vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33
  34 // vtk
  35 #include <vtkImageClip.h>
  36 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  37 #include <vtkImageData.h>
  38 #include <vtkSmartPointer.h>
  39
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  42 // the main window menu.
  43 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  49   vvToolWidgetBase(parent, f),
  50   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  51   Ui::vvToolCropImage()
  52 {
  53
  54   // GUI Initialization
  55   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  56   // mTLabel2->setHidden(false);
  57   // tminSlider->setHidden(false);
  58   // tmaxSlider->setHidden(false);
  59   // spin_tmin->setHidden(false);
  60   // spin_tmax->setHidden(false);
  61   // mLabelTimeCropping->setHidden(false);
  62   mTLabel1->setHidden(true);
  63   mTLabel2->setHidden(true);
  64   tminSlider->setHidden(true);
  65   tmaxSlider->setHidden(true);
  66   spin_tmin->setHidden(true);
  67   spin_tmax->setHidden(true);
  68   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  69
  70   // Set how many inputs are needed for this tool
  71   AddInputSelector("Select one image");
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  78 {
  79
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  86 {
  87   // Reset extends
  88   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
  89   if(mCurrentSlicerManager){
  90     UpdateExtent();
  91   }
  92   event->accept();
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 bool vvToolCropImage::close()
  99 {
 100   return vvToolWidgetBase::close();
 101 }
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //------------------------------------------------------------------------------
 106 void vvToolCropImage::reject()
 107 {
 108   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 109   UpdateExtent();
 110   return vvToolWidgetBase::reject();
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvToolCropImage::sliderXMinValueChanged(int s)
 117 {
 118   xmaxSlider->setMinimum(xminSlider->value());
 119   mReducedExtent[0] = xminSlider->value();
 120   UpdateExtent();
 121 }
 122 //------------------------------------------------------------------------------
 123
 124
 125 //------------------------------------------------------------------------------
 126 void vvToolCropImage::sliderXMaxValueChanged(int s)
 127 {
 128   xminSlider->setMaximum(xmaxSlider->value());
 129   mReducedExtent[1] = xmaxSlider->value();
 130   UpdateExtent();
 131 }
 132 //------------------------------------------------------------------------------
 133
 134
 135 //------------------------------------------------------------------------------
 136 void vvToolCropImage::sliderYMinValueChanged(int s)
 137 {
 138   ymaxSlider->setMinimum(yminSlider->value());
 139   mReducedExtent[2] = yminSlider->value();
 140   UpdateExtent();
 141 }
 142 //------------------------------------------------------------------------------
 143
 144
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146 void vvToolCropImage::sliderYMaxValueChanged(int s)
 147 {
 148   yminSlider->setMaximum(ymaxSlider->value());
 149   mReducedExtent[3] = ymaxSlider->value();
 150   UpdateExtent();
 151 }
 152 //------------------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 //------------------------------------------------------------------------------
 156 void vvToolCropImage::sliderZMinValueChanged(int s)
 157 {
 158   zmaxSlider->setMinimum(zminSlider->value());
 159   mReducedExtent[4] = zminSlider->value();
 160   UpdateExtent();
 161 }
 162 //------------------------------------------------------------------------------
 163
 164
 165 //------------------------------------------------------------------------------
 166 void vvToolCropImage::sliderZMaxValueChanged(int s)
 167 {
 168   zminSlider->setMaximum(zmaxSlider->value());
 169   mReducedExtent[5] = zmaxSlider->value();
 170   UpdateExtent();
 171 }
 172 //------------------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175 //------------------------------------------------------------------------------
 176 void vvToolCropImage::sliderTMinValueChanged(int s) {
 177   tmaxSlider->setMinimum(tminSlider->value());
 178   mReducedExtent[6] = tminSlider->value();
 179   UpdateExtent();
 180 }
 181 //------------------------------------------------------------------------------
 182
 183
 184 //------------------------------------------------------------------------------
 185 void vvToolCropImage::sliderTMaxValueChanged(int s) {
 186   tminSlider->setMaximum(tmaxSlider->value());
 187   mReducedExtent[7] = tmaxSlider->value();
 188   UpdateExtent();
 189 }
 190 //------------------------------------------------------------------------------
 191
 192
 193 //------------------------------------------------------------------------------
 194 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 195 {
 196   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 197     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 198     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 199     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 200   }
 201 }
 202 //------------------------------------------------------------------------------
 203
 204
 205 //------------------------------------------------------------------------------
 206 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 207 {
 208
 209   // Change interface according to number of dimension
 210   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 211    if (slicer->GetDimension()<4) {
 212      mTLabel1->setHidden(true);
 213      mTLabel2->setHidden(true);
 214      tminSlider->setHidden(true);
 215      tmaxSlider->setHidden(true);
 216      spin_tmin->setHidden(true);
 217      spin_tmax->setHidden(true);
 218      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 219    }
 220   if (slicer->GetDimension()<3) {
 221     mZLabel1->setHidden(true);
 222     mZLabel2->setHidden(true);
 223     zminSlider->setHidden(true);
 224     zmaxSlider->setHidden(true);
 225     spin_zmin->setHidden(true);
 226     spin_zmax->setHidden(true);
 227   }
 228
 229   // Record initial extend
 230   mReducedExtent = new int[mExtentSize];
 231   mInitialExtent = new int[mExtentSize];
 232   mReducedExtent = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 233   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mInitialExtent[i] = mReducedExtent[i];
 234   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 235     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 236   }
 237
 238   // Set initial sliders values
 239   std::vector<int> imsize = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetSize();
 240   xminSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 241   xmaxSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 242   xmaxSlider->setValue(imsize[0]-1);
 243
 244   yminSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 245   ymaxSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 246   ymaxSlider->setValue(imsize[1]-1);
 247
 248   if (slicer->GetDimension() >2) {
 249     zminSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 250     zmaxSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 251     zmaxSlider->setValue(imsize[2]-1);
 252   }
 253
 254   if (slicer->GetDimension() >3) {
 255     tminSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 256     tmaxSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 257     tmaxSlider->setValue(imsize[3]-1);
 258   }
 259
 260   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 261   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 262   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 263
 264   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 265   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 266   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 267
 268   if (slicer->GetDimension() >2) {
 269     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 270     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 271     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 272   }
 273
 274   if (slicer->GetDimension() >3) {
 275     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 276     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 277     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 278   }
 279
 280   // Connect
 281   connect(xminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMinValueChanged(int)));
 282   connect(xmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMaxValueChanged(int)));
 283   connect(yminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMinValueChanged(int)));
 284   connect(ymaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMaxValueChanged(int)));
 285   connect(zminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMinValueChanged(int)));
 286   connect(zmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMaxValueChanged(int)));
 287   connect(tminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMinValueChanged(int)));
 288   connect(tmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMaxValueChanged(int)));
 289
 290   //  connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 291   //connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateTSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 292
 293   //  connect(mIntensitySlider, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(autoCropValueChanged(double)));
 294   UpdateExtent();
 295 }
 296 //------------------------------------------------------------------------------
 297
 298
 299 //------------------------------------------------------------------------------
 300 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 301 {
 302   //TODO
 303 }
 304 //------------------------------------------------------------------------------
 305
 306
 307 //------------------------------------------------------------------------------
 308 void vvToolCropImage::apply()
 309 {
 310   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 311   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 312
 313   // Typedef
 314   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 315   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 316
 317   // Get options
 318   ArgsInfoType mArgsInfo;
 319   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 320   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 321   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 322   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 323   mArgsInfo.boundingBox_arg[0] = xminSlider->value();
 324   mArgsInfo.boundingBox_arg[1] = xmaxSlider->value();
 325   mArgsInfo.boundingBox_arg[2] = yminSlider->value();
 326   mArgsInfo.boundingBox_arg[3] = ymaxSlider->value();
 327   if (n>3) { // 3D
 328     mArgsInfo.boundingBox_arg[4] = zminSlider->value();
 329     mArgsInfo.boundingBox_arg[5] = zmaxSlider->value();
 330   }
 331
 332   if (n>6) { // 4D
 333     // mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = tminSlider->value();
 334     // mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = tmaxSlider->value();
 335     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 336     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 337   }
 338
 339   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 340   // filter to retrieve the correct image size
 341   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) {
 342     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 343     // DD(mArgsInfo.boundingBox_arg[i]);
 344   }
 345   UpdateExtent();
 346
 347   // Main filter
 348   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 349   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 350   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 351
 352   // Go ! (not threaded)
 353   try{
 354     filter->Update();
 355   }
 356   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 357     DD(e.what());
 358     QApplication::restoreOverrideCursor();
 359     close();
 360   }
 361
 362   // Retrieve result and display it
 363   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 364   std::ostringstream osstream;
 365   osstream << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 366   AddImage(output,osstream.str());
 367
 368   // End
 369   QApplication::restoreOverrideCursor();
 370   close();
 371
 372   /**
 373       // OLD approach with VTK
 374
 375   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 376   vvImage::Pointer mResult=vvImage::New();
 377   vvImage::Pointer image= mCurrentSlicerManager->GetImage();
 378   for (std::vector<vtkImageData*>::const_iterator i=image->GetVTKImages().begin();
 379        i!=image->GetVTKImages().end(); i++) {
 380     vtkSmartPointer<vtkImageClip> filter=vtkSmartPointer<vtkImageClip>::New();
 381     ///Vtk is very weird, you need to "translate the extent" to get the correct origin
 382     //http://markmail.org/message/vndc2tr6kcabiakp#query:vtkImageClip%20origin+page:1+mid:6na7y57floutklvz+state:results
 383     vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent> translate=vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent>::New();
 384     filter->SetInput(*i);
 385     filter->SetOutputWholeExtent(xminSlider->value(),xmaxSlider->value(),
 386                                  yminSlider->value(),ymaxSlider->value(),
 387                                  zminSlider->value(),zmaxSlider->value());
 388     translate->SetTranslation(-xminSlider->value(),-yminSlider->value(),-zminSlider->value());
 389     translate->SetInput(filter->GetOutput());
 390     filter->ClipDataOn(); //Really create a cropped copy of the image
 391     translate->Update();
 392     vtkImageData* output=vtkImageData::New();
 393     output->ShallowCopy(translate->GetOutput());
 394     mResult->AddImage(output);
 395   }
 396   QApplication::restoreOverrideCursor();
 397   std::ostringstream osstream;
 398   osstream << "Crop_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 399   AddImage(mResult, osstream.str());
 400   close();
 401
 402   **/
 403 }
 404 //------------------------------------------------------------------------------
 405