vv/vvSlicerManager.cxx

   1 /*=========================================================================\r
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv\r
   3 \r
   4   Authors belong to:\r
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/\r
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr\r
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr\r
   8 \r
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even\r
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.\r
  12 \r
  13   It is distributed under dual licence\r
  14 \r
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file\r
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html\r
  17   ======================================================================-====*/\r
  18 \r
  19 #include "vvSlicerManager.h"\r
  20 #include "vvSlicer.h"\r
  21 #include "vvImage.h"\r
  22 #include "vvSlicerManagerCommand.h"\r
  23 #include "vvInteractorStyleNavigator.h"\r
  24 #include "vvLandmarks.h"\r
  25 #include "vvMesh.h"\r
  26 #include "vvBlendImageActor.h"\r
  27 \r
  28 #include <vtkVersion.h>\r
  29 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>\r
  30 #include <vtkInformation.h>\r
  31 #include <vtkImageActor.h>\r
  32 #include <vtkImageData.h>\r
  33 #include <vtkRenderWindow.h>\r
  34 #include <vtkRendererCollection.h>\r
  35 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>\r
  36 #include <vtkImageMapToWindowLevelColors.h>\r
  37 #include <vtkWindowLevelLookupTable.h>\r
  38 #include <vtkColorTransferFunction.h>\r
  39 #include <vtkImageClip.h>\r
  40 #include <vtkLODActor.h>\r
  41 #include <vtkPointData.h>\r
  42 #include <vtksys/SystemTools.hxx>\r
  43 #include <vtkCamera.h>\r
  44 \r
  45 #include <qfileinfo.h>\r
  46 #include <QMessageBox>\r
  47 //----------------------------------------------------------------------------\r
  48 vvSlicerManager::vvSlicerManager(int numberOfSlicers)\r
  49 { \r
  50 \r
  51   connect(this, SIGNAL(callAddLandmark(float,float,float,float)), this, SLOT(AddLandmark(float,float,float,float)));\r
  52 \r
  53   mFileName = "";\r
  54   mId = "";\r
  55   mVFName = "";\r
  56   mOverlayName = "";\r
  57   mFusionName = "";\r
  58   mVFId = "";\r
  59   mLastError = "";\r
  60   mType = vvImageReader::UNDEFINEDIMAGETYPE;\r
  61   mColorMap = 0;\r
  62   mPreset = 0;\r
  63   mOverlayColor = 130;\r
  64 \r
  65   mFusionOpacity = 30;\r
  66   mFusionThresOpacity = 1;\r
  67   mFusionColorMap = 3;\r
  68   mFusionWindow = 1000;\r
  69   mFusionLevel = 1000;\r
  70   mFusionShowLegend = true;\r
  71   \r
  72   mFusionSequenceInvolvementCode = -1;\r
  73   mFusionSequenceIndexLinkedManager = -1;\r
  74   mFusionSequenceFrameIndex = -1;\r
  75   mFusionSequenceNbFrames = 0;\r
  76   mFusionSequenceSpatialSyncFlag = false;\r
  77   mFusionSequenceTemporalSyncFlag = false;\r
  78 \r
  79   mLandmarks = NULL;\r
  80   mLinkedId.resize(0);\r
  81 \r
  82   for ( int i = 0; i < numberOfSlicers; i++) {\r
  83     mSlicers.push_back(vtkSmartPointer<vvSlicer>::New());\r
  84     mSlicers[i]->SetSlicerNumber(i);\r
  85   }\r
  86   mSelectedSlicer = -1;\r
  87   \r
  88   mPreviousSlice.resize(numberOfSlicers, 0);\r
  89   mPreviousTSlice.resize(numberOfSlicers, 0);\r
  90   mSlicingPreset = WORLD_SLICING;\r
  91 \r
  92   \r
  93 }\r
  94 //----------------------------------------------------------------------------\r
  95 \r
  96 \r
  97 //----------------------------------------------------------------------------\r
  98 vvSlicerManager::~vvSlicerManager()\r
  99 { \r
 100   if (mLandmarks)\r
 101     delete mLandmarks;\r
 102 }\r
 103 //----------------------------------------------------------------------------\r
 104 \r
 105 \r
 106 //------------------------------------------------------------------------------\r
 107 void vvSlicerManager::SetFilename(std::string filename, int number)\r
 108 { \r
 109   mFileName = filename;\r
 110   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 111   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 112   mBaseFileNameNumber = number;\r
 113 \r
 114   mFileName = mBaseFileName;\r
 115   if (number != 0) {\r
 116     mFileName.append("_"+clitk::toString(number));\r
 117   }\r
 118   mFileName.append(vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(filename));\r
 119 \r
 120   for(unsigned int i=0; i<mSlicers.size(); i++) {\r
 121     mSlicers[i]->SetFileName(mFileName);//vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 122   }\r
 123   \r
 124 }\r
 125 //------------------------------------------------------------------------------\r
 126 \r
 127 \r
 128 //----------------------------------------------------------------------------\r
 129 void vvSlicerManager::AddContour(vvMesh::Pointer contour,bool propagate)\r
 130 { \r
 131   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 132     mSlicers[i]->AddContour(contour,propagate);\r
 133   }\r
 134 }\r
 135 //----------------------------------------------------------------------------\r
 136 \r
 137 \r
 138 //----------------------------------------------------------------------------\r
 139 void vvSlicerManager::ToggleContourSuperposition()\r
 140 { \r
 141   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
 142     mSlicers[i]->ToggleContourSuperposition();\r
 143 }\r
 144 //----------------------------------------------------------------------------\r
 145 \r
 146 //----------------------------------------------------------------------------\r
 147 std::string vvSlicerManager::GetListOfAbsoluteFilePathInOneString(const std::string &actorType)\r
 148 { \r
 149   vvImageReader *reader = NULL;\r
 150 \r
 151   if(actorType=="image")\r
 152     reader = mReader;\r
 153   else if(actorType=="overlay")\r
 154     reader = mOverlayReader;\r
 155   else if(actorType=="fusion")\r
 156     reader = mFusionReader;\r
 157   else if(actorType=="vector")\r
 158     reader = mVectorReader;\r
 159   else if(actorType=="fusionSequence")\r
 160         reader = mFusionSequenceReader;\r
 161 \r
 162   if(!reader)\r
 163     return "";\r
 164 \r
 165   std::string list;\r
 166   for(unsigned int i=0; i<reader->GetInputFilenames().size(); i++){\r
 167     QFileInfo fileinfo(reader->GetInputFilenames()[i].c_str()); //Do not show the path\r
 168     if(i)\r
 169       list += '\n';\r
 170     list += fileinfo.absoluteFilePath().toStdString();\r
 171   }\r
 172   return list;\r
 173 }\r
 174 //----------------------------------------------------------------------------\r
 175 \r
 176 \r
 177 //----------------------------------------------------------------------------\r
 178 bool vvSlicerManager::SetImage(std::string filename, vvImageReader::LoadedImageType type, int n, unsigned int slice)\r
 179 { \r
 180   mType = type;\r
 181   if (mReader.IsNull())\r
 182     mReader = vvImageReader::New();\r
 183   std::vector<std::string> filenames;\r
 184   filenames.push_back(filename);\r
 185   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 186   mReader->SetSlice(slice); // Only used for SLICED type\r
 187   mReader->Update(type);\r
 188 \r
 189   SetFilename(filename, n);\r
 190   //  mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 191   //mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 192   //mBaseFileNameNumber = n;\r
 193 \r
 194   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 195     mImage=mReader->GetOutput();\r
 196     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 197       mSlicers[i]->SetFileName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));\r
 198       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 199     }\r
 200   } else {\r
 201     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 202     return false;\r
 203   }\r
 204   // if (n!=0) {\r
 205   //   mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 206   // }\r
 207   return true;\r
 208 }\r
 209 //----------------------------------------------------------------------------\r
 210 \r
 211 \r
 212 //----------------------------------------------------------------------------\r
 213 void vvSlicerManager::SetImage(vvImage::Pointer image)\r
 214 { \r
 215   mImage=image;\r
 216   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 217     mSlicers[i]->SetImage(image);\r
 218   }\r
 219 }\r
 220 //----------------------------------------------------------------------------\r
 221 \r
 222 \r
 223 //----------------------------------------------------------------------------\r
 224 bool vvSlicerManager::SetImages(std::vector<std::string> filenames, vvImageReader::LoadedImageType type, int n)\r
 225 { \r
 226   mType = type;\r
 227   std::string fileWithoutExtension = vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(filenames[0]);\r
 228   if (type == vvImageReader::DICOM)\r
 229     fileWithoutExtension += "_dicom";\r
 230   else if (type == vvImageReader::MERGED)\r
 231     fileWithoutExtension += "_merged";\r
 232   else if (type == vvImageReader::MERGEDWITHTIME)\r
 233     fileWithoutExtension += "_merged_wt";\r
 234 \r
 235   mFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(mFileName);\r
 236   mFileName = fileWithoutExtension + vtksys::SystemTools::GetFilenameExtension(filenames[0]);\r
 237   if (mReader.IsNull())\r
 238     mReader = vvImageReader::New();\r
 239   mReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 240   mReader->Update(type);\r
 241 \r
 242   mBaseFileName = vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(mFileName));\r
 243   mBaseFileNameNumber = n;\r
 244 \r
 245   if (mReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 246     mImage=mReader->GetOutput();\r
 247     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 248       mSlicers[i]->SetFileName(fileWithoutExtension);\r
 249       mSlicers[i]->SetImage(mReader->GetOutput());\r
 250     }\r
 251   } else {\r
 252     mLastError = mReader->GetLastError();\r
 253     return false;\r
 254   }\r
 255   if (n!=0) {\r
 256     mFileName.append("_"+clitk::toString(n));\r
 257   }\r
 258   return true;\r
 259 }\r
 260 //----------------------------------------------------------------------------\r
 261 \r
 262 \r
 263 //----------------------------------------------------------------------------\r
 264 bool vvSlicerManager::SetOverlay(std::vector<std::string> filenames,int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 265 { \r
 266   mOverlayName = filenames[0];\r
 267   mOverlayComponent = component;\r
 268   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 269     mLastError = " Overlay dimension cannot be greater than reference image!";\r
 270     return false;\r
 271   }\r
 272   if (mOverlayReader.IsNull())\r
 273     mOverlayReader = vvImageReader::New();\r
 274   mOverlayReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 275   mOverlayReader->Update(type);\r
 276   if (mOverlayReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 277     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 278       mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
 279     }\r
 280   } else {\r
 281     mLastError = mOverlayReader->GetLastError();\r
 282     return false;\r
 283   }\r
 284   return true;\r
 285 }\r
 286 //----------------------------------------------------------------------------\r
 287 \r
 288 \r
 289 //----------------------------------------------------------------------------\r
 290 bool vvSlicerManager::SetFusion(std::vector<std::string> filenames,int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 291 { \r
 292   mFusionName = filenames[0];\r
 293   mFusionComponent = component;\r
 294   if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 295     mLastError = " Fusion dimension cannot be greater than reference image!";\r
 296     return false;\r
 297   }\r
 298   if (mFusionReader.IsNull())\r
 299     mFusionReader = vvImageReader::New();\r
 300   mFusionReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 301   mFusionReader->Update(type);\r
 302   if (mFusionReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 303     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 304       mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
 305     }\r
 306   } else {\r
 307     mLastError = mFusionReader->GetLastError();\r
 308     return false;\r
 309   }\r
 310   double *fusRange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 311   mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 312   mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 313 \r
 314   return true;\r
 315 }\r
 316 //----------------------------------------------------------------------------\r
 317 \r
 318 //----------------------------------------------------------------------------\r
 319 //this function is called by vvMainWindow::AddFusionSequence for the primary sequence (CT), while the given files constitute the secondary sequence.\r
 320 bool vvSlicerManager::SetFusionSequence(std::vector<std::string> filenames, int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type)\r
 321 { \r
 322         mFusionSequenceInvolvementCode = 0;\r
 323 \r
 324         mFusionName = filenames[0];\r
 325         mFusionComponent = component;\r
 326 \r
 327         if (dim > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 328                 mLastError = " Fusion Sequence dimension cannot be greater than reference image!";\r
 329                 return false;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         if (mFusionSequenceReader.IsNull())\r
 333                 mFusionSequenceReader = vvImageReader::New();\r
 334 \r
 335         mFusionSequenceReader->SetInputFilenames(filenames);\r
 336         mFusionSequenceReader->Update(type);\r
 337 \r
 338 \r
 339         if (mFusionSequenceReader->GetLastError().size() == 0) {\r
 340                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 341                         mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 342                 }\r
 343         } else {\r
 344                 mLastError = mFusionSequenceReader->GetLastError();\r
 345                 return false;\r
 346         }\r
 347         double *fusRange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
 348         mFusionLevel = (fusRange[0]+fusRange[1])/2;\r
 349         mFusionWindow = fusRange[1]-fusRange[0];\r
 350 \r
 351         //store the initial transform matrices of each frame, and reset them to identity\r
 352         mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
 353         for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size() ; i++) {\r
 354                 AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
 355                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 356                 mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->Update();\r
 357         }\r
 358 \r
 359         //adjust the time slider in the overlay panel\r
 360         mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size(); \r
 361         mFusionSequenceFrameIndex = std::max<int>( 0, std::min<int>(mFusionSequenceFrameIndex, mFusionSequenceNbFrames));\r
 362 \r
 363         return true;\r
 364 }\r
 365 //----------------------------------------------------------------------------\r
 366 \r
 367 \r
 368 //----------------------------------------------------------------------------\r
 369 bool vvSlicerManager::SetVF(std::string filename)\r
 370 { \r
 371   if (mVectorReader.IsNull())\r
 372     mVectorReader = vvImageReader::New();\r
 373   mVectorReader->SetInputFilename(filename);\r
 374   \r
 375   if (mType == vvImageReader::IMAGEWITHTIME)\r
 376     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELDWITHTIME);\r
 377   else\r
 378     mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD);\r
 379   if (mVectorReader->GetLastError().size() != 0) {\r
 380     mLastError = mVectorReader->GetLastError();\r
 381     return false;\r
 382   } else\r
 383     return SetVF(mVectorReader->GetOutput(),filename);\r
 384 }\r
 385 //----------------------------------------------------------------------------\r
 386 \r
 387 \r
 388 //----------------------------------------------------------------------------\r
 389 bool vvSlicerManager::SetVF(vvImage::Pointer vf,std::string filename)\r
 390 { \r
 391   if (vf->GetNumberOfDimensions() > mImage->GetNumberOfDimensions()) {\r
 392     mLastError = "Sorry, vector field dimension cannot be greater then reference image.";\r
 393     return false;\r
 394   }\r
 395   if (vf->GetNumberOfDimensions() == 4) {\r
 396     if (vf->GetSpacing()[3] != mImage->GetSpacing()[3]) {\r
 397       mLastError = "Sorry, vector field time spacing cannot be different from time spacing of the reference image.";\r
 398       return false;\r
 399     }\r
 400     if (vf->GetOrigin()[3] != mImage->GetOrigin()[3]) {\r
 401       mLastError = "Sorry, vector field time origin cannot be different from time origin of the reference image.";\r
 402       return false;\r
 403     }\r
 404   }\r
 405   mVF=vf;\r
 406   mVFName = filename;\r
 407   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 408     mSlicers[i]->SetVF(vf);\r
 409   }\r
 410   return true;\r
 411 }\r
 412 //----------------------------------------------------------------------------\r
 413 \r
 414 \r
 415 //----------------------------------------------------------------------------\r
 416 vvSlicer* vvSlicerManager::GetSlicer(int i)\r
 417 { \r
 418   return mSlicers[i];\r
 419 }\r
 420 //----------------------------------------------------------------------------\r
 421 \r
 422 \r
 423 //----------------------------------------------------------------------------\r
 424 void vvSlicerManager::UpdateSlicer(int num, bool state)\r
 425 { \r
 426   if (mSlicers[num]->GetImage()) {\r
 427     mSlicers[num]->SetDisplayMode(state);\r
 428   }\r
 429 }\r
 430 //----------------------------------------------------------------------------\r
 431 \r
 432 \r
 433 //----------------------------------------------------------------------------\r
 434 void vvSlicerManager::SetSlicerWindow(int i, vtkRenderWindow* RW)\r
 435 { \r
 436   mSlicers[i]->SetRenderWindow(i,RW);\r
 437 }\r
 438 //----------------------------------------------------------------------------\r
 439 \r
 440 \r
 441 //----------------------------------------------------------------------------\r
 442 void vvSlicerManager::SetInteractorStyleNavigator(int i, vtkInteractorStyle* style)\r
 443 { \r
 444   vvSlicerManagerCommand *smc = vvSlicerManagerCommand::New();\r
 445   smc->SM = this;\r
 446   smc->SetSlicerNumber(i);\r
 447   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->SetInteractorStyle(style);\r
 448 \r
 449   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 450     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::KeyPressEvent, smc);\r
 451   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 452     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::WindowLevelEvent, smc);\r
 453   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 454     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndWindowLevelEvent, smc);\r
 455   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 456     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartWindowLevelEvent, smc);\r
 457   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 458     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::PickEvent, smc);\r
 459   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 460     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::StartPickEvent, smc);\r
 461   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 462     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeaveEvent, smc);\r
 463   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 464     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::UserEvent, smc);\r
 465   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 466     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelForwardEvent, smc);\r
 467   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 468     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::MouseWheelBackwardEvent, smc);\r
 469   // mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 470   //   GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent, smc);\r
 471   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 472     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndPickEvent, smc);\r
 473   mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetInteractor()->\r
 474     GetInteractorStyle()->AddObserver(vtkCommand::EndInteractionEvent, smc);\r
 475   smc->Delete();\r
 476 }\r
 477 //----------------------------------------------------------------------------\r
 478 \r
 479 \r
 480 //----------------------------------------------------------------------------\r
 481 void vvSlicerManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer)\r
 482 { \r
 483   emit LeftButtonReleaseSignal(slicer);\r
 484 }\r
 485 //----------------------------------------------------------------------------\r
 486 \r
 487 \r
 488 //----------------------------------------------------------------------------\r
 489 void vvSlicerManager::EmitMousePositionUpdated(int slicer)\r
 490 { \r
 491   emit MousePositionUpdatedSignal(slicer);\r
 492 }\r
 493 //----------------------------------------------------------------------------\r
 494 \r
 495 \r
 496 //----------------------------------------------------------------------------\r
 497 void vvSlicerManager::EmitKeyPressed(std::string KeyPress)\r
 498 { \r
 499   emit KeyPressedSignal(KeyPress);\r
 500 }\r
 501 //----------------------------------------------------------------------------\r
 502 \r
 503 \r
 504 //----------------------------------------------------------------------------\r
 505 void vvSlicerManager::SetSliceOrientation(int slicer, int orientation)\r
 506 { \r
 507   mSlicers[slicer]->SetSliceOrientation(orientation);\r
 508   emit UpdateOrientation(slicer, orientation);\r
 509 }\r
 510 //----------------------------------------------------------------------------\r
 511 \r
 512 //----------------------------------------------------------------------------\r
 513 int vvSlicerManager::GetTSlice()\r
 514 { \r
 515   return mSlicers[0]->GetTSlice();\r
 516 }\r
 517 //----------------------------------------------------------------------------\r
 518 \r
 519 //----------------------------------------------------------------------------\r
 520 void vvSlicerManager::SetTSlice(int slice, bool updateLinkedImages)\r
 521 { \r
 522         if (!updateLinkedImages) { //for fusionSequence, TMax / MaxCurrentTSlice are irrelevant.\r
 523                 for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 524                         mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 525                         UpdateTSlice(i);\r
 526                 }\r
 527                 return;\r
 528         }\r
 529 \r
 530   if (slice < 0)\r
 531     slice = 0;\r
 532   else if (slice > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 533     slice = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 534   if (mLandmarks)\r
 535     mLandmarks->SetTime(slice);\r
 536   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 537     if (slice != mSlicers[i]->GetMaxCurrentTSlice()) {\r
 538       mSlicers[i]->SetTSlice(slice, updateLinkedImages);\r
 539       UpdateTSlice(i);\r
 540     }\r
 541   }\r
 542 }\r
 543 //----------------------------------------------------------------------------\r
 544 \r
 545 \r
 546 //----------------------------------------------------------------------------\r
 547 void vvSlicerManager::SetFusionSequenceTSlice(int slice)\r
 548 { \r
 549         for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 550                 mSlicers[i]->SetFusionSequenceTSlice(slice);\r
 551                 UpdateTSlice(i);\r
 552         }\r
 553 }\r
 554 //----------------------------------------------------------------------------\r
 555 \r
 556 \r
 557 //----------------------------------------------------------------------------\r
 558 void vvSlicerManager::SetNextTSlice(int originating_slicer)\r
 559 { \r
 560   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 561   t++;\r
 562   if (t > mSlicers[0]->GetTMax())\r
 563     t = 0;\r
 564   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 565 }\r
 566 //----------------------------------------------------------------------------\r
 567 \r
 568 \r
 569 //----------------------------------------------------------------------------\r
 570 void vvSlicerManager::SetPreviousTSlice(int originating_slicer)\r
 571 { \r
 572   int t = mSlicers[0]->GetMaxCurrentTSlice();\r
 573   t--;\r
 574   if (t < 0)\r
 575     t = mSlicers[0]->GetTMax();\r
 576   emit UpdateTSlice(originating_slicer,t, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
 577 }\r
 578 //----------------------------------------------------------------------------\r
 579 \r
 580 \r
 581 //----------------------------------------------------------------------------\r
 582 void vvSlicerManager::ToggleInterpolation()\r
 583 { \r
 584   bool interpolate=!(mSlicers[0]->GetImageActor()->GetInterpolate());\r
 585   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 586     mSlicers[i]->GetImageActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 587     if (mSlicers[i]->GetOverlayActor())\r
 588       mSlicers[i]->GetOverlayActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 589     if (mSlicers[i]->GetFusionActor())\r
 590       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetInterpolate(interpolate);\r
 591   }\r
 592 }\r
 593 //----------------------------------------------------------------------------\r
 594 \r
 595 \r
 596 //----------------------------------------------------------------------------\r
 597 void vvSlicerManager::SetTSliceInSlicer(int tslice, int slicer)\r
 598 { \r
 599   if (tslice < 0)\r
 600     tslice = 0;\r
 601   else if (tslice > mSlicers[slicer]->GetTMax())\r
 602     tslice = mSlicers[slicer]->GetTMax();\r
 603   if (mLandmarks)\r
 604     mLandmarks->SetTime(tslice);\r
 605 \r
 606   if (mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice() == tslice) return;\r
 607 \r
 608   mSlicers[slicer]->SetTSlice(tslice);\r
 609 \r
 610   if(mSlicingPreset==VOXELS_SLICING) {\r
 611     vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
 612     mImage->GetTransform()[mSlicers[slicer]->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
 613     this->GetSlicer(slicer)->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
 614     imageTransformInverse->Delete();\r
 615   }\r
 616 \r
 617   UpdateTSlice(slicer);\r
 618 }\r
 619 //----------------------------------------------------------------------------\r
 620 \r
 621 \r
 622 //----------------------------------------------------------------------------\r
 623 void vvSlicerManager::SetColorWindow(double s)\r
 624 { \r
 625   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 626     mSlicers[i]->SetColorWindow(s);\r
 627   }\r
 628 }\r
 629 //----------------------------------------------------------------------------\r
 630 \r
 631 //----------------------------------------------------------------------------\r
 632 void vvSlicerManager::SetColorLevel(double s)\r
 633 { \r
 634   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 635     mSlicers[i]->SetColorLevel(s);\r
 636   }\r
 637 }\r
 638 //----------------------------------------------------------------------------\r
 639 \r
 640 //----------------------------------------------------------------------------\r
 641 void vvSlicerManager::SetOverlayColorWindow(double s)\r
 642 { \r
 643   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 644     mSlicers[i]->SetOverlayColorWindow(s);\r
 645   }\r
 646 }\r
 647 //----------------------------------------------------------------------------\r
 648 \r
 649 //----------------------------------------------------------------------------\r
 650 void vvSlicerManager::SetOverlayColorLevel(double s)\r
 651 { \r
 652   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 653     mSlicers[i]->SetOverlayColorLevel(s);\r
 654   }\r
 655 }\r
 656 //----------------------------------------------------------------------------\r
 657 \r
 658 //----------------------------------------------------------------------------\r
 659 void vvSlicerManager::SetLinkOverlayWindowLevel(bool b)\r
 660 { \r
 661   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 662     mSlicers[i]->SetLinkOverlayWindowLevel(b);\r
 663   }\r
 664 }\r
 665 //----------------------------------------------------------------------------\r
 666 \r
 667 //----------------------------------------------------------------------------\r
 668 void vvSlicerManager::SetCursorAndCornerAnnotationVisibility(int s)\r
 669 { \r
 670   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 671     mSlicers[i]->SetCursorVisibility(s);\r
 672     mSlicers[i]->SetCornerAnnotationVisibility(s);\r
 673   }\r
 674 }\r
 675 //----------------------------------------------------------------------------\r
 676 \r
 677 //----------------------------------------------------------------------------\r
 678 void vvSlicerManager::SetOpacity(int i, double factor)\r
 679 { \r
 680   mSlicers[i]->SetOpacity(1/factor);\r
 681 }\r
 682 //----------------------------------------------------------------------------\r
 683 \r
 684 \r
 685 //----------------------------------------------------------------------------\r
 686 void vvSlicerManager::UpdateViews(int current,int slicer)\r
 687 { \r
 688   double p[3], pt[3];\r
 689   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 690   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 691   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 692   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 693 \r
 694   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])\r
 695     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 696   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])\r
 697     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 698   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])\r
 699     /mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 700 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
 701   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 702       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 703       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 704       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 705       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 706       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5)\r
 707 #else\r
 708 int extentImageReslice[6];\r
 709 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
 710   if (x >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
 711       x <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
 712       y >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
 713       y <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
 714       z >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
 715       z <= extentImageReslice[5]+0.5)\r
 716 #endif\r
 717   {\r
 718     mSlicers[slicer]->UpdateCursorPosition();\r
 719     mSlicers[slicer]->SetCursorColor(10,212,255);\r
 720     mSelectedSlicer = slicer;\r
 721 \r
 722     switch (mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation()) {\r
 723     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 724       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 725         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 726       break;\r
 727 \r
 728     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 729       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 730         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 731       break;\r
 732 \r
 733     case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 734       if (mSlicers[slicer]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 735         mSlicers[slicer]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 736       break;\r
 737     }\r
 738     mSlicers[slicer]->Render();\r
 739 \r
 740     for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 741       if (i != (unsigned int)slicer\r
 742           && mSlicers[i]->GetRenderer()->GetDraw()\r
 743           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[0] > 2\r
 744           && mSlicers[i]->GetRenderWindow()->GetSize()[1] > 2) {\r
 745         mSlicers[i]->SetCurrentPosition(p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 746         mSlicers[i]->UpdateCursorPosition();\r
 747         if (current) { //do not display corner annotation if image is the one picked\r
 748           mSlicers[i]->SetCurrentPosition(-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,\r
 749                                           -VTK_DOUBLE_MAX, mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 750           mSlicers[i]->SetCursorColor(255,10,212);\r
 751         } else {\r
 752           mSlicers[i]->SetCursorColor(150,10,282);\r
 753         }\r
 754         switch (mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 755         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XY:\r
 756           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(z))\r
 757             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(z));\r
 758           break;\r
 759 \r
 760         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_XZ:\r
 761           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(y))\r
 762             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(y));\r
 763           break;\r
 764 \r
 765         case vtkImageViewer2::SLICE_ORIENTATION_YZ:\r
 766           if (mSlicers[i]->GetSlice() != (int)lrint(x))\r
 767             mSlicers[i]->SetSlice((int)lrint(x));\r
 768           break;\r
 769         }\r
 770         \r
 771         mSlicers[i]->Render();\r
 772         \r
 773         UpdateSlice(i);\r
 774         UpdateTSlice(i);\r
 775       }\r
 776     }\r
 777   }\r
 778 }\r
 779 //----------------------------------------------------------------------------\r
 780 \r
 781 \r
 782 //----------------------------------------------------------------------------\r
 783 void vvSlicerManager::UpdateLinked(int slicer)\r
 784 { \r
 785   double p[3], pt[3];\r
 786   p[0] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
 787   p[1] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
 788   p[2] = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
 789   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(p, pt);\r
 790   double x = (pt[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
 791   double y = (pt[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
 792   double z = (pt[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2]) / mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
 793 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
 794   if (x >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
 795       x <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
 796       y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
 797       y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
 798       z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
 799       z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5)\r
 800 #else\r
 801 int extentImageReslice[6];\r
 802 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
 803   if (x >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
 804       x <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
 805       y >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
 806       y <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
 807       z >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
 808       z <= extentImageReslice[5]+0.5)\r
 809 #endif\r
 810   {\r
 811     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++) {\r
 812                 if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) {\r
 813                         //this SlicerManager is involved in fusionSequence => do not synchronize the times\r
 814                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], -1);\r
 815                 }\r
 816                 else {\r
 817                         emit UpdateLinkManager(*i, slicer, p[0], p[1], p[2], mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice());\r
 818                 }\r
 819     }\r
 820   }\r
 821 }\r
 822 //----------------------------------------------------------------------------\r
 823 \r
 824 //----------------------------------------------------------------------------\r
 825 void vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation(vvSlicer *refSlicer, bool bPropagate)\r
 826 { \r
 827   vtkCamera *refCam = refSlicer->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 828 \r
 829   double refPosition[3];\r
 830   refCam->GetPosition(refPosition);\r
 831   refPosition[refSlicer->GetSliceOrientation()] = refSlicer->GetSlice() *\r
 832       refSlicer->GetInput()->GetSpacing()[refSlicer->GetSliceOrientation()] +\r
 833       refSlicer->GetInput()->GetOrigin()[refSlicer->GetSliceOrientation()];\r
 834 \r
 835   refSlicer->GetSlicingTransform()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 836   mSlicers[0]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(refPosition, refPosition);\r
 837 \r
 838   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 839     vtkCamera *camera = mSlicers[i]->GetRenderer()->GetActiveCamera();\r
 840     camera->SetParallelScale(refCam->GetParallelScale());\r
 841 \r
 842     double position[3], focal[3];\r
 843     camera->GetPosition(position);\r
 844     camera->GetFocalPoint(focal);\r
 845 \r
 846     for(int j=0; j<3; j++) {\r
 847       if(j!=mSlicers[i]->GetSliceOrientation()) {\r
 848         position[j] = refPosition[j];\r
 849         focal[j]    = refPosition[j];\r
 850       }\r
 851     }\r
 852 \r
 853     camera->SetFocalPoint(focal);\r
 854     camera->SetPosition(position);\r
 855 \r
 856     //Fix for bug #243\r
 857     mSlicers[i]->ForceUpdateDisplayExtent();\r
 858   }\r
 859   \r
 860   Render();\r
 861   if(bPropagate)\r
 862     for (std::list<std::string>::const_iterator i = mLinkedId.begin(); i != mLinkedId.end(); i++)\r
 863       emit UpdateLinkedNavigation(*i, this, refSlicer);\r
 864 }\r
 865 //----------------------------------------------------------------------------\r
 866 \r
 867 //----------------------------------------------------------------------------\r
 868 double vvSlicerManager::GetColorWindow() const\r
 869 { \r
 870   if (mSlicers.size())\r
 871     return mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
 872   return -1;\r
 873 }\r
 874 //----------------------------------------------------------------------------\r
 875 \r
 876 \r
 877 //----------------------------------------------------------------------------\r
 878 double vvSlicerManager::GetColorLevel() const\r
 879 { \r
 880   if (mSlicers.size())\r
 881     return mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
 882   return -1;\r
 883 }\r
 884 //----------------------------------------------------------------------------\r
 885 \r
 886 //----------------------------------------------------------------------------\r
 887 double vvSlicerManager::GetOverlayColorWindow() const\r
 888 { \r
 889   if (mSlicers.size())\r
 890     return mSlicers[0]->GetOverlayColorWindow();\r
 891   return -1;\r
 892 }\r
 893 //----------------------------------------------------------------------------\r
 894 \r
 895 //----------------------------------------------------------------------------\r
 896 double vvSlicerManager::GetOverlayColorLevel() const\r
 897 { \r
 898   if (mSlicers.size())\r
 899     return mSlicers[0]->GetOverlayColorLevel();\r
 900   return -1;\r
 901 }\r
 902 //----------------------------------------------------------------------------\r
 903 \r
 904 //----------------------------------------------------------------------------\r
 905 bool vvSlicerManager::GetLinkOverlayWindowLevel() const\r
 906 { \r
 907   if (mSlicers.size())\r
 908     return mSlicers[0]->GetLinkOverlayWindowLevel();\r
 909   return -1;\r
 910 }\r
 911 //----------------------------------------------------------------------------\r
 912 \r
 913 //------------------------------------------------------------------------------\r
 914 void vvSlicerManager::ResetTransformationToIdentity(const std::string actorType)\r
 915 { \r
 916   if(actorType == "image")\r
 917     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 918       this->GetImage()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 919   else if(actorType == "overlay")\r
 920     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 921       this->GetSlicer(0)->GetOverlay()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 922   else if(actorType == "fusion")\r
 923     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 924       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 925   else if(actorType == "fusionSequence") //TODO: Check what should really be done here\r
 926     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 927       this->GetSlicer(0)->GetFusion()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 928   else if(actorType == "vf")\r
 929     for(unsigned int i=0; i<this->GetImage()->GetTransform().size(); i++)\r
 930       this->GetVF()->GetTransform()[i]->Identity();\r
 931   else\r
 932     return;\r
 933 \r
 934   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
 935     this->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();\r
 936     this->GetSlicer(i)->ResetCamera();\r
 937     this->GetSlicer(i)->Render();\r
 938   }\r
 939 }\r
 940 //------------------------------------------------------------------------------\r
 941 \r
 942 //----------------------------------------------------------------------------\r
 943 void vvSlicerManager::Render()\r
 944 { \r
 945   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 946     mSlicers[i]->Render();\r
 947   }\r
 948 }\r
 949 //----------------------------------------------------------------------------\r
 950 \r
 951 \r
 952 //----------------------------------------------------------------------------\r
 953 void vvSlicerManager::GenerateDefaultLookupTable()\r
 954 { \r
 955   SetPreset(mPreset);\r
 956   SetColorMap(mColorMap);\r
 957 }\r
 958 //----------------------------------------------------------------------------\r
 959 \r
 960 \r
 961 //----------------------------------------------------------------------------\r
 962 void vvSlicerManager::Reload()\r
 963 { \r
 964   mReader->Update(mType);\r
 965   mImage=mReader->GetOutput();\r
 966   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 967     mSlicers[i]->SetImage(mImage);\r
 968   }\r
 969   \r
 970   //if this image is the primary sequence of a fusion sequence, then the main transform matrix should be updated.\r
 971   if (this->IsMainSequenceOfFusionSequence()) {\r
 972           SetFusionSequenceMainTransformMatrix( mImage->GetTransform()[0]->GetMatrix() );\r
 973   }\r
 974 }\r
 975 //----------------------------------------------------------------------------\r
 976 \r
 977 \r
 978 //----------------------------------------------------------------------------\r
 979 void vvSlicerManager::ReloadFusion()\r
 980 { \r
 981   mFusionReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),mType);\r
 982 \r
 983   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
 984     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionReader->GetOutput());\r
 985     mSlicers[i]->Render();\r
 986   }\r
 987 }\r
 988 //----------------------------------------------------------------------------\r
 989 \r
 990 //----------------------------------------------------------------------------\r
 991 //the secondary sequence is being reloaded.\r
 992 void vvSlicerManager::ReloadFusionSequence()\r
 993 { \r
 994   //  this is to keep the slice thickness, which needs to be artificially increased for visualization\r
 995   double sp_x, sp_y, sp_z;\r
 996   this->GetImage()->GetVTKImages()[0]->GetSpacing(sp_x, sp_y, sp_z);\r
 997 \r
 998   mFusionSequenceReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mFusionComponent.c_str(),vvImageReader::MERGEDWITHTIME);\r
 999 \r
1000   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1001     mSlicers[i]->SetFusion(mFusionSequenceReader->GetOutput(), 1);\r
1002     mSlicers[i]->Render();\r
1003   }\r
1004 \r
1005   //Update the slider\r
1006   mFusionSequenceNbFrames = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform().size();\r
1007   if (mFusionSequenceFrameIndex>=mFusionSequenceNbFrames) {\r
1008           mFusionSequenceFrameIndex=0;\r
1009   }\r
1010 \r
1011   //Update the list of initial transforms\r
1012   mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.clear();\r
1013   for (unsigned i=0 ; i<mFusionSequenceNbFrames ; i++) {\r
1014           this->AddFusionSequenceInitialTransformMatrices( mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetTransform()[i]->GetMatrix() );\r
1015   }\r
1016 \r
1017   //  also update the slice thickness\r
1018   for (unsigned i=0 ; i<this->GetImage()->GetTransform().size() ; i++) {\r
1019     sp_x = this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->GetSpacing()[0];\r
1020     sp_y = this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->GetSpacing()[1];\r
1021     this->GetImage()->GetVTKImages()[i]->SetSpacing( sp_x, sp_y, sp_z);\r
1022   }\r
1023 \r
1024 }\r
1025 //----------------------------------------------------------------------------\r
1026 \r
1027 \r
1028 //----------------------------------------------------------------------------\r
1029 void vvSlicerManager::ReloadOverlay()\r
1030 { \r
1031   mOverlayReader->Update(mImage->GetNumberOfDimensions(),mOverlayComponent.c_str(),mType);\r
1032   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1033     mSlicers[i]->SetOverlay(mOverlayReader->GetOutput());\r
1034     mSlicers[i]->Render();\r
1035   }\r
1036 }\r
1037 //----------------------------------------------------------------------------\r
1038 \r
1039 \r
1040 //----------------------------------------------------------------------------\r
1041 void vvSlicerManager::ReloadVF()\r
1042 { \r
1043   mVectorReader->Update(vvImageReader::VECTORFIELD); //deletes the old images through the VF::Init() function\r
1044   mVF=mVectorReader->GetOutput();\r
1045   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1046     mSlicers[i]->SetVF(mVF);\r
1047     mSlicers[i]->Render();\r
1048   }\r
1049 }\r
1050 //----------------------------------------------------------------------------\r
1051 \r
1052 \r
1053 //----------------------------------------------------------------------------\r
1054 void vvSlicerManager::RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index)\r
1055 { \r
1056   if (actor_type =="overlay")\r
1057     mOverlayReader = NULL;\r
1058 \r
1059   if (actor_type =="fusion")\r
1060     mFusionReader = NULL;\r
1061 \r
1062   if (actor_type =="fusionSequence") {\r
1063     mFusionSequenceReader = NULL;\r
1064   }\r
1065 \r
1066   for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1067     mSlicers[i]->RemoveActor(actor_type,overlay_index);\r
1068 \r
1069   if (actor_type=="vector") {\r
1070     mVF=NULL;\r
1071     mVectorReader=NULL;\r
1072   }\r
1073 }\r
1074 //----------------------------------------------------------------------------\r
1075 \r
1076 \r
1077 //----------------------------------------------------------------------------\r
1078 void vvSlicerManager::RemoveActors()\r
1079 { \r
1080   ///This method leaks a few objects. See RemoveActor for what a\r
1081   ///correct implementation would look like\r
1082   //DS -> probably due to the reader (now released in the\r
1083   //RemoveActor() function. (I hope)\r
1084   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1085     mSlicers[i]->SetDisplayMode(0);\r
1086     mSlicers[i]->GetRenderer()->RemoveActor(mSlicers[i]->GetImageActor());\r
1087   }\r
1088 }\r
1089 //----------------------------------------------------------------------------\r
1090 \r
1091 \r
1092 //----------------------------------------------------------------------------\r
1093 void vvSlicerManager::UpdateInfoOnCursorPosition(int slicer)\r
1094 { \r
1095   //  int view = mSlicers[slicer]->GetSliceOrientation();\r
1096   //  int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1097   double x = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[0];\r
1098   double y = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[1];\r
1099   double z = mSlicers[slicer]->GetCurrentPosition()[2];\r
1100   double xyz[3], xyzTransform[3];\r
1101   xyz[0] = x;\r
1102   xyz[1] = y;\r
1103   xyz[2] = z;\r
1104   mSlicers[slicer]->GetSlicingTransform()->GetInverse()->TransformPoint(xyz, xyzTransform);\r
1105   double X = (xyzTransform[0] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1106   double Y = (xyzTransform[1] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1107   double Z = (xyzTransform[2] - mSlicers[slicer]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[slicer]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1108   double value = -VTK_DOUBLE_MAX;\r
1109   int displayVec = 0;\r
1110   double xVec=0, yVec=0, zVec=0, valueVec=0;\r
1111   int displayOver = 0;\r
1112   int displayFus = 0;\r
1113   double valueOver=0, valueFus=0;\r
1114 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1115     if (X >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[0] -0.5 &&\r
1116       X <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[1] +0.5 &&\r
1117       Y >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[2] -0.5 &&\r
1118       Y <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[3] +0.5 &&\r
1119       Z >= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[4] -0.5 &&\r
1120       Z <= mSlicers[slicer]->GetInput()->GetWholeExtent()[5] +0.5)\r
1121 #else\r
1122 int extentImageReslice[6];\r
1123 mSlicers[slicer]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1124     if (X >= extentImageReslice[0] -0.5 &&\r
1125       X <= extentImageReslice[1] +0.5 &&\r
1126       Y >= extentImageReslice[2] -0.5 &&\r
1127       Y <= extentImageReslice[3] +0.5 &&\r
1128       Z >= extentImageReslice[4] -0.5 &&\r
1129       Z <= extentImageReslice[5] +0.5)\r
1130 #endif\r
1131     {\r
1132     value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[slicer]->GetInput(), X, Y, Z);\r
1133 \r
1134     if (mSlicers[slicer]->GetVFActor() ) {\r
1135       displayVec = 1;\r
1136       unsigned int currentTime = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1137       vtkImageData *vf = NULL;\r
1138 \r
1139       if (mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages().size() > currentTime)\r
1140         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[currentTime];\r
1141       else\r
1142         vf = mSlicers[slicer]->GetVF()->GetVTKImages()[0];\r
1143 \r
1144       if (vf) {\r
1145         double Xvf = (x - vf->GetOrigin()[0])/ vf->GetSpacing()[0];\r
1146         double Yvf = (y - vf->GetOrigin()[1])/ vf->GetSpacing()[1];\r
1147         double Zvf = (z - vf->GetOrigin()[2])/ vf->GetSpacing()[2];\r
1148         xVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 0);\r
1149         yVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 1);\r
1150         zVec = this->GetScalarComponentAsDouble( vf, Xvf, Yvf, Zvf, 2);\r
1151         valueVec = sqrt(xVec*xVec + yVec*yVec + zVec*zVec);\r
1152       }\r
1153     }\r
1154     if (mSlicers[slicer]->GetOverlayActor() ) {\r
1155       displayOver = 1;\r
1156       vtkImageData *overlay = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetOverlayMapper()->GetInput());\r
1157       double Xover = (x - overlay->GetOrigin()[0]) / overlay->GetSpacing()[0];\r
1158       double Yover = (y - overlay->GetOrigin()[1]) / overlay->GetSpacing()[1];\r
1159       double Zover = (z - overlay->GetOrigin()[2]) / overlay->GetSpacing()[2];\r
1160       valueOver = this->GetScalarComponentAsDouble(overlay, Xover, Yover, Zover);\r
1161     }\r
1162 \r
1163         if ( mSlicers[slicer]->GetFusionActor() ) {\r
1164                 displayFus = 1;\r
1165                 vtkImageData *fusion = dynamic_cast<vtkImageData*>(mSlicers[slicer]->GetFusionMapper()->GetInput());\r
1166                 double Xover = (x - fusion->GetOrigin()[0]) / fusion->GetSpacing()[0];\r
1167                 double Yover = (y - fusion->GetOrigin()[1]) / fusion->GetSpacing()[1];\r
1168                 double Zover = (z - fusion->GetOrigin()[2]) / fusion->GetSpacing()[2];\r
1169                 valueFus = this->GetScalarComponentAsDouble(fusion, Xover, Yover, Zover);\r
1170         }\r
1171         else if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) { \r
1172     //if the cursor moves over the 'independent' version of the secondary sequence\r
1173     //do not update the panel, just keep it as it is.\r
1174                 displayFus = 1;\r
1175                 valueFus = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN();\r
1176         }\r
1177 \r
1178     emit UpdatePosition(mSlicers[slicer]->GetCursorVisibility(),\r
1179                         x,y,z,X,Y,Z,value);\r
1180     emit UpdateVector(displayVec,xVec, yVec, zVec, valueVec);\r
1181     emit UpdateOverlay(displayOver,valueOver,value);\r
1182     emit UpdateFusion(displayFus,valueFus);\r
1183   }\r
1184 }\r
1185 //----------------------------------------------------------------------------\r
1186 \r
1187 \r
1188 //----------------------------------------------------------------------------\r
1189 void vvSlicerManager::Activated()\r
1190 { \r
1191   emit currentImageChanged(mId);\r
1192 }\r
1193 //----------------------------------------------------------------------------\r
1194 \r
1195 \r
1196 //----------------------------------------------------------------------------\r
1197 void vvSlicerManager::Picked()\r
1198 { \r
1199   emit currentPickedImageChanged(mId);\r
1200 }\r
1201 //----------------------------------------------------------------------------\r
1202 \r
1203 \r
1204 //----------------------------------------------------------------------------\r
1205 void vvSlicerManager::UpdateWindowLevel()\r
1206 { \r
1207   emit WindowLevelChanged();\r
1208 }\r
1209 //----------------------------------------------------------------------------\r
1210 \r
1211 \r
1212 //----------------------------------------------------------------------------\r
1213 void vvSlicerManager::UpdateSlice(int slicer)\r
1214 { \r
1215   if (mPreviousSlice[slicer] == mSlicers[slicer]->GetSlice()) {\r
1216     //DD("============= NOTHING");\r
1217     return;\r
1218   }\r
1219   emit UpdateSlice(slicer, mSlicers[slicer]->GetSlice());\r
1220   mSlicers[slicer]->Render(); // DS <-- I add this, this could/must be the only Render ...\r
1221   mPreviousSlice[slicer] = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1222 }\r
1223 //----------------------------------------------------------------------------\r
1224 \r
1225 \r
1226 //----------------------------------------------------------------------------\r
1227 void vvSlicerManager::UpdateTSlice(int slicer)\r
1228 { \r
1229   int slice = mSlicers[slicer]->GetSlice();\r
1230 \r
1231   int tslice = mSlicers[slicer]->GetMaxCurrentTSlice();\r
1232   //if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) tslice = mSlicers[slicer]->GetTSlice(); //actually, this is handled by the Slicer\r
1233 \r
1234   if (mPreviousSlice[slicer] == slice) {\r
1235     if (mPreviousTSlice[slicer] == tslice) {\r
1236       //      DD("************** NOTHING ***********");\r
1237       return;\r
1238     }\r
1239   }\r
1240   mPreviousSlice[slicer] = slice;\r
1241   mPreviousTSlice[slicer] = tslice;\r
1242 \r
1243   emit UpdateTSlice(slicer, tslice, mFusionSequenceInvolvementCode);\r
1244 }\r
1245 //----------------------------------------------------------------------------\r
1246 \r
1247 \r
1248 //----------------------------------------------------------------------------\r
1249 void vvSlicerManager::UpdateSliceRange(int slicer)\r
1250 { \r
1251   emit UpdateSliceRange(slicer,\r
1252                         mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[0], mSlicers[slicer]->GetSliceRange()[1],\r
1253                         0,mSlicers[slicer]->GetTMax());\r
1254 }\r
1255 //----------------------------------------------------------------------------\r
1256 \r
1257 //----------------------------------------------------------------------------\r
1258 void vvSlicerManager::SetSlicingPreset(SlicingPresetType preset)\r
1259 { \r
1260   if(mSlicingPreset==preset)\r
1261     return;\r
1262 \r
1263   vtkMatrix4x4 *imageTransformInverse = vtkMatrix4x4::New();\r
1264   mImage->GetTransform()[this->GetTSlice()]->GetInverse(imageTransformInverse);\r
1265 \r
1266   for(int i=0; i< this->GetNumberOfSlicers(); i++){\r
1267     vvSlicer *s = this->GetSlicer(i);\r
1268     switch(preset)\r
1269     {\r
1270     case WORLD_SLICING:\r
1271       s->GetSlicingTransform()->Identity();\r
1272       break;\r
1273     case VOXELS_SLICING:\r
1274       s->GetSlicingTransform()->SetMatrix(imageTransformInverse);\r
1275       break;\r
1276     default:\r
1277       imageTransformInverse->Delete();\r
1278       return;\r
1279     }\r
1280     s->ForceUpdateDisplayExtent();\r
1281 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1282     s->SetSlice((s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2+1]\r
1283                 +s->GetInput()->GetWholeExtent()[s->GetSliceOrientation()*2])/2.0);\r
1284 #else\r
1285     int extentImageReslice[6];\r
1286     s->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1287     s->SetSlice((extentImageReslice[s->GetSliceOrientation()*2+1]\r
1288                 +extentImageReslice[s->GetSliceOrientation()*2])/2.0);\r
1289 #endif\r
1290     s->ResetCamera();\r
1291     s->Render();\r
1292   }\r
1293 \r
1294   imageTransformInverse->Delete();\r
1295   mSlicingPreset = preset;\r
1296 }\r
1297 \r
1298 //----------------------------------------------------------------------------\r
1299 \r
1300 //----------------------------------------------------------------------------\r
1301 void vvSlicerManager::SetPreset(int preset)\r
1302 { \r
1303 \r
1304   //vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1305   double window = mSlicers[0]->GetColorWindow();\r
1306   double level = mSlicers[0]->GetColorLevel();\r
1307 \r
1308   std::string component_type=mImage->GetScalarTypeAsITKString();\r
1309   switch (preset) {\r
1310   case WL_AUTO:\r
1311     double range[2];\r
1312     mImage->GetScalarRange(range);\r
1313     window = range[1] - range[0];\r
1314     level = (range[1] + range[0])* 0.5;\r
1315     break;\r
1316   case WL_HOUNSFIELD:\r
1317     window = 2000;\r
1318     level = 0;\r
1319     break;\r
1320   case WL_SOFTTISSUE:\r
1321     window = 400;\r
1322     level = 20;\r
1323     break;\r
1324   case WL_LUNGS: // lungs (same as FOCAL)\r
1325     window = 1700;\r
1326     level = -300;\r
1327     break;\r
1328   case WL_BONES:\r
1329     window = 1000;\r
1330     level = 500;\r
1331     break;\r
1332   case WL_HEAD:\r
1333     window = 200;\r
1334     level = 70;\r
1335     break;\r
1336   case WL_BINARY:\r
1337     window = 1;\r
1338     level = 0.5;\r
1339     break;\r
1340   case WL_USER:\r
1341     break;\r
1342   case WL_VENTILATION:\r
1343     window=1.;\r
1344     level=0.;\r
1345     break;\r
1346   }\r
1347   mPreset = preset;\r
1348   this->SetColorWindow(window);\r
1349   this->SetColorLevel(level);\r
1350 \r
1351   //if (LUT)\r
1352   //{\r
1353   //    SetColorMap(-1);\r
1354   //}\r
1355 }\r
1356 //----------------------------------------------------------------------------\r
1357 \r
1358 \r
1359 //----------------------------------------------------------------------------\r
1360 void vvSlicerManager::SetLocalColorWindowing(const int slicer, const bool bCtrlKey)\r
1361 { \r
1362   double min, max;\r
1363   if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetFusion()) {\r
1364     int t = mSlicers[slicer]->GetFusionTSlice();\r
1365     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1366                                                           this->mSlicers[slicer]->GetFusion()->GetVTKImages()[t],\r
1367                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedFusionTransform());\r
1368     this->SetFusionWindow(max-min);\r
1369     this->SetFusionLevel(0.5*(min+max));\r
1370     this->SetColorMap(mColorMap);\r
1371   }\r
1372   else if(bCtrlKey && this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()) {\r
1373     int t = mSlicers[slicer]->GetOverlayTSlice();\r
1374     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1375                                                           this->mSlicers[slicer]->GetOverlay()->GetVTKImages()[t],\r
1376                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedOverlayTransform());\r
1377     if(this->mSlicers[slicer]->GetLinkOverlayWindowLevel()){\r
1378       this->SetColorWindow(max-min);\r
1379       this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1380     } else {\r
1381       this->SetOverlayColorWindow(max-min);\r
1382       this->SetOverlayColorLevel(0.5*(min+max));\r
1383     }\r
1384   }\r
1385   else {\r
1386     int t = this->GetTSlice();\r
1387     this->mSlicers[slicer]->GetExtremasAroundMousePointer(min, max,\r
1388                                                           this->mSlicers[slicer]->GetImage()->GetVTKImages()[t],\r
1389                                                           this->mSlicers[slicer]->GetConcatenatedTransform());\r
1390     this->SetColorWindow(max-min);\r
1391     this->SetColorLevel(0.5*(min+max));\r
1392     this->SetPreset(WL_USER);\r
1393   }\r
1394   this->Render();\r
1395   this->UpdateWindowLevel();\r
1396 }\r
1397 //----------------------------------------------------------------------------\r
1398 \r
1399 \r
1400 //----------------------------------------------------------------------------\r
1401 void vvSlicerManager::SetColorMap(int colormap)\r
1402 { \r
1403   double range[2];\r
1404 \r
1405   range[0] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[0];\r
1406   range[1] = mSlicers[0]->GetInput()->GetScalarRange()[1];\r
1407 \r
1408   double window = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetWindow();\r
1409   double level = mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLevel();\r
1410 \r
1411   vtkLookupTable* LUT = static_cast<vtkLookupTable*>(mSlicers[0]->GetWindowLevel()->GetLookupTable());\r
1412   switch (colormap) {\r
1413   case -1:\r
1414     break;\r
1415   case 0:\r
1416     LUT = NULL;\r
1417     break;\r
1418   case 1:\r
1419     if (LUT == NULL)\r
1420       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1421     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1422     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1423     LUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1424     break;\r
1425   case 2:\r
1426     if (LUT == NULL)\r
1427       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1428     LUT->SetValueRange(0,1);\r
1429     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1430     LUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1431     break;\r
1432   case 3:\r
1433     if (LUT == NULL)\r
1434       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1435     LUT->SetValueRange(0.5,1);\r
1436     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1437     LUT->SetHueRange(0.666,0);\r
1438     break;\r
1439   case 4:\r
1440     if (LUT == NULL)\r
1441       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1442     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1443     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1444     LUT->SetHueRange(0,1);\r
1445     LUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1446     break;\r
1447   case 5:\r
1448     if (LUT == NULL)\r
1449       LUT = vtkLookupTable::New();\r
1450     LUT->SetValueRange(1,1);\r
1451     LUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1452     LUT->SetHueRange(1,0.1);\r
1453     //LUT->SetRampToLinear();\r
1454     break;\r
1455   }\r
1456   if (LUT) {\r
1457     LUT->SetTableRange(level-fabs(window)/2,level+fabs(window)/2);\r
1458     LUT->Build();\r
1459   }\r
1460   vtkWindowLevelLookupTable* fusLUT = NULL;\r
1461 \r
1462   //FUSION / FUSION SEQUENCE\r
1463   if (mSlicers[0]->GetFusion()) { // && mFusionColorMap >= 0) {\r
1464     fusLUT = vtkWindowLevelLookupTable::New();\r
1465     double fusRange [2];\r
1466     fusRange[0] = mFusionLevel - mFusionWindow/2;\r
1467     fusRange[1] = mFusionLevel + mFusionWindow/2;\r
1468 \r
1469     //check whether it is actually a fusionSequence or a fusion, before invoking mFusionReader...\r
1470     double* frange;\r
1471     if (this->IsInvolvedInFusionSequence()) \r
1472       frange = mFusionSequenceReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1473     else\r
1474       frange = mFusionReader->GetOutput()->GetVTKImages()[0]->GetScalarRange();\r
1475 \r
1476     fusLUT->SetTableRange(frange);\r
1477     fusLUT->SetValueRange(1,1);\r
1478     fusLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1479     fusLUT->SetAlphaRange(1, 1);\r
1480     fusLUT->SetWindow(mFusionWindow);\r
1481     fusLUT->SetLevel(mFusionLevel);\r
1482     if (mFusionColorMap == 1)\r
1483       fusLUT->SetHueRange(0,0.18);\r
1484     else if (mFusionColorMap == 2)\r
1485       fusLUT->SetHueRange(0.4,0.80);\r
1486     else if (mFusionColorMap == 3)\r
1487     {\r
1488       fusLUT->SetHueRange(0.666, 0);\r
1489       fusLUT->SetValueRange(0.5, 1);\r
1490     }\r
1491     else if (mFusionColorMap == 4)\r
1492       fusLUT->SetHueRange(0,1);\r
1493     else if (mFusionColorMap <= 0)\r
1494     {\r
1495       fusLUT->SetValueRange(0,1);\r
1496       fusLUT->SetSaturationRange(0,0);\r
1497     }\r
1498 \r
1499     fusLUT->ForceBuild();\r
1500     double v[4];\r
1501     // set color table transparency\r
1502     //double alpha_range=(double)mFusionThresOpacity/10;\r
1503     double range_end = fusRange[0] + (double)mFusionThresOpacity*(fusRange[1] - fusRange[0])/100;\r
1504     double curr_value = fusRange[0];\r
1505     int nvalues = fusLUT->GetNumberOfTableValues();\r
1506     for (double i = 0; curr_value < range_end; i++) {  \r
1507       fusLUT->GetTableValue(i, v);\r
1508       v[3] = 0;\r
1509       //if (curr_value >= -alpha_range && curr_value <= alpha_range) v[3] = pow(fabs(curr_value/alpha_range),2);\r
1510       //else v[3] = 1;\r
1511       fusLUT->SetTableValue(i, v);\r
1512       curr_value += (fusRange[1] - fusRange[0])/nvalues;\r
1513     }\r
1514   }\r
1515   for ( unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++) {\r
1516 \r
1517     if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1518       vtkLookupTable* supLUT = vtkLookupTable::New();\r
1519       supLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1520       supLUT->SetValueRange(1,1);\r
1521       supLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1522       supLUT->SetHueRange(double(mOverlayColor)/360,double(mOverlayColor)/360);\r
1523       supLUT->Build();\r
1524       vtkLookupTable* invLUT = vtkLookupTable::New();\r
1525       invLUT->SetTableRange(range[0],range[1]);\r
1526       invLUT->SetValueRange(1,1);\r
1527       invLUT->SetSaturationRange(1,1);\r
1528       invLUT->SetHueRange(double((mOverlayColor+180)%360)/360,double((mOverlayColor+180)%360)/360);\r
1529       invLUT->Build();\r
1530       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(supLUT);\r
1531       mSlicers[i]->GetOverlayMapper()->SetLookupTable(invLUT);\r
1532       invLUT->Delete();\r
1533       supLUT->Delete();\r
1534     } else if (mSlicers[i]->GetOverlay()) {\r
1535       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1536     } else {\r
1537       mSlicers[i]->GetWindowLevel()->SetLookupTable(LUT);\r
1538     }\r
1539 \r
1540     if (mSlicers[i]->GetFusion()) {\r
1541       mSlicers[i]->ShowFusionLegend(mFusionShowLegend);\r
1542       mSlicers[i]->GetFusionMapper()->SetLookupTable(fusLUT);\r
1543       mSlicers[i]->GetFusionActor()->SetOpacity(double(mFusionOpacity)/100);\r
1544     }\r
1545   }\r
1546   if (fusLUT)\r
1547     fusLUT->Delete();\r
1548   if (colormap >= 0)\r
1549     mColorMap = colormap;\r
1550 }\r
1551 //----------------------------------------------------------------------------\r
1552 \r
1553 \r
1554 //----------------------------------------------------------------------------\r
1555 vvLandmarks* vvSlicerManager::GetLandmarks()\r
1556 { \r
1557   if (mLandmarks == NULL) {\r
1558     mLandmarks = new vvLandmarks(mSlicers[0]->GetTMax()+1);\r
1559     for (unsigned int i = 0; i < mSlicers.size(); i++)\r
1560       mSlicers[i]->SetLandmarks(mLandmarks);\r
1561   }\r
1562   return mLandmarks;\r
1563 }\r
1564 //----------------------------------------------------------------------------\r
1565 void vvSlicerManager::AddNewLandmark(float x,float y,float z,float t)\r
1566 { \r
1567     emit callAddLandmark(x,y,z,t);\r
1568 }\r
1569 \r
1570 //----------------------------------------------------------------------------\r
1571 void vvSlicerManager::AddLandmark(float x,float y,float z,float t)\r
1572 { \r
1573   double x_index = (x - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1574   double y_index = (y - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1575   double z_index = (z - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1576 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1577   if (x_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
1578       x_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
1579       y_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
1580       y_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
1581       z_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
1582       z_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5)\r
1583 #else\r
1584   int extentImageReslice[6];\r
1585   mSlicers[0]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1586   if (x_index >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
1587       x_index <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
1588       y_index >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
1589       y_index <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
1590       z_index >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
1591       z_index <= extentImageReslice[5]+0.5)\r
1592 #endif\r
1593   {\r
1594     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1595     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1596     emit LandmarkAdded();\r
1597   }\r
1598 }\r
1599 //----------------------------------------------------------------------------\r
1600 \r
1601 //----------------------------------------------------------------------------\r
1602 void vvSlicerManager::AddLandmarkProfile(float x,float y,float z,float t)\r
1603 { \r
1604   double x_index = (x - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[0])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[0];\r
1605   double y_index = (y - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[1])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[1];\r
1606   double z_index = (z - mSlicers[0]->GetInput()->GetOrigin()[2])/mSlicers[0]->GetInput()->GetSpacing()[2];\r
1607 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5\r
1608   if (x_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[0]-0.5 &&\r
1609       x_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[1]+0.5 &&\r
1610       y_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[2]-0.5 &&\r
1611       y_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[3]+0.5 &&\r
1612       z_index >= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[4]-0.5 &&\r
1613       z_index <= mSlicers[0]->GetInput()->GetWholeExtent()[5]+0.5)\r
1614 #else\r
1615   int extentImageReslice[6];\r
1616   mSlicers[0]->GetRegisterExtent(extentImageReslice);\r
1617   if (x_index >= extentImageReslice[0]-0.5 &&\r
1618       x_index <= extentImageReslice[1]+0.5 &&\r
1619       y_index >= extentImageReslice[2]-0.5 &&\r
1620       y_index <= extentImageReslice[3]+0.5 &&\r
1621       z_index >= extentImageReslice[4]-0.5 &&\r
1622       z_index <= extentImageReslice[5]+0.5)\r
1623 #endif\r
1624   {\r
1625     double value = this->GetScalarComponentAsDouble(mSlicers[mSelectedSlicer]->GetInput(), x_index, y_index, z_index); //Value in selected Slicer (not 0): bug #2848\r
1626     this->GetLandmarks()->AddLandmark(x,y,z,t,value);\r
1627   }\r
1628 }\r
1629 //----------------------------------------------------------------------------\r
1630 \r
1631 //----------------------------------------------------------------------------\r
1632 void vvSlicerManager::PrevImage(int slicer)\r
1633 { \r
1634   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer, -1);\r
1635 }\r
1636 //----------------------------------------------------------------------------\r
1637 \r
1638 //----------------------------------------------------------------------------\r
1639 void vvSlicerManager::NextImage(int slicer)\r
1640 { \r
1641   emit ChangeImageWithIndexOffset(this, slicer,  1);\r
1642 }\r
1643 //----------------------------------------------------------------------------\r
1644 \r
1645 //----------------------------------------------------------------------------\r
1646 void vvSlicerManager::VerticalSliderHasChanged(int slicer, int slice)\r
1647 { \r
1648   emit AVerticalSliderHasChanged(slicer, slice);\r
1649 }\r
1650 \r
1651 //----------------------------------------------------------------------------\r
1652 \r
1653 //----------------------------------------------------------------------------\r
1654 double vvSlicerManager::GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int component)\r
1655 { \r
1656   int ix, iy, iz;\r
1657   return mSlicers[0]->GetScalarComponentAsDouble(image, X, Y, Z, ix, iy, iz, component);\r
1658 }\r
1659 //----------------------------------------------------------------------------\r