]> Creatis software - clitk.git/blob - vv/vvToolExtractLung.cxx
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[clitk.git] / vv / vvToolExtractLung.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17   ======================================================================-====*/
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19 // vv
20 #include "vvToolExtractLung.h"
21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
22 #include "vvSlicer.h"
23 #include "vvImageReader.h"
24 #include "vvImageWriter.h"
25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
26 #include "vvThreadedFilter.h"
27
28 // Qt
29 #include <QMessageBox>
30
31 //------------------------------------------------------------------------------
32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
33 // the main window menu.
34 ADD_TOOL(vvToolExtractLung);
35 //------------------------------------------------------------------------------
36
37
38 //------------------------------------------------------------------------------
39 vvToolExtractLung::vvToolExtractLung(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
40   vvToolWidgetBase(parent,f),
41   vvToolBase<vvToolExtractLung>(parent),
42   Ui::vvToolExtractLung()
43 {
44   // GUI
45   Ui_vvToolExtractLung::setupUi(mToolWidget);
46   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
47   //mOptionsBox->setEnabled(false);
48   mPatientMaskInputWidget->SetText("Patient mask");
49   connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
50
51   // Default values
52   mArgsInfo = new ArgsInfoType;
53   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(mArgsInfo);
54   m_IsThreadInterrupted = false;
55
56   // Create a new ExtractLung filter
57   mFilter = new FilterType;  // used in AddInputSelector
58
59   // Add input selector
60   AddInputSelector("Select CT thorax image", mFilter);
61 }
62 //------------------------------------------------------------------------------
63
64
65 //------------------------------------------------------------------------------
66 vvToolExtractLung::~vvToolExtractLung()
67 {
68 }
69 //------------------------------------------------------------------------------
70
71
72 //------------------------------------------------------------------------------
73 void vvToolExtractLung::Initialize() {
74   SetToolName("ExtractLung");
75   SetToolMenuName("Extract lungs");
76   SetToolIconFilename(":/common/icons/lung-overlay.png");
77   SetToolTip("Extract lung mask from thorax CT.");
78   //  SetToolExperimental(true);
79   //  SetToolInMenu("Segmentation");
80 }
81 //------------------------------------------------------------------------------
82
83
84 //------------------------------------------------------------------------------
85 void vvToolExtractLung::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
86 {
87   // Hide selector
88   HideInputSelector(); // splitter
89   mToolInputSelectionWidget->hide();
90   mCurrentSlicerManager = m;
91   mCurrentImage = m->GetImage();
92   mMaskLoaderBox->setEnabled(true);
93   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
94 }
95 //------------------------------------------------------------------------------
96
97
98 //------------------------------------------------------------------------------
99 void vvToolExtractLung::PatientMaskInputIsSelected()
100 {
101   // Get Patient mask and BG value
102   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();  
103   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
104   
105   // Check patient dimension
106   if (mPatient->GetNumberOfDimensions() != 3) {
107     QMessageBox::information(this,tr("*Error*"), "Mask image must be 3D");
108     return;
109   }
110    
111   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
112   //mOptionsBox->setEnabled(true);
113 }
114 //------------------------------------------------------------------------------
115
116
117 //------------------------------------------------------------------------------
118 void vvToolExtractLung::GetArgsInfoFromGUI() 
119 {
120   mArgsInfo->patientBG_arg = 0; //mPatientBackgroundValueSpinBox->value();
121   mArgsInfo->verboseOption_flag = false;
122   mArgsInfo->verboseStep_flag = false;
123   mArgsInfo->writeStep_flag = false;
124   mArgsInfo->input_given = 0;
125   mArgsInfo->patient_given = 0;
126   mArgsInfo->output_given = 0;
127   mArgsInfo->outputTrachea_given = 0;
128   mArgsInfo->remove1_given = 0;
129 }
130 //------------------------------------------------------------------------------
131
132
133 //------------------------------------------------------------------------------
134 void vvToolExtractLung::apply() 
135 {
136   // Change cursor to wait
137   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
138   
139   // Read options from GUI and put it in the ArgsInfo struct
140   GetArgsInfoFromGUI();
141
142   // Create new filter
143   if (mFilter) delete mFilter;
144   mFilter = new FilterType;  // needed when thread cancel the filter
145   mFilter->StopOnErrorOff();
146   //  mFilter->SetIOVerbose(true);
147   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
148   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
149   mFilter->SetArgsInfo(*mArgsInfo);
150
151   // Created threaded execution
152   vvThreadedFilter thread;
153   connect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
154   thread.SetFilter(mFilter);
155   thread.Update();
156
157   // Check if the thread has been canceled. In this case, return
158   if (m_IsThreadInterrupted) {
159     m_IsThreadInterrupted = false;
160     QApplication::restoreOverrideCursor(); 
161     return;
162   }
163   disconnect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
164     
165   // Check error during filter
166   if (mFilter->HasError()) {
167     QApplication::restoreOverrideCursor();
168     QMessageBox::information(this,tr("Error"), mFilter->GetLastError().c_str());
169     return;
170   }
171   
172   // Get output
173   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
174   if (output.size() == 0) {
175     std::cerr << "Error : no output ?" << std::endl;
176     QApplication::restoreOverrideCursor();
177     close();
178     return;
179   }
180   
181   // Set Lung into VV
182   vvImage::Pointer lung = output[0];
183   std::ostringstream osstream;
184   osstream << "Lung_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
185   vvSlicerManager * v = AddImage(lung,osstream.str());
186   v->SetPreset(5);
187   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right lung", lung, 1, false); // Right is greater than Left
188   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left lung", lung, 2, false);  
189
190   // Set trachea into VV
191   if (output.size() == 2) {
192     vvImage::Pointer trachea = output[1];
193     std::ostringstream osstream;
194     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
195     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
196     v->SetPreset(5);
197     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
198   }
199
200   // End
201   QApplication::restoreOverrideCursor();
202   close();
203 }
204 //------------------------------------------------------------------------------
205
206
207 //------------------------------------------------------------------------------
208 bool vvToolExtractLung::close()
209 {
210   return vvToolWidgetBase::close();
211 }
212 //------------------------------------------------------------------------------
213
214
215 //------------------------------------------------------------------------------
216 void vvToolExtractLung::ThreadInterrupted() 
217
218   m_IsThreadInterrupted = true; 
219 }
220 //------------------------------------------------------------------------------
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