vv/vvToolExtractLung.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolExtractLung.h"
  21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
  26 #include "vvProgressDialog.h"
  27
  28 // Qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolExtractLung);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolExtractLung::vvToolExtractLung(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  40   vvToolWidgetBase(parent,f),
  41   vvToolBase<vvToolExtractLung>(parent),
  42   Ui::vvToolExtractLung()
  43 {
  44   // GUI
  45   Ui_vvToolExtractLung::setupUi(mToolWidget);
  46   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
  47   mOptionsBox->setEnabled(false);
  48   connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
  49
  50   // Default values
  51   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(&mArgsInfo);
  52
  53   // Create a new ExtractLung filter
  54   mFilter = FilterType::New();
  55
  56   // Add input selector
  57   AddInputSelector("Select image", mFilter);
  58 }
  59 //------------------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //------------------------------------------------------------------------------
  63 vvToolExtractLung::~vvToolExtractLung()
  64 {
  65 }
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70 void vvToolExtractLung::Initialize() {
  71   SetToolName("ExtractLung");
  72   SetToolMenuName("Extract lungs");
  73   SetToolIconFilename(":/common/icons/lung-overlay.png");
  74   SetToolTip("Extract lung mask from thorax CT.");
  75   SetToolExperimental(true);
  76 }
  77 //------------------------------------------------------------------------------
  78
  79
  80 //------------------------------------------------------------------------------
  81 void vvToolExtractLung::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  82 {
  83   DD("InputIsSelected");
  84   // Hide selector
  85   HideInputSelector(); // splitter
  86   mToolInputSelectionWidget->hide();
  87   mCurrentSlicerManager = m;
  88   mCurrentImage = m->GetImage();
  89   mMaskLoaderBox->setEnabled(true);
  90   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
  91 }
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96 void vvToolExtractLung::PatientMaskInputIsSelected()
  97 {
  98   DD("PatientMaskInputIsSelected");
  99   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
 100   mOptionsBox->setEnabled(true);
 101
 102   // Get Patient mask and BG value
 103   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();
 104   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 105 }
 106 //------------------------------------------------------------------------------
 107
 108
 109 //------------------------------------------------------------------------------
 110 void vvToolExtractLung::GetArgsInfoFromGUI()
 111 {
 112   DD("GetArgsInfoFromGUI");
 113   mArgsInfo.patientBG_arg = 0; //mPatientBackgroundValueSpinBox->value();
 114   mArgsInfo.verboseOption_flag = true;
 115   mArgsInfo.verboseStep_flag = true;
 116   mArgsInfo.writeStep_flag = false;
 117   mArgsInfo.input_given = 0;
 118   mArgsInfo.patient_given = 0;
 119   mArgsInfo.output_given = 0;
 120   mArgsInfo.outputTrachea_given = 0;
 121   mArgsInfo.remove1_given = 0;
 122 }
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124
 125
 126 //------------------------------------------------------------------------------
 127 void vvToolExtractLung::apply()
 128 {
 129   DD("apply");
 130   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 131
 132   GetArgsInfoFromGUI();
 133
 134   mFilter->SetIOVerbose(true);
 135   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
 136   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
 137   mFilter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 138
 139   DD("mfilter->Update");
 140   // vvThreadedFilter a;
 141   // a->SetFilter(mFilter)
 142   // connect(a, SIGNAL(rejected()), this, SLOT(FilterHasBeenCanceled()));
 143   // a->Update();
 144   // if (a->HasError()) { DD(a->GetError()); return; }
 145   mFilter->Update();
 146
 147   // Check error
 148   if (mFilter->HasError()) {
 149     QMessageBox::information(this,tr("*Error* while finding lung"), mFilter->GetLastError().c_str());
 150     reject();
 151     return;
 152   }
 153
 154   // Get output
 155   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
 156   DD(output.size());
 157
 158   // Set Lung into VV
 159   DD("lung");
 160   vvImage::Pointer lung = output[0];
 161   std::ostringstream osstream;
 162   osstream << "Lung_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 163   vvSlicerManager * v = AddImage(lung,osstream.str());
 164   v->SetPreset(5);
 165   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right lung", lung, 1, false); // Right is greater than Left
 166   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left lung", lung, 2, false);
 167
 168   // Set trachea into VV
 169   if (output.size() == 2) {
 170     DD("trachea");
 171     vvImage::Pointer trachea = output[1];
 172     std::ostringstream osstream;
 173     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 174     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
 175     v->SetPreset(5);
 176     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
 177   }
 178
 179   // End
 180   QApplication::restoreOverrideCursor();
 181   close();
 182 }
 183 //------------------------------------------------------------------------------
 184
 185
 186 //------------------------------------------------------------------------------
 187 bool vvToolExtractLung::close()
 188 {
 189   return vvToolWidgetBase::close();
 190 }
 191 //------------------------------------------------------------------------------
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