vv/vvToolExtractPatient.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolExtractPatient.h"
  21 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "vvLabelImageLoaderWidget.h"
  26 #include "vvThreadedFilter.h"
  27
  28 // Qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolExtractPatient);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolExtractPatient::vvToolExtractPatient(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  40   vvToolWidgetBase(parent,f),
  41   vvToolBase<vvToolExtractPatient>(parent),
  42   Ui::vvToolExtractPatient()
  43 {
  44   // GUI
  45   Ui_vvToolExtractPatient::setupUi(mToolWidget);
  46   mOptionsBox->setEnabled(true);
  47   //connect(mPatientMaskInputWidget, SIGNAL(accepted()), this, SLOT(PatientMaskInputIsSelected()));
  48
  49   // Default values
  50   mArgsInfo = new ArgsInfoType;
  51   cmdline_parser_clitkExtractPatient_init(mArgsInfo);
  52   SetGUIFromArgsInfo();
  53   m_IsThreadInterrupted = false;
  54
  55   // Create a new ExtractPatient filter
  56   mFilter = new FilterType;  // used in AddInputSelector
  57
  58   // Add input selector
  59   AddInputSelector("Select CT thorax image", mFilter);
  60 }
  61 //------------------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //------------------------------------------------------------------------------
  65 vvToolExtractPatient::~vvToolExtractPatient()
  66 {
  67 }
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //------------------------------------------------------------------------------
  72 void vvToolExtractPatient::Initialize() {
  73   SetToolName("ExtractPatient");
  74   SetToolMenuName("Extract Patient");
  75   SetToolIconFilename(":/common/icons/Patient-overlay.png");
  76   SetToolTip("Extract Patient mask from thorax CT.");
  77   SetToolExperimental(true);
  78   //  SetToolInMenu("Segmentation");
  79 }
  80 //------------------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //------------------------------------------------------------------------------
  84 void vvToolExtractPatient::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  85 {
  86   // Hide selector
  87   HideInputSelector(); // splitter
  88   mToolInputSelectionWidget->hide();
  89   mCurrentSlicerManager = m;
  90   mCurrentImage = m->GetImage();
  91   mLabelInput->setText(m->GetFileName().c_str());
  92 }
  93 //------------------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //------------------------------------------------------------------------------
  97 // void vvToolExtractPatient::PatientMaskInputIsSelected()
  98 // {
  99 //   // Get Patient mask and BG value
 100 //   mPatient = mPatientMaskInputWidget->GetImage();
 101 //   mPatientBackgroundValue = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 102
 103 //   // Check patient dimension
 104 //   if (mPatient->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 105 //     QMessageBox::information(this,tr("*Error*"), "Mask image must be 3D");
 106 //     return;
 107 //   }
 108
 109 //   mMaskLoaderBox->setEnabled(false);
 110 //   mOptionsBox->setEnabled(true);
 111 // }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvToolExtractPatient::SetGUIFromArgsInfo()
 117 {
 118   /*
 119   mAirUpperThresholdSlider->SetText("Upper threshold for air");
 120   mAirUpperThresholdSlider->SetMinimum(-1200);
 121   mAirUpperThresholdSlider->SetMaximum(2000);
 122   DD(mArgsInfo->upper_arg);
 123   mAirUpperThresholdSlider->SetValue(mArgsInfo->upper_arg);
 124
 125   mAirLowerThresholdSlider->SetText("Lower threshold for air");
 126   mAirLowerThresholdSlider->SetMinimum(-1200);
 127   mAirLowerThresholdSlider->SetMaximum(2000);
 128   mAirLowerThresholdSlider->SetValue(mArgsInfo->lower_arg);
 129   */
 130
 131 }
 132 //------------------------------------------------------------------------------
 133
 134
 135 //------------------------------------------------------------------------------
 136 void vvToolExtractPatient::GetArgsInfoFromGUI()
 137 {
 138   //mArgsInfo->patientBG_arg = mPatientMaskInputWidget->GetBackgroundValue();
 139   mArgsInfo->verboseOption_flag = true; // DEBUG. TO CHANGE
 140   mArgsInfo->verboseStep_flag = true; // DEBUG. TO CHANGE
 141   mArgsInfo->writeStep_flag = false;
 142   mArgsInfo->input_given = 0;
 143   //mArgsInfo->patient_given = 0;
 144   mArgsInfo->output_given = 0;
 145   //mArgsInfo->outputTrachea_given = 0;
 146   //mArgsInfo->remove1_given = 0;
 147
 148  //  mArgsInfo->upper_arg = mAirUpperThresholdSlider->GetValue();
 149 //   mArgsInfo->lower_arg = mAirLowerThresholdSlider->GetValue();
 150 //   if (mRadioButtonLowerThan->isChecked()) mArgsInfo->lower_given = 1;
 151 }
 152 //------------------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 //------------------------------------------------------------------------------
 156 void vvToolExtractPatient::apply()
 157 {
 158   // Change cursor to wait
 159   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 160
 161   // Read options from GUI and put it in the ArgsInfo struct
 162   GetArgsInfoFromGUI();
 163
 164   // Check options
 165   // if (mArgsInfo->lower_given) {
 166 //     if (mArgsInfo->lower_arg > mArgsInfo->upper_arg) {
 167 //       QApplication::restoreOverrideCursor();
 168 //       QMessageBox::information(this,tr("Error"), "Lower threshold cannot be greater than upper threshold.");
 169 //       return;
 170 //     }
 171 //   }
 172
 173   // Create new filter
 174   //if (mFilter) delete mFilter;
 175   DD("new filter");
 176   mFilter = new FilterType;  // needed when thread cancel the filter
 177   // mFilter->StopOnErrorOff();
 178   //  mFilter->SetIOVerbose(true);
 179   mFilter->AddInputVVImage(mCurrentImage); // CT
 180 //   mFilter->AddInputVVImage(mPatient); // patient mask
 181   mFilter->SetArgsInfo(*mArgsInfo);
 182
 183   // Created threaded execution
 184   DD("thread");
 185   vvThreadedFilter thread;
 186   connect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 187   thread.SetFilter(mFilter);
 188
 189   try {
 190   thread.Update();
 191   }
 192   catch(std::runtime_error e) {
 193
 194   // Check if the thread has been canceled. In this case, return
 195   if (m_IsThreadInterrupted) {
 196     m_IsThreadInterrupted = false;
 197     QApplication::restoreOverrideCursor();
 198     return;
 199   }
 200   disconnect(&thread, SIGNAL(ThreadInterrupted()), this, SLOT(ThreadInterrupted()));
 201
 202   // Check error during filter
 203   // if (mFilter->HasError()) {
 204     QApplication::restoreOverrideCursor();
 205     QMessageBox::information(this,tr("Error"), e.what());//mFilter->GetLastError().c_str());
 206     return;
 207   // }
 208
 209   }
 210
 211   // Get output
 212   std::vector<vvImage::Pointer> output = mFilter->GetOutputVVImages();
 213   if (output.size() == 0) {
 214     std::cerr << "Error : no output ?" << std::endl;
 215     QApplication::restoreOverrideCursor();
 216     close();
 217     return;
 218   }
 219
 220   // Set Patient into VV
 221   vvImage::Pointer Patient = output[0];
 222   std::ostringstream osstream;
 223   osstream << "Patient_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 224   vvSlicerManager * v = AddImage(Patient,osstream.str());
 225   v->SetPreset(5);
 226   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Right Patient", Patient, 1, false); // Right is greater than Left
 227 //   vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Left Patient", Patient, 2, false);
 228
 229  //  // Set trachea into VV
 230 //   if (output.size() == 2) {
 231 //     vvImage::Pointer trachea = output[1];
 232 //     std::ostringstream osstream;
 233 //     osstream << "Trachea_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 234 //     vvSlicerManager * v = AddImage(trachea,osstream.str());
 235 //     v->SetPreset(5);
 236 //     vvToolStructureSetManager::AddImage(mCurrentSlicerManager, "Trachea", trachea, 0);
 237 //   }
 238
 239   // End
 240   QApplication::restoreOverrideCursor();
 241   close();
 242 }
 243 //------------------------------------------------------------------------------
 244
 245
 246 //------------------------------------------------------------------------------
 247 bool vvToolExtractPatient::close()
 248 {
 249   return vvToolWidgetBase::close();
 250 }
 251 //------------------------------------------------------------------------------
 252
 253
 254 //------------------------------------------------------------------------------
 255 void vvToolExtractPatient::ThreadInterrupted()
 256 {
 257   m_IsThreadInterrupted = true;
 258 }
 259 //------------------------------------------------------------------------------
 260