vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33 #include <QSignalMapper>
  34
  35 // vtk
  36 #include <vtkVersion.h>
  37 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>
  38 #include <vtkInformation.h>
  39 #include <vtkImageClip.h>
  40 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  41 #include <vtkImageData.h>
  42 #include <vtkSmartPointer.h>
  43
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  46 // the main window menu.
  47 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  48 //------------------------------------------------------------------------------
  49
  50 //same order of int* returned by VtkImageData::WholeExtent
  51 enum sliderId {xmin, xmax, ymin, ymax, zmin, zmax, tmin, tmax};
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  54   vvToolWidgetBase(parent, f),
  55   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  56   Ui::vvToolCropImage(),mSliders(8)
  57 {
  58
  59   // GUI Initialization
  60   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  61   mTLabel1->setHidden(true);
  62   mTLabel2->setHidden(true);
  63   tminSlider->setHidden(true);
  64   tmaxSlider->setHidden(true);
  65   spin_tmin->setHidden(true);
  66   spin_tmax->setHidden(true);
  67   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  68
  69   // Set how many inputs are needed for this tool
  70   AddInputSelector("Select one image");
  71
  72   mSliders[xmin]=xminSlider;
  73   mSliders[xmax]=xmaxSlider;
  74   mSliders[ymin]=yminSlider;
  75   mSliders[ymax]=ymaxSlider;
  76   mSliders[zmin]=zminSlider;
  77   mSliders[zmax]=zmaxSlider;
  78   mSliders[tmin]=tminSlider;
  79   mSliders[tmax]=tmaxSlider;
  80
  81   // Record initial extend
  82   mReducedExtent = new int[6];
  83   mInitialExtent = new int[6];
  84 }
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 //------------------------------------------------------------------------------
  89 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  90 {
  91   delete [] mReducedExtent;
  92   delete [] mInitialExtent;
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  99 {
 100   if(mCurrentSlicerManager){
 101 //     Reset extends
 102     for(int i=0; i<6; i++){
 103       mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 104     }
 105     for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
 106       mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
 107     UpdateExtent();
 108   }
 109   vvToolWidgetBase::closeEvent(event);
 110 }
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115 bool vvToolCropImage::close()
 116 {
 117   return vvToolWidgetBase::close();
 118 }
 119 //------------------------------------------------------------------------------
 120
 121
 122 //------------------------------------------------------------------------------
 123 void vvToolCropImage::reject()
 124 {
 125   for(int i=0; i<mExtentSize; i++)
 126     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 127   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
 128     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
 129   UpdateExtent();
 130   return vvToolWidgetBase::reject();
 131 }
 132 //------------------------------------------------------------------------------
 133
 134
 135 //------------------------------------------------------------------------------
 136 void vvToolCropImage::sliderValueChanged(int dim)
 137 {
 138   int dimMin = dim;
 139   if(dim%2==0){//case we are minimum
 140     mSliders[dim+1]->setMinimum(mSliders[dim]->value());
 141   }else {
 142     mSliders[--dimMin]->setMaximum(mSliders[dim]->value());
 143   }
 144   mReducedExtent[dim] = mSliders[dim]->value() + mInitialExtent[dimMin];
 145   UpdateExtent();
 146 }
 147 //------------------------------------------------------------------------------
 148
 149
 150 //------------------------------------------------------------------------------
 151 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 152 {
 153   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 154     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 155     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 156     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 157   }
 158 }
 159 //------------------------------------------------------------------------------
 160
 161
 162 //------------------------------------------------------------------------------
 163 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 164 {
 165   // Change interface according to number of dimension
 166   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 167    if (slicer->GetDimension()<4) {
 168      mTLabel1->setHidden(true);
 169      mTLabel2->setHidden(true);
 170      tminSlider->setHidden(true);
 171      tmaxSlider->setHidden(true);
 172      spin_tmin->setHidden(true);
 173      spin_tmax->setHidden(true);
 174      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 175    }
 176   if (slicer->GetDimension()<3) {
 177     mZLabel1->setHidden(true);
 178     mZLabel2->setHidden(true);
 179     zminSlider->setHidden(true);
 180     zmaxSlider->setHidden(true);
 181     spin_zmin->setHidden(true);
 182     spin_zmax->setHidden(true);
 183   }
 184 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 185   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 186 #else
 187   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetInformation()->Get(vtkDataObject::DATA_EXTENT());
 188 #endif
 189   for(int i=0; i<6; i++){
 190     mInitialExtent[i] = a[i];
 191     mReducedExtent[i] = a[i];
 192   }
 193   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 194     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 195     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mInitialExtent);
 196   }
 197
 198 //   Set initial sliders values
 199   int w_ext[6], imsize[3];
 200   mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetRegisterExtent(w_ext);
 201   for(int dim=0; dim<slicer->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 202     imsize[dim] = w_ext[2*dim+1] - w_ext[2*dim] +1;
 203     mSliders[dim*2]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 204     mSliders[dim*2+1]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 205     mSliders[dim*2+1]->setValue(imsize[dim]-1);
 206   }
 207   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 208   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 209   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 210
 211   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 212   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 213   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 214
 215   if (slicer->GetDimension() >2) {
 216     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 217     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 218     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 219   }
 220
 221   if (slicer->GetDimension() >3) {
 222     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 223     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 224     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 225   }
 226
 227   QSignalMapper* signalMapper = new QSignalMapper(this);
 228   connect(signalMapper, SIGNAL(mapped(int)), this, SLOT(sliderValueChanged(int)));
 229   for(unsigned int i=0; i<mSliders.size(); ++i){
 230     signalMapper->setMapping(mSliders[i], i);
 231     connect(mSliders[i], SIGNAL(valueChanged(int)), signalMapper, SLOT(map()));
 232   }
 233   UpdateExtent();
 234 }
 235 //------------------------------------------------------------------------------
 236
 237
 238 //------------------------------------------------------------------------------
 239 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 240 {
 241   //TODO
 242 }
 243 //------------------------------------------------------------------------------
 244
 245
 246 //------------------------------------------------------------------------------
 247 void vvToolCropImage::apply()
 248 {
 249   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 250   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 251
 252   // Typedef
 253   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 254   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 255
 256   // Get options
 257   ArgsInfoType mArgsInfo;
 258   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 259   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 260   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 261   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 262
 263   for(int dim=0; dim<mCurrentSlicerManager->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 264     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2] = mSliders[dim*2]->value();
 265     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2+1] = mSliders[dim*2+1]->value();
 266   }
 267   if (n>6) { // 4D
 268     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 269     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 270   }
 271   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 272   // filter to retrieve the correct image size
 273   for(int i=0; i<6; i++) {
 274     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 275   }
 276
 277   UpdateExtent();
 278   // Main filter
 279   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 280   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 281   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 282
 283   // Go ! (not threaded)
 284   try{
 285     filter->Update();
 286   }
 287   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 288     DD(e.what());
 289     QApplication::restoreOverrideCursor();
 290     delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 291     close();
 292   }
 293   std::ostringstream croppedImageName;
 294   croppedImageName << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 295   // Retrieve result and display it
 296   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 297
 298   AddImage(output,croppedImageName.str());
 299
 300   // End
 301   QApplication::restoreOverrideCursor();
 302   delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 303   close();
 304 }
 305 //------------------------------------------------------------------------------
 306