vv/vvSlicerManager.cxx

   1 /*=========================================================================\r
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv\r
   3 \r
   4   Authors belong to:\r
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/\r
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr\r
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr\r
   8 \r
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even\r
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.\r
  12 \r
  13   It is distributed under dual licence\r
  14 \r
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file\r
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html\r
  17   ======================================================================-====*/\r
  18 \r
  19 #include "vvSlicerManager.h"\r
  20 #include "vvSlicer.h"\r
  21 #include "vvImage.h"\r
  22 #include "vvSlicerManagerCommand.h"\r
  23 #include "vvInteractorStyleNavigator.h"\r
  24 #include "vvLandmarks.h"\r
  25 #include "vvMesh.h"\r
  26 #include "vvBlendImageActor.h"\r
  27 \r
  28 #include <vtkVersion.h>\r
  29 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>\r
  30 #include <vtkInformation.h>\r
  31 #include <vtkImageActor.h>\r
  32 #include <vtkImageData.h>\r
  33 #include <vtkRenderWindow.h>\r
  34 #include <vtkRendererCollection.h>\r
  35 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>\r
  36 #include <vtkImageMapToWindowLevelColors.h>\r
  37 #include <vtkWindowLevelLookupTable.h>\r
  38 #include <vtkColorTransferFunction.h>\r
  39 #include <vtkImageClip.h>\r
  40 #include <vtkLODActor.h>\r
  41 #include <vtkPointData.h>\r
  42 #include <vtksys/SystemTools.hxx>\r
  43 #include <vtkCamera.h>\r
  44 \r
  45 #include <qfileinfo.h>\r
  46 #include <QMessageBox>\r
  47 //----------------------------------------------------------------------------\r
  48 vvSlicerManager::vvSlicerManager(int numberOfSlicers)\r
  49 { \r
  50 \r
  51   connect(this, SIGNAL(callAddLandmark(float,float,float,float)), this, SLOT(AddLandmark(float,float,float,float)));\r
  52 \r
  53   mFileName = "";\r
  54   mId = "";\r
  55   mVFName = "";\r
  56   mOverlayName = "";\r
  57   mFusionName = "";\r
  58   mVFId = "";\r
  59   mLastError = "";\r
  60   mType = vvImageReader::UNDEFINEDIMAGETYPE;\r
  61   mColorMap = 0;\r
  62   mPreset = 0;\r
  63   mOverlayColor = 130;\r
  64 \r
  65   mFusionOpacity = 30;\r
  66   mFusionThresOpacity = 1;\r
  67   mFusionColorMap = 3;\r
  68   mFusionWindow = 1000;\r
  69   mFusionLevel = 1000;\r
  70   mFusionShowLegend = true;\r
  71   \r
  72   mFusionSequenceInvolvementCode = -1;\r
  73   mFusionSequenceIndexLinkedManager = -1;\r
  74   mFusionSequenceFrameIndex = -1;\r
  75   mFusionSequenceNbFrames = 0;\r
  76   mFusionSequenceSpatialSyncFlag = false;\r
  77   mFusionSequenceTemporalSyncFlag = false;\r
  78 \r
  79   mLandmarks = NULL;\r
  80   mLinkedId.resize(0);\r
  81 \r
  82   for ( int i = 0; i < numberOfSlicers; i++) {\r
  83     mSlicers.push_back(vtkSmartPointer<vvSlicer>::New());\r
  84     mSlicers[i]->SetSlicerNumber(i);\r
  85   }\r
  86   mSelectedSlicer = -1;\r
  87   \r
  88   mPreviousSlice.resize(numberOfSlicers, 0);\r
  89   mPreviousTSlice.resize(numberOfSlicers, 0);\r
  90   mSlicingPreset = WORLD_SLICING;\r
  91 \r
  92   \r
  93 }\r
  94 //----------------------------------------------------------------------------\r
  95 \r
  96 \r
  97 //----------------------------------------------------------------------------\r
  98 vvSlicerManager::~vvSlicerManager()\r
  99 { \r
 100   if (mLandmarks)\r
 101     delete mLandmarks;\r
 102 }\r
 103 //----------------------------------------------------------------------------\r
 104 \r
 105 \r
 106 //------------------------------------------------------------------------------\r
 107 void vvSlicerManager::SetFilename(std::string filename, int number)\r
 108 { \r
 109   mFileName = filename;\r
 110   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 111   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 112   mBaseFileNameNumber = number;\r
 113 \r
 114   mFileName = mBaseFileName;\r
 115   if (number != 0) {\r
 116     mFileName.append("_"+clitk::toString(number));\r
 117   }\r
 118   mFileName.append(vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(filename));\r
 119 \r
 120   for(unsigned int i=0; i<mSlicers.size(); i++) {\r
 121     mSlicers[i]->SetFileName(mFileName);//vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 122   }\r
 123   \r
 124 }\r
 125 //------------------------------------------------------------------------------\r
 126 \r
 127 \r
 128 //----------------------------------------------------------------------------\r
 129 void vvSlicerManager::AddContour(vvMesh::Pointer contour,bool propagate)\r
 130 { \r
 131   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 132     mSlicers[i]->AddContour(contour,propagate);\r
 133   }\r
 134 }\r
 135 //----------------------------------------------------------------------------\r
 136 \r
 137 \r
 138 //----------------------------------------------------------------------------\r
 139 void vvSlicerManager::ToggleContourSuperposition()\r
 140 { \r
 141   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
 142     mSlicers[i]->ToggleContourSuperposition();\r
 143 }\r
 144 //----------------------------------------------------------------------------\r
 145 \r
 146 //----------------------------------------------------------------------------\r
 147 std::string vvSlicerManager::GetListOfAbsoluteFilePathInOneString(const std::string &actorType)\r
 148 { \r
 149   vvImageReader *reader = NULL;\r
 150 \r
 151   if(actorType=="image")\r
 152     reader = mReader;\r
 153   else if(actorType=="overlay")\r
 154     reader = mOverlayReader;\r
 155   else if(actorType=="fusion")\r
 156     reader = mFusionReader;\r
 157   else if(actorType=="vector")\r
 158     reader = mVectorReader;\r
 159   else if(actorType=="fusionSequence")\r
 160         reader = mFusionSequenceReader;\r
 161 \r
 162   if(!reader)\r
 163     return "";\r
 164 \r
 165   std::string list;\r
 166   for(unsigned int i=0; i<reader->GetInputFilenames().size(); i++){\r
 167     QFileInfo fileinfo(reader->GetInputFilenames()[i].c_str()); //Do not show the path\r
 168     if(i)\r
 169       list += '\n';\r
 170     list += fileinfo.absoluteFilePath().toStdString();\r
 171   }\r
 172   return list;\r
 173 }\r
 174 //----------------------------------------------------------------------------\r
 175 \r
 176 \r
 177 //----------------------------------------------------------------------------\r
 178 bool vvSlicerManager::SetImage(std::string filename, vvImageReader::LoadedImageType type, int n, unsigned int slice)\r
 179 { \r
 180   mType = type;\r
 181   if (mReader.IsNull())\r
 182     mReader = vvImageReader::New();\r
 183   std::vector<std::string> filenames;\r
 184   filenames.push_back(filename);\r
 185   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 186   mReader->SetSlice(slice); // Only used for SLICED type\r
 187   mReader->Update(type);\r
 188 \r
 189   SetFilename(filename, n);\r
 190   //  mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 191   //mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 192   //mBaseFileNameNumber = n;\r
 193 \r
 194   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 195     mImage=mReader->GetOutput();\r
 196     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 197       mSlicers[i]->SetFileName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 198       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 199     }\r
 200   } else {\r
 201     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 202     return false;\r
 203   }\r
 204   // if (n!=0) {\r
 205   //   mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 206   // }\r
 207   return true;\r
 208 }\r
 209 //----------------------------------------------------------------------------\r
 210 \r
 211 \r
 212 //----------------------------------------------------------------------------\r
 213 void vvSlicerManager::SetImage(vvImage::Pointer image)\r
 214 { \r
 215   mImage=image;\r
 216   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 217     mSlicers[i]->SetImage(image);\r
 218   }\r
 219 }\r
 220 //----------------------------------------------------------------------------\r
 221 \r
 222 \r
 223 //----------------------------------------------------------------------------\r
 224 bool vvSlicerManager::SetImages(std::vector<std::string> filenames, vvImageReader::LoadedImageType type, int n)\r
 225 { \r
 226   mType = type;\r
 227   std::string fileWithoutExtension = vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(filenames[0]);\r
 228   if (type == vvImageReader::DICOM)\r
 229     fileWithoutExtension += "_dicom";\r
 230   else if (type == vvImageReader::MERGED)\r
 231     fileWithoutExtension += "_merged";\r
 232   else if (type == vvImageReader::MERGEDWITHTIME)\r
 233     fileWithoutExtension += "_merged_wt";\r
 234 \r
 235   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 236   mFileName = fileWithoutExtension + vtksys::SystemTools::GetFilenameExtension(filenames[0]);\r
 237   if (mReader.IsNull())\r
 238     mReader = vvImageReader::New();\r
 239   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 240   mReader->Update(type);\r
 241 \r
 242   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 243   mBaseFileNameNumber = n;\r
 244 \r
 245   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 246     mImage=mReader->GetOutput();\r
 247     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 248       mSlicers[i]->SetFileName(fileWithoutExtension);\r
 249       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 250     }\r
 251   } else {\r
 252     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 253     return false;\r
 254   }\r
 255   if (n!=0) {\r
 256     mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 257   }\r
 258   return true;\r
 259 }\r
 260 //----------------------------------------------------------------------------\r
 261 \r
 262 \r
 263 //----------------------------------------------------------------------------\r
 264 bool vvSlicerManager::SetOverlay(std::vector<std::string> filenames,int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 265 { \r
 266   mOverlayName = filenames[0];\r
 267   mOverlayComponent = component;\r
 268   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 269     mLastError = " Overlay dimension cannot be greater than reference image!";\r
 270     return false;\r
 271   }\r
 272   if (mOverlayReader.IsNull())\r
 273     mOverlayReader = vvImageReader::New();\r
 274   mOverlayReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 275   mOverlayReader->Update(type);\r
 276   if (mOverlayReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 277     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 278       mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
 279     }\r
 280   } else {\r
 281     mLastError = mOverlayReader->GetLastError();\r
 282     return false;\r
 283   }\r
 284   return true;\r
 285 }\r
 286 //----------------------------------------------------------------------------\r
 287 \r
 288 \r
 289 //----------------------------------------------------------------------------\r
 290 bool vvSlicerManager::SetFusion(std::vector<std::string> filenames,int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 291 { \r
 292   mFusionName = filenames[0];\r
 293   mFusionComponent = component;\r
 294   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 295     mLastError = " Fusion dimension cannot be greater than reference image!";\r
 296     return false;\r
 297   }\r
 298   if (mFusionReader.IsNull())\r
 299     mFusionReader = vvImageReader::New();\r
 300   mFusionReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 301   mFusionReader->Update(type);\r
 302   if (mFusionReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 303     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 304       mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
 305     }\r
 306   } else {\r
 307     mLastError = mFusionReader->GetLastError();\r
 308     return false;\r
 309   }\r
 310   double *fusRange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 311   mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 312   mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 313 \r
 314   return true;\r
 315 }\r
 316 //----------------------------------------------------------------------------\r
 317 \r
 318 //----------------------------------------------------------------------------\r
 319 //this function is called by vvMainWindow::AddFusionSequence for the primary sequence (CT), while the given files constitute the secondary sequence.\r
 320 bool vvSlicerManager::SetFusionSequence(std::vector<std::string> filenames, int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 321 { \r
 322         mFusionSequenceInvolvementCode = 0;\r
 323 \r
 324         mFusionName = filenames[0];\r
 325         mFusionComponent = component;\r
 326 \r
 327         if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 328                 mLastError = " Fusion Sequence dimension cannot be greater than reference image!";\r
 329                 return false;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         if (mFusionSequenceReader.IsNull())\r
 333                 mFusionSequenceReader = vvImageReader::New();\r
 334 \r
 335         mFusionSequenceReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 336         mFusionSequenceReader->Update(type);\r
 337 \r
 338 \r
 339         if (mFusionSequenceReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 340                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 341                         mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 342                 }\r
 343         } else {\r
 344                 mLastError = mFusionSequenceReader->GetLastError();\r
 345                 return false;\r
 346         }\r
 347         double *fusRange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 348         mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 349         mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 350 \r
 351         //store the initial transform matrices of each frame, and reset them to identity\r
 352         mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
 353         for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size() ; i++) {\r
 354                 AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
 355                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 356                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Update();\r
 357         }\r
 358 \r
 359         //adjust the time slider in the overlay panel\r
 360         mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size(); \r
 361         mFusionSequenceFrameIndex = std::max<int>( 0, std::min<int>(mFusionSequenceFrameIndex, mFusionSequenceNbFrames));\r
 362 \r
 363         return true;\r
 364 }\r
 365 //----------------------------------------------------------------------------\r
 366 \r
 367 \r
 368 //----------------------------------------------------------------------------\r
 369 bool vvSlicerManager::SetVF(std::string filename)\r
 370 { \r
 371   if (mVectorReader.IsNull())\r
 372     mVectorReader = vvImageReader::New();\r
 373   mVectorReader->SetInputFilename(filename);\r
 374   \r
 375   if (mType == vvImageReader::IMAGEWITHTIME)\r
 376     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELDWITHTIME);\r
 377   else\r
 378     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD);\r
 379   if (mVectorReader->GetLastError().size() != 0) {\r
 380     mLastError = mVectorReader->GetLastError();\r
 381     return false;\r
 382   } else\r
 383     return SetVF(mVectorReader->GetOutput(),filename);\r
 384 }\r
 385 //----------------------------------------------------------------------------\r
 386 \r
 387 \r
 388 //----------------------------------------------------------------------------\r
 389 bool vvSlicerManager::SetVF(vvImage::Pointer vf,std::string filename)\r
 390 { \r
 391   if (vf->GetNumberOfDimensions() > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 392     mLastError = "Sorry, vector field dimension cannot be greater then reference image.";\r
 393     return false;\r
 394   }\r
 395   if (vf->GetNumberOfDimensions() == 4) {\r
 396     if (vf->GetSpacing()[3] != mImage->GetSpacing()[3]) {\r
 397       mLastError = "Sorry, vector field time spacing cannot be different from time spacing of the reference image.";\r
 398       return false;\r
 399     }\r
 400     if (vf->GetOrigin()[3] != mImage->GetOrigin()[3]) {\r
 401       mLastError = "Sorry, vector field time origin cannot be different from time origin of the reference image.";\r
 402       return false;\r
 403     }\r
 404   }\r
 405   mVF=vf;\r
 406   mVFName = filename;\r
 407   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 408     mSlicers[i]->SetVF(vf);\r
 409   }\r
 410   return true;\r
 411 }\r
 412 //----------------------------------------------------------------------------\r
 413 \r
 414 \r
 415 //----------------------------------------------------------------------------\r
 416 vvSlicer* vvSlicerManager::GetSlicer(int i)\r
 417 { \r
 418   return mSlicers[i];\r
 419 }\r
 420 //----------------------------------------------------------------------------\r
 421 \r
 422 \r
 423 //----------------------------------------------------------------------------\r
 424 void vvSlicerManager::UpdateSlicer(int num, bool state)\r
 425 { \r
 426   if (mSlicers[num]->GetImage()) {\r
 427     mSlicers[num]->SetDisplayMode(state);\r
 428   }\r
 429 }\r
 430 //----------------------------------------------------------------------------\r
 431 \r
 432 \r
 433 //----------------------------------------------------------------------------\r
 434 void vvSlicerManager::SetSlicerWindow(int i, vtkRenderWindow* RW)\r
 435 { \r
 436   mSlicers[i]->SetRenderWindow(i,RW);\r
 437 }\r
 438 //----------------------------------------------------------------------------\r
 439 \r
 440 \r
 441 //----------------------------------------------------------------------------\r
 442 void vvSlicerManager::SetInteractorStyleNavigator(int i, vtkInteractorStyle* style)\r
 443 { \r
 444   vvSlicerManagerCommand *smc = vvSlicerManagerCommand::New();\r
 445   smc->SM = this;\r
 446   smc->SetSlicerNumber(i);\r
 447   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->SetInteractorStyle(style);\r
 448 \r
 449   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 450     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::KeyPressEvent, smc);\r
 451   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 452     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::WindowLevelEvent, smc);\r
 453   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 454     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndWindowLevelEvent, smc);\r
 455   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 456     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartWindowLevelEvent, smc);\r
 457   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 458     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::PickEvent, smc);\r
 459   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 460     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartPickEvent, smc);\r
 461   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 462     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeaveEvent, smc);\r
 463   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 464     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::UserEvent, smc);\r
 465   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 466     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelForwardEvent, smc);\r
 467   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 468     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelBackwardEvent, smc);\r
 469   // mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 470   //   GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent, smc);\r
 471   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 472     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndPickEvent, smc);\r
 473   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 474     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndInteractionEvent, smc);\r
 475   smc->Delete();\r
 476 }\r
 477 //----------------------------------------------------------------------------\r
 478 \r
 479 \r
 480 //----------------------------------------------------------------------------\r
 481 void vvSlicerManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer)\r
 482 { \r
 483   emit LeftButtonReleaseSignal(slicer);\r
 484 }\r
 485 //----------------------------------------------------------------------------\r
 486 \r
 487 \r
 488 //----------------------------------------------------------------------------\r
 489 void vvSlicerManager::EmitMousePositionUpdated(int slicer)\r
 490 { \r
 491   emit MousePositionUpdatedSignal(slicer);\r
 492 }\r
 493 //----------------------------------------------------------------------------\r
 494 \r
 495 \r
 496 //----------------------------------------------------------------------------\r
 497 void vvSlicerManager::EmitKeyPressed(std::string KeyPress)\r
 498 { \r
 499   emit KeyPressedSignal(KeyPress);\r
 500 }\r
 501 //----------------------------------------------------------------------------\r
 502 \r
 503 \r
 504 //----------------------------------------------------------------------------\r
 505 void vvSlicerManager::SetSliceOrientation(int slicer, int orientation)\r
 506 { \r
 507   mSlicers[slicer]->SetSliceOrientation(orientation);\r
 508   emit UpdateOrientation(slicer, orientation);\r
 509 }\r
 510 //----------------------------------------------------------------------------\r
 511 \r
 512 //----------------------------------------------------------------------------\r
 513 int vvSlicerManager::GetTSlice()\r
 514 { \r
 515   return mSlicers[0]->GetTSlice();\r
 516 }\r
 517 //----------------------------------------------------------------------------\r
 518 \r
 519 //----------------------------------------------------------------------------\r
 520 void vvSlicerManager::SetTSlice(int slice, bool updateLinkedImages)\r
 521 { \r
 522         if (!updateLinkedImages) { //for fusionSequence, TMax / MaxCurrentTSlice are irrelevant.\r
 523                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 524                         mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 525                         UpdateTSlice(i);\r
 526                 }\r
 527                 return;\r
 528         }\r
 529 \r
 530   if (slice < 0)\r
 531     slice = 0;\r
 532   else if (slice > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 533     slice = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 534   if (mLandmarks)\r
 535     mLandmarks->SetTime(slice);\r
 536   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 537     if (slice != mSlicers[i]->GetMaxCurrentTSlice()) {\r
 538       mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 539       UpdateTSlice(i);\r
 540     }\r
 541   }\r
 542 }\r
 543 //----------------------------------------------------------------------------\r
 544 \r
 545 \r
 546 //----------------------------------------------------------------------------\r
 547 void vvSlicerManager::SetFusionSequenceTSlice(int slice)\r
 548 { \r
 549         for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 550                 mSlicers[i]->SetFusionSequenceTSlice(slice);\r
 551                 UpdateTSlice(i);\r
 552         }\r
 553 }\r
 554 //----------------------------------------------------------------------------\r
 555 \r
 556 \r
 557 //----------------------------------------------------------------------------\r
 558 void vvSlicerManager::SetNextTSlice(int originating_slicer)\r
 559 { \r
 560   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 561   t++;\r
 562   if (t > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 563     t = 0;\r
 564   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 565 }\r
 566 //----------------------------------------------------------------------------\r
 567 \r
 568 \r
 569 //----------------------------------------------------------------------------\r
 570 void vvSlicerManager::SetPreviousTSlice(int originating_slicer)\r
 571 { \r
 572   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 573   t--;\r
 574   if (t < 0)\r
 575     t = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 576   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 577 }\r
 578 //----------------------------------------------------------------------------\r
 579 \r
 580 \r
 581 //----------------------------------------------------------------------------\r
 582 void vvSlicerManager::ToggleInterpolation()\r
 583 { \r
 584   bool interpolate=!(mSlicers[0]->GetImageActor()->GetInterpolate());\r
 585   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 586     mSlicers[i]->GetImageActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 587     if (mSlicers[i]->GetOverlayActor())\r
 588       mSlicers[i]->GetOverlayActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 589     if (mSlicers[i]->GetFusionActor())\r
 590       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 591   }\r
 592 }\r
 593 //----------------------------------------------------------------------------\r
 594 \r
 595 \r
 596 //----------------------------------------------------------------------------\r
 597 void vvSlicerManager::SetTSliceInSlicer(int tslice, int slicer)\r
 598 { \r
 599   if (tslice < 0)\r
 600     tslice = 0;\r
 601   else if (tslice > mSlicers[slicer]->GetTMax())\r
 602     tslice = mSlicers[slicer]->GetTMax();\r
 603   if (mLandmarks)\r
 604     mLandmarks->SetTime(tslice);\r
 605 \r
 606   if (mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice() == tslice) return;\r
 607 \r
 608   mSlicers[slicer]->SetTSlice(tslice);\r
 609 \r
 610   if(mSlicingPreset==VOXELS_SLICING) {\r
 611     vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
 612     mImage->GetTransform()[mSlicers[slicer]->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
 613     this->GetSlicer(slicer)->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
 614     imageTransformInverse->Delete();\r
 615   }\r
 616 \r
 617   UpdateTSlice(slicer);\r
 618 }\r
 619 //----------------------------------------------------------------------------\r
 620 \r
 621 \r
 622 //----------------------------------------------------------------------------\r
 623 void vvSlicerManager::SetColorWindow(double s)\r
 624 { \r
 625   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 626     mSlicers[i]->SetColorWindow(s);\r
 627   }\r
 628 }\r
 629 //----------------------------------------------------------------------------\r
 630 \r
 631 //----------------------------------------------------------------------------\r
 632 void vvSlicerManager::SetColorLevel(double s)\r
 633 { \r
 634   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 635     mSlicers[i]->SetColorLevel(s);\r
 636   }\r
 637 }\r
 638 //----------------------------------------------------------------------------\r
 639 \r
 640 //----------------------------------------------------------------------------\r
 641 void vvSlicerManager::SetOverlayColorWindow(double s)\r
 642 { \r
 643   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 644     mSlicers[i]->SetOverlayColorWindow(s);\r
 645   }\r
 646 }\r
 647 //----------------------------------------------------------------------------\r
 648 \r
 649 //----------------------------------------------------------------------------\r
 650 void vvSlicerManager::SetOverlayColorLevel(double s)\r
 651 { \r
 652   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 653     mSlicers[i]->SetOverlayColorLevel(s);\r
 654   }\r
 655 }\r
 656 //----------------------------------------------------------------------------\r
 657 \r
 658 //----------------------------------------------------------------------------\r
 659 void vvSlicerManager::SetLinkOverlayWindowLevel(bool b)\r
 660 { \r
 661   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 662     mSlicers[i]->SetLinkOverlayWindowLevel(b);\r
 663   }\r
 664 }\r
 665 //----------------------------------------------------------------------------\r
 666 \r
 667 //----------------------------------------------------------------------------\r
 668 void vvSlicerManager::SetCursorAndCornerAnnotationVisibility(int s)\r
 669 { \r
 670   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 671     mSlicers[i]->SetCursorVisibility(s);\r
 672     mSlicers[i]->SetCornerAnnotationVisibility(s);\r
 673   }\r
 674 }\r
 675 //----------------------------------------------------------------------------\r
 676 \r
 677 //----------------------------------------------------------------------------\r
 678 void vvSlicerManager::SetOpacity(int i, double factor)\r
 679 { \r
 680   mSlicers[i]->SetOpacity(1/factor);\r
 681 }\r
 682 //----------------------------------------------------------------------------\r
 683 \r
 684 \r
 685 //----------------------------------------------------------------------------\r
 686 void vvSlicerManager::UpdateViews(int current,int slicer)\r
 687 { \r
 688   double p[3], pt[3];\r
 689   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 690   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 691   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 692   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 693 \r
 694   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])\r
 695     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 696   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])\r
 697     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 698   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])\r
 699     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 700 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
 701   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 702       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 703       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 704       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 705       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 706       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
 707     mSlicers[slicer]->UpdateCursorPosition();\r
 708     mSlicers[slicer]->SetCursorColor(10,212,255);\r
 709     mSelectedSlicer = slicer;\r
 710 \r
 711     switch (mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation()) {\r
 712     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 713       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 714         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 715       break;\r
 716 \r
 717     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 718       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 719         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 720       break;\r
 721 \r
 722     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 723       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 724         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 725       break;\r
 726     }\r
 727     mSlicers[slicer]->Render();\r
 728 \r
 729     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 730       if (i != (unsigned int)slicer\r
 731           && mSlicers[i]->GetRenderer()->GetDraw()\r
 732           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[0] > 2\r
 733           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[1] > 2) {\r
 734         mSlicers[i]->SetCurrentPosition(p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 735         mSlicers[i]->UpdateCursorPosition();\r
 736         if (current) { //do not display corner annotation if image is the one picked\r
 737           mSlicers[i]->SetCurrentPosition(-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,\r
 738                                           -VTK_DOUBLE_MAX, mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 739           mSlicers[i]->SetCursorColor(255,10,212);\r
 740         } else {\r
 741           mSlicers[i]->SetCursorColor(150,10,282);\r
 742         }\r
 743         switch (mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 744         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 745           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 746             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 747           break;\r
 748 \r
 749         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 750           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 751             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 752           break;\r
 753 \r
 754         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 755           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 756             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 757           break;\r
 758         }\r
 759         \r
 760         mSlicers[i]->Render();\r
 761         \r
 762         UpdateSlice(i);\r
 763         UpdateTSlice(i);\r
 764       }\r
 765     }\r
 766   }\r
 767 #else\r
 768 int extentImageReslice[6];\r
 769 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
 770   if (x >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
 771       x <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
 772       y >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
 773       y <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
 774       z >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
 775       z <= extentImageReslice[5]+0.5) {\r
 776     mSlicers[slicer]->UpdateCursorPosition();\r
 777     mSlicers[slicer]->SetCursorColor(10,212,255);\r
 778     mSelectedSlicer = slicer;\r
 779 \r
 780     switch (mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation()) {\r
 781     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 782       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 783         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 784       break;\r
 785 \r
 786     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 787       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 788         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 789       break;\r
 790 \r
 791     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 792       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 793         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 794       break;\r
 795     }\r
 796     mSlicers[slicer]->Render();\r
 797 \r
 798     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 799       if (i != (unsigned int)slicer\r
 800           && mSlicers[i]->GetRenderer()->GetDraw()\r
 801           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[0] > 2\r
 802           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[1] > 2) {\r
 803         mSlicers[i]->SetCurrentPosition(p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 804         mSlicers[i]->UpdateCursorPosition();\r
 805         if (current) { //do not display corner annotation if image is the one picked\r
 806           mSlicers[i]->SetCurrentPosition(-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,\r
 807                                           -VTK_DOUBLE_MAX, mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 808           mSlicers[i]->SetCursorColor(255,10,212);\r
 809         } else {\r
 810           mSlicers[i]->SetCursorColor(150,10,282);\r
 811         }\r
 812         switch (mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 813         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 814           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 815             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 816           break;\r
 817 \r
 818         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 819           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 820             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 821           break;\r
 822 \r
 823         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 824           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 825             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 826           break;\r
 827         }\r
 828         \r
 829         mSlicers[i]->Render();\r
 830         \r
 831         UpdateSlice(i);\r
 832         UpdateTSlice(i);\r
 833       }\r
 834     }\r
 835   }\r
 836 #endif\r
 837 }\r
 838 //----------------------------------------------------------------------------\r
 839 \r
 840 \r
 841 //----------------------------------------------------------------------------\r
 842 void vvSlicerManager::UpdateLinked(int slicer)\r
 843 { \r
 844   double p[3], pt[3];\r
 845   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 846   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 847   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 848   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 849   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 850   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 851   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 852 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
 853   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 854       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 855       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 856       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 857       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 858       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
 859     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++) {\r
 860                 if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) {\r
 861                         //this SlicerManager is involved in fusionSequence => do not synchronize the times\r
 862                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], -1);\r
 863                 }\r
 864                 else {\r
 865                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 866                 }\r
 867     }\r
 868   }\r
 869 #else\r
 870 int extentImageReslice[6];\r
 871 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
 872   if (x >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
 873       x <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
 874       y >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
 875       y <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
 876       z >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
 877       z <= extentImageReslice[5]+0.5) {\r
 878     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++) {\r
 879                 if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) {\r
 880                         //this SlicerManager is involved in fusionSequence => do not synchronize the times\r
 881                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], -1);\r
 882                 }\r
 883                 else {\r
 884                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 885                 }\r
 886     }\r
 887   }\r
 888 #endif\r
 889 }\r
 890 //----------------------------------------------------------------------------\r
 891 \r
 892 //----------------------------------------------------------------------------\r
 893 void vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation(vvSlicer *refSlicer, bool bPropagate)\r
 894 { \r
 895   vtkCamera *refCam = refSlicer->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 896 \r
 897   double refPosition[3];\r
 898   refCam->GetPosition(refPosition);\r
 899   refPosition[refSlicer->GetSliceOrientation()] = refSlicer->GetSlice() *\r
 900       refSlicer->GetInput()->GetSpacing()[refSlicer->GetSliceOrientation()] +\r
 901       refSlicer->GetInput()->GetOrigin()[refSlicer->GetSliceOrientation()];\r
 902 \r
 903   refSlicer->GetSlicingTransform()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 904   mSlicers[0]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 905 \r
 906   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 907     vtkCamera *camera = mSlicers[i]->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 908     camera->SetParallelScale(refCam->GetParallelScale());\r
 909 \r
 910     double position[3], focal[3];\r
 911     camera->GetPosition(position);\r
 912     camera->GetFocalPoint(focal);\r
 913 \r
 914     for(int j=0; j<3; j++) {\r
 915       if(j!=mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 916         position[j] = refPosition[j];\r
 917         focal[j]    = refPosition[j];\r
 918       }\r
 919     }\r
 920 \r
 921     camera->SetFocalPoint(focal);\r
 922     camera->SetPosition(position);\r
 923 \r
 924     //Fix for bug #243\r
 925     mSlicers[i]->ForceUpdateDisplayExtent();\r
 926   }\r
 927   \r
 928   Render();\r
 929   if(bPropagate)\r
 930     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++)\r
 931       emit UpdateLinkedNavigation(*i, this, refSlicer);\r
 932 }\r
 933 //----------------------------------------------------------------------------\r
 934 \r
 935 //----------------------------------------------------------------------------\r
 936 double vvSlicerManager::GetColorWindow() const\r
 937 { \r
 938   if (mSlicers.size())\r
 939     return mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
 940   return -1;\r
 941 }\r
 942 //----------------------------------------------------------------------------\r
 943 \r
 944 \r
 945 //----------------------------------------------------------------------------\r
 946 double vvSlicerManager::GetColorLevel() const\r
 947 { \r
 948   if (mSlicers.size())\r
 949     return mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
 950   return -1;\r
 951 }\r
 952 //----------------------------------------------------------------------------\r
 953 \r
 954 //----------------------------------------------------------------------------\r
 955 double vvSlicerManager::GetOverlayColorWindow() const\r
 956 { \r
 957   if (mSlicers.size())\r
 958     return mSlicers[0]->GetOverlayColorWindow();\r
 959   return -1;\r
 960 }\r
 961 //----------------------------------------------------------------------------\r
 962 \r
 963 //----------------------------------------------------------------------------\r
 964 double vvSlicerManager::GetOverlayColorLevel() const\r
 965 { \r
 966   if (mSlicers.size())\r
 967     return mSlicers[0]->GetOverlayColorLevel();\r
 968   return -1;\r
 969 }\r
 970 //----------------------------------------------------------------------------\r
 971 \r
 972 //----------------------------------------------------------------------------\r
 973 bool vvSlicerManager::GetLinkOverlayWindowLevel() const\r
 974 { \r
 975   if (mSlicers.size())\r
 976     return mSlicers[0]->GetLinkOverlayWindowLevel();\r
 977   return -1;\r
 978 }\r
 979 //----------------------------------------------------------------------------\r
 980 \r
 981 //------------------------------------------------------------------------------\r
 982 void vvSlicerManager::ResetTransformationToIdentity(const std::string actorType)\r
 983 { \r
 984   if(actorType == "image")\r
 985     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 986       this->GetImage()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 987   else if(actorType == "overlay")\r
 988     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 989       this->GetSlicer(0)->GetOverlay()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 990   else if(actorType == "fusion")\r
 991     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 992       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 993   else if(actorType == "fusionSequence") //TODO: Check what should really be done here\r
 994     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 995       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 996   else if(actorType == "vf")\r
 997     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 998       this->GetVF()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 999   else\r
1000     return;\r
1001 \r
1002   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
1003     this->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();\r
1004     this->GetSlicer(i)->ResetCamera();\r
1005     this->GetSlicer(i)->Render();\r
1006   }\r
1007 }\r
1008 //------------------------------------------------------------------------------\r
1009 \r
1010 //----------------------------------------------------------------------------\r
1011 void vvSlicerManager::Render()\r
1012 { \r
1013   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1014     mSlicers[i]->Render();\r
1015   }\r
1016 }\r
1017 //----------------------------------------------------------------------------\r
1018 \r
1019 \r
1020 //----------------------------------------------------------------------------\r
1021 void vvSlicerManager::GenerateDefaultLookupTable()\r
1022 { \r
1023   SetPreset(mPreset);\r
1024   SetColorMap(mColorMap);\r
1025 }\r
1026 //----------------------------------------------------------------------------\r
1027 \r
1028 \r
1029 //----------------------------------------------------------------------------\r
1030 void vvSlicerManager::Reload()\r
1031 { \r
1032   mReader->Update(mType);\r
1033   mImage=mReader->GetOutput();\r
1034   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1035     mSlicers[i]->SetImage(mImage);\r
1036   }\r
1037   \r
1038   //if this image is the primary sequence of a fusion sequence, then the main transform matrix should be updated.\r
1039   if (this->IsMainSequenceOfFusionSequence()) {\r
1040           SetFusionSequenceMainTransformMatrix( mImage->GetTransform()[0]->GetMatrix() );\r
1041   }\r
1042 }\r
1043 //----------------------------------------------------------------------------\r
1044 \r
1045 \r
1046 //----------------------------------------------------------------------------\r
1047 void vvSlicerManager::ReloadFusion()\r
1048 { \r
1049   mFusionReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),mType);\r
1050 \r
1051   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1052     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
1053     mSlicers[i]->Render();\r
1054   }\r
1055 }\r
1056 //----------------------------------------------------------------------------\r
1057 \r
1058 //----------------------------------------------------------------------------\r
1059 //the secondary sequence is being reloaded.\r
1060 void vvSlicerManager::ReloadFusionSequence()\r
1061 { \r
1062   //  this is to keep the slice thickness, which needs to be artificially increased for visualization\r
1063   double sp_x, sp_y, sp_z;\r
1064   this->GetImage()->GetVTKImages()[0]->GetSpacing(sp_x, sp_y, sp_z);\r
1065 \r
1066   mFusionSequenceReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),vvImageReader::MERGEDWITHTIME);\r
1067 \r
1068   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1069     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), 1);\r
1070     mSlicers[i]->Render();\r
1071   }\r
1072 \r
1073   //Update the slider\r
1074   mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size();\r
1075   if (mFusionSequenceFrameIndex>=mFusionSequenceNbFrames) {\r
1076           mFusionSequenceFrameIndex=0;\r
1077   }\r
1078 \r
1079   //Update the list of initial transforms\r
1080   mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
1081   for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceNbFrames ; i++) {\r
1082           this->AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
1083   }\r
1084 \r
1085   //  also update the slice thickness\r
1086   for (unsigned i=0 ; i<this->GetImage()->GetTransform().size() ; i++) {\r
1087     sp_x = this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->GetSpacing()[0];\r
1088     sp_y = this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->GetSpacing()[1];\r
1089     this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->SetSpacing( sp_x, sp_y, sp_z);\r
1090   }\r
1091 \r
1092 }\r
1093 //----------------------------------------------------------------------------\r
1094 \r
1095 \r
1096 //----------------------------------------------------------------------------\r
1097 void vvSlicerManager::ReloadOverlay()\r
1098 { \r
1099   mOverlayReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mOverlayComponent.c_str(),mType);\r
1100   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1101     mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
1102     mSlicers[i]->Render();\r
1103   }\r
1104 }\r
1105 //----------------------------------------------------------------------------\r
1106 \r
1107 \r
1108 //----------------------------------------------------------------------------\r
1109 void vvSlicerManager::ReloadVF()\r
1110 { \r
1111   mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD); //deletes the old images through the VF::Init() function\r
1112   mVF=mVectorReader->GetOutput();\r
1113   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1114     mSlicers[i]->SetVF(mVF);\r
1115     mSlicers[i]->Render();\r
1116   }\r
1117 }\r
1118 //----------------------------------------------------------------------------\r
1119 \r
1120 \r
1121 //----------------------------------------------------------------------------\r
1122 void vvSlicerManager::RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index)\r
1123 { \r
1124   if (actor_type =="overlay")\r
1125     mOverlayReader = NULL;\r
1126 \r
1127   if (actor_type =="fusion")\r
1128     mFusionReader = NULL;\r
1129 \r
1130   if (actor_type =="fusionSequence") {\r
1131     mFusionSequenceReader = NULL;\r
1132   }\r
1133 \r
1134   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1135     mSlicers[i]->RemoveActor(actor_type,overlay_index);\r
1136 \r
1137   if (actor_type=="vector") {\r
1138     mVF=NULL;\r
1139     mVectorReader=NULL;\r
1140   }\r
1141 }\r
1142 //----------------------------------------------------------------------------\r
1143 \r
1144 \r
1145 //----------------------------------------------------------------------------\r
1146 void vvSlicerManager::RemoveActors()\r
1147 { \r
1148   ///This method leaks a few objects. See RemoveActor for what a\r
1149   ///correct implementation would look like\r
1150   //DS -> probably due to the reader (now released in the\r
1151   //RemoveActor() function. (I hope)\r
1152   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1153     mSlicers[i]->SetDisplayMode(0);\r
1154     mSlicers[i]->GetRenderer()->RemoveActor(mSlicers[i]->GetImageActor());\r
1155   }\r
1156 }\r
1157 //----------------------------------------------------------------------------\r
1158 \r
1159 \r
1160 //----------------------------------------------------------------------------\r
1161 void vvSlicerManager::UpdateInfoOnCursorPosition(int slicer)\r
1162 { \r
1163   //  int view = mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation();\r
1164   //  int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1165   double x = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[0];\r
1166   double y = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[1];\r
1167   double z = mSlicers[slicer]->GetCursorPosition()[2];\r
1168   double X = (x - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])/\r
1169     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1170   double Y = (y - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])/\r
1171     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1172   double Z = (z - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])/\r
1173     mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1174   double xyz[3], xyzTransform[3];\r
1175   xyz[0] = x;\r
1176   xyz[1] = y;\r
1177   xyz[2] = z;\r
1178   mSlicers[slicer]->GetConcatenatedTransform()->TransformPoint(xyz, xyzTransform);\r
1179   double XTransform = (xyzTransform[0] - mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetOrigin()[0])/\r
1180     mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetSpacing()[0];\r
1181   double YTransform = (xyzTransform[1] - mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetOrigin()[1])/\r
1182     mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetSpacing()[1];\r
1183   double ZTransform = (xyzTransform[2] - mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetOrigin()[2])/\r
1184     mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[GetTSlice()]->GetSpacing()[2];\r
1185   double value = -VTK_DOUBLE_MAX;\r
1186   int displayVec = 0;\r
1187   double xVec=0, yVec=0, zVec=0, valueVec=0;\r
1188   int displayOver = 0;\r
1189   int displayFus = 0;\r
1190   double valueOver=0, valueFus=0;\r
1191 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1192     if (XTransform >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0] &&\r
1193       XTransform <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1] &&\r
1194       YTransform >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2] &&\r
1195       YTransform <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3] &&\r
1196       ZTransform >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4] &&\r
1197       ZTransform <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]) {\r
1198 \r
1199     value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[slicer]->GetInput(), X, Y, Z);\r
1200 \r
1201     if (mSlicers[slicer]->GetVFActor() ) {\r
1202       displayVec = 1;\r
1203       unsigned int currentTime = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1204       vtkImageData *vf = NULL;\r
1205 \r
1206       if (mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages().size() > currentTime)\r
1207         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[currentTime];\r
1208       else\r
1209         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[0];\r
1210 \r
1211       if (vf) {\r
1212         double Xvf = (x - vf->GetOrigin()[0])/ vf->GetSpacing()[0];\r
1213         double Yvf = (y - vf->GetOrigin()[1])/ vf->GetSpacing()[1];\r
1214         double Zvf = (z - vf->GetOrigin()[2])/ vf->GetSpacing()[2];\r
1215         xVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 0);\r
1216         yVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 1);\r
1217         zVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 2);\r
1218         valueVec = sqrt(xVec*xVec + yVec*yVec + zVec*zVec);\r
1219       }\r
1220     }\r
1221     if (mSlicers[slicer]->GetOverlayActor() ) {\r
1222       displayOver = 1;\r
1223       vtkImageData *overlay = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetOverlayMapper()->GetInput());\r
1224       double Xover = (x - overlay->GetOrigin()[0]) / overlay->GetSpacing()[0];\r
1225       double Yover = (y - overlay->GetOrigin()[1]) / overlay->GetSpacing()[1];\r
1226       double Zover = (z - overlay->GetOrigin()[2]) / overlay->GetSpacing()[2];\r
1227       valueOver = this->GetScalarComponentAsDouble(overlay, Xover, Yover, Zover);\r
1228     }\r
1229 \r
1230         if ( mSlicers[slicer]->GetFusionActor() ) {\r
1231                 displayFus = 1;\r
1232                 vtkImageData *fusion = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetFusionMapper()->GetInput());\r
1233                 double Xover = (x - fusion->GetOrigin()[0]) / fusion->GetSpacing()[0];\r
1234                 double Yover = (y - fusion->GetOrigin()[1]) / fusion->GetSpacing()[1];\r
1235                 double Zover = (z - fusion->GetOrigin()[2]) / fusion->GetSpacing()[2];\r
1236                 valueFus = this->GetScalarComponentAsDouble(fusion, Xover, Yover, Zover);\r
1237         }\r
1238         else if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) { \r
1239     //if the cursor moves over the 'independent' version of the secondary sequence\r
1240     //do not update the panel, just keep it as it is.\r
1241                 displayFus = 1;\r
1242                 valueFus = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN();\r
1243         }\r
1244 \r
1245     emit UpdatePosition(mSlicers[slicer]->GetCursorVisibility(),\r
1246                         x,y,z,XTransform,YTransform,ZTransform,value);\r
1247     emit UpdateVector(displayVec,xVec, yVec, zVec, valueVec);\r
1248     emit UpdateOverlay(displayOver,valueOver,value);\r
1249     emit UpdateFusion(displayFus,valueFus);\r
1250   }\r
1251 #else\r
1252 int extentImageReslice[6];\r
1253 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1254     if (XTransform >= extentImageReslice[0] &&\r
1255       XTransform <= extentImageReslice[1] &&\r
1256       YTransform >= extentImageReslice[2] &&\r
1257       YTransform <= extentImageReslice[3] &&\r
1258       ZTransform >= extentImageReslice[4] &&\r
1259       ZTransform <= extentImageReslice[5]) {\r
1260 \r
1261     value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[slicer]->GetInput(), X, Y, Z);\r
1262 \r
1263     if (mSlicers[slicer]->GetVFActor() ) {\r
1264       displayVec = 1;\r
1265       unsigned int currentTime = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1266       vtkImageData *vf = NULL;\r
1267 \r
1268       if (mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages().size() > currentTime)\r
1269         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[currentTime];\r
1270       else\r
1271         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[0];\r
1272 \r
1273       if (vf) {\r
1274         double Xvf = (x - vf->GetOrigin()[0])/ vf->GetSpacing()[0];\r
1275         double Yvf = (y - vf->GetOrigin()[1])/ vf->GetSpacing()[1];\r
1276         double Zvf = (z - vf->GetOrigin()[2])/ vf->GetSpacing()[2];\r
1277         xVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 0);\r
1278         yVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 1);\r
1279         zVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 2);\r
1280         valueVec = sqrt(xVec*xVec + yVec*yVec + zVec*zVec);\r
1281       }\r
1282     }\r
1283     if (mSlicers[slicer]->GetOverlayActor() ) {\r
1284       displayOver = 1;\r
1285       vtkImageData *overlay = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetOverlayMapper()->GetInput());\r
1286       double Xover = (x - overlay->GetOrigin()[0]) / overlay->GetSpacing()[0];\r
1287       double Yover = (y - overlay->GetOrigin()[1]) / overlay->GetSpacing()[1];\r
1288       double Zover = (z - overlay->GetOrigin()[2]) / overlay->GetSpacing()[2];\r
1289       valueOver = this->GetScalarComponentAsDouble(overlay, Xover, Yover, Zover);\r
1290     }\r
1291 \r
1292         if ( mSlicers[slicer]->GetFusionActor() ) {\r
1293                 displayFus = 1;\r
1294                 vtkImageData *fusion = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetFusionMapper()->GetInput());\r
1295                 double Xover = (x - fusion->GetOrigin()[0]) / fusion->GetSpacing()[0];\r
1296                 double Yover = (y - fusion->GetOrigin()[1]) / fusion->GetSpacing()[1];\r
1297                 double Zover = (z - fusion->GetOrigin()[2]) / fusion->GetSpacing()[2];\r
1298                 valueFus = this->GetScalarComponentAsDouble(fusion, Xover, Yover, Zover);\r
1299         }\r
1300         else if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) { \r
1301     //if the cursor moves over the 'independent' version of the secondary sequence\r
1302     //do not update the panel, just keep it as it is.\r
1303                 displayFus = 1;\r
1304                 valueFus = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN();\r
1305         }\r
1306 \r
1307     emit UpdatePosition(mSlicers[slicer]->GetCursorVisibility(),\r
1308                         x,y,z,XTransform,YTransform,ZTransform,value);\r
1309     emit UpdateVector(displayVec,xVec, yVec, zVec, valueVec);\r
1310     emit UpdateOverlay(displayOver,valueOver,value);\r
1311     emit UpdateFusion(displayFus,valueFus);\r
1312   }\r
1313 #endif\r
1314 }\r
1315 //----------------------------------------------------------------------------\r
1316 \r
1317 \r
1318 //----------------------------------------------------------------------------\r
1319 void vvSlicerManager::Activated()\r
1320 { \r
1321   emit currentImageChanged(mId);\r
1322 }\r
1323 //----------------------------------------------------------------------------\r
1324 \r
1325 \r
1326 //----------------------------------------------------------------------------\r
1327 void vvSlicerManager::Picked()\r
1328 { \r
1329   emit currentPickedImageChanged(mId);\r
1330 }\r
1331 //----------------------------------------------------------------------------\r
1332 \r
1333 \r
1334 //----------------------------------------------------------------------------\r
1335 void vvSlicerManager::UpdateWindowLevel()\r
1336 { \r
1337   emit WindowLevelChanged();\r
1338 }\r
1339 //----------------------------------------------------------------------------\r
1340 \r
1341 \r
1342 //----------------------------------------------------------------------------\r
1343 void vvSlicerManager::UpdateSlice(int slicer)\r
1344 { \r
1345   if (mPreviousSlice[slicer] == mSlicers[slicer]->GetSlice()) {\r
1346     //DD("============= NOTHING");\r
1347     return;\r
1348   }\r
1349   emit UpdateSlice(slicer, mSlicers[slicer]->GetSlice());\r
1350   mSlicers[slicer]->Render(); // DS <-- I add this, this could/must be the only Render ...\r
1351   mPreviousSlice[slicer] = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1352 }\r
1353 //----------------------------------------------------------------------------\r
1354 \r
1355 \r
1356 //----------------------------------------------------------------------------\r
1357 void vvSlicerManager::UpdateTSlice(int slicer)\r
1358 { \r
1359   int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1360 \r
1361   int tslice = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1362   //if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) tslice = mSlicers[slicer]->GetTSlice(); //actually, this is handled by the Slicer\r
1363 \r
1364   if (mPreviousSlice[slicer] == slice) {\r
1365     if (mPreviousTSlice[slicer] == tslice) {\r
1366       //      DD("************** NOTHING ***********");\r
1367       return;\r
1368     }\r
1369   }\r
1370   mPreviousSlice[slicer] = slice;\r
1371   mPreviousTSlice[slicer] = tslice;\r
1372 \r
1373   emit UpdateTSlice(slicer, tslice, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
1374 }\r
1375 //----------------------------------------------------------------------------\r
1376 \r
1377 \r
1378 //----------------------------------------------------------------------------\r
1379 void vvSlicerManager::UpdateSliceRange(int slicer)\r
1380 { \r
1381   emit UpdateSliceRange(slicer,\r
1382                         mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[0], mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[1],\r
1383                         0,mSlicers[slicer]->GetTMax());\r
1384 }\r
1385 //----------------------------------------------------------------------------\r
1386 \r
1387 //----------------------------------------------------------------------------\r
1388 void vvSlicerManager::SetSlicingPreset(SlicingPresetType preset)\r
1389 { \r
1390   if(mSlicingPreset==preset)\r
1391     return;\r
1392 \r
1393   vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
1394   mImage->GetTransform()[this->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
1395 \r
1396   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
1397     vvSlicer *s = this->GetSlicer(i);\r
1398     switch(preset)\r
1399     {\r
1400     case WORLD_SLICING:\r
1401       s->GetSlicingTransform()->Identity();\r
1402       break;\r
1403     case VOXELS_SLICING:\r
1404       s->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
1405       break;\r
1406     default:\r
1407       imageTransformInverse->Delete();\r
1408       return;\r
1409     }\r
1410     s->ForceUpdateDisplayExtent();\r
1411 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1412     s->SetSlice((s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2+1]\r
1413                 +s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2])/2.0);\r
1414 #else\r
1415     int extentImageReslice[6];\r
1416     s->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1417     s->SetSlice((extentImageReslice[s->GetSliceOrientation()*2+1]\r
1418                 +extentImageReslice[s->GetSliceOrientation()*2])/2.0);\r
1419 #endif\r
1420     s->ResetCamera();\r
1421     s->Render();\r
1422   }\r
1423 \r
1424   imageTransformInverse->Delete();\r
1425   mSlicingPreset = preset;\r
1426 }\r
1427 \r
1428 //----------------------------------------------------------------------------\r
1429 \r
1430 //----------------------------------------------------------------------------\r
1431 void vvSlicerManager::SetPreset(int preset)\r
1432 { \r
1433 \r
1434   //vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1435   double window = mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
1436   double level = mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
1437 \r
1438   std::string component_type=mImage->GetScalarTypeAsITKString();\r
1439   switch (preset) {\r
1440   case WL_AUTO:\r
1441     double range[2];\r
1442     mImage->GetScalarRange(range);\r
1443     window = range[1] - range[0];\r
1444     level = (range[1] + range[0])* 0.5;\r
1445     break;\r
1446   case WL_HOUNSFIELD:\r
1447     window = 2000;\r
1448     level = 0;\r
1449     break;\r
1450   case WL_SOFTTISSUE:\r
1451     window = 400;\r
1452     level = 20;\r
1453     break;\r
1454   case WL_LUNGS: // lungs (same as FOCAL)\r
1455     window = 1700;\r
1456     level = -300;\r
1457     break;\r
1458   case WL_BONES:\r
1459     window = 1000;\r
1460     level = 500;\r
1461     break;\r
1462   case WL_HEAD:\r
1463     window = 200;\r
1464     level = 70;\r
1465     break;\r
1466   case WL_BINARY:\r
1467     window = 1;\r
1468     level = 0.5;\r
1469     break;\r
1470   case WL_USER:\r
1471     break;\r
1472   case WL_VENTILATION:\r
1473     window=1.;\r
1474     level=0.;\r
1475     break;\r
1476   }\r
1477   mPreset = preset;\r
1478   this->SetColorWindow(window);\r
1479   this->SetColorLevel(level);\r
1480 \r
1481   //if (LUT)\r
1482   //{\r
1483   //    SetColorMap(-1);\r
1484   //}\r
1485 }\r
1486 //----------------------------------------------------------------------------\r
1487 \r
1488 \r
1489 //----------------------------------------------------------------------------\r
1490 void vvSlicerManager::SetLocalColorWindowing(const int slicer, const bool bCtrlKey)\r
1491 { \r
1492   double min, max;\r
1493   if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetFusion()) {\r
1494     int t = mSlicers[slicer]->GetFusionTSlice();\r
1495     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1496                                                           this->mSlicers[slicer]->GetFusion()->GetVTKImages()[t],\r
1497                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedFusionTransform());\r
1498     this->SetFusionWindow(max-min);\r
1499     this->SetFusionLevel(0.5*(min+max));\r
1500     this->SetColorMap(mColorMap);\r
1501   }\r
1502   else if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()) {\r
1503     int t = mSlicers[slicer]->GetOverlayTSlice();\r
1504     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1505                                                           this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()->GetVTKImages()[t],\r
1506                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedOverlayTransform());\r
1507     if(this->mSlicers[slicer]->GetLinkOverlayWindowLevel()){\r
1508       this->SetColorWindow(max-min);\r
1509       this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1510     } else {\r
1511       this->SetOverlayColorWindow(max-min);\r
1512       this->SetOverlayColorLevel(0.5*(min+max));\r
1513     }\r
1514   }\r
1515   else {\r
1516     int t = this->GetTSlice();\r
1517     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1518                                                           this->mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[t],\r
1519                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedTransform());\r
1520     this->SetColorWindow(max-min);\r
1521     this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1522     this->SetPreset(WL_USER);\r
1523   }\r
1524   this->Render();\r
1525   this->UpdateWindowLevel();\r
1526 }\r
1527 //----------------------------------------------------------------------------\r
1528 \r
1529 \r
1530 //----------------------------------------------------------------------------\r
1531 void vvSlicerManager::SetColorMap(int colormap)\r
1532 { \r
1533   double range[2];\r
1534 \r
1535   range[0] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[0];\r
1536   range[1] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[1];\r
1537 \r
1538   double window = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetWindow();\r
1539   double level = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLevel();\r
1540 \r
1541   vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1542   switch (colormap) {\r
1543   case -1:\r
1544     break;\r
1545   case 0:\r
1546     LUT = NULL;\r
1547     break;\r
1548   case 1:\r
1549     if (LUT == NULL)\r
1550       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1551     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1552     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1553     LUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1554     break;\r
1555   case 2:\r
1556     if (LUT == NULL)\r
1557       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1558     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1559     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1560     LUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1561     break;\r
1562   case 3:\r
1563     if (LUT == NULL)\r
1564       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1565     LUT->SetValueRange(0.5,1);\r
1566     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1567     LUT->SetHueRange(0.666,0);\r
1568     break;\r
1569   case 4:\r
1570     if (LUT == NULL)\r
1571       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1572     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1573     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1574     LUT->SetHueRange(0,1);\r
1575     LUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1576     break;\r
1577   case 5:\r
1578     if (LUT == NULL)\r
1579       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1580     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1581     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1582     LUT->SetHueRange(1,0.1);\r
1583     //LUT->SetRampToLinear();\r
1584     break;\r
1585   }\r
1586   if (LUT) {\r
1587     LUT->SetTableRange(level-fabs(window)/2,level+fabs(window)/2);\r
1588     LUT->Build();\r
1589   }\r
1590   vtkWindowLevelLookupTable* fusLUT = NULL;\r
1591 \r
1592   //FUSION / FUSION SEQUENCE\r
1593   if (mSlicers[0]->GetFusion()) { // && mFusionColorMap >= 0) {\r
1594     fusLUT = vtkWindowLevelLookupTable::New();\r
1595     double fusRange [2];\r
1596     fusRange[0] = mFusionLevel - mFusionWindow/2;\r
1597     fusRange[1] = mFusionLevel + mFusionWindow/2;\r
1598 \r
1599     //check whether it is actually a fusionSequence or a fusion, before invoking mFusionReader...\r
1600     double* frange;\r
1601     if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) \r
1602       frange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1603     else\r
1604       frange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1605 \r
1606     fusLUT->SetTableRange(frange);\r
1607     fusLUT->SetValueRange(1,1);\r
1608     fusLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1609     fusLUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1610     fusLUT->SetWindow(mFusionWindow);\r
1611     fusLUT->SetLevel(mFusionLevel);\r
1612     if (mFusionColorMap == 1)\r
1613       fusLUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1614     else if (mFusionColorMap == 2)\r
1615       fusLUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1616     else if (mFusionColorMap == 3)\r
1617     {\r
1618       fusLUT->SetHueRange(0.666, 0);\r
1619       fusLUT->SetValueRange(0.5, 1);\r
1620     }\r
1621     else if (mFusionColorMap == 4)\r
1622       fusLUT->SetHueRange(0,1);\r
1623     else if (mFusionColorMap <= 0)\r
1624     {\r
1625       fusLUT->SetValueRange(0,1);\r
1626       fusLUT->SetSaturationRange(0,0);\r
1627     }\r
1628 \r
1629     fusLUT->ForceBuild();\r
1630     double v[4];\r
1631     // set color table transparency\r
1632     //double alpha_range=(double)mFusionThresOpacity/10;\r
1633     double range_end = fusRange[0] + (double)mFusionThresOpacity*(fusRange[1] - fusRange[0])/100;\r
1634     double curr_value = fusRange[0];\r
1635     int nvalues = fusLUT->GetNumberOfTableValues();\r
1636     for (double i = 0; curr_value < range_end; i++) {  \r
1637       fusLUT->GetTableValue(i, v);\r
1638       v[3] = 0;\r
1639       //if (curr_value >= -alpha_range && curr_value <= alpha_range) v[3] = pow(fabs(curr_value/alpha_range),2);\r
1640       //else v[3] = 1;\r
1641       fusLUT->SetTableValue(i, v);\r
1642       curr_value += (fusRange[1] - fusRange[0])/nvalues;\r
1643     }\r
1644   }\r
1645   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1646 \r
1647     if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1648       vtkLookupTable* supLUT = vtkLookupTable::New();\r
1649       supLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1650       supLUT->SetValueRange(1,1);\r
1651       supLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1652       supLUT->SetHueRange(double(mOverlayColor)/360,double(mOverlayColor)/360);\r
1653       supLUT->Build();\r
1654       vtkLookupTable* invLUT = vtkLookupTable::New();\r
1655       invLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1656       invLUT->SetValueRange(1,1);\r
1657       invLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1658       invLUT->SetHueRange(double((mOverlayColor+180)%360)/360,double((mOverlayColor+180)%360)/360);\r
1659       invLUT->Build();\r
1660       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(supLUT);\r
1661       mSlicers[i]->GetOverlayMapper()->SetLookupTable(invLUT);\r
1662       invLUT->Delete();\r
1663       supLUT->Delete();\r
1664     } else if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1665       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1666     } else {\r
1667       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1668     }\r
1669 \r
1670     if (mSlicers[i]->GetFusion()) {\r
1671       mSlicers[i]->ShowFusionLegend(mFusionShowLegend);\r
1672       mSlicers[i]->GetFusionMapper()->SetLookupTable(fusLUT);\r
1673       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetOpacity(double(mFusionOpacity)/100);\r
1674     }\r
1675   }\r
1676   if (fusLUT)\r
1677     fusLUT->Delete();\r
1678   if (colormap >= 0)\r
1679     mColorMap = colormap;\r
1680 }\r
1681 //----------------------------------------------------------------------------\r
1682 \r
1683 \r
1684 //----------------------------------------------------------------------------\r
1685 vvLandmarks* vvSlicerManager::GetLandmarks()\r
1686 { \r
1687   if (mLandmarks == NULL) {\r
1688     mLandmarks = new vvLandmarks(mSlicers[0]->GetTMax()+1);\r
1689     for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1690       mSlicers[i]->SetLandmarks(mLandmarks);\r
1691   }\r
1692   return mLandmarks;\r
1693 }\r
1694 //----------------------------------------------------------------------------\r
1695 void vvSlicerManager::AddNewLandmark(float x,float y,float z,float t)\r
1696 { \r
1697     emit callAddLandmark(x,y,z,t);\r
1698 }\r
1699 \r
1700 //----------------------------------------------------------------------------\r
1701 void vvSlicerManager::AddLandmark(float x,float y,float z,float t)\r
1702 { \r
1703   double x_index = (x - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1704   double y_index = (y - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1705   double z_index = (z - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1706 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1707   if (x_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
1708       x_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
1709       y_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
1710       y_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
1711       z_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
1712       z_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
1713     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1714     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1715     emit LandmarkAdded();\r
1716   }\r
1717 #else\r
1718   int extentImageReslice[6];\r
1719   mSlicers[0]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1720   if (x_index >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
1721       x_index <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
1722       y_index >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
1723       y_index <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
1724       z_index >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
1725       z_index <= extentImageReslice[5]+0.5) {\r
1726     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1727     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1728     emit LandmarkAdded();\r
1729   }\r
1730 #endif\r
1731 }\r
1732 //----------------------------------------------------------------------------\r
1733 \r
1734 //----------------------------------------------------------------------------\r
1735 void vvSlicerManager::AddLandmarkProfile(float x,float y,float z,float t)\r
1736 { \r
1737   double x_index = (x - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1738   double y_index = (y - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1739   double z_index = (z - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1740 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1741   if (x_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
1742       x_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
1743       y_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
1744       y_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
1745       z_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
1746       z_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5) {\r
1747     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1748     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1749   }\r
1750 #else\r
1751   int extentImageReslice[6];\r
1752   mSlicers[0]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1753   if (x_index >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
1754       x_index <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
1755       y_index >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
1756       y_index <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
1757       z_index >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
1758       z_index <= extentImageReslice[5]+0.5) {\r
1759     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1760     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1761   }\r
1762 #endif\r
1763 }\r
1764 //----------------------------------------------------------------------------\r
1765 \r
1766 //----------------------------------------------------------------------------\r
1767 void vvSlicerManager::PrevImage(int slicer)\r
1768 { \r
1769   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer, -1);\r
1770 }\r
1771 //----------------------------------------------------------------------------\r
1772 \r
1773 //----------------------------------------------------------------------------\r
1774 void vvSlicerManager::NextImage(int slicer)\r
1775 { \r
1776   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer,  1);\r
1777 }\r
1778 //----------------------------------------------------------------------------\r
1779 \r
1780 //----------------------------------------------------------------------------\r
1781 void vvSlicerManager::VerticalSliderHasChanged(int slicer, int slice)\r
1782 { \r
1783   emit AVerticalSliderHasChanged(slicer, slice);\r
1784 }\r
1785 \r
1786 //----------------------------------------------------------------------------\r
1787 \r
1788 //----------------------------------------------------------------------------\r
1789 double vvSlicerManager::GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int component)\r
1790 { \r
1791   int ix, iy, iz;\r
1792   return mSlicers[0]->GetScalarComponentAsDouble(image, X, Y, Z, ix, iy, iz, component);\r
1793 }\r
1794 //----------------------------------------------------------------------------\r