vv/vvToolExtractLung.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolExtractLung.h"
  21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
  26 #include "vvThreadedFilter.h"
  27
  28 // Qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolExtractLung);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolExtractLung::vvToolExtractLung(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  40   vvToolWidgetBase(parent,f),
  41   vvToolBase<vvToolExtractLung>(parent),
  42   Ui::vvToolExtractLung()
  43 {
  44   // GUI
  45   Ui_vvToolExtractLung::setupUi(mToolWidget);
  46   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
  47   mOptionsBox->setEnabled(false);
  48   mPatientMaskInputWidget->SetText("Patient mask");
  49   connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
  50
  51   // Default values
  52   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(&mArgsInfo);
  53
  54   // Create a new ExtractLung filter
  55   mFilter = FilterType::New();
  56
  57   // Add input selector
  58   AddInputSelector("Select CT thorax image", mFilter);
  59 }
  60 //------------------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //------------------------------------------------------------------------------
  64 vvToolExtractLung::~vvToolExtractLung()
  65 {
  66 }
  67 //------------------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //------------------------------------------------------------------------------
  71 void vvToolExtractLung::Initialize() {
  72   SetToolName("ExtractLung");
  73   SetToolMenuName("Extract lungs");
  74   SetToolIconFilename(":/common/icons/lung-overlay.png");
  75   SetToolTip("Extract lung mask from thorax CT.");
  76   SetToolExperimental(true);
  77 }
  78 //------------------------------------------------------------------------------
  79
  80
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82 void vvToolExtractLung::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  83 {
  84   DD("InputIsSelected");
  85   // Hide selector
  86   HideInputSelector(); // splitter
  87   mToolInputSelectionWidget->hide();
  88   mCurrentSlicerManager = m;
  89   mCurrentImage = m->GetImage();
  90   mMaskLoaderBox->setEnabled(true);
  91   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
  92 }
  93 //------------------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //------------------------------------------------------------------------------
  97 void vvToolExtractLung::PatientMaskInputIsSelected()
  98 {
  99   DD("PatientMaskInputIsSelected");
 100   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
 101   mOptionsBox->setEnabled(true);
 102
 103   // Get Patient mask and BG value
 104   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();
 105   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 106 }
 107 //------------------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111 void vvToolExtractLung::GetArgsInfoFromGUI()
 112 {
 113   DD("GetArgsInfoFromGUI");
 114   mArgsInfo.patientBG_arg = 0; //mPatientBackgroundValueSpinBox->value();
 115   mArgsInfo.verboseOption_flag = true;
 116   mArgsInfo.verboseStep_flag = true;
 117   mArgsInfo.writeStep_flag = false;
 118   mArgsInfo.input_given = 0;
 119   mArgsInfo.patient_given = 0;
 120   mArgsInfo.output_given = 0;
 121   mArgsInfo.outputTrachea_given = 0;
 122   mArgsInfo.remove1_given = 0;
 123 }
 124 //------------------------------------------------------------------------------
 125
 126
 127 //------------------------------------------------------------------------------
 128 void vvToolExtractLung::apply()
 129 {
 130   DD("apply");
 131   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 132
 133   GetArgsInfoFromGUI();
 134
 135   mFilter->SetIOVerbose(true);
 136   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
 137   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
 138   mFilter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 139
 140   DD("mfilter->Update");
 141   vvThreadedFilter thread;
 142   //  thread.SetFilter((clitk::FilterBase*)&(*mFilter));
 143   //  thread.SetFilter((clitk::FilterBase*)&(*mFilter));
 144   thread.SetFilter(&(*mFilter));
 145   // connect(a, SIGNAL(rejected()), this, SLOT(FilterHasBeenCanceled()));
 146   thread.Update();
 147   // if (a->HasError()) { DD(a->GetError()); return; }
 148   //  mFilter->Update();
 149   DD("after thread");
 150
 151   // Check error
 152   if (mFilter->HasError()) {
 153     QMessageBox::information(this,tr("*Error* while finding lung"), mFilter->GetLastError().c_str());
 154     reject();
 155     return;
 156   }
 157
 158   // Get output
 159   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
 160   DD(output.size());
 161
 162   if (output.size() == 0) {
 163     std::cerr << "Error : no output ?" << std::endl;
 164     close();
 165     return;
 166   }
 167
 168   // Set Lung into VV
 169   DD("lung");
 170   vvImage::Pointer lung = output[0];
 171   std::ostringstream osstream;
 172   osstream << "Lung_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 173   vvSlicerManager * v = AddImage(lung,osstream.str());
 174   v->SetPreset(5);
 175   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right lung", lung, 1, false); // Right is greater than Left
 176   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left lung", lung, 2, false);
 177
 178   // Set trachea into VV
 179   if (output.size() == 2) {
 180     DD("trachea");
 181     vvImage::Pointer trachea = output[1];
 182     std::ostringstream osstream;
 183     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 184     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
 185     v->SetPreset(5);
 186     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
 187   }
 188
 189   // End
 190   QApplication::restoreOverrideCursor();
 191   close();
 192 }
 193 //------------------------------------------------------------------------------
 194
 195
 196 //------------------------------------------------------------------------------
 197 bool vvToolExtractLung::close()
 198 {
 199   return vvToolWidgetBase::close();
 200 }
 201 //------------------------------------------------------------------------------
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