vv/vvSlicerManager.h

   1
   2 /*=========================================================================
   3   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   4
   5   Authors belong to:
   6   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15
  16   - BSD        See included LICENSE.txt file
  17   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  18   ===========================================================================**/
  19
  20 #ifndef VVSLICERMANAGER_H
  21 #define VVSLICERMANAGER_H
  22
  23 // std
  24 #include <iostream>
  25 #include <vector>
  26 #include <string>
  27
  28 // QT
  29 #include <QObject>
  30
  31 // VTK
  32 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  33 class vtkImageData;
  34 class vtkInteractorStyle;
  35 class vtkRenderWindow;
  36 class vtkPolyData;
  37
  38 // VV
  39 #include "clitkCommon.h"
  40 #include "vvImage.h"
  41 #include "vvMesh.h"
  42 #include "vvImageReader.h"
  43
  44 class vvSlicer;
  45 class vvInteractorStyleNavigator;
  46 class vvImageReader;
  47 class vvImageReader;
  48 class vvLandmarks;
  49
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51 class vvSlicerManager : public QObject {
  52   Q_OBJECT
  53
  54   public:
  55   typedef enum {WORLD_SLICING, VOXELS_SLICING} SlicingPresetType;
  56   vvSlicerManager(int numberOfSlicers);
  57   ~vvSlicerManager();
  58
  59   std::string GetLastError() {
  60     return mLastError;
  61   }
  62
  63   bool SetImage(std::string filename, vvImageReader::LoadedImageType type, int n=0, unsigned int slice=0);
  64   void SetImage(vvImage::Pointer image);
  65   bool SetImages(std::vector<std::string> filenames, vvImageReader::LoadedImageType type, int n=0);
  66
  67   bool SetOverlay(std::vector<std::string> filenames, int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type);
  68   bool SetFusion(std::string filename, int dim, std::string component);
  69   bool SetFusionSequence(std::vector<std::string> filenames, int dim, std::string component, vvImageReader::LoadedImageType type);
  70   ///Set a VF by loading it from the disk
  71   bool SetVF(std::string filename);
  72   ///Set a VF from memory
  73   bool SetVF(vvImage::Pointer vf,std::string filename);
  74   ///Add a mesh to the slicers, with optional propagation using a vector field
  75   void AddContour(vvMesh::Pointer ,bool propagate=false);
  76   ///Toggle temporal superposition of contours
  77   void ToggleContourSuperposition();
  78
  79   std::string GetFileName()      { return mFileName; }
  80   std::string GetBaseFileName()  { return mBaseFileName; }
  81   int GetBaseFileNameNumber()    { return mBaseFileNameNumber; }
  82   std::string GetVFName()        { return mVFName; }
  83   std::string GetOverlayName()   { return mOverlayName; }
  84   std::string GetFusionName()    { return mFusionName; }
  85   std::string GetListOfAbsoluteFilePathInOneString(const std::string &actorType);
  86
  87   ///Switch between nearest neighbor and linear interpolation
  88   void ToggleInterpolation();
  89   vvSlicer* GetSlicer(int i);
  90   int GetSelectedSlicer() {
  91     return mSelectedSlicer;
  92   }
  93
  94   void UpdateSlicer(int num, bool state);
  95   void SetSlicerWindow(int i, vtkRenderWindow* RW);
  96   void SetInteractorStyleNavigator(int i,vtkInteractorStyle* style);
  97
  98   int GetNumberOfSlicers()        { return mSlicers.size(); }
  99   vvImage::Pointer GetImage()  { return mImage; }
 100   vvImage::Pointer GetVF()     { return mVF; }
 101   int GetType()                { return mType; }
 102   void SetId(std::string id)   { mId = id; }
 103   std::string GetId()  const        { return mId; }
 104   int GetDimension() {
 105     if (mImage) return mImage->GetNumberOfDimensions();
 106     else return -1;
 107   }
 108
 109   void SetFilename(std::string f, int number=0);
 110
 111   void SetSliceOrientation(int slicer, int orientation);
 112   int GetTSlice();
 113   void SetTSlice(int slice, bool updateLinkedImages = true);
 114   void SetNextTSlice(int originating_slicer);
 115   void SetPreviousTSlice(int originating_slicer);
 116   void SetTSliceInSlicer(int tslice, int slicer);
 117
 118   void SetFusionSequenceTSlice(int slice);
 119
 120   void GenerateDefaultLookupTable();
 121   void SetColorWindow(double s);
 122   void SetColorLevel(double s);
 123   void SetOverlayColorWindow(double s);
 124   void SetOverlayColorLevel(double s);
 125   void SetLinkOverlayWindowLevel(bool b);
 126   void SetLocalColorWindowing(const int slicer, const bool bCtrlKey);
 127   void SetOpacity(int i, double factor);
 128   void SetColorMap(int colormap);
 129   void SetPreset(int preset);
 130   void SetOverlayColor(int color) {
 131     mOverlayColor = (color/60)*60; //SR: new vvBlendImageActor needs 0 or 255 per component
 132   }
 133   void SetFusionOpacity(int opacity) {
 134     mFusionOpacity = opacity;
 135   }
 136   void SetFusionThresholdOpacity(int thresOpacity) {
 137     mFusionThresOpacity = thresOpacity;
 138   }
 139   void SetFusionColorMap(int colorMap) {
 140     mFusionColorMap = colorMap;
 141   }
 142   void SetFusionWindow(double window) {
 143     mFusionWindow = window;
 144   }
 145   void SetFusionLevel(double level) {
 146     mFusionLevel = level;
 147   }
 148   void SetFusionShowLegend(int show) {
 149     mFusionShowLegend = show;
 150   }
 151
 152
 153   //set/get fusionSequence related data
 154   void SetFusionSequenceFrameIndex(int sequenceFrameIndex) { mFusionSequenceFrameIndex = sequenceFrameIndex; }
 155   void SetFusionSequenceSpatialSyncFlag(bool spatialSync) { mFusionSequenceSpatialSyncFlag = spatialSync; }
 156   void SetFusionSequenceTemporalSyncFlag(bool temporalSync) { mFusionSequenceTemporalSyncFlag = temporalSync; }
 157   void SetFusionSequenceLength(unsigned int fusionSequenceNbFrames) { mFusionSequenceNbFrames = fusionSequenceNbFrames; }
 158   void SetFusionSequenceMainTransformMatrix(vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> mat) {
 159           mFusionSequenceMainTransform = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 160           mFusionSequenceMainTransform->DeepCopy(mat);
 161   }
 162   void AddFusionSequenceInitialTransformMatrices(vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> mat) {
 163                 vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> tmpMat = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 164                 tmpMat->DeepCopy(mat);
 165                 mFusionSequenceListInitialTransformMatrices.push_back( tmpMat );
 166   }
 167   void SetFusionSequenceIndexOfLinkedManager(int index) { mFusionSequenceIndexLinkedManager = index; }
 168   void SetFusionSequenceTemporalSignal(std::vector<double> s) { mFusionSequenceTemporalSignal = s; }
 169
 170   void SetFusionSequenceInvolvmentCode(int code) { mFusionSequenceInvolvementCode=code; }
 171   int GetFusionSequenceInvolvmentCode() { return mFusionSequenceInvolvementCode;}
 172   bool IsInvolvedInFusionSequence() {return (!(mFusionSequenceInvolvementCode==-1));}
 173   bool IsMainSequenceOfFusionSequence() {return (mFusionSequenceInvolvementCode==0);}
 174   bool IsSecondarySequenceOfFusionSequence() {return (mFusionSequenceInvolvementCode==1);}
 175
 176   int GetFusionSequenceIndexOfLinkedManager() { return mFusionSequenceIndexLinkedManager; }
 177   int GetFusionSequenceFrameIndex() { return mFusionSequenceFrameIndex; }
 178   bool GetFusionSequenceSpatialSyncFlag() { return mFusionSequenceSpatialSyncFlag; }
 179   bool GetFusionSequenceTemporalSyncFlag() { return mFusionSequenceTemporalSyncFlag; }
 180   unsigned int GetFusionSequenceNbFrames() { return mFusionSequenceNbFrames; }
 181   const vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>& GetFusionSequenceMainTransformMatrix() {return mFusionSequenceMainTransform;}
 182   const std::vector< vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> >& GetFusionSequenceInitialTransformMatrices() {return mFusionSequenceListInitialTransformMatrices;}
 183   const vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>& GetFusionSequenceInitialTransformMatrixAtFrame(unsigned i) {
 184           return mFusionSequenceListInitialTransformMatrices[i];
 185   }
 186   const std::vector<double>& GetFusionSequenceTemporalSignal() {return mFusionSequenceTemporalSignal;}
 187
 188   double GetColorWindow() const;
 189   double GetColorLevel() const;
 190   double GetOverlayColorWindow() const;
 191   double GetOverlayColorLevel() const;
 192   bool GetLinkOverlayWindowLevel() const;
 193   int GetColorMap() {
 194     return mColorMap;
 195   }
 196   int GetPreset() const {
 197     return mPreset;
 198   }
 199   SlicingPresetType GetSlicingPreset() {
 200     return mSlicingPreset;
 201   }
 202   int GetOverlayColor() const {
 203     return mOverlayColor;
 204   }
 205   int GetFusionOpacity() const {
 206     return mFusionOpacity;
 207   }
 208   int GetFusionThresholdOpacity() const {
 209     return mFusionThresOpacity;
 210   }
 211   int GetFusionColorMap() const {
 212     return mFusionColorMap;
 213   }
 214   double GetFusionWindow() const {
 215     return mFusionWindow;
 216   }
 217   double GetFusionLevel() const {
 218     return mFusionLevel;
 219   }
 220
 221
 222   void SetCursorAndCornerAnnotationVisibility(int s);
 223   void UpdateViews(int current, int slicer);
 224   void UpdateLinked(int slicer);
 225   void UpdateLinkedNavigation(vvSlicer *slicer, bool bPropagate=false);
 226   void ResetTransformationToIdentity(const std::string actorType);
 227   void Render();
 228
 229   void AddLink(std::string newId) {
 230     mLinkedId.push_back(newId);
 231   }
 232   void RemoveLink(std::string oldId) {
 233     mLinkedId.remove(oldId);
 234   }
 235
 236   std::list<std::string> GetLinks() const {
 237     return mLinkedId;
 238   }
 239
 240   bool IsLinked() {
 241     return mLinkedId.size() > 0;
 242   }
 243
 244   ///Remove the actor defined by its type and index (example: 3rd contour)
 245   void RemoveActor(const std::string& actor_type, int overlay_index);
 246   void RemoveActors();
 247   void Reload();
 248   void ReloadOverlay();
 249   void ReloadFusion();
 250   void ReloadFusionSequence();
 251   void ReloadVF();
 252
 253   void Activated();
 254   void Picked();
 255   void UpdateInfoOnCursorPosition(int slicer);
 256   void EmitMousePositionUpdated(int slicer);
 257   void EmitKeyPressed(std::string keyPress);
 258   void UpdateWindowLevel();
 259   void UpdateSlice(int slicer);
 260   void UpdateTSlice(int slicer);
 261   void UpdateSliceRange(int slicer);
 262   void SetSlicingPreset(SlicingPresetType preset);
 263
 264   vvLandmarks *GetLandmarks();
 265   void AddLandmark(float x,float y,float z,float t);
 266
 267   void NextImage(int slicer);
 268   void PrevImage(int slicer);
 269   void LeftButtonReleaseEvent(int slicer);
 270   void VerticalSliderHasChanged(int slicer, int slice);
 271   double GetScalarComponentAsDouble(vtkImageData *image, double X, double Y, double Z, int component=0);
 272
 273 signals :
 274   void currentImageChanged(std::string id);
 275   void currentPickedImageChanged(std::string id);
 276   void UpdatePosition(int visibility,double x, double y, double z, double X, double Y, double Z, double value);
 277   void UpdateVector(int display, double x, double y, double z, double value);
 278   void UpdateOverlay(int display, double valueOver, double valueRef);
 279   void UpdateFusion(int display, double valueFus);
 280   void UpdateFusionSequence(int fusionSequenceFrameIndex, bool fusionSequenceSpatialSyncFlag, unsigned int fusionSequenceNbFrames);
 281   void MousePositionUpdatedSignal(int slicer);
 282   void KeyPressedSignal(std::string KeyPressed);
 283   void UpdateOrientation(int slicer, int orientation);
 284   void UpdateSlice(int slicer, int slice);
 285   void UpdateTSlice(int slicer, int slice, int code);
 286   void UpdateSliceRange(int slice, int min, int max, int tmin, int tmax);
 287   void WindowLevelChanged();
 288   void UpdateLinkManager(std::string, int slicer, double x, double y, double z, int temps);
 289   void UpdateLinkedNavigation(std::string, vvSlicerManager*, vvSlicer*);
 290   void LandmarkAdded();
 291   void ChangeImageWithIndexOffset(vvSlicerManager *sm, int slicer, int offset);
 292   void LeftButtonReleaseSignal(int slicer);
 293   void AVerticalSliderHasChanged(int slicer, int slice);
 294
 295 protected:
 296   std::vector< vtkSmartPointer<vvSlicer> > mSlicers;
 297   int mSelectedSlicer;
 298   vvImageReader::Pointer mReader;
 299   vvImageReader::Pointer mOverlayReader;
 300   vvImageReader::Pointer mFusionReader;
 301   vvImageReader::Pointer mFusionSequenceReader;
 302   vvImageReader::Pointer mVectorReader;
 303   vvImage::Pointer mImage;
 304   vvImage::Pointer mVF;
 305   int mColorMap;
 306   int mOverlayColor;
 307
 308   int mFusionOpacity;
 309   int mFusionThresOpacity;
 310   int mFusionColorMap;
 311   double mFusionWindow;
 312   double mFusionLevel;
 313   bool mFusionShowLegend;
 314
 315   //Fusion of sequences related data
 316   int mFusionSequenceInvolvementCode; //-1: not involved, 0: main sequence(CT), 1: secondary sequence (US)
 317   int mFusionSequenceIndexLinkedManager; //index of the other sequence involved in the visualization
 318   int mFusionSequenceFrameIndex; //temporal index of the current image in the sequence (<->TSlice)
 319   unsigned int mFusionSequenceNbFrames; //number of frames in the temporal sequence
 320   bool mFusionSequenceSpatialSyncFlag, mFusionSequenceTemporalSyncFlag; //flags indicating whether the spatial/temporal synchronization are actives
 321   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> mFusionSequenceMainTransform;
 322   std::vector< vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> > mFusionSequenceListInitialTransformMatrices;
 323   std::vector<double> mFusionSequenceTemporalSignal;
 324
 325   int mPreset;
 326   SlicingPresetType mSlicingPreset;
 327   vvImageReader::LoadedImageType mType;
 328   std::string mVFComponent;
 329   std::string mOverlayComponent;
 330   std::string mFusionComponent;
 331   std::string mFileName;
 332   std::string mBaseFileName;
 333   int mBaseFileNameNumber;
 334   std::string mId;
 335   std::string mVFName;
 336   std::string mOverlayName;
 337   std::string mFusionName;
 338   std::string mVFId;
 339   std::string mLastError;
 340   std::list<std::string> mLinkedId;
 341
 342   vvLandmarks* mLandmarks;
 343
 344   std::vector<int> mPreviousSlice;
 345   std::vector<int> mPreviousTSlice;
 346 };
 347
 348 #endif