vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33 #include <QSignalMapper>
  34
  35 // vtk
  36 #include <vtkVersion.h>
  37 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>
  38 #include <vtkInformation.h>
  39 #include <vtkImageClip.h>
  40 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  41 #include <vtkImageData.h>
  42 #include <vtkSmartPointer.h>
  43
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  46 // the main window menu.
  47 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  48 //------------------------------------------------------------------------------
  49
  50 //same order of int* returned by VtkImageData::WholeExtent
  51 enum sliderId {xmin, xmax, ymin, ymax, zmin, zmax, tmin, tmax};
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  54   vvToolWidgetBase(parent, f),
  55   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  56   Ui::vvToolCropImage(),mSliders(8)
  57 {
  58
  59   // GUI Initialization
  60   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  61   mTLabel1->setHidden(true);
  62   mTLabel2->setHidden(true);
  63   tminSlider->setHidden(true);
  64   tmaxSlider->setHidden(true);
  65   spin_tmin->setHidden(true);
  66   spin_tmax->setHidden(true);
  67   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  68
  69   // Set how many inputs are needed for this tool
  70   AddInputSelector("Select one image");
  71
  72   mSliders[xmin]=xminSlider;
  73   mSliders[xmax]=xmaxSlider;
  74   mSliders[ymin]=yminSlider;
  75   mSliders[ymax]=ymaxSlider;
  76   mSliders[zmin]=zminSlider;
  77   mSliders[zmax]=zmaxSlider;
  78   mSliders[tmin]=tminSlider;
  79   mSliders[tmax]=tmaxSlider;
  80
  81   // Record initial extend
  82   mReducedExtent = new int[6];
  83   mInitialExtent = new int[6];
  84 }
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 //------------------------------------------------------------------------------
  89 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  90 {
  91   delete [] mReducedExtent;
  92   delete [] mInitialExtent;
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  99 {
 100   if(mCurrentSlicerManager){
 101 //     Reset extends
 102     for(int i=0; i<6; i++){
 103       mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 104     }
 105     UpdateExtent();
 106   }
 107   vvToolWidgetBase::closeEvent(event);
 108 }
 109 //------------------------------------------------------------------------------
 110
 111
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113 bool vvToolCropImage::close()
 114 {
 115   return vvToolWidgetBase::close();
 116 }
 117 //------------------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //------------------------------------------------------------------------------
 121 void vvToolCropImage::reject()
 122 {
 123   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 124   UpdateExtent();
 125   return vvToolWidgetBase::reject();
 126 }
 127 //------------------------------------------------------------------------------
 128
 129
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131 void vvToolCropImage::sliderValueChanged(int dim)
 132 {
 133   int dimMin = dim;
 134   if(dim%2==0){//case we are minimum
 135     mSliders[dim+1]->setMinimum(mSliders[dim]->value());
 136   }else {
 137     mSliders[--dimMin]->setMaximum(mSliders[dim]->value());
 138   }
 139   mReducedExtent[dim] = mSliders[dim]->value() + mInitialExtent[dimMin];
 140   UpdateExtent();
 141 }
 142 //------------------------------------------------------------------------------
 143
 144
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 147 {
 148   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 149     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 150     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 151     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 152   }
 153 }
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155
 156
 157 //------------------------------------------------------------------------------
 158 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 159 {
 160   // Change interface according to number of dimension
 161   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 162    if (slicer->GetDimension()<4) {
 163      mTLabel1->setHidden(true);
 164      mTLabel2->setHidden(true);
 165      tminSlider->setHidden(true);
 166      tmaxSlider->setHidden(true);
 167      spin_tmin->setHidden(true);
 168      spin_tmax->setHidden(true);
 169      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 170    }
 171   if (slicer->GetDimension()<3) {
 172     mZLabel1->setHidden(true);
 173     mZLabel2->setHidden(true);
 174     zminSlider->setHidden(true);
 175     zmaxSlider->setHidden(true);
 176     spin_zmin->setHidden(true);
 177     spin_zmax->setHidden(true);
 178   }
 179 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 180   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 181 #else
 182   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetInformation()->Get(vtkDataObject::DATA_EXTENT());
 183 #endif
 184   for(int i=0; i<6; i++){
 185     mInitialExtent[i] = a[i];
 186     mReducedExtent[i] = a[i];
 187   }
 188   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 189     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 190     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mInitialExtent);
 191   }
 192
 193 //   Set initial sliders values
 194   int w_ext[6], imsize[3];
 195   mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetRegisterExtent(w_ext);
 196   for(int dim=0; dim<slicer->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 197     imsize[dim] = w_ext[2*dim+1] - w_ext[2*dim] +1;
 198     mSliders[dim*2]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 199     mSliders[dim*2+1]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 200     mSliders[dim*2+1]->setValue(imsize[dim]-1);
 201   }
 202   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 203   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 204   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 205
 206   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 207   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 208   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 209
 210   if (slicer->GetDimension() >2) {
 211     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 212     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 213     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 214   }
 215
 216   if (slicer->GetDimension() >3) {
 217     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 218     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 219     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 220   }
 221
 222   QSignalMapper* signalMapper = new QSignalMapper(this);
 223   connect(signalMapper, SIGNAL(mapped(int)), this, SLOT(sliderValueChanged(int)));
 224   for(unsigned int i=0; i<mSliders.size(); ++i){
 225     signalMapper->setMapping(mSliders[i], i);
 226     connect(mSliders[i], SIGNAL(valueChanged(int)), signalMapper, SLOT(map()));
 227   }
 228   UpdateExtent();
 229 }
 230 //------------------------------------------------------------------------------
 231
 232
 233 //------------------------------------------------------------------------------
 234 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 235 {
 236   //TODO
 237 }
 238 //------------------------------------------------------------------------------
 239
 240
 241 //------------------------------------------------------------------------------
 242 void vvToolCropImage::apply()
 243 {
 244   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 245   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 246
 247   // Typedef
 248   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 249   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 250
 251   // Get options
 252   ArgsInfoType mArgsInfo;
 253   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 254   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 255   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 256   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 257
 258   for(int dim=0; dim<mCurrentSlicerManager->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 259     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2] = mSliders[dim*2]->value();
 260     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2+1] = mSliders[dim*2+1]->value();
 261   }
 262   if (n>6) { // 4D
 263     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 264     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 265   }
 266   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 267   // filter to retrieve the correct image size
 268   for(int i=0; i<mExtentSize; i++) {
 269     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 270   }
 271
 272   UpdateExtent();
 273   // Main filter
 274   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 275   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 276   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 277
 278   // Go ! (not threaded)
 279   try{
 280     filter->Update();
 281   }
 282   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 283     DD(e.what());
 284     QApplication::restoreOverrideCursor();
 285     delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 286     close();
 287   }
 288   std::ostringstream croppedImageName;
 289   croppedImageName << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 290   // Retrieve result and display it
 291   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 292
 293   AddImage(output,croppedImageName.str());
 294
 295   // End
 296   QApplication::restoreOverrideCursor();
 297   delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 298   close();
 299 }
 300 //------------------------------------------------------------------------------
 301