vv/vvToolExtractLung.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolExtractLung.h"
  21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
  26 #include "vvThreadedFilter.h"
  27
  28 // Qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolExtractLung);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolExtractLung::vvToolExtractLung(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  40   vvToolWidgetBase(parent,f),
  41   vvToolBase<vvToolExtractLung>(parent),
  42   Ui::vvToolExtractLung()
  43 {
  44   // GUI
  45   Ui_vvToolExtractLung::setupUi(mToolWidget);
  46   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
  47   //mOptionsBox->setEnabled(false);
  48   mPatientMaskInputWidget->SetText("Patient mask");
  49   connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
  50
  51   // Default values
  52   mArgsInfo = new ArgsInfoType;
  53   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(mArgsInfo);
  54   m_IsThreadInterrupted = false;
  55
  56   // Create a new ExtractLung filter
  57   mFilter = new FilterType;  // used in AddInputSelector
  58
  59   // Add input selector
  60   AddInputSelector("Select CT thorax image", mFilter);
  61 }
  62 //------------------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66 vvToolExtractLung::~vvToolExtractLung()
  67 {
  68 }
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70
  71
  72 //------------------------------------------------------------------------------
  73 void vvToolExtractLung::Initialize() {
  74   SetToolName("ExtractLung");
  75   SetToolMenuName("Extract lungs");
  76   SetToolIconFilename(":/common/icons/lung-overlay.png");
  77   SetToolTip("Extract lung mask from thorax CT.");
  78   //  SetToolExperimental(true);
  79   //  SetToolInMenu("Segmentation");
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvToolExtractLung::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  86 {
  87   // Hide selector
  88   HideInputSelector(); // splitter
  89   mToolInputSelectionWidget->hide();
  90   mCurrentSlicerManager = m;
  91   mCurrentImage = m->GetImage();
  92   mMaskLoaderBox->setEnabled(true);
  93   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
  94 }
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96
  97
  98 //------------------------------------------------------------------------------
  99 void vvToolExtractLung::PatientMaskInputIsSelected()
 100 {
 101   // Get Patient mask and BG value
 102   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();
 103   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 104
 105   // Check patient dimension
 106   if (mPatient->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 107     QMessageBox::information(this,tr("*Error*"), "Mask image must be 3D");
 108     return;
 109   }
 110
 111   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
 112   //mOptionsBox->setEnabled(true);
 113 }
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115
 116
 117 //------------------------------------------------------------------------------
 118 void vvToolExtractLung::GetArgsInfoFromGUI()
 119 {
 120   mArgsInfo->patientBG_arg = 0; //mPatientBackgroundValueSpinBox->value();
 121   mArgsInfo->verboseOption_flag = false;
 122   mArgsInfo->verboseStep_flag = false;
 123   mArgsInfo->writeStep_flag = false;
 124   mArgsInfo->input_given = 0;
 125   mArgsInfo->patient_given = 0;
 126   mArgsInfo->output_given = 0;
 127   mArgsInfo->outputTrachea_given = 0;
 128   mArgsInfo->remove1_given = 0;
 129 }
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134 void vvToolExtractLung::apply()
 135 {
 136   // Change cursor to wait
 137   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 138
 139   // Read options from GUI and put it in the ArgsInfo struct
 140   GetArgsInfoFromGUI();
 141
 142   // Create new filter
 143   if (mFilter) delete mFilter;
 144   mFilter = new FilterType;  // needed when thread cancel the filter
 145   mFilter->StopOnErrorOff();
 146   //  mFilter->SetIOVerbose(true);
 147   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
 148   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
 149   mFilter->SetArgsInfo(*mArgsInfo);
 150
 151   // Created threaded execution
 152   vvThreadedFilter thread;
 153   connect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 154   thread.SetFilter(mFilter);
 155   thread.Update();
 156
 157   // Check if the thread has been canceled. In this case, return
 158   if (m_IsThreadInterrupted) {
 159     m_IsThreadInterrupted = false;
 160     QApplication::restoreOverrideCursor();
 161     return;
 162   }
 163   disconnect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 164
 165   // Check error during filter
 166   if (mFilter->HasError()) {
 167     QApplication::restoreOverrideCursor();
 168     QMessageBox::information(this,tr("Error"), mFilter->GetLastError().c_str());
 169     return;
 170   }
 171
 172   // Get output
 173   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
 174   if (output.size() == 0) {
 175     std::cerr << "Error : no output ?" << std::endl;
 176     QApplication::restoreOverrideCursor();
 177     close();
 178     return;
 179   }
 180
 181   // Set Lung into VV
 182   vvImage::Pointer lung = output[0];
 183   std::ostringstream osstream;
 184   osstream << "Lung_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 185   vvSlicerManager * v = AddImage(lung,osstream.str());
 186   v->SetPreset(5);
 187   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right lung", lung, 1, false); // Right is greater than Left
 188   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left lung", lung, 2, false);
 189
 190   // Set trachea into VV
 191   if (output.size() == 2) {
 192     vvImage::Pointer trachea = output[1];
 193     std::ostringstream osstream;
 194     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 195     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
 196     v->SetPreset(5);
 197     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
 198   }
 199
 200   // End
 201   QApplication::restoreOverrideCursor();
 202   close();
 203 }
 204 //------------------------------------------------------------------------------
 205
 206
 207 //------------------------------------------------------------------------------
 208 bool vvToolExtractLung::close()
 209 {
 210   return vvToolWidgetBase::close();
 211 }
 212 //------------------------------------------------------------------------------
 213
 214
 215 //------------------------------------------------------------------------------
 216 void vvToolExtractLung::ThreadInterrupted()
 217 {
 218   m_IsThreadInterrupted = true;
 219 }
 220 //------------------------------------------------------------------------------
 221