vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33
  34 // vtk
  35 #include <vtkImageClip.h>
  36 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  37 #include <vtkImageData.h>
  38 #include <vtkSmartPointer.h>
  39
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  42 // the main window menu.
  43 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  49   vvToolWidgetBase(parent, f),
  50   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  51   Ui::vvToolCropImage()
  52 {
  53
  54   // GUI Initialization
  55   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  56   // mTLabel2->setHidden(false);
  57   // tminSlider->setHidden(false);
  58   // tmaxSlider->setHidden(false);
  59   // spin_tmin->setHidden(false);
  60   // spin_tmax->setHidden(false);
  61   // mLabelTimeCropping->setHidden(false);
  62   mTLabel1->setHidden(true);
  63   mTLabel2->setHidden(true);
  64   tminSlider->setHidden(true);
  65   tmaxSlider->setHidden(true);
  66   spin_tmin->setHidden(true);
  67   spin_tmax->setHidden(true);
  68   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  69
  70   // Set how many inputs are needed for this tool
  71   AddInputSelector("Select one image");
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  78 {
  79
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  86 {
  87   // Reset extends
  88   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
  89   UpdateExtent();
  90   event->accept();
  91 }
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96 bool vvToolCropImage::close()
  97 {
  98   return vvToolWidgetBase::close();
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104 void vvToolCropImage::reject()
 105 {
 106   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 107   UpdateExtent();
 108   return vvToolWidgetBase::reject();
 109 }
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111
 112
 113 //------------------------------------------------------------------------------
 114 void vvToolCropImage::sliderXMinValueChanged(int s)
 115 {
 116   xmaxSlider->setMinimum(xminSlider->value());
 117   mReducedExtent[0] = xminSlider->value();
 118   UpdateExtent();
 119 }
 120 //------------------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124 void vvToolCropImage::sliderXMaxValueChanged(int s)
 125 {
 126   xminSlider->setMaximum(xmaxSlider->value());
 127   mReducedExtent[1] = xmaxSlider->value();
 128   UpdateExtent();
 129 }
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134 void vvToolCropImage::sliderYMinValueChanged(int s)
 135 {
 136   ymaxSlider->setMinimum(yminSlider->value());
 137   mReducedExtent[2] = yminSlider->value();
 138   UpdateExtent();
 139 }
 140 //------------------------------------------------------------------------------
 141
 142
 143 //------------------------------------------------------------------------------
 144 void vvToolCropImage::sliderYMaxValueChanged(int s)
 145 {
 146   yminSlider->setMaximum(ymaxSlider->value());
 147   mReducedExtent[3] = ymaxSlider->value();
 148   UpdateExtent();
 149 }
 150 //------------------------------------------------------------------------------
 151
 152
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154 void vvToolCropImage::sliderZMinValueChanged(int s)
 155 {
 156   zmaxSlider->setMinimum(zminSlider->value());
 157   mReducedExtent[4] = zminSlider->value();
 158   UpdateExtent();
 159 }
 160 //------------------------------------------------------------------------------
 161
 162
 163 //------------------------------------------------------------------------------
 164 void vvToolCropImage::sliderZMaxValueChanged(int s)
 165 {
 166   zminSlider->setMaximum(zmaxSlider->value());
 167   mReducedExtent[5] = zmaxSlider->value();
 168   UpdateExtent();
 169 }
 170 //------------------------------------------------------------------------------
 171
 172
 173 //------------------------------------------------------------------------------
 174 void vvToolCropImage::sliderTMinValueChanged(int s) {
 175   tmaxSlider->setMinimum(tminSlider->value());
 176   mReducedExtent[6] = tminSlider->value();
 177   UpdateExtent();
 178 }
 179 //------------------------------------------------------------------------------
 180
 181
 182 //------------------------------------------------------------------------------
 183 void vvToolCropImage::sliderTMaxValueChanged(int s) {
 184   tminSlider->setMaximum(tmaxSlider->value());
 185   mReducedExtent[7] = tmaxSlider->value();
 186   UpdateExtent();
 187 }
 188 //------------------------------------------------------------------------------
 189
 190
 191 //------------------------------------------------------------------------------
 192 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 193 {
 194   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 195     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 196     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 197     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 198   }
 199 }
 200 //------------------------------------------------------------------------------
 201
 202
 203 //------------------------------------------------------------------------------
 204 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 205 {
 206
 207   // Change interface according to number of dimension
 208   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 209    if (slicer->GetDimension()<4) {
 210      mTLabel1->setHidden(true);
 211      mTLabel2->setHidden(true);
 212      tminSlider->setHidden(true);
 213      tmaxSlider->setHidden(true);
 214      spin_tmin->setHidden(true);
 215      spin_tmax->setHidden(true);
 216      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 217    }
 218   if (slicer->GetDimension()<3) {
 219     mZLabel1->setHidden(true);
 220     mZLabel2->setHidden(true);
 221     zminSlider->setHidden(true);
 222     zmaxSlider->setHidden(true);
 223     spin_zmin->setHidden(true);
 224     spin_zmax->setHidden(true);
 225   }
 226
 227   // Record initial extend
 228   mReducedExtent = new int[mExtentSize];
 229   mInitialExtent = new int[mExtentSize];
 230   mReducedExtent = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 231   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mInitialExtent[i] = mReducedExtent[i];
 232   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 233     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 234   }
 235
 236   // Set initial sliders values
 237   std::vector<int> imsize = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetSize();
 238   xminSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 239   xmaxSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 240   xmaxSlider->setValue(imsize[0]-1);
 241
 242   yminSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 243   ymaxSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 244   ymaxSlider->setValue(imsize[1]-1);
 245
 246   if (slicer->GetDimension() >2) {
 247     zminSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 248     zmaxSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 249     zmaxSlider->setValue(imsize[2]-1);
 250   }
 251
 252   if (slicer->GetDimension() >3) {
 253     tminSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 254     tmaxSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 255     tmaxSlider->setValue(imsize[3]-1);
 256   }
 257
 258   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 259   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 260   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 261
 262   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 263   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 264   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 265
 266   if (slicer->GetDimension() >2) {
 267     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 268     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 269     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 270   }
 271
 272   if (slicer->GetDimension() >3) {
 273     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 274     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 275     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 276   }
 277
 278   // Connect
 279   connect(xminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMinValueChanged(int)));
 280   connect(xmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMaxValueChanged(int)));
 281   connect(yminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMinValueChanged(int)));
 282   connect(ymaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMaxValueChanged(int)));
 283   connect(zminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMinValueChanged(int)));
 284   connect(zmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMaxValueChanged(int)));
 285   connect(tminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMinValueChanged(int)));
 286   connect(tmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMaxValueChanged(int)));
 287
 288   //  connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 289   //connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateTSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 290
 291   //  connect(mIntensitySlider, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(autoCropValueChanged(double)));
 292   UpdateExtent();
 293 }
 294 //------------------------------------------------------------------------------
 295
 296
 297 //------------------------------------------------------------------------------
 298 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 299 {
 300   //TODO
 301 }
 302 //------------------------------------------------------------------------------
 303
 304
 305 //------------------------------------------------------------------------------
 306 void vvToolCropImage::apply()
 307 {
 308   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 309   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 310
 311   // Typedef
 312   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 313   typedef clitk::CropImageGenericFilter<ArgsInfoType> CropFilterType;
 314
 315   // Get options
 316   ArgsInfoType mArgsInfo;
 317   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 318   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 319   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 320   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 321   mArgsInfo.boundingBox_arg[0] = xminSlider->value();
 322   mArgsInfo.boundingBox_arg[1] = xmaxSlider->value();
 323   mArgsInfo.boundingBox_arg[2] = yminSlider->value();
 324   mArgsInfo.boundingBox_arg[3] = ymaxSlider->value();
 325   if (n>3) { // 3D
 326     mArgsInfo.boundingBox_arg[4] = zminSlider->value();
 327     mArgsInfo.boundingBox_arg[5] = zmaxSlider->value();
 328   }
 329
 330   if (n>6) { // 4D
 331     // mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = tminSlider->value();
 332     // mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = tmaxSlider->value();
 333     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 334     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 335   }
 336
 337   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 338   // filter to retrieve the correct image size
 339   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) {
 340     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 341     // DD(mArgsInfo.boundingBox_arg[i]);
 342   }
 343   UpdateExtent();
 344
 345   // Main filter
 346   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 347   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 348   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 349
 350   // Go ! (not threaded)
 351   try{
 352     filter->Update();
 353   }
 354   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 355     // DD(e.what());
 356     QApplication::restoreOverrideCursor();
 357     close();
 358   }
 359
 360   // Retrieve result and display it
 361   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 362   std::ostringstream osstream;
 363   osstream << "Croped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 364   AddImage(output,osstream.str());
 365
 366   // End
 367   QApplication::restoreOverrideCursor();
 368   close();
 369
 370   /**
 371       // OLD approach with VTK
 372
 373   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 374   vvImage::Pointer mResult=vvImage::New();
 375   vvImage::Pointer image= mCurrentSlicerManager->GetImage();
 376   for (std::vector<vtkImageData*>::const_iterator i=image->GetVTKImages().begin();
 377        i!=image->GetVTKImages().end(); i++) {
 378     vtkSmartPointer<vtkImageClip> filter=vtkSmartPointer<vtkImageClip>::New();
 379     ///Vtk is very weird, you need to "translate the extent" to get the correct origin
 380     //http://markmail.org/message/vndc2tr6kcabiakp#query:vtkImageClip%20origin+page:1+mid:6na7y57floutklvz+state:results
 381     vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent> translate=vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent>::New();
 382     filter->SetInput(*i);
 383     filter->SetOutputWholeExtent(xminSlider->value(),xmaxSlider->value(),
 384                                  yminSlider->value(),ymaxSlider->value(),
 385                                  zminSlider->value(),zmaxSlider->value());
 386     translate->SetTranslation(-xminSlider->value(),-yminSlider->value(),-zminSlider->value());
 387     translate->SetInput(filter->GetOutput());
 388     filter->ClipDataOn(); //Really create a cropped copy of the image
 389     translate->Update();
 390     vtkImageData* output=vtkImageData::New();
 391     output->ShallowCopy(translate->GetOutput());
 392     mResult->AddImage(output);
 393   }
 394   QApplication::restoreOverrideCursor();
 395   std::ostringstream osstream;
 396   osstream << "Crop_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 397   AddImage(mResult, osstream.str());
 398   close();
 399
 400   **/
 401 }
 402 //------------------------------------------------------------------------------
 403