vv/vvToolBinarize.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   vv
   4   Module:    $RCSfile: vvToolBinarize.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/02/07 12:00:59 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8   Author :   David Sarrut (david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr)
   9
  10   Copyright (C) 2008
  11   Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
  12   CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  13
  14   This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  15   it under the terms of the GNU General Public License as published by
  16   the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  17
  18   This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21   GNU General Public License for more details.
  22
  23   You should have received a copy of the GNU General Public License
  24   along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  25
  26   =========================================================================*/
  27
  28 #include "vvToolBinarize.h"
  29 #include "vvSlicerManager.h"
  30 #include "vvSlicer.h"
  31 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  32
  33 #include "clitkBinarizeImageGenericFilter.h"
  34
  35 #include <vtkImageActor.h>
  36 #include <vtkCamera.h>
  37 #include <vtkImageClip.h>
  38
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  41 // the main window menu.
  42 ADD_TOOL(vvToolBinarize);
  43 //------------------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 vvToolBinarize::vvToolBinarize(QWidget * parent, Qt::WindowFlags f)
  48   :QDialog(parent,f), vvToolBase<vvToolBinarize>(), Ui::vvToolBinarize()
  49 {
  50   // Set Modality : dialog is not modal but stay always on top because
  51   // parent is set at construction
  52   setModal(false);
  53   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  54
  55   // GUI Initialization
  56   setupUi(this);
  57
  58   // Connect signals & slots
  59   connect(mToolInputSelectionWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(InputIsSelected()));
  60   connect(mToolInputSelectionWidget, SIGNAL(rejected()), this, SLOT(close()));
  61   connect(buttonBox, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(apply()));
  62   connect(buttonBox, SIGNAL(rejected()), this, SLOT(close()));
  63   connect(mThresholdSlider1, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(valueChangedT1(double)));
  64   connect(mThresholdSlider2, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(valueChangedT2(double)));
  65   connect(mRadioButtonLowerThan, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(enableLowerThan(bool)));
  66   connect(mCheckBoxUseFG, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(useFGBGtoggled(bool)));
  67   connect(mCheckBoxUseBG, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(useFGBGtoggled(bool)));
  68
  69   // VTK objects
  70   //mImageContour = new vvImageContour;
  71
  72   //new vector of contours
  73
  74   // Initialize some widget
  75   mThresholdSlider1->SetText("");
  76   mThresholdSlider2->SetText("");
  77   mFGSlider->SetText("Foreground value");
  78   mBGSlider->SetText("Background value");
  79
  80   // Disable main widget while input image is not selected
  81   toolMainWidget->setEnabled(false);
  82
  83   // Main filter
  84   mFilter = new clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>; //DS PUT IN BASECLASS ?
  85
  86   // Initialize the input selection (mFilter should be create before !)
  87   InitializeListOfInputImages(mToolInputSelectionWidget, mFilter);
  88 }
  89 //------------------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93 vvToolBinarize::~vvToolBinarize() {
  94   //delete mImageContour;
  95 }
  96 //------------------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 //------------------------------------------------------------------------------
 100 void vvToolBinarize::enableLowerThan(bool b) {
 101   if (!b) {
 102     mThresholdSlider1->resetMaximum();
 103   }
 104   else {
 105     valueChangedT1(mThresholdSlider1->GetValue());
 106   }
 107 }
 108 //------------------------------------------------------------------------------
 109
 110
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112 void vvToolBinarize::useFGBGtoggled(bool) {
 113   if (!mCheckBoxUseBG->isChecked() && !mCheckBoxUseFG->isChecked())
 114     mCheckBoxUseBG->toggle();
 115 }
 116 //------------------------------------------------------------------------------
 117
 118
 119 //------------------------------------------------------------------------------
 120 void vvToolBinarize::InputIsSelected() {
 121
 122   // Common
 123   int index = mToolInputSelectionWidget->GetSelectedInputIndex();
 124   mCurrentSliceManager = mSlicerManagersCompatible[index];
 125   mCurrentImage = mCurrentSliceManager->GetImage();
 126   toolMainWidget->setEnabled(true);
 127
 128   // Specific for this gui
 129   mThresholdSlider1->SetValue(0);
 130   mThresholdSlider2->SetValue(0);
 131   mThresholdSlider1->SetImage(mCurrentImage);
 132   mThresholdSlider2->SetImage(mCurrentImage);
 133   mFGSlider->SetImage(mCurrentImage);
 134   mBGSlider->SetImage(mCurrentImage);
 135   DD(mCurrentSliceManager->GetFileName().c_str());
 136   mFGSlider->SetMaximum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMax());
 137   mFGSlider->SetMinimum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMin());
 138   mBGSlider->SetMaximum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMax());
 139   mBGSlider->SetMinimum(mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetScalarTypeMin());
 140   mFGSlider->SetValue(1);
 141   mBGSlider->SetValue(0);
 142
 143   // VTK objects for interactive display
 144   for(int i=0;i<mCurrentSliceManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 145     mImageContour.push_back(new vvImageContour);
 146     mImageContour[i]->setSlicer(mCurrentSliceManager->GetSlicer(i));
 147   }
 148   valueChangedT1(mThresholdSlider1->GetValue());
 149   connect(mCurrentSliceManager,SIGNAL(UpdateSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateSlice(int, int)));
 150   connect(mCurrentSliceManager,SIGNAL(UpdateTSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateSlice(int, int)));
 151
 152 }
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157 void vvToolBinarize::UpdateSlice(int slicer,int slices) {
 158   DD(slicer);
 159   for(int i=0;i<mCurrentSliceManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 160     mImageContour[i]->update(mThresholdSlider1->GetValue());
 161   }
 162   mCurrentSliceManager->Render();
 163 }
 164 //------------------------------------------------------------------------------
 165
 166 //------------------------------------------------------------------------------
 167 void vvToolBinarize::GetArgsInfoFromGUI() {
 168
 169   /* //KEEP THIS FOR READING GGO FROM FILE
 170     int argc=1;
 171     std::string a = "toto";
 172     char * const* argv = new char*;
 173     //a.c_str();
 174     struct cmdline_parser_params p;
 175     p.check_required = 0;
 176     int good = cmdline_parser_ext(argc, argv, &args_info, &p);
 177   DD(good);
 178   */
 179
 180   mArgsInfo.upper_given = 0;
 181   mArgsInfo.lower_given = 0;
 182   bool inverseBGandFG = false;
 183
 184   mArgsInfo.lower_given = 1;
 185   mArgsInfo.lower_arg = mThresholdSlider1->GetValue();
 186   DD(mArgsInfo.lower_arg);
 187   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) {
 188     mArgsInfo.upper_given = 1;
 189     mArgsInfo.upper_arg = mThresholdSlider2->GetValue();
 190     if (mArgsInfo.upper_arg<mArgsInfo.lower_arg) {
 191       mArgsInfo.upper_given = 0;
 192       DD("TODO : lower thres greater than greater thres ! Ignoring ");
 193     }
 194   }
 195
 196   mArgsInfo.fg_arg = mFGSlider->GetValue();
 197   mArgsInfo.bg_arg = mBGSlider->GetValue();
 198
 199   DD(inverseBGandFG);
 200   if (inverseBGandFG) {
 201     mArgsInfo.fg_arg = mFGSlider->GetValue();
 202     mArgsInfo.bg_arg = mBGSlider->GetValue();
 203   }
 204   mArgsInfo.fg_given = 1;
 205   mArgsInfo.bg_given = 1;
 206
 207   if (mCheckBoxUseBG->isChecked()) {
 208     if (mCheckBoxUseFG->isChecked()) mArgsInfo.mode_arg = (char*)"both";
 209     else mArgsInfo.mode_arg = (char*)"BG";
 210   }
 211   else mArgsInfo.mode_arg = (char*)"FG";
 212
 213   mArgsInfo.verbose_flag = true;
 214
 215   // Required (even if not used)
 216   mArgsInfo.input_given = 0;
 217   mArgsInfo.output_given = 0;
 218
 219   mArgsInfo.input_arg = new char;
 220   mArgsInfo.output_arg = new char;
 221 }
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223
 224
 225 //------------------------------------------------------------------------------
 226 void vvToolBinarize::apply() {
 227   GetArgsInfoFromGUI();
 228
 229   // Main filter
 230   clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>::Pointer filter =
 231     clitk::BinarizeImageGenericFilter<args_info_clitkBinarizeImage>::New();
 232   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 233   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 234   filter->Update();
 235
 236   // Output ???
 237   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 238   std::ostringstream osstream;
 239   osstream << "Binarized_" << mCurrentSliceManager->GetSlicer(0)->GetFileName();
 240   CREATOR(vvToolBinarize)->mMainWindow->AddImage(output,osstream.str());
 241   close();
 242 }
 243 //------------------------------------------------------------------------------
 244
 245
 246 //------------------------------------------------------------------------------
 247 void vvToolBinarize::valueChangedT2(double v) {
 248   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) mThresholdSlider1->SetMaximum(v);
 249 }
 250 //------------------------------------------------------------------------------
 251
 252
 253 //------------------------------------------------------------------------------
 254 void vvToolBinarize::valueChangedT1(double v) {
 255   mThresholdSlider2->SetMinimum(v);
 256   int m1 = (int)lrint(v);
 257
 258   for(int i=0;i<mCurrentSliceManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 259     mImageContour[i]->update(m1);
 260   }
 261   mCurrentSliceManager->Render();
 262 }
 263 //------------------------------------------------------------------------------