vv/vvToolHistogram.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include <QFileDialog>
  20 #include <QShortcut>
  21
  22 #include <algorithm>
  23
  24 // vv
  25 #include "vvToolHistogram.h"
  26 #include "vvProgressDialog.h"
  27 #include "vvSlicerManager.h"
  28 #include "vvSlicer.h"
  29 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  30
  31 // vtk
  32 #include <vtkAxis.h>
  33 #include <vtkImageActor.h>
  34 #include <vtkCamera.h>
  35 #include <vtkImageClip.h>
  36 #include <vtkRenderWindow.h>
  37 #include <vtkChartXY.h>
  38 #include <vtkPlot.h>
  39 #include <vtkRendererCollection.h>
  40 #include <vtkRenderer.h>
  41
  42 #include <vtkLine.h>
  43 #include <vtkCellArray.h>
  44 #include <vtkCellData.h>
  45 #include <vtkPolyDataMapper.h>
  46 #include <vtkProperty.h>
  47 #include <vtkBox.h>
  48 #include <vtkInformation.h>
  49
  50 #ifdef Q_OS_OSX
  51 # include "vvOSXHelper.h"
  52 #endif
  53
  54 //------------------------------------------------------------------------------
  55 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  56 // the main window menu.
  57 ADD_TOOL(vvToolHistogram);
  58 //------------------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //------------------------------------------------------------------------------
  62 void vvToolHistogram::Initialize()
  63 {
  64   SetToolName("Histogram");
  65   SetToolMenuName("Intensity Histogram");
  66   SetToolIconFilename(":/common/icons/histogram.png");
  67   SetToolTip("Display the histogram of the image.");
  68   SetToolExperimental(false);
  69 }
  70 //------------------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74 vvToolHistogram::vvToolHistogram(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  75   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  76    vvToolBase<vvToolHistogram>(parent),
  77    Ui::vvToolHistogram()
  78 {
  79   // GUI Initialization
  80   Ui_vvToolHistogram::setupUi(mToolWidget);
  81
  82   // Connect signals & slots
  83   connect(mSaveHistogramButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(SaveAs()));
  84
  85   // Initialize some widget
  86   HistogramWidget->hide();
  87
  88   mView = vtkSmartPointer<vtkContextView>::New();
  89   vtkSmartPointer<vtkChartXY> chart = vtkSmartPointer<vtkChartXY>::New();
  90   chart->SetAutoSize(false);
  91   chart->SetRenderEmpty(true);
  92   mView->GetScene()->AddItem(chart);
  93   this->HistogramWidget->GetRenderWindow()->GetRenderers()->RemoveAllItems();
  94   this->HistogramWidget->GetRenderWindow()->AddRenderer(mView->GetRenderer());
  95   HistogramWidget->show();
  96
  97 #ifdef Q_OS_OSX
  98   disableGLHiDPI(HistogramWidget->winId());
  99 #endif
 100
 101   // Main filter
 102   mFilter = clitk::HistogramImageGenericFilter::New();
 103
 104   // Set how many inputs are needed for this tool
 105   AddInputSelector("Select one image", mFilter);
 106 }
 107 //------------------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111 vvToolHistogram::~vvToolHistogram()
 112 {
 113 }
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115
 116
 117 //------------------------------------------------------------------------------
 118 void vvToolHistogram::computeHistogram()
 119 {
 120     if (!mCurrentSlicerManager) close();
 121     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 122     GetArgsInfoFromGUI();
 123     HistogramWidget->hide();
 124
 125     // Main filter
 126     mFilter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 127     mFilter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 128     mFilter->Update();
 129
 130     //Creation of the XY chart
 131     vtkSmartPointer<vtkTable> table = vtkSmartPointer<vtkTable>::New();
 132     vtkSmartPointer<vtkFloatArray> arrX = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 133     vtkSmartPointer<vtkFloatArray> arrY = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 134     arrX = mFilter->GetArrayX();
 135     arrY = mFilter->GetArrayY();
 136     arrX->SetName("Intensity");
 137     arrY->SetName("#Voxels");
 138
 139     table->AddColumn(arrX);
 140     table->AddColumn(arrY);
 141
 142     mView->GetRenderer()->SetBackground(1.0, 1.0, 1.0);
 143
 144     vtkSmartPointer<vtkChartXY> chart = vtkSmartPointer<vtkChartXY>::New();
 145     chart->SetAutoSize(true);
 146     mView->GetScene()->ClearItems();
 147     mView->GetScene()->AddItem(chart);
 148     vtkPlot *line = chart->AddPlot(vtkChart::LINE);
 149 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 150     line->SetInput(table, 0, 1);
 151 #else
 152     line->SetInputData(table, 0, 1);
 153 #endif
 154     line->SetColor(0, 255, 0, 255);
 155     line->SetWidth(1.0);
 156     chart->GetAxis(vtkAxis::LEFT)->SetTitle("#Voxels");
 157     chart->GetAxis(vtkAxis::BOTTOM)->SetTitle("Intensity");
 158
 159     this->HistogramWidget->GetRenderWindow()->GetRenderers()->RemoveAllItems();
 160     this->HistogramWidget->GetRenderWindow()->AddRenderer(mView->GetRenderer());
 161     HistogramWidget->show();
 162
 163     QApplication::restoreOverrideCursor();
 164 }
 165 //------------------------------------------------------------------------------
 166
 167
 168 //------------------------------------------------------------------------------
 169 void vvToolHistogram::RemoveVTKObjects()
 170 {
 171   if (mCurrentSlicerManager)
 172   {
 173     connect(mCurrentSlicerManager, SIGNAL(callAddLandmark(float,float,float,float)), mCurrentSlicerManager, SLOT(AddLandmark(float,float,float,float)));
 174
 175     mCurrentSlicerManager->Render();
 176   }
 177 }
 178 //------------------------------------------------------------------------------
 179
 180
 181 //------------------------------------------------------------------------------
 182 bool vvToolHistogram::close()
 183 {
 184   //RemoveVTKObjects();
 185
 186   return vvToolWidgetBase::close();
 187 }
 188 //------------------------------------------------------------------------------
 189
 190
 191 //------------------------------------------------------------------------------
 192 void vvToolHistogram::closeEvent(QCloseEvent *event)
 193 {
 194   RemoveVTKObjects();
 195   event->accept();
 196 }
 197 //------------------------------------------------------------------------------
 198
 199
 200 //------------------------------------------------------------------------------
 201 void vvToolHistogram::reject()
 202 {
 203   // DD("vvToolHistogram::reject");
 204   RemoveVTKObjects();
 205   return vvToolWidgetBase::reject();
 206 }
 207 //------------------------------------------------------------------------------
 208
 209
 210 //------------------------------------------------------------------------------
 211 void vvToolHistogram::InputIsSelected(vvSlicerManager * m)
 212 {
 213   mCurrentSlicerManager = m;
 214
 215   mSaveHistogramButton->setEnabled(true);
 216   mTextFileName = "Histogram.txt";
 217
 218   computeHistogram();
 219
 220   disconnect(mCurrentSlicerManager, SIGNAL(callAddLandmark(float,float,float,float)), mCurrentSlicerManager, SLOT(AddLandmark(float,float,float,float)));
 221 }
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223
 224
 225 //------------------------------------------------------------------------------
 226 void vvToolHistogram::GetArgsInfoFromGUI()
 227 {
 228
 229   /* //KEEP THIS FOR READING GGO FROM FILE
 230      int argc=1;
 231      std::string a = "toto";
 232      char * const* argv = new char*;
 233      //a.c_str();
 234      struct cmdline_parser_params p;
 235      p.check_required = 0;
 236      int good = cmdline_parser_ext(argc, argv, &args_info, &p);
 237      DD(good);
 238   */
 239   cmdline_parser_clitkHistogramImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 240
 241   mArgsInfo.verbose_flag = false;
 242
 243   // Required (even if not used)
 244   mArgsInfo.input_given = 0;
 245   mArgsInfo.output_given = 0;
 246
 247   mArgsInfo.input_arg = new char;
 248   mArgsInfo.output_arg = new char;
 249
 250 }
 251 //------------------------------------------------------------------------------
 252
 253
 254 //------------------------------------------------------------------------------
 255 void vvToolHistogram::apply()
 256 {
 257   close();
 258 }
 259 //------------------------------------------------------------------------------
 260
 261
 262 //------------------------------------------------------------------------------
 263 void vvToolHistogram::SaveAs()
 264 {
 265   QStringList OutputListeFormat;
 266   OutputListeFormat.clear();
 267   OutputListeFormat.push_back(".txt");
 268
 269   QString Extensions = "AllFiles(*.*)";
 270   for (int i = 0; i < OutputListeFormat.count(); i++) {
 271     Extensions += ";;Text File ( *";
 272     Extensions += OutputListeFormat[i];
 273     Extensions += ")";
 274   }
 275   QString fileName = QFileDialog::getSaveFileName(this, tr("Save As"), mTextFileName.c_str(), Extensions);
 276   if (!fileName.isEmpty()) {
 277     std::string fileformat = itksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(fileName.toStdString());
 278     QString fileQFormat = fileformat.c_str();
 279     if (OutputListeFormat.contains(fileformat.c_str()) || fileQFormat.isEmpty()) {
 280         QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 281         std::string action = "Saving";
 282         vvProgressDialog progress("Saving "+fileName.toStdString());
 283         qApp->processEvents();
 284
 285         if (!mCurrentSlicerManager) {
 286             close();
 287             return;
 288         }
 289
 290         // Output
 291         mTextFileName = fileName.toStdString();
 292         if (fileQFormat.isEmpty())
 293             mTextFileName += ".txt";
 294         ofstream fileOpen(mTextFileName.c_str(), std::ofstream::trunc);
 295
 296         if(!fileOpen) {
 297             cerr << "Error during saving" << endl;
 298             QApplication::restoreOverrideCursor();
 299             close();
 300             return;
 301         }
 302
 303         vtkSmartPointer<vtkFloatArray> arrX = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 304         vtkSmartPointer<vtkFloatArray> arrY = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 305         vtkSmartPointer<vtkFloatArray> coords = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 306         arrX = mFilter->GetArrayX();
 307         arrY = mFilter->GetArrayY();
 308         int i(0);
 309         fileOpen << "Value represents the number of voxels around the corresponding intensity (by default the windows size around intensity is log(range))" << endl;
 310         fileOpen << "Intensity" << "\t" << "Value" << endl;
 311
 312         while (i<arrX->GetNumberOfTuples()) {
 313             fileOpen << arrX->GetTuple(i)[0] << "\t" << arrY->GetTuple(i)[0] << endl;
 314             ++i;
 315         }
 316
 317         fileOpen.close();
 318         QApplication::restoreOverrideCursor();
 319     } else {
 320       QString error = fileformat.c_str();
 321       error += " format unknown !!!\n";
 322       QMessageBox::information(this,tr("Saving Problem"),error);
 323       SaveAs();
 324     }
 325   }
 326 }
 327 //------------------------------------------------------------------------------