vv/vvToolPlastimatch.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolPlastimatch.h"
  21 #include "vvSlicerManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  24
  25 // Plastimatch
  26 // PUT INCLUDE HERE
  27
  28 // qt
  29 #include <QMessageBox>
  30
  31 //------------------------------------------------------------------------------
  32 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  33 // the main window menu.
  34 ADD_TOOL(vvToolPlastimatch);
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 void vvToolPlastimatch::Initialize()
  40 {
  41   SetToolName("Plastimatch");
  42   SetToolMenuName("Plastimatch");
  43   SetToolIconFilename(":/common/icons/plastimatch.png");
  44   SetToolTip("Image registration with Plastimatch (G. Sharp).");
  45   SetToolExperimental(true);
  46 }
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51 vvToolPlastimatch::vvToolPlastimatch(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  52   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  53    vvToolBase<vvToolPlastimatch>(parent),
  54    Ui::vvToolPlastimatch()
  55 {
  56   // GUI Initialization
  57   Ui_vvToolPlastimatch::setupUi(mToolWidget);
  58
  59   // Connect signals & slots
  60   // TODO
  61
  62   // Set how many inputs are needed for this tool
  63   AddInputSelector("Select fixed (reference) image");
  64   AddInputSelector("Select moving image");
  65 }
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70 vvToolPlastimatch::~vvToolPlastimatch()
  71 {
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 bool vvToolPlastimatch::close()
  78 {
  79   return vvToolWidgetBase::close();
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvToolPlastimatch::closeEvent(QCloseEvent *event) {
  86   event->accept();
  87 }
  88 //------------------------------------------------------------------------------
  89
  90
  91 //------------------------------------------------------------------------------
  92 void vvToolPlastimatch::reject()
  93 {
  94   DD("vvToolPlastimatch::reject");
  95   return vvToolWidgetBase::reject();
  96 }
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101 void vvToolPlastimatch::InputIsSelected(std::vector<vvSlicerManager *> & m)
 102 {
 103   DD("vvToolPlastimatch::InputIsSelected");
 104
 105   // Get input images (vvImage)
 106   m_InputSlicerManagers = m;
 107   m_Fixed = m[0]->GetImage();
 108   m_Moving = m[1]->GetImage();
 109
 110   // Check image
 111   if (m_Fixed->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 112     QMessageBox::information(this, tr("Error"), tr("Sorry, fixed image should be 3D"));
 113     close();
 114     return;
 115   }
 116   if (m_Moving->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 117     QMessageBox::information(this, tr("Errror"), tr("Sorry, moving image should be 3D"));
 118     close();
 119     return;
 120   }
 121
 122   // We cannot used vvImageToITK directly because we need to cast to
 123   // float before
 124
 125   // Convert input to float
 126   m_FixedVTK = m_Fixed->GetFirstVTKImageData();
 127   m_MovingVTK = m_Moving->GetFirstVTKImageData();
 128   DD(m_Fixed->GetScalarTypeAsITKString());
 129   if (m_Fixed->GetScalarTypeAsITKString() != "float") {
 130     DD("Cast input");
 131     m_FixedVTK = CopyAndCastToFloatFrom(m_Fixed->GetFirstVTKImageData());
 132     m_MovingVTK = CopyAndCastToFloatFrom(m_Moving->GetFirstVTKImageData());
 133   }
 134
 135   // Convert vtk to itk
 136   typedef itk::Image<float, 3> FloatImageType;
 137   m_FixedITK = ItkImageFromVtk<3, float>(m_FixedVTK);
 138   m_MovingITK = ItkImageFromVtk<3, float>(m_MovingVTK);
 139
 140   m_FixedITK->Print(std::cout);
 141   m_MovingITK->Print(std::cout);
 142 }
 143 //------------------------------------------------------------------------------
 144
 145
 146 //------------------------------------------------------------------------------
 147 void vvToolPlastimatch::GetOptionsFromGUI()
 148 {
 149   DD("vvToolPlastimatch::GetOptionsFromGUI");
 150
 151
 152 }
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157 void vvToolPlastimatch::apply()
 158 {
 159   DD("vvToolPlastimatch::apply");
 160
 161   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 162   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 163   GetOptionsFromGUI();
 164
 165   // Create the command string
 166   char *command_string =
 167     "[STAGE]\n"
 168     "xform=bspline\n"
 169     "max_its=30\n"
 170     "grid_spac=100 100 100\n"
 171     "res=4 4 2\n"
 172     ;
 173
 174   // Prepare the registration
 175   /*
 176   Plm_registration_context *prc = plm_registration_context_create ();
 177   plm_registration_set_fixed (prc, m_FixedITK);
 178   plm_registration_set_moving (prc, m_MovingITK);
 179   plm_registration_set_command_string (prc, command_string);
 180
 181
 182   // Run the registration
 183   plm_registration_execute (prc);
 184   if (plm_registration_get_status (prc) != 0) {
 185     // Handle error
 186   }
 187
 188   // Get registration outputs
 189   plm_registration_get_warped_image (prc, &m_WarpedImageITK);
 190   plm_registration_get_vector_field (prc, &m_DeformationField);
 191
 192   // Free the memory
 193   plm_registration_context_destroy (prc);
 194   */
 195
 196   // Get warped output and display it
 197   if (m_WarpedImageITK) {
 198     m_WarpedImage = vvImageFromITK<3, float>(m_WarpedImageITK);
 199     std::ostringstream osstream;
 200     osstream << "plm_warped_" << m_InputSlicerManagers[1]->GetFileName() << ".mhd";
 201     AddImage(m_WarpedImage, osstream.str());
 202
 203     // Get DVF
 204     DD("TODO get and display DVF");
 205   }
 206   else {
 207     QMessageBox::information(this, "Error", "No result ...");
 208   }
 209
 210   // End
 211   QApplication::restoreOverrideCursor();
 212   close();
 213 }
 214 //------------------------------------------------------------------------------
 215
 216