vv/vvToolExtractLung.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolExtractLung.h"
  21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
  26 #include "vvThreadedFilter.h"
  27
  28 // Qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolExtractLung);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolExtractLung::vvToolExtractLung(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  40   vvToolWidgetBase(parent,f),
  41   vvToolBase<vvToolExtractLung>(parent),
  42   Ui::vvToolExtractLung()
  43 {
  44   // GUI
  45   Ui_vvToolExtractLung::setupUi(mToolWidget);
  46   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
  47   mOptionsBox->setEnabled(false);
  48   mPatientMaskInputWidget->SetText("Patient mask");
  49   connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
  50
  51   // Default values
  52   mArgsInfo = new ArgsInfoType;
  53   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(mArgsInfo);
  54   SetGUIFromArgsInfo();
  55   m_IsThreadInterrupted = false;
  56
  57   // Create a new ExtractLung filter
  58   mFilter = new FilterType;  // used in AddInputSelector
  59
  60   // Add input selector
  61   AddInputSelector("Select CT thorax image", mFilter);
  62 }
  63 //------------------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67 vvToolExtractLung::~vvToolExtractLung()
  68 {
  69 }
  70 //------------------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74 void vvToolExtractLung::Initialize() {
  75   SetToolName("ExtractLung");
  76   SetToolMenuName("Extract lungs");
  77   SetToolIconFilename(":/common/icons/lung-overlay.png");
  78   SetToolTip("Extract lung mask from thorax CT.");
  79   //  SetToolExperimental(true);
  80   //  SetToolInMenu("Segmentation");
  81 }
  82 //------------------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86 void vvToolExtractLung::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  87 {
  88   // Hide selector
  89   HideInputSelector(); // splitter
  90   mToolInputSelectionWidget->hide();
  91   mCurrentSlicerManager = m;
  92   mCurrentImage = m->GetImage();
  93   mMaskLoaderBox->setEnabled(true);
  94   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
  95 }
  96 //------------------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 //------------------------------------------------------------------------------
 100 void vvToolExtractLung::PatientMaskInputIsSelected()
 101 {
 102   // Get Patient mask and BG value
 103   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();
 104   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 105
 106   // Check patient dimension
 107   if (mPatient->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 108     QMessageBox::information(this,tr("*Error*"), "Mask image must be 3D");
 109     return;
 110   }
 111
 112   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
 113   mOptionsBox->setEnabled(true);
 114 }
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void vvToolExtractLung::SetGUIFromArgsInfo()
 120 {
 121   mAirUpperThresholdSlider->SetText("Upper threshold for air");
 122   mAirUpperThresholdSlider->SetMinimum(-1200);
 123   mAirUpperThresholdSlider->SetMaximum(2000);
 124   DD(mArgsInfo->upper_arg);
 125   mAirUpperThresholdSlider->SetValue(mArgsInfo->upper_arg);
 126
 127   mAirLowerThresholdSlider->SetText("Lower threshold for air");
 128   mAirLowerThresholdSlider->SetMinimum(-1200);
 129   mAirLowerThresholdSlider->SetMaximum(2000);
 130   mAirLowerThresholdSlider->SetValue(mArgsInfo->lower_arg);
 131
 132 }
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136 //------------------------------------------------------------------------------
 137 void vvToolExtractLung::GetArgsInfoFromGUI()
 138 {
 139   mArgsInfo->patientBG_arg = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 140   mArgsInfo->verboseOption_flag = true; // DEBUG. TO CHANGE
 141   mArgsInfo->verboseStep_flag = true; // DEBUG. TO CHANGE
 142   mArgsInfo->writeStep_flag = false;
 143   mArgsInfo->input_given = 0;
 144   mArgsInfo->patient_given = 0;
 145   mArgsInfo->output_given = 0;
 146   mArgsInfo->outputTrachea_given = 0;
 147   mArgsInfo->remove1_given = 0;
 148
 149   mArgsInfo->upper_arg = mAirUpperThresholdSlider->GetValue();
 150   mArgsInfo->lower_arg = mAirLowerThresholdSlider->GetValue();
 151   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) mArgsInfo->lower_given = 1;
 152 }
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157 void vvToolExtractLung::apply()
 158 {
 159   // Change cursor to wait
 160   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 161
 162   // Read options from GUI and put it in the ArgsInfo struct
 163   GetArgsInfoFromGUI();
 164
 165   // Check options
 166   if (mArgsInfo->lower_given) {
 167     if (mArgsInfo->lower_arg > mArgsInfo->upper_arg) {
 168       QApplication::restoreOverrideCursor();
 169       QMessageBox::information(this,tr("Error"), "Lower threshold cannot be greater than upper threshold.");
 170       return;
 171     }
 172   }
 173
 174   // Create new filter
 175   if (mFilter) delete mFilter;
 176   mFilter = new FilterType;  // needed when thread cancel the filter
 177   mFilter->StopOnErrorOff();
 178   //  mFilter->SetIOVerbose(true);
 179   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
 180   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
 181   mFilter->SetArgsInfo(*mArgsInfo);
 182
 183   // Created threaded execution
 184   vvThreadedFilter thread;
 185   connect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 186   thread.SetFilter(mFilter);
 187   thread.Update();
 188
 189   // Check if the thread has been canceled. In this case, return
 190   if (m_IsThreadInterrupted) {
 191     m_IsThreadInterrupted = false;
 192     QApplication::restoreOverrideCursor();
 193     return;
 194   }
 195   disconnect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 196
 197   // Check error during filter
 198   if (mFilter->HasError()) {
 199     QApplication::restoreOverrideCursor();
 200     QMessageBox::information(this,tr("Error"), mFilter->GetLastError().c_str());
 201     return;
 202   }
 203
 204   // Get output
 205   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
 206   if (output.size() == 0) {
 207     std::cerr << "Error : no output ?" << std::endl;
 208     QApplication::restoreOverrideCursor();
 209     close();
 210     return;
 211   }
 212
 213   // Set Lung into VV
 214   vvImage::Pointer lung = output[0];
 215   std::ostringstream osstream;
 216   osstream << "Lung_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 217   vvSlicerManager * v = AddImage(lung,osstream.str());
 218   v->SetPreset(5);
 219   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right lung", lung, 1, false); // Right is greater than Left
 220   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left lung", lung, 2, false);
 221
 222   // Set trachea into VV
 223   if (output.size() == 2) {
 224     vvImage::Pointer trachea = output[1];
 225     std::ostringstream osstream;
 226     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 227     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
 228     v->SetPreset(5);
 229     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
 230   }
 231
 232   // End
 233   QApplication::restoreOverrideCursor();
 234   close();
 235 }
 236 //------------------------------------------------------------------------------
 237
 238
 239 //------------------------------------------------------------------------------
 240 bool vvToolExtractLung::close()
 241 {
 242   return vvToolWidgetBase::close();
 243 }
 244 //------------------------------------------------------------------------------
 245
 246
 247 //------------------------------------------------------------------------------
 248 void vvToolExtractLung::ThreadInterrupted()
 249 {
 250   m_IsThreadInterrupted = true;
 251 }
 252 //------------------------------------------------------------------------------
 253