalarComponentAsDouble(fusion, Xover, Yover, Zover);\r
1123         }\r
1124         else if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) { \r
1125     //if the cursor moves over the 'independent' version of the secondary sequence\r
1126     //do not update the panel, just keep it as it is.\r
1127                 displayFus = 1;\r
1128                 valueFus = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN();\r
1129         }\r
1130 \r
1131     emit UpdatePosition(mSlicers[slicer]->GetCursorVisibility(),\r
1132                         x,y,z,X,Y,Z,value);\r
1133     emit UpdateVector(displayVec,xVec, yVec, zVec, valueVec);\r
1134     emit UpdateOverlay(displayOver,valueOver,value);\r
1135     emit UpdateFusion(displayFus,valueFus);\r
1136   }\r
1137 }\r
1138 //----------------------------------------------------------------------------\r
1139 \r
1140 \r
1141 //----------------------------------------------------------------------------\r
1142 void vvSlicerManager::Activated()\r
1143 {\r
1144   emit currentImageChanged(mId);\r
1145 }\r
1146 //----------------------------------------------------------------------------\r
1147 \r
1148 \r
1149 //----------------------------------------------------------------------------\r
1150 void vvSlicerManager::Picked()\r
1151 {\r
1152   emit currentPickedImageChanged(mId);\r
1153 }\r
1154 //----------------------------------------------------------------------------\r
1155 \r
1156 \r
1157 //----------------------------------------------------------------------------\r
1158 void vvSlicerManager::UpdateWindowLevel()\r
1159 {\r
1160   emit WindowLevelChanged();\r
1161 }\r
1162 //----------------------------------------------------------------------------\r
1163 \r
1164 \r
1165 //----------------------------------------------------------------------------\r
1166 void vvSlicerManager::UpdateSlice(int slicer)\r
1167 {\r
1168   if (mPreviousSlice[slicer] == mSlicers[slicer]->GetSlice()) {\r
1169     //DD("============= NOTHING");\r
1170     return;\r
1171   }\r
1172   //std::cout << "vvSlicerManager::UpdateSlice " << slicer << " " << mSlicers[slicer]->GetSlice() << std::endl;\r
1173   emit UpdateSlice(slicer, mSlicers[slicer]->GetSlice());\r
1174   mSlicers[slicer]->Render(); // DS <-- I add this, this could/must be the only Render ...\r
1175   mPreviousSlice[slicer] = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1176 }\r
1177 //----------------------------------------------------------------------------\r
1178 \r
1179 \r
1180 //----------------------------------------------------------------------------\r
1181 void vvSlicerManager::UpdateTSlice(int slicer)\r
1182 {\r
1183   int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1184 \r
1185   int tslice = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1186   if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) tslice = mSlicers[slicer]->GetTSlice();\r
1187 \r
1188   if (mPreviousSlice[slicer] == slice) {\r
1189     if (mPreviousTSlice[slicer] == tslice) {\r
1190       //      DD("************** NOTHING ***********");\r
1191       return;\r
1192     }\r
1193   }\r
1194   mPreviousSlice[slicer] = slice;\r
1195   mPreviousTSlice[slicer] = tslice;\r
1196 \r
1197   emit UpdateTSlice(slicer, tslice);\r
1198 }\r
1199 //----------------------------------------------------------------------------\r
1200 \r
1201 \r
1202 //----------------------------------------------------------------------------\r
1203 void vvSlicerManager::UpdateSliceRange(int slicer)\r
1204 {\r
1205   emit UpdateSliceRange(slicer,\r
1206                         mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[0], mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[1],\r
1207                         0,mSlicers[slicer]->GetTMax());\r
1208 }\r
1209 //----------------------------------------------------------------------------\r
1210 \r
1211 //----------------------------------------------------------------------------\r
1212 void vvSlicerManager::SetSlicingPreset(SlicingPresetType preset)\r
1213 {\r
1214   if(mSlicingPreset==preset)\r
1215     return;\r
1216 \r
1217   vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
1218   mImage->GetTransform()[this->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
1219 \r
1220   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
1221     vvSlicer *s = this->GetSlicer(i);\r
1222     switch(preset)\r
1223     {\r
1224     case WORLD_SLICING:\r
1225       s->GetSlicingTransform()->Identity();\r
1226       break;\r
1227     case VOXELS_SLICING:\r
1228       s->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
1229       break;\r
1230     default:\r
1231       imageTransformInverse->Delete();\r
1232       return;\r
1233     }\r
1234     s->ForceUpdateDisplayExtent();\r
1235     s->SetSlice((s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2+1]\r
1236                 +s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2])/2.0);\r
1237     s->ResetCamera();\r
1238     s->Render();\r
1239   }\r
1240 \r
1241   imageTransformInverse->Delete();\r
1242   mSlicingPreset = preset;\r
1243 }\r
1244 \r
1245 //----------------------------------------------------------------------------\r
1246 \r
1247 //----------------------------------------------------------------------------\r
1248 void vvSlicerManager::SetPreset(int preset)\r
1249 {\r
1250   //vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1251   double window = mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
1252   double level = mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
1253 \r
1254   std::string component_type=mImage->GetScalarTypeAsITKString();\r
1255   switch (preset) {\r
1256   case 0:\r
1257     double range[2];\r
1258     mImage->GetScalarRange(range);\r
1259     window = range[1] - range[0];\r
1260     level = (range[1] + range[0])* 0.5;\r
1261     break;\r
1262   case 1:\r
1263     window = 2000;\r
1264     level = 0;\r
1265     break;\r
1266   case 2:\r
1267     window = 400;\r
1268     level = 20;\r
1269     break;\r
1270   case 3: // lungs (same as FOCAL)\r
1271     window = 1700;\r
1272     level = -300;\r
1273     break;\r
1274   case 4:\r
1275     window = 1000;\r
1276     level = 500;\r
1277     break;\r
1278   case 5:\r
1279     window = 1;\r
1280     level = 0.5;\r
1281     break;\r
1282   case 6:\r
1283     break;\r
1284   case 7:\r
1285     window=1.;\r
1286     level=0.;\r
1287     break;\r
1288   }\r
1289   mPreset = preset;\r
1290   this->SetColorWindow(window);\r
1291   this->SetColorLevel(level);\r
1292 \r
1293   //if (LUT)\r
1294   //{\r
1295   //    SetColorMap(-1);\r
1296   //}\r
1297 }\r
1298 //----------------------------------------------------------------------------\r
1299 \r
1300 \r
1301 //----------------------------------------------------------------------------\r
1302 void vvSlicerManager::SetLocalColorWindowing(const int slicer, const bool bCtrlKey)\r
1303 {\r
1304   double min, max;\r
1305   if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetFusion()) {\r
1306     int t = mSlicers[slicer]->GetFusionTSlice();\r
1307     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1308                                                           this->mSlicers[slicer]->GetFusion()->GetVTKImages()[t],\r
1309                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedFusionTransform());\r
1310     this->SetFusionWindow(max-min);\r
1311     this->SetFusionLevel(0.5*(min+max));\r
1312     this->SetColorMap(mColorMap);\r
1313   }\r
1314   else if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()) {\r
1315     int t = mSlicers[slicer]->GetOverlayTSlice();\r
1316     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1317                                                           this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()->GetVTKImages()[t],\r
1318                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedOverlayTransform());\r
1319     if(this->mSlicers[slicer]->GetLinkOverlayWindowLevel()){\r
1320       this->SetColorWindow(max-min);\r
1321       this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1322     } else {\r
1323       this->SetOverlayColorWindow(max-min);\r
1324       this->SetOverlayColorLevel(0.5*(min+max));\r
1325     }\r
1326   }\r
1327   else {\r
1328     int t = this->GetTSlice();\r
1329     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1330                                                           this->mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[t],\r
1331                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedTransform());\r
1332     this->SetColorWindow(max-min);\r
1333     this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1334     this->SetPreset(6);\r
1335   }\r
1336   this->Render();\r
1337   this->UpdateWindowLevel();\r
1338 }\r
1339 //----------------------------------------------------------------------------\r
1340 \r
1341 \r
1342 //----------------------------------------------------------------------------\r
1343 void vvSlicerManager::SetColorMap(int colormap)\r
1344 {\r
1345   double range[2];\r
1346 \r
1347   range[0] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[0];\r
1348   range[1] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[1];\r
1349 \r
1350   double window = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetWindow();\r
1351   double level = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLevel();\r
1352 \r
1353   vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1354   switch (colormap) {\r
1355   case -1:\r
1356     break;\r
1357   case 0:\r
1358     LUT = NULL;\r
1359     break;\r
1360   case 1:\r
1361     if (LUT == NULL)\r
1362       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1363     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1364     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1365     LUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1366     break;\r
1367   case 2:\r
1368     if (LUT == NULL)\r
1369       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1370     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1371     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1372     LUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1373     break;\r
1374   case 3:\r
1375     if (LUT == NULL)\r
1376       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1377     LUT->SetValueRange(0.5,1);\r
1378     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1379     LUT->SetHueRange(0.666,0);\r
1380     break;\r
1381   case 4:\r
1382     if (LUT == NULL)\r
1383       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1384     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1385     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1386     LUT->SetHueRange(0,1);\r
1387     LUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1388     break;\r
1389   case 5:\r
1390     if (LUT == NULL)\r
1391       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1392     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1393     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1394     LUT->SetHueRange(1,0.1);\r
1395     //LUT->SetRampToLinear();\r
1396     break;\r
1397   }\r
1398   if (LUT) {\r
1399     LUT->SetTableRange(level-fabs(window)/2,level+fabs(window)/2);\r
1400     LUT->Build();\r
1401   }\r
1402   vtkWindowLevelLookupTable* fusLUT = NULL;\r
1403 \r
1404   //FUSION / FUSION SEQUENCE\r
1405   if (mSlicers[0]->GetFusion()) { // && mFusionColorMap >= 0) {\r
1406     fusLUT = vtkWindowLevelLookupTable::New();\r
1407     double fusRange [2];\r
1408     fusRange[0] = mFusionLevel - mFusionWindow/2;\r
1409     fusRange[1] = mFusionLevel + mFusionWindow/2;\r
1410 \r
1411     //check whether it is actually a fusionSequence or a fusion, before invoking mFusionReader...\r
1412     double* frange;\r
1413     if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) \r
1414       frange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1415     else\r
1416       frange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1417 \r
1418     fusLUT->SetTableRange(frange);\r
1419     fusLUT->SetValueRange(1,1);\r
1420     fusLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1421     fusLUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1422     fusLUT->SetWindow(mFusionWindow);\r
1423     fusLUT->SetLevel(mFusionLevel);\r
1424     if (mFusionColorMap == 1)\r
1425       fusLUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1426     else if (mFusionColorMap == 2)\r
1427       fusLUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1428     else if (mFusionColorMap == 3)\r
1429     {\r
1430       fusLUT->SetHueRange(0.666, 0);\r
1431       fusLUT->SetValueRange(0.5, 1);\r
1432     }\r
1433     else if (mFusionColorMap == 4)\r
1434       fusLUT->SetHueRange(0,1);\r
1435     else if (mFusionColorMap <= 0)\r
1436     {\r
1437       fusLUT->SetValueRange(0,1);\r
1438       fusLUT->SetSaturationRange(0,0);\r
1439     }\r
1440 \r
1441     fusLUT->ForceBuild();\r
1442     double v[4];\r
1443 \r
1444     // set color table transparency\r
1445     //double alpha_range=(double)mFusionThresOpacity/10;\r
1446     double range_end = fusRange[0] + (double)mFusionThresOpacity*(fusRange[1] - fusRange[0])/100;\r
1447     double curr_value = fusRange[0];\r
1448     int nvalues = fusLUT->GetNumberOfTableValues();\r
1449     for (double i = 0; curr_value < range_end; i++) {  \r
1450       fusLUT->GetTableValue(i, v);\r
1451       v[3] = 0;\r
1452       //if (curr_value >= -alpha_range && curr_value <= alpha_range) v[3] = pow(fabs(curr_value/alpha_range),2);\r
1453       //else v[3] = 1;\r
1454       fusLUT->SetTableValue(i, v);\r
1455       curr_value += (fusRange[1] - fusRange[0])/nvalues;\r
1456     }\r
1457   }\r
1458   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1459 \r
1460     if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1461       vtkLookupTable* supLUT = vtkLookupTable::New();\r
1462       supLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1463       supLUT->SetValueRange(1,1);\r
1464       supLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1465       supLUT->SetHueRange(double(mOverlayColor)/360,double(mOverlayColor)/360);\r
1466       supLUT->Build();\r
1467       vtkLookupTable* invLUT = vtkLookupTable::New();\r
1468       invLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1469       invLUT->SetValueRange(1,1);\r
1470       invLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1471       invLUT->SetHueRange(double((mOverlayColor+180)%360)/360,double((mOverlayColor+180)%360)/360);\r
1472       invLUT->Build();\r
1473       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(supLUT);\r
1474       mSlicers[i]->GetOverlayMapper()->SetLookupTable(invLUT);\r
1475       invLUT->Delete();\r
1476       supLUT->Delete();\r
1477     } else if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1478       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1479     } else {\r
1480       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1481     }\r
1482 \r
1483     if (mSlicers[i]->GetFusion()) {\r
1484       mSlicers[i]->ShowFusionLegend(mFusionShowLegend);\r
1485       mSlicers[i]->GetFusionMapper()->SetLookupTable(fusLUT);\r
1486       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetOpacity(double(mFusionOpacity)/100);\r
1487     }\r
1488   }\r
1489   if (fusLUT)\r
1490     fusLUT->Delete();\r
1491   if (colormap >= 0)\r
1492     mColorMap = colormap;\r
1493 }\r
1494 //----------------------------------------------------------------------------\r
1495 \r
1496 \r
1497 //----------------------------------------------------------------------------\r
1498 vvLandmarks* vvSlicerManager::GetLandmarks()\r
1499 {\r
1500   if (mLandmarks == NULL) {\r
1501     mLandmarks = new vvLandmarks(mSlicers[0]->GetTMax()+1);\r
1502     for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1503       mSlicers[i]->SetLandmarks(mLandmarks);\r
1504   }\r
1505   return mLandmarks;\r
1506 }\r
1507 //----------------------------------------------------------------------------\r
1508 \r
1509 \r
1510 //----------------------------------------------------------------------------\r
1511 void vvSlicerManager::AddLandmark(float x,float y,float z,float t)\r
1512 {\r
1513   double x_index = (x - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1514   double y_index = (y - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1515   double z_index = (z - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1516   if (x_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
1517       x_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
1518       y_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
1519       y_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
1520       z_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
1521       z_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
1522     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[0]->GetInput(), x_index, y_index, z_index);\r
1523     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1524     emit LandmarkAdded();\r
1525   }\r
1526 }\r
1527 //----------------------------------------------------------------------------\r
1528 \r
1529 //----------------------------------------------------------------------------\r
1530 void vvSlicerManager::PrevImage(int slicer)\r
1531 {\r
1532   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer, -1);\r
1533 }\r
1534 //----------------------------------------------------------------------------\r
1535 \r
1536 //----------------------------------------------------------------------------\r
1537 void vvSlicerManager::NextImage(int slicer)\r
1538 {\r
1539   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer,  1);\r
1540 }\r
1541 //----------------------------------------------------------------------------\r
1542 \r
1543 //----------------------------------------------------------------------------\r
1544 void vvSlicerManager::VerticalSliderHasChanged(int slicer, int slice)\r
1545 {\r
1546   emit AVerticalSliderHasChanged(slicer, slice);\r
1547 }\r
1548 \r
1549 //----------------------------------------------------------------------------\r
1550 \r
1551 //----------------------------------------------------------------------------\r
1552 double vvSlicerManager::GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int component)\r
1553 {\r
1554   int ix, iy, iz;\r
1555   return mSlicers[0]->GetScalarComponentAsDouble(image, X, Y, Z, ix, iy, iz, component);\r
1556 }\r
1557 //----------------------------------------------------------------------------\r