vv/vvToolROIManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolROIManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvImageWriter.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include "vvSlicer.h"
  25 #include "vvMeshReader.h"
  26 #include "vvStructSelector.h"
  27 #include "vvToolManager.h"
  28 #include "vvProgressDialog.h"
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  32 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  33
  34 // Qt
  35 #include <QFileDialog>
  36 #include <QMessageBox>
  37 #include <QColorDialog>
  38 #include <QAbstractEventDispatcher>
  39 #include <QXmlStreamReader>
  40
  41 // vtk
  42 #include <vtkLookupTable.h>
  43 #include <vtkRenderWindow.h>
  44
  45 //------------------------------------------------------------------------------
  46 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  47 // the main window menu.
  48 ADD_TOOL(vvToolROIManager);
  49 //------------------------------------------------------------------------------
  50
  51 //------------------------------------------------------------------------------
  52 vvToolROIManager::vvToolROIManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  53   QWidget(parent->GetTab()),
  54   vvToolBase<vvToolROIManager>(parent),
  55   Ui::vvToolROIManager()
  56 {
  57   // Store parent
  58   mMainWindow = parent;
  59
  60   // Assume the initial tab ROI index is 2
  61   mIndexFirstTab = 2;
  62
  63   // Build the UI
  64   Ui_vvToolROIManager::setupUi(this);
  65   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  66   mTree->clear();
  67   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  68   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  69
  70   // Disable "Load dicom" button -> not useful
  71   frame_4->hide();
  72
  73   // Set default LUT
  74   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  75   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  76     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  77     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  78     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  79     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  80   }
  81 #include "vvDefaultLut.h"
  82
  83   // Initialization
  84   mCurrentSlicerManager = NULL;
  85   mNumberOfVisibleROI = 0;
  86   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  87   mOpenFileBrowserFlag = true; // by default, open the file browser when the tool is launched
  88
  89   // InitializeNewTool must be called to start
  90 }
  91 //------------------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95 vvToolROIManager::~vvToolROIManager()
  96 {
  97   mROIActorsList.clear();
  98 }
  99 //------------------------------------------------------------------------------
 100
 101
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103 // STATIC
 104 void vvToolROIManager::Initialize()
 105 {
 106   SetToolName("ROIManager");
 107   SetToolMenuName("Open ROI (binary image or RT-STRUCT)");
 108   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 109   SetToolTip("Display ROI from a binary image or a RT-struct file.");
 110   SetToolExperimental(false);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115
 116 //------------------------------------------------------------------------------
 117 void  vvToolROIManager::InitializeNewTool(bool ReadStateFlag)
 118 {
 119   // Check if we need to start a new tool or read in the state file to load
 120   if (ReadStateFlag == false) {
 121     // Select the current image as the target
 122     int i = mMainWindow->GetSlicerManagerCurrentIndex();
 123     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[i];
 124     // Set it as current (only if not ReadStateFlag)
 125     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(mIndexFirstTab);
 126   }
 127   else {
 128     // Set the first tab in front to avoid displaying two roimanager
 129     // in the same tab. Because toolcreatorBase do show() and I am too
 130     // lazy to find another solution now.
 131     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(0);
 132
 133     // Read all information in the XML
 134     ReadXMLInformation();
 135
 136     // Check that a ROI is not already present
 137     mInitialImageIndex += mImageIndex;
 138     if (mInitialImageIndex >= mMainWindow->GetSlicerManagers().size()) {
 139       QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", QString("Image index %1 not found, abort.").arg(mInitialImageIndex));
 140       close();
 141       return;
 142     }
 143
 144     // Set the attached image
 145     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[mInitialImageIndex];
 146   }
 147
 148   // Tab insertion, check that another tool does not already exist for this image
 149   std::vector<vvToolBaseBase*> & tools =
 150     vvToolManager::GetInstance()->GetToolCreatorFromName(GetToolName())->GetListOfTool();
 151   if (tools.size() > 0) {
 152     for(uint i=0; i<tools.size()-1; i++) { // current tool is last
 153       vvToolROIManager * t = dynamic_cast<vvToolROIManager*>(tools[i]);
 154       if (mCurrentSlicerManager == t->GetCurrentSlicerManager()) {
 155         QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", "Already a ROI for this image, abort.");
 156         close();
 157         return;
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   // Display tool in the correct tab
 163   QWidget * tab = mMainWindow->GetTab()->findChild<QWidget*>("ROItab");
 164   tab->layout()->addWidget(this);
 165
 166   // If not read in a file we start automatically the browser to load
 167   // a roi file (binary image)
 168   if (ReadStateFlag) {
 169     mOpenFileBrowserFlag = false;
 170     InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 171     mOpenFileBrowserFlag = true;
 172   }
 173   else InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 174
 175   // Load ROI (if read in the XML files, empty otherwise)
 176   OpenBinaryImage(mROIFilenames);
 177
 178   // Set the options to the open roi
 179   for(uint i=0; i<mROIActorsParamList.size(); i++) {
 180     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 181     QSharedPointer<vvROIActor> roi_param = mROIActorsParamList[i];
 182     roi->CopyParameters(roi_param);
 183
 184     // Update Tree
 185     QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[roi->GetROI()];
 186     QBrush brush(QColor(roi->GetROI()->GetDisplayColor()[0]*255,
 187                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[1]*255,
 188                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[2]*255));
 189     brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 190     w->setBackground(2, brush);
 191     w->setText(3, QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 192     roi->UpdateColor();
 193   }
 194
 195   // Display the ROI
 196   UpdateAllContours();
 197   UpdateAllROIStatus();
 198
 199   // Connect event from mainwindow to this widget
 200   connect(mMainWindow, SIGNAL(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)),
 201           this, SLOT(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)));
 202   connect(mMainWindow, SIGNAL(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)),
 203           this, SLOT(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)));
 204   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(Open()));
 205   //  connect(mOpenDicomButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenDicomImage()));
 206   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 207   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 208   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 209   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 210   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 211   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 212   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 213   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 214   connect(mReloadButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ReloadCurrentROI()));
 215   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 216   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 217   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
 218 }
 219 //------------------------------------------------------------------------------
 220
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223 void vvToolROIManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 224 {
 225   // Initialization
 226   mCurrentSlicerManager = m;
 227   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 228
 229   // Refuse if non 3D image
 230   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 231     QMessageBox::information(this,tr("Warning"), tr("Warning 3D ROI on a 4D image will results in some display bugs"));
 232     //close();
 233     //return;
 234   }
 235
 236   // Change gui
 237   mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 238
 239   // Auto display browser to select new contours
 240   if (mOpenFileBrowserFlag) Open();
 241 }
 242 //------------------------------------------------------------------------------
 243
 244
 245 //------------------------------------------------------------------------------
 246 void vvToolROIManager::AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager * m)
 247 {
 248   if (m == mCurrentSlicerManager) {
 249     close();
 250     return;
 251   }
 252 }
 253 //------------------------------------------------------------------------------
 254
 255
 256 //------------------------------------------------------------------------------
 257 void vvToolROIManager::close()
 258 {
 259   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 260   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 261   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 262   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 263   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 264   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 265   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 266   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 267
 268   // Remove actors
 269   for (unsigned int i = 0; i < mROIActorsList.size(); i++) {
 270     mROIActorsList[i]->RemoveActors();
 271   }
 272   mROIActorsList.clear();
 273
 274   QWidget::close();
 275   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 276     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 277   }
 278 }
 279 //------------------------------------------------------------------------------
 280
 281
 282 //------------------------------------------------------------------------------
 283 void vvToolROIManager::SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager * m)
 284 {
 285   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 286   if (m == NULL) return;
 287   if (m != mCurrentSlicerManager) hide();
 288   else {
 289     show();
 290   }
 291 }
 292 //------------------------------------------------------------------------------
 293
 294
 295 //------------------------------------------------------------------------------
 296 void vvToolROIManager::Open()
 297 {
 298   // Open images
 299   QString Extensions = "Images or Dicom-Struct files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his *.dcm RS*)";
 300   Extensions += ";;All Files (*)";
 301   QStringList filename =
 302     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image or DICOM RT Struct"),
 303                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 304   if (filename.size() == 0) return;
 305   if (filename.size() > 1) { OpenBinaryImage(filename); return; }
 306
 307   // Try to read dicom rt ?
 308   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 309   if (s->IsDicomRTStruct(filename[0].toStdString())) OpenDicomImage(filename[0].toStdString());
 310   else OpenBinaryImage(filename);
 311
 312 }
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316 //------------------------------------------------------------------------------
 317 void vvToolROIManager::OpenBinaryImage(QStringList & filename)
 318 {
 319   if (filename.size() == 0) return;
 320
 321   vvProgressDialog p("Reading ROI ...", true);
 322   p.SetCancelButtonEnabled(false);
 323   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 324
 325   // For each selected file, open the image
 326   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 327     p.SetProgress(i, filename.size());
 328
 329     // Open Image
 330     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 331     std::vector<std::string> filenames;
 332     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 333     reader->SetInputFilenames(filenames);
 334     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 335
 336     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 337       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 338       QString error = "Cannot open file \n";
 339       error += reader->GetLastError().c_str();
 340       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 341       return;
 342     }
 343     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 344     std::ostringstream oss;
 345     oss << vtksys::SystemTools::
 346       GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename[i].toStdString()));
 347     std::string name = oss.str();
 348     AddImage(binaryImage, name, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value(),
 349              (!mBGModeCheckBox->isChecked()));
 350     mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename[i]);
 351   }
 352   QApplication::restoreOverrideCursor();
 353
 354   // Update the contours
 355   UpdateAllContours();
 356 }
 357 //------------------------------------------------------------------------------
 358
 359
 360 //------------------------------------------------------------------------------
 361 void vvToolROIManager::OpenDicomImage(std::string filename)
 362 {
 363   // GUI selector of roi
 364   vvMeshReader reader;
 365   reader.SetFilename(filename);
 366
 367   vvStructSelector selector;
 368   selector.SetStructures(reader.GetROINames());
 369   selector.SetPropagationCheckBoxFlag(false);
 370
 371   if (selector.exec()) {
 372     vvProgressDialog p("Reading ROI...", true);
 373     p.SetCancelButtonEnabled(false);
 374     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 375
 376     // Read information
 377     clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 378     s->Read(filename);
 379
 380     // Loop on selected struct
 381     std::vector<int> list = selector.getSelectedItems();
 382     for (uint i=0; i<list.size(); i++) {
 383       p.SetProgress(i, list.size());
 384
 385       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 386       filter.SetCropMaskEnabled(true);
 387       filter.SetImage(mCurrentImage);
 388       filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(list[i]));
 389       filter.SetWriteOutputFlag(false);
 390       filter.Update();
 391
 392       // Get image
 393       vvImage::Pointer binaryImage = vvImage::New();
 394       binaryImage->AddVtkImage(filter.GetOutput());
 395
 396       // Add to gui
 397       AddImage(binaryImage, s->GetROIFromROINumber(list[i])->GetName(), "", 0, true); // "" = no filename
 398       mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename.c_str());
 399     }
 400
 401     QApplication::restoreOverrideCursor();
 402   }
 403   // Update the contours
 404   UpdateAllContours();
 405 }
 406 //------------------------------------------------------------------------------
 407
 408
 409 //------------------------------------------------------------------------------
 410 void vvToolROIManager::AddImage(vvImage * binaryImage,
 411                                 std::string name,
 412                                 std::string filename,
 413                                 double BG, bool modeBG)
 414 {
 415   // Check Dimension
 416   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 417   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 418   if (dim < bin_dim) {
 419     std::ostringstream os;
 420     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 421        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 422     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 423     return;
 424   }
 425
 426   // Compute roi index
 427   int n = mROIList.size();
 428
 429   // Compute the name of the new ROI
 430   // std::ostringstream oss;
 431   // oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));
 432   // std::string name = oss.str();
 433
 434   // Set color
 435   std::vector<double> color;
 436   color.push_back(1);
 437   color.push_back(0);
 438   color.push_back(0);
 439
 440   // Create ROI
 441   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 442   roi->SetFromBinaryImage(binaryImage, n, name, color, filename);
 443
 444   // Add a new roi to the list
 445   mROIList.push_back(roi);
 446
 447   // Set BG or FG mode
 448   if (modeBG)
 449     roi->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 450   else
 451     roi->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 452
 453   // Change color
 454   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 455     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 456     roi->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 457   }
 458
 459   // Add a new roi actor
 460   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 461   actor->SetBGMode(modeBG);
 462   actor->SetROI(roi);
 463   actor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 464   actor->Initialize(n+1); // depth is n+1 to start at 1
 465   mROIActorsList.push_back(actor);
 466
 467   // CheckBox for "All"
 468   if (actor->IsVisible()) mNumberOfVisibleROI++;
 469   if (actor->IsContourVisible()) mNumberOfVisibleContourROI++;
 470   AllVisibleContourROIToggled(true);
 471
 472   // Add ROI in tree
 473   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(mTree)));
 474   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 475   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 476   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 477   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 478   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255,
 479                       roi->GetDisplayColor()[1]*255,
 480                       roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 481   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 482   w->setBackground(2, brush);
 483   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 484   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 485   mTree->resizeColumnToContents(0);
 486   mTree->resizeColumnToContents(1);
 487
 488   // Update
 489   UpdateAllROIStatus();
 490 }
 491 //------------------------------------------------------------------------------
 492
 493
 494 //------------------------------------------------------------------------------
 495 void vvToolROIManager::UpdateAllContours()
 496 {
 497   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 498   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 499   for(unsigned int i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 500     mROIActorsList[i]->Update();
 501   }
 502   mCurrentSlicerManager->Render();
 503 }
 504 //------------------------------------------------------------------------------
 505
 506
 507 //------------------------------------------------------------------------------
 508 void vvToolROIManager::UpdateAllROIStatus()
 509 {
 510   int nbVisible = 0;
 511   int nb = mROIList.size();
 512   for(int i=0; i<nb; i++) {
 513     if (mROIActorsList[i]->IsVisible()) {
 514       nbVisible++;
 515     }
 516   }
 517
 518   // change the states
 519   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 520   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 521   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 522   else {
 523     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 524     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 525   }
 526   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 527   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 528 }
 529 //------------------------------------------------------------------------------
 530
 531
 532 //------------------------------------------------------------------------------
 533 void vvToolROIManager::SelectedItemChangedInTree()
 534 {
 535   // Search which roi is selected
 536   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 537   if (l.size() == 0) {
 538     //    mCurrentROIActor = 0;
 539     mCurrentROI = NULL;
 540     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 541     return;
 542   }
 543   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 544   if (w == NULL) return;
 545   if (w == 0) return;
 546   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 547     //    mCurrentROIActor = 0;
 548     mCurrentROI = NULL;
 549     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 550     return;
 551   }
 552   if (w == NULL) return;
 553   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 554   if (roi == NULL) return; // sometimes it is called while there is no roi anymore
 555
 556   // Get selected roi actor
 557   int n = roi->GetROINumber();
 558   QSharedPointer<vvROIActor> actor = mROIActorsList[n];
 559   mCurrentROI = roi;
 560   mCurrentROIActor = actor;
 561
 562   // Warning -> avoid unuseful Render here by disconnect slider
 563   // Update GUI
 564   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 565   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 566   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 567   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 568   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 569   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 570   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 571   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 572
 573   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 574   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 575   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 576   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 577   mDepthSpinBox->setValue(actor->GetDepth());
 578   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 579   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 580   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 581
 582   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 583   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 584   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 585   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 586   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 587   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 588   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 589   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 590
 591
 592   // Set the current color to the selected ROI name
 593   mROInameLabel->setAutoFillBackground(true);// # This is important!!
 594   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color : red; color : blue; }");
 595   QColor color = QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 596                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 597                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255);
 598   // QString values = QString("%1, %2, %3").arg(color.red()).arg(color.green()).arg(color.blue());
 599   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color: rgb("+values+"); }");
 600
 601   QPalette* palette = new QPalette();
 602   QColor colorFG = QColor((1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[0])*255,
 603                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[1])*255,
 604                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[2])*255);
 605   palette->setColor(QPalette::WindowText,colorFG);
 606   palette->setColor(QPalette::Background, color);
 607   mROInameLabel->setPalette(*palette);
 608
 609   // Enable the group box (in case no selection before)
 610   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 611 }
 612 //------------------------------------------------------------------------------
 613
 614
 615 //------------------------------------------------------------------------------
 616 void vvToolROIManager::VisibleROIToggled(bool b)
 617 {
 618   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 619   if (b == mCurrentROIActor->IsVisible()) return; // nothing to do
 620   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 621   UpdateAllROIStatus();
 622   mCurrentSlicerManager->Render();
 623 }
 624 //------------------------------------------------------------------------------
 625
 626
 627 //------------------------------------------------------------------------------
 628 void vvToolROIManager::VisibleContourROIToggled(bool b)
 629 {
 630   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 631   if (mCurrentROIActor->IsContourVisible() == b) return; // nothing to do
 632   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 633   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 634   mCurrentSlicerManager->Render();
 635 }
 636 //------------------------------------------------------------------------------
 637
 638
 639 //------------------------------------------------------------------------------
 640 void vvToolROIManager::OpacityChanged(int v)
 641 {
 642   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 643   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 644   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 645   mCurrentSlicerManager->Render();
 646 }
 647 //------------------------------------------------------------------------------
 648
 649
 650 //------------------------------------------------------------------------------
 651 void vvToolROIManager::AllVisibleROIToggled(int b)
 652 {
 653   bool status = false;
 654   if ((mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 655       (mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 656
 657   for(uint i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 658     mROIActorsList[i]->SetVisible(status);
 659   }
 660   if (status) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 661   else  mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 662   mCheckBoxShow->setChecked(status);
 663   mCurrentSlicerManager->Render();
 664 }
 665 //------------------------------------------------------------------------------
 666
 667
 668 //------------------------------------------------------------------------------
 669 void vvToolROIManager::AllVisibleContourROIToggled(bool b)
 670 {
 671   bool status = false;
 672   if ((mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 673       (mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 674   // Update current
 675   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 676     mROIActorsList[i]->SetContourVisible(status);
 677   }
 678   // Update current selection
 679   if (status) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 680   else  mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 681   mContourCheckBoxShow->setChecked(status);
 682   mCurrentSlicerManager->Render();
 683 }
 684 //------------------------------------------------------------------------------
 685
 686
 687 //------------------------------------------------------------------------------
 688 void vvToolROIManager::ChangeColor()
 689 {
 690   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 691   QColor color;
 692   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 693                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 694                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 695   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 696   if (!c.isValid()) return;// User cancel
 697
 698   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 699   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 700
 701   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 702   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 703                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 704                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 705   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 706   w->setBackground(2, brush);
 707   // Render
 708   mCurrentSlicerManager->Render();
 709 }
 710 //------------------------------------------------------------------------------
 711
 712
 713 //------------------------------------------------------------------------------
 714 void vvToolROIManager::ChangeContourColor()
 715 {
 716   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 717   QColor color;
 718   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 719                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 720                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 721   //  QColorDialog d(color);
 722   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 723   if (!c.isValid()) return; // User cancel
 724   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 725   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 726   mCurrentSlicerManager->Render();
 727 }
 728 //------------------------------------------------------------------------------
 729
 730
 731 //------------------------------------------------------------------------------
 732 void vvToolROIManager::ChangeContourWidth(int n)
 733 {
 734   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 735   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 736   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 737   mCurrentSlicerManager->Render();
 738 }
 739 //------------------------------------------------------------------------------
 740
 741
 742 //------------------------------------------------------------------------------
 743 void vvToolROIManager::ChangeDepth(int n)
 744 {
 745   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 746   mCurrentROIActor->SetDepth(n);
 747   // mCurrentROIActor->UpdateImage(); // FIXME
 748   mCurrentSlicerManager->Render();
 749   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 750   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 751   w->setText(3, QString("%1").arg(mCurrentROIActor->GetDepth()));
 752 }
 753 //------------------------------------------------------------------------------
 754
 755
 756 //------------------------------------------------------------------------------
 757 void vvToolROIManager::ReloadCurrentROI()
 758 {
 759   if (mCurrentROI->GetFilename() == "") {
 760     return; // do nothing (contour from rt struct do not reload)
 761   }
 762
 763   // Remove all contours/overlay first
 764   bool visible = mCurrentROIActor->IsVisible();
 765   bool cvisible = mCurrentROIActor->IsContourVisible();
 766   mCurrentROIActor->SetVisible(false);
 767   mCurrentROIActor->SetContourVisible(false);
 768   mCurrentSlicerManager->Render();
 769
 770   // Reload image
 771   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 772   reader->SetInputFilename(mCurrentROI->GetFilename());
 773   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 774   if (reader->GetLastError() != "") {
 775     // No message just ignore (because can be from dicom)
 776     // QMessageBox::information(mMainWindowBase, tr("Sorry, error. Could not reload"),
 777     //                          reader->GetLastError().c_str());
 778     return;
 779   }
 780
 781   // Free the previous image
 782   mCurrentROI->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->ReleaseData(); // Needed to free
 783   mCurrentROI->GetImage()->Reset();
 784   mCurrentROI->SetImage(reader->GetOutput());
 785
 786   mCurrentROIActor->RemoveActors();
 787
 788   // Update visu
 789   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 790   mCurrentROIActor->SetVisible(visible);
 791   mCurrentROIActor->SetContourVisible(cvisible);
 792   mCurrentSlicerManager->Render();
 793 }
 794 //------------------------------------------------------------------------------
 795
 796
 797 //------------------------------------------------------------------------------
 798 void  vvToolROIManager::SaveState(std::auto_ptr<QXmlStreamWriter> & m_XmlWriter)
 799 {
 800   // Get index of the image
 801   int n = mMainWindow->GetSlicerManagers().size();
 802   int index=-1;
 803   for(int i=0; i<n; i++) {
 804     if (mCurrentSlicerManager == mMainWindow->GetSlicerManagers()[i]) index = i;
 805   }
 806   if (index == -1) {
 807     std::cerr << "Error while writing state for ROIManager tool no currentimage founded." << std::endl;
 808     return;
 809   }
 810   m_XmlWriter->writeTextElement("Image_Index", QString::number(index));
 811
 812
 813   // Write ROI
 814   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 815     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 816
 817     m_XmlWriter->writeStartElement("ROI");
 818     m_XmlWriter->writeTextElement("Image", mOpenedBinaryImageFilenames[i]);
 819
 820     m_XmlWriter->writeStartElement("Overlay");
 821     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[0]));
 822     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[1]));
 823     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[2]));
 824     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsVisible()));
 825     m_XmlWriter->writeAttribute("Opacity", QString("%1").arg(roi->GetOpacity()));
 826     m_XmlWriter->writeAttribute("Depth", QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 827     m_XmlWriter->writeEndElement();
 828
 829     m_XmlWriter->writeStartElement("Contour");
 830     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[0]));
 831     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[1]));
 832     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[2]));
 833     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsContourVisible()));
 834     m_XmlWriter->writeAttribute("Width", QString("%1").arg(roi->GetContourWidth()));
 835     m_XmlWriter->writeEndElement();
 836
 837     m_XmlWriter->writeEndElement();
 838   }
 839 }
 840 //------------------------------------------------------------------------------
 841
 842
 843 //------------------------------------------------------------------------------
 844 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation()
 845 {
 846   std::string value="";
 847   mInitialImageIndex = -1;
 848   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == GetToolName().toStdString())) {
 849     m_XmlReader->readNext();
 850     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 851
 852     if (value == "Image_Index")
 853       mInitialImageIndex = m_XmlReader->readElementText().toInt();
 854
 855     if (m_XmlReader->isStartElement()) {
 856       if (value == "ROI") {
 857         ReadXMLInformation_ROI();
 858       }
 859     }
 860   }
 861 }
 862 //------------------------------------------------------------------------------
 863
 864
 865 //------------------------------------------------------------------------------
 866 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation_ROI()
 867 {
 868   QString s;
 869   std::string value="";
 870   QSharedPointer<vvROIActor> param = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 871   param->SetVisible(true);
 872   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 873   // r->SetDisplayColor(1,1,1);
 874   param->SetROI(roi);
 875
 876   float r=1.0,g=1.0,b=1.0;
 877   float cr=1.0,cg=1.0,cb=1.0;
 878   float opacity = 0.7;
 879   bool visible = true;
 880   bool cvisible = true;
 881   int width = 1;
 882   int depth=1;
 883
 884   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == "ROI")) {
 885     m_XmlReader->readNext();
 886     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 887     if (value == "Image") {
 888       s = m_XmlReader->readElementText();
 889     }
 890
 891     if (value == "Overlay" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 892       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 893       if (!m_XmlReader->hasError())
 894         r = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 895       if (!m_XmlReader->hasError())
 896         g = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 897       if (!m_XmlReader->hasError())
 898         b = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 899       if (!m_XmlReader->hasError())
 900         visible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 901       if (!m_XmlReader->hasError())
 902         opacity = attributes.value("Opacity").toString().toFloat();
 903       if (!m_XmlReader->hasError())
 904         depth = attributes.value("Depth").toString().toFloat();
 905     }
 906
 907
 908     if (value == "Contour" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 909       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 910       if (!m_XmlReader->hasError())
 911         cr = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 912       if (!m_XmlReader->hasError())
 913         cg = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 914       if (!m_XmlReader->hasError())
 915         cb = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 916       if (!m_XmlReader->hasError())
 917         cvisible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 918       if (!m_XmlReader->hasError())
 919         width = attributes.value("Width").toString().toFloat();
 920     }
 921     param->SetOverlayColor(r,g,b);
 922     param->SetVisible(visible);
 923     param->SetOpacity(opacity);
 924     param->SetDepth(depth);
 925
 926     param->SetContourColor(cr,cg,cb);
 927     param->SetContourVisible(cvisible);
 928     param->SetContourWidth(width);
 929   }
 930   mROIFilenames.push_back(s);
 931   mROIActorsParamList.push_back(param);
 932 }
 933 //------------------------------------------------------------------------------