vv/vvToolBinarize.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   vv
   4   Module:    $RCSfile: vvToolBinarize.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/02/24 11:42:42 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8   Author :   David Sarrut (david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr)
   9
  10   Copyright (C) 2008
  11   Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
  12   CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  13
  14   This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  15   it under the terms of the GNU General Public License as published by
  16   the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  17
  18   This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21   GNU General Public License for more details.
  22
  23   You should have received a copy of the GNU General Public License
  24   along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  25
  26   =========================================================================*/
  27
  28 #include "vvToolBinarize.h"
  29 #include "vvSlicerManager.h"
  30 #include "vvSlicer.h"
  31 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  32
  33 #include "clitkBinarizeImageGenericFilter.h"
  34
  35 #include <vtkImageActor.h>
  36 #include <vtkCamera.h>
  37 #include <vtkImageClip.h>
  38
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  41 // the main window menu.
  42 ADD_TOOL(vvToolBinarize);
  43 //------------------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 void vvToolBinarize::Initialize() {
  48   SetToolName("Binarize");
  49   SetToolMenuName("Binarize");
  50   SetToolIconFilename(":/new/prefix1/icons/binarize.png");
  51   SetToolTip("Image interactive binarization with thresholds.");
  52 }
  53 //------------------------------------------------------------------------------
  54
  55
  56 //------------------------------------------------------------------------------
  57 vvToolBinarize::vvToolBinarize(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  58   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  59    vvToolBase<vvToolBinarize>(parent),
  60    Ui::vvToolBinarize()
  61 {
  62   // GUI Initialization
  63   Ui_vvToolBinarize::setupUi(mToolWidget);
  64
  65   // Connect signals & slots
  66   connect(mThresholdSlider1, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(valueChangedT1(double)));
  67   connect(mThresholdSlider2, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(valueChangedT2(double)));
  68   connect(mRadioButtonLowerThan, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(enableLowerThan(bool)));
  69   connect(mCheckBoxUseFG, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(useFGBGtoggled(bool)));
  70   connect(mCheckBoxUseBG, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(useFGBGtoggled(bool)));
  71
  72   // Initialize some widget
  73   mThresholdSlider1->SetText("");
  74   mThresholdSlider2->SetText("");
  75   mFGSlider->SetText("Foreground value");
  76   mBGSlider->SetText("Background value");
  77
  78   // Main filter
  79   mFilter = new clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>; //DS PUT IN BASECLASS ?
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 vvToolBinarize::~vvToolBinarize() {
  86 }
  87 //------------------------------------------------------------------------------
  88
  89
  90 //------------------------------------------------------------------------------
  91 void vvToolBinarize::enableLowerThan(bool b) {
  92   if (!b) {
  93     mThresholdSlider1->resetMaximum();
  94   }
  95   else {
  96     valueChangedT1(mThresholdSlider1->GetValue());
  97   }
  98 }
  99 //------------------------------------------------------------------------------
 100
 101
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103 void vvToolBinarize::useFGBGtoggled(bool) {
 104   if (!mCheckBoxUseBG->isChecked() && !mCheckBoxUseFG->isChecked())
 105     mCheckBoxUseBG->toggle();
 106 }
 107 //------------------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111 void vvToolBinarize::InputIsSelected(vvSlicerManager * m) {
 112   mCurrentSlicerManager = m;
 113   // Common
 114   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 115
 116   // Specific for this gui
 117   mThresholdSlider1->SetValue(0);
 118   mThresholdSlider2->SetValue(0);
 119   mThresholdSlider1->SetImage(mCurrentImage);
 120   mThresholdSlider2->SetImage(mCurrentImage);
 121   mFGSlider->SetImage(mCurrentImage);
 122   mBGSlider->SetImage(mCurrentImage);
 123   //  DD(mCurrentSlicerManager->GetFileName().c_str());
 124   mFGSlider->SetMaximum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMax());
 125   mFGSlider->SetMinimum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMin());
 126   mBGSlider->SetMaximum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMax());
 127   mBGSlider->SetMinimum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMin());
 128   mFGSlider->SetValue(1);
 129   mBGSlider->SetValue(0);
 130
 131   // VTK objects for interactive display
 132   for(int i=0;i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 133     mImageContour.push_back(new vvImageContour);
 134     mImageContour[i]->setSlicer(mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i));
 135   }
 136   valueChangedT1(mThresholdSlider1->GetValue());
 137   connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateSlice(int, int)));
 138   connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateTSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateSlice(int, int)));
 139
 140 }
 141 //------------------------------------------------------------------------------
 142
 143
 144 //------------------------------------------------------------------------------
 145 void vvToolBinarize::UpdateSlice(int slicer,int slices) {
 146   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 147   for(int i=0;i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 148     mImageContour[i]->update(mThresholdSlider1->GetValue());
 149   }
 150   mCurrentSlicerManager->Render();
 151 }
 152 //------------------------------------------------------------------------------
 153
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155 void vvToolBinarize::GetArgsInfoFromGUI() {
 156
 157   /* //KEEP THIS FOR READING GGO FROM FILE
 158     int argc=1;
 159     std::string a = "toto";
 160     char * const* argv = new char*;
 161     //a.c_str();
 162     struct cmdline_parser_params p;
 163     p.check_required = 0;
 164     int good = cmdline_parser_ext(argc, argv, &args_info, &p);
 165   DD(good);
 166   */
 167
 168   mArgsInfo.upper_given = 0;
 169   mArgsInfo.lower_given = 0;
 170   bool inverseBGandFG = false;
 171
 172   mArgsInfo.lower_given = 1;
 173   mArgsInfo.lower_arg = mThresholdSlider1->GetValue();
 174   // DD(mArgsInfo.lower_arg);
 175   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) {
 176     mArgsInfo.upper_given = 1;
 177     mArgsInfo.upper_arg = mThresholdSlider2->GetValue();
 178     if (mArgsInfo.upper_arg<mArgsInfo.lower_arg) {
 179       mArgsInfo.upper_given = 0;
 180       DD("TODO : lower thres greater than greater thres ! Ignoring ");
 181     }
 182   }
 183
 184   mArgsInfo.fg_arg = mFGSlider->GetValue();
 185   mArgsInfo.bg_arg = mBGSlider->GetValue();
 186
 187   // DD(inverseBGandFG);
 188   if (inverseBGandFG) {
 189     mArgsInfo.fg_arg = mFGSlider->GetValue();
 190     mArgsInfo.bg_arg = mBGSlider->GetValue();
 191   }
 192   mArgsInfo.fg_given = 1;
 193   mArgsInfo.bg_given = 1;
 194
 195   if (mCheckBoxUseBG->isChecked()) {
 196     if (mCheckBoxUseFG->isChecked()) mArgsInfo.mode_arg = (char*)"both";
 197     else mArgsInfo.mode_arg = (char*)"BG";
 198   }
 199   else mArgsInfo.mode_arg = (char*)"FG";
 200
 201   mArgsInfo.verbose_flag = true;
 202
 203   // Required (even if not used)
 204   mArgsInfo.input_given = 0;
 205   mArgsInfo.output_given = 0;
 206
 207   mArgsInfo.input_arg = new char;
 208   mArgsInfo.output_arg = new char;
 209 }
 210 //------------------------------------------------------------------------------
 211
 212
 213 //------------------------------------------------------------------------------
 214 void vvToolBinarize::apply() {
 215   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 216   GetArgsInfoFromGUI();
 217
 218   // Main filter
 219   clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>::Pointer filter =
 220     clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>::New();
 221   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 222   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 223   filter->Update();
 224
 225   // Output ???
 226   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 227   std::ostringstream osstream;
 228   osstream << "Binarized_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName();
 229   CREATOR(vvToolBinarize)->GetMainWindow()->AddImage(output,osstream.str());
 230   close();
 231 }
 232 //------------------------------------------------------------------------------
 233
 234
 235 //------------------------------------------------------------------------------
 236 void vvToolBinarize::valueChangedT2(double v) {
 237   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) mThresholdSlider1->SetMaximum(v);
 238 }
 239 //------------------------------------------------------------------------------
 240
 241
 242 //------------------------------------------------------------------------------
 243 void vvToolBinarize::valueChangedT1(double v) {
 244   // DD(v);
 245   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 246 //   DD(mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0));
 247   mThresholdSlider2->SetMinimum(v);
 248   int m1 = (int)lrint(v);
 249
 250   for(int i=0;i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 251     mImageContour[i]->update(m1);
 252   }
 253   mCurrentSlicerManager->Render();
 254 }
 255 //------------------------------------------------------------------------------