vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33
  34 // vtk
  35 #include <vtkImageClip.h>
  36 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  37 #include <vtkImageData.h>
  38 #include <vtkSmartPointer.h>
  39
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  42 // the main window menu.
  43 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  49   vvToolWidgetBase(parent, f),
  50   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  51   Ui::vvToolCropImage()
  52 {
  53
  54   // GUI Initialization
  55   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  56   // mTLabel2->setHidden(false);
  57   // tminSlider->setHidden(false);
  58   // tmaxSlider->setHidden(false);
  59   // spin_tmin->setHidden(false);
  60   // spin_tmax->setHidden(false);
  61   // mLabelTimeCropping->setHidden(false);
  62   mTLabel1->setHidden(true);
  63   mTLabel2->setHidden(true);
  64   tminSlider->setHidden(true);
  65   tmaxSlider->setHidden(true);
  66   spin_tmin->setHidden(true);
  67   spin_tmax->setHidden(true);
  68   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  69
  70   // Set how many inputs are needed for this tool
  71   AddInputSelector("Select one image");
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  78 {
  79
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  86 {
  87   if(mCurrentSlicerManager){
  88     // Reset extends
  89     for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
  90       UpdateExtent();
  91   }
  92   event->accept();
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 bool vvToolCropImage::close()
  99 {
 100   return vvToolWidgetBase::close();
 101 }
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //------------------------------------------------------------------------------
 106 void vvToolCropImage::reject()
 107 {
 108   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 109   UpdateExtent();
 110   return vvToolWidgetBase::reject();
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvToolCropImage::sliderXMinValueChanged(int s)
 117 {
 118   xmaxSlider->setMinimum(xminSlider->value());
 119   mReducedExtent[0] = xminSlider->value();
 120   std::cout<<"new value "<<mReducedExtent[0]<<std::endl;
 121   UpdateExtent();
 122 }
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124
 125
 126 //------------------------------------------------------------------------------
 127 void vvToolCropImage::sliderXMaxValueChanged(int s)
 128 {
 129   xminSlider->setMaximum(xmaxSlider->value());
 130   mReducedExtent[1] = xmaxSlider->value();
 131   UpdateExtent();
 132 }
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136 //------------------------------------------------------------------------------
 137 void vvToolCropImage::sliderYMinValueChanged(int s)
 138 {
 139   ymaxSlider->setMinimum(yminSlider->value());
 140   mReducedExtent[2] = yminSlider->value();
 141   UpdateExtent();
 142 }
 143 //------------------------------------------------------------------------------
 144
 145
 146 //------------------------------------------------------------------------------
 147 void vvToolCropImage::sliderYMaxValueChanged(int s)
 148 {
 149   yminSlider->setMaximum(ymaxSlider->value());
 150   mReducedExtent[3] = ymaxSlider->value();
 151   UpdateExtent();
 152 }
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157 void vvToolCropImage::sliderZMinValueChanged(int s)
 158 {
 159   zmaxSlider->setMinimum(zminSlider->value());
 160   mReducedExtent[4] = zminSlider->value();
 161   UpdateExtent();
 162 }
 163 //------------------------------------------------------------------------------
 164
 165
 166 //------------------------------------------------------------------------------
 167 void vvToolCropImage::sliderZMaxValueChanged(int s)
 168 {
 169   zminSlider->setMaximum(zmaxSlider->value());
 170   mReducedExtent[5] = zmaxSlider->value();
 171   UpdateExtent();
 172 }
 173 //------------------------------------------------------------------------------
 174
 175
 176 //------------------------------------------------------------------------------
 177 void vvToolCropImage::sliderTMinValueChanged(int s) {
 178   tmaxSlider->setMinimum(tminSlider->value());
 179   mReducedExtent[6] = tminSlider->value();
 180   UpdateExtent();
 181 }
 182 //------------------------------------------------------------------------------
 183
 184
 185 //------------------------------------------------------------------------------
 186 void vvToolCropImage::sliderTMaxValueChanged(int s) {
 187   tminSlider->setMaximum(tmaxSlider->value());
 188   mReducedExtent[7] = tmaxSlider->value();
 189   UpdateExtent();
 190 }
 191 //------------------------------------------------------------------------------
 192
 193
 194 //------------------------------------------------------------------------------
 195 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 196 {
 197   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 198     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 199     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 200     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 201   }
 202 }
 203 //------------------------------------------------------------------------------
 204
 205
 206 //------------------------------------------------------------------------------
 207 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 208 {
 209
 210   // Change interface according to number of dimension
 211   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 212    if (slicer->GetDimension()<4) {
 213      mTLabel1->setHidden(true);
 214      mTLabel2->setHidden(true);
 215      tminSlider->setHidden(true);
 216      tmaxSlider->setHidden(true);
 217      spin_tmin->setHidden(true);
 218      spin_tmax->setHidden(true);
 219      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 220    }
 221   if (slicer->GetDimension()<3) {
 222     mZLabel1->setHidden(true);
 223     mZLabel2->setHidden(true);
 224     zminSlider->setHidden(true);
 225     zmaxSlider->setHidden(true);
 226     spin_zmin->setHidden(true);
 227     spin_zmax->setHidden(true);
 228   }
 229
 230   // Record initial extend
 231   mReducedExtent = new int[mExtentSize];
 232   mInitialExtent = new int[mExtentSize];
 233   mReducedExtent = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 234   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mInitialExtent[i] = mReducedExtent[i];
 235   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 236     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 237   }
 238
 239   // Set initial sliders values
 240   std::vector<int> imsize = mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetSize();
 241   xminSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 242   xmaxSlider->setMaximum(imsize[0]-1);
 243   xmaxSlider->setValue(imsize[0]-1);
 244
 245   yminSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 246   ymaxSlider->setMaximum(imsize[1]-1);
 247   ymaxSlider->setValue(imsize[1]-1);
 248
 249   if (slicer->GetDimension() >2) {
 250     zminSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 251     zmaxSlider->setMaximum(imsize[2]-1);
 252     zmaxSlider->setValue(imsize[2]-1);
 253   }
 254
 255   if (slicer->GetDimension() >3) {
 256     tminSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 257     tmaxSlider->setMaximum(imsize[3]-1);
 258     tmaxSlider->setValue(imsize[3]-1);
 259   }
 260
 261   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 262   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 263   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 264
 265   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 266   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 267   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 268
 269   if (slicer->GetDimension() >2) {
 270     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 271     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 272     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 273   }
 274
 275   if (slicer->GetDimension() >3) {
 276     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 277     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 278     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 279   }
 280
 281   // Connect
 282   connect(xminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMinValueChanged(int)));
 283   connect(xmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderXMaxValueChanged(int)));
 284   connect(yminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMinValueChanged(int)));
 285   connect(ymaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderYMaxValueChanged(int)));
 286   connect(zminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMinValueChanged(int)));
 287   connect(zmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderZMaxValueChanged(int)));
 288   connect(tminSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMinValueChanged(int)));
 289   connect(tmaxSlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(sliderTMaxValueChanged(int)));
 290
 291   //  connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 292   //connect(mCurrentSlicerManager,SIGNAL(UpdateTSlice(int,int)),this,SLOT(UpdateExtent()));
 293
 294   //  connect(mIntensitySlider, SIGNAL(valueChanged(double)), this, SLOT(autoCropValueChanged(double)));
 295   UpdateExtent();
 296 }
 297 //------------------------------------------------------------------------------
 298
 299
 300 //------------------------------------------------------------------------------
 301 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 302 {
 303   //TODO
 304 }
 305 //------------------------------------------------------------------------------
 306
 307
 308 //------------------------------------------------------------------------------
 309 void vvToolCropImage::apply()
 310 {
 311   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 312   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 313
 314   // Typedef
 315   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 316   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 317
 318   // Get options
 319   ArgsInfoType mArgsInfo;
 320   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 321   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 322   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 323   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 324   mArgsInfo.boundingBox_arg[0] = xminSlider->value();
 325   mArgsInfo.boundingBox_arg[1] = xmaxSlider->value();
 326   mArgsInfo.boundingBox_arg[2] = yminSlider->value();
 327   mArgsInfo.boundingBox_arg[3] = ymaxSlider->value();
 328   if (n>3) { // 3D
 329     mArgsInfo.boundingBox_arg[4] = zminSlider->value();
 330     mArgsInfo.boundingBox_arg[5] = zmaxSlider->value();
 331   }
 332
 333   if (n>6) { // 4D
 334     // mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = tminSlider->value();
 335     // mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = tmaxSlider->value();
 336     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 337     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 338   }
 339
 340   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 341   // filter to retrieve the correct image size
 342   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) {
 343     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 344     // DD(mArgsInfo.boundingBox_arg[i]);
 345   }
 346   UpdateExtent();
 347
 348   // Main filter
 349   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 350   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 351   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 352
 353   // Go ! (not threaded)
 354   try{
 355     filter->Update();
 356   }
 357   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 358     DD(e.what());
 359     QApplication::restoreOverrideCursor();
 360     close();
 361   }
 362
 363   // Retrieve result and display it
 364   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 365   std::ostringstream osstream;
 366   osstream << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 367   AddImage(output,osstream.str());
 368
 369   // End
 370   QApplication::restoreOverrideCursor();
 371   close();
 372
 373   /**
 374       // OLD approach with VTK
 375
 376   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 377   vvImage::Pointer mResult=vvImage::New();
 378   vvImage::Pointer image= mCurrentSlicerManager->GetImage();
 379   for (std::vector<vtkImageData*>::const_iterator i=image->GetVTKImages().begin();
 380        i!=image->GetVTKImages().end(); i++) {
 381     vtkSmartPointer<vtkImageClip> filter=vtkSmartPointer<vtkImageClip>::New();
 382     ///Vtk is very weird, you need to "translate the extent" to get the correct origin
 383     //http://markmail.org/message/vndc2tr6kcabiakp#query:vtkImageClip%20origin+page:1+mid:6na7y57floutklvz+state:results
 384     vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent> translate=vtkSmartPointer<vtkImageTranslateExtent>::New();
 385     filter->SetInput(*i);
 386     filter->SetOutputWholeExtent(xminSlider->value(),xmaxSlider->value(),
 387                                  yminSlider->value(),ymaxSlider->value(),
 388                                  zminSlider->value(),zmaxSlider->value());
 389     translate->SetTranslation(-xminSlider->value(),-yminSlider->value(),-zminSlider->value());
 390     translate->SetInput(filter->GetOutput());
 391     filter->ClipDataOn(); //Really create a cropped copy of the image
 392     translate->Update();
 393     vtkImageData* output=vtkImageData::New();
 394     output->ShallowCopy(translate->GetOutput());
 395     mResult->AddImage(output);
 396   }
 397   QApplication::restoreOverrideCursor();
 398   std::ostringstream osstream;
 399   osstream << "Crop_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 400   AddImage(mResult, osstream.str());
 401   close();
 402
 403   **/
 404 }
 405 //------------------------------------------------------------------------------
 406