vv/vvToolROIManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolROIManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvImageWriter.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include "vvSlicer.h"
  25 #include "vvROIActor.h"
  26 #include "vvMeshReader.h"
  27 #include "vvStructSelector.h"
  28 #include "vvToolManager.h"
  29 #include "vvProgressDialog.h"
  30
  31 // clitk
  32 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  33 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  34
  35 // Qt
  36 #include <QFileDialog>
  37 #include <QMessageBox>
  38 #include <QColorDialog>
  39 #include <QAbstractEventDispatcher>
  40 #include <QXmlStreamReader>
  41
  42 // vtk
  43 #include <vtkLookupTable.h>
  44 #include <vtkRenderWindow.h>
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  48 // the main window menu.
  49 ADD_TOOL(vvToolROIManager);
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 vvToolROIManager::vvToolROIManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  54   QWidget(parent->GetTab()),
  55   vvToolBase<vvToolROIManager>(parent),
  56   Ui::vvToolROIManager()
  57 {
  58   // Store parent
  59   mMainWindow = parent;
  60
  61   // Assume the initial tab ROI index is 2
  62   mIndexFirstTab = 2;
  63
  64   // Build the UI
  65   Ui_vvToolROIManager::setupUi(this);
  66   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  67   mTree->clear();
  68   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  69   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  70
  71   // Disable "Load dicom" button -> not useful
  72   frame_4->hide();
  73
  74   // Set default LUT
  75   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  76   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  77     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  78     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  79     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  80     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  81   }
  82 #include "vvDefaultLut.h"
  83
  84   // Initialization
  85   mCurrentSlicerManager = NULL;
  86   mNumberOfVisibleROI = 0;
  87   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  88   mOpenFileBrowserFlag = true; // by default, open the file browser when the tool is launched
  89
  90   // InitializeNewTool must be called to start
  91 }
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96 vvToolROIManager::~vvToolROIManager()
  97 {
  98   mROIActorsList.clear();
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104 // STATIC
 105 void vvToolROIManager::Initialize() {
 106   SetToolName("ROIManager");
 107   SetToolMenuName("Display ROI (binary image)");
 108   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 109   SetToolTip("Display ROI from a binary image.");
 110   SetToolExperimental(false);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115
 116 //------------------------------------------------------------------------------
 117 void  vvToolROIManager::InitializeNewTool(bool ReadStateFlag)
 118 {
 119   // Check if we need to start a new tool or read in the state file to load
 120   if (ReadStateFlag == false) {
 121     // Select the current image as the target
 122     int i = mMainWindow->GetSlicerManagerCurrentIndex();
 123     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[i];
 124     // Set it as current (only if not ReadStateFlag)
 125     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(mIndexFirstTab);
 126   }
 127   else {
 128     // Set the first tab in front to avoid displaying two roimanager
 129     // in the same tab. Because toolcreatorBase do show() and I am too
 130     // lazy to find another solution now.
 131     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(0);
 132
 133     // Read all information in the XML
 134     ReadXMLInformation();
 135
 136     // Check that a ROI is not already present
 137     mInitialImageIndex += mImageIndex;
 138     if (mInitialImageIndex >= mMainWindow->GetSlicerManagers().size()) {
 139       QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", QString("Image index %1 not found, abort.").arg(mInitialImageIndex));
 140       close();
 141       return;
 142     }
 143
 144     // Set the attached image
 145     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[mInitialImageIndex];
 146   }
 147
 148   // Tab insertion, check that another tool does not already exist for this image
 149   std::vector<vvToolBaseBase*> & tools =
 150     vvToolManager::GetInstance()->GetToolCreatorFromName(GetToolName())->GetListOfTool();
 151   if (tools.size() > 0) {
 152     for(uint i=0; i<tools.size()-1; i++) { // current tool is last
 153       vvToolROIManager * t = dynamic_cast<vvToolROIManager*>(tools[i]);
 154       if (mCurrentSlicerManager == t->GetCurrentSlicerManager()) {
 155         QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", "Already a ROI for this image, abort.");
 156         close();
 157         return;
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   // Display tool in the correct tab
 163   QWidget * tab = qFindChild<QWidget*>(mMainWindow->GetTab(), "ROItab");
 164   tab->layout()->addWidget(this);
 165
 166   // If not read in a file we start automatically the browser to load
 167   // a roi file (binary image)
 168   if (ReadStateFlag) {
 169     mOpenFileBrowserFlag = false;
 170     InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 171     mOpenFileBrowserFlag = true;
 172   }
 173   else InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 174
 175   // Load ROI (if read in the XML files, empty otherwise)
 176   OpenBinaryImage(mROIFilenames);
 177
 178   // Set the options to the open roi
 179   for(uint i=0; i<mROIActorsParamList.size(); i++) {
 180     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 181     QSharedPointer<vvROIActor> roi_param = mROIActorsParamList[i];
 182     roi->CopyParameters(roi_param);
 183
 184     // Update Tree
 185     QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[roi->GetROI()];
 186     QBrush brush(QColor(roi->GetROI()->GetDisplayColor()[0]*255,
 187                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[1]*255,
 188                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[2]*255));
 189     brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 190     w->setBackground(2, brush);
 191     w->setText(3, QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 192     roi->UpdateColor();
 193   }
 194
 195   // Display the ROI
 196   UpdateAllContours();
 197   UpdateAllROIStatus();
 198
 199   // Connect event from mainwindow to this widget
 200   connect(mMainWindow, SIGNAL(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)),
 201           this, SLOT(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)));
 202   connect(mMainWindow, SIGNAL(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)),
 203           this, SLOT(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)));
 204   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(Open()));
 205   //  connect(mOpenDicomButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenDicomImage()));
 206   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 207   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 208   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 209   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 210   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 211   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 212   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 213   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 214   connect(mReloadButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ReloadCurrentROI()));
 215   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 216   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 217   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
 218 }
 219 //------------------------------------------------------------------------------
 220
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223 void vvToolROIManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 224 {
 225   // Initialization
 226   mCurrentSlicerManager = m;
 227   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 228
 229   // Refuse if non 3D image
 230   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 231     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 232     close();
 233     return;
 234   }
 235
 236   // Change gui
 237   mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 238
 239   // Auto display browser to select new contours
 240   if (mOpenFileBrowserFlag) Open();
 241 }
 242 //------------------------------------------------------------------------------
 243
 244
 245 //------------------------------------------------------------------------------
 246 void vvToolROIManager::AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager * m)
 247 {
 248   if (m == mCurrentSlicerManager) {
 249     close();
 250     return;
 251   }
 252 }
 253 //------------------------------------------------------------------------------
 254
 255
 256 //------------------------------------------------------------------------------
 257 void vvToolROIManager::close()
 258 {
 259   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 260   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 261   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 262   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 263   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 264   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 265   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 266   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 267
 268   // Remove actors
 269   for (unsigned int i = 0; i < mROIActorsList.size(); i++) {
 270     mROIActorsList[i]->RemoveActors();
 271   }
 272   mROIActorsList.clear();
 273
 274   QWidget::close();
 275   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 276     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 277   }
 278 }
 279 //------------------------------------------------------------------------------
 280
 281
 282 //------------------------------------------------------------------------------
 283 void vvToolROIManager::SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager * m) {
 284
 285   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 286   if (m == NULL) return;
 287   if (m != mCurrentSlicerManager) hide();
 288   else {
 289     show();
 290   }
 291 }
 292 //------------------------------------------------------------------------------
 293
 294
 295 //------------------------------------------------------------------------------
 296 void vvToolROIManager::Open()
 297 {
 298   // Open images
 299   QString Extensions = "Images or Dicom-Struct files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his *.dcm RS*)";
 300   Extensions += ";;All Files (*)";
 301   QStringList filename =
 302     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 303                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 304   if (filename.size() == 0) return;
 305   if (filename.size() > 1) { OpenBinaryImage(filename); return; }
 306
 307   // Try to read dicom rt ?
 308   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 309   if (s->IsDicomRTStruct(filename[0].toStdString())) OpenDicomImage(filename[0].toStdString());
 310   else OpenBinaryImage(filename);
 311
 312 }
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316 //------------------------------------------------------------------------------
 317 void vvToolROIManager::OpenBinaryImage(QStringList & filename)
 318 {
 319   if (filename.size() == 0) return;
 320
 321   // For each selected file, open the image
 322   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 323     // Open Image
 324     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 325     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 326     std::vector<std::string> filenames;
 327     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 328     reader->SetInputFilenames(filenames);
 329     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 330     QApplication::restoreOverrideCursor();
 331
 332     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 333       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 334       QString error = "Cannot open file \n";
 335       error += reader->GetLastError().c_str();
 336       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 337       return;
 338     }
 339     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 340     AddImage(binaryImage, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value(),
 341              (!mBGModeCheckBox->isChecked()));
 342     mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename[i]);
 343   }
 344
 345   // Update the contours
 346   UpdateAllContours();
 347 }
 348 //------------------------------------------------------------------------------
 349
 350
 351 //------------------------------------------------------------------------------
 352 void vvToolROIManager::OpenDicomImage(std::string filename)
 353 {
 354   // GUI selector of roi
 355   vvMeshReader reader;
 356   reader.SetFilename(filename);
 357   vvStructSelector selector;
 358   selector.SetStructures(reader.GetROINames());
 359
 360   if (selector.exec()) {
 361     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 362
 363     vvProgressDialog p("Reading ROI...", true);
 364     p.SetCancelButtonEnabled(false);
 365
 366     // Read information
 367     clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 368     s->Read(filename);
 369
 370     // Loop on selected struct
 371     std::vector<int> list = selector.getSelectedItems();
 372     for (uint i=0; i<list.size(); i++) {
 373       p.SetProgress(i, list.size());
 374
 375       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 376       filter.SetCropMaskEnabled(true);
 377       filter.SetImage(mCurrentImage);
 378       filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(list[i]));
 379       filter.SetWriteOutputFlag(false);
 380       filter.Update();
 381
 382       // Get image
 383       vvImage::Pointer binaryImage = vvImage::New();
 384       binaryImage->AddVtkImage(filter.GetOutput());
 385
 386       // Add to gui
 387       AddImage(binaryImage, s->GetROIFromROINumber(list[i])->GetName(), 0, true);
 388       mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename.c_str());
 389     }
 390
 391     QApplication::restoreOverrideCursor();
 392   }
 393   // Update the contours
 394   UpdateAllContours();
 395 }
 396 //------------------------------------------------------------------------------
 397
 398
 399 //------------------------------------------------------------------------------
 400 void vvToolROIManager::AddImage(vvImage * binaryImage, std::string filename,
 401                                 double BG, bool modeBG)
 402 {
 403   // Check Dimension
 404   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 405   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 406   if (dim < bin_dim) {
 407     std::ostringstream os;
 408     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 409        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 410     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 411     return;
 412   }
 413
 414   // Compute roi index
 415   int n = mROIList.size();
 416
 417   // Compute the name of the new ROI
 418   std::ostringstream oss;
 419   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));
 420   std::string name = oss.str();
 421
 422   // Set color
 423   std::vector<double> color;
 424   color.push_back(1);
 425   color.push_back(0);
 426   color.push_back(0);
 427
 428   // Create ROI
 429   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 430   roi->SetFromBinaryImage(binaryImage, n, name, color, filename);
 431
 432   // Add a new roi to the list
 433   mROIList.push_back(roi);
 434
 435   // Set BG or FG mode
 436   if (modeBG)
 437     roi->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 438   else
 439     roi->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 440
 441   // Change color
 442   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 443     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 444     roi->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 445   }
 446
 447   // Add a new roi actor
 448   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 449   actor->SetBGMode(modeBG);
 450   actor->SetROI(roi);
 451   actor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 452   actor->Initialize(n+1); // depth is n+1 to start at 1
 453   mROIActorsList.push_back(actor);
 454
 455   // CheckBox for "All"
 456   if (actor->IsVisible()) mNumberOfVisibleROI++;
 457   if (actor->IsContourVisible()) mNumberOfVisibleContourROI++;
 458
 459   // Add ROI in tree
 460   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(mTree)));
 461   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 462   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 463   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 464   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 465   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255,
 466                       roi->GetDisplayColor()[1]*255,
 467                       roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 468   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 469   w->setBackground(2, brush);
 470   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 471   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 472   mTree->resizeColumnToContents(0);
 473   mTree->resizeColumnToContents(1);
 474
 475   // Update
 476   UpdateAllROIStatus();
 477 }
 478 //------------------------------------------------------------------------------
 479
 480
 481 //------------------------------------------------------------------------------
 482 void vvToolROIManager::UpdateAllContours()
 483 {
 484   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 485   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 486   for(unsigned int i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 487     mROIActorsList[i]->Update();
 488   }
 489   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 490     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 491   }
 492 }
 493 //------------------------------------------------------------------------------
 494
 495
 496 //------------------------------------------------------------------------------
 497 void vvToolROIManager::UpdateAllROIStatus() {
 498   int nbVisible = 0;
 499   int nb = mROIList.size();
 500   for(int i=0; i<nb; i++) {
 501     if (mROIActorsList[i]->IsVisible()) {
 502       nbVisible++;
 503     }
 504   }
 505
 506   // change the states
 507   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 508   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 509   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 510   else {
 511     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 512     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 513   }
 514   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 515   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 516 }
 517 //------------------------------------------------------------------------------
 518
 519
 520 //------------------------------------------------------------------------------
 521 void vvToolROIManager::SelectedItemChangedInTree() {
 522   // Search which roi is selected
 523   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 524   if (l.size() == 0) {
 525     //    mCurrentROIActor = 0;
 526     mCurrentROI = NULL;
 527     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 528     return;
 529   }
 530   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 531   if (w == NULL) return;
 532   if (w == 0) return;
 533   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 534     //    mCurrentROIActor = 0;
 535     mCurrentROI = NULL;
 536     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 537     return;
 538   }
 539   if (w == NULL) return;
 540   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 541   if (roi == NULL) return; // sometimes it is called while there is no roi anymore
 542
 543   // Get selected roi actor
 544   int n = roi->GetROINumber();
 545   QSharedPointer<vvROIActor> actor = mROIActorsList[n];
 546   mCurrentROI = roi;
 547   mCurrentROIActor = actor;
 548
 549   // Warning -> avoid unuseful Render here by disconnect slider
 550   // Update GUI
 551   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 552   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 553   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 554   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 555   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 556   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 557   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 558   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 559
 560   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 561   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 562   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 563   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 564   mDepthSpinBox->setValue(actor->GetDepth());
 565   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 566   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 567   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 568
 569   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 570   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 571   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 572   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 573   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 574   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 575   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 576   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 577
 578
 579   // Set the current color to the selected ROI name
 580   mROInameLabel->setAutoFillBackground(true);// # This is important!!
 581   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color : red; color : blue; }");
 582   QColor color = QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 583                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 584                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255);
 585   // QString values = QString("%1, %2, %3").arg(color.red()).arg(color.green()).arg(color.blue());
 586   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color: rgb("+values+"); }");
 587
 588   QPalette* palette = new QPalette();
 589   QColor colorFG = QColor((1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[0])*255,
 590                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[1])*255,
 591                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[2])*255);
 592   palette->setColor(QPalette::WindowText,colorFG);
 593   palette->setColor(QPalette::Background, color);
 594   mROInameLabel->setPalette(*palette);
 595
 596   // Enable the group box (in case no selection before)
 597   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 598 }
 599 //------------------------------------------------------------------------------
 600
 601
 602 //------------------------------------------------------------------------------
 603 void vvToolROIManager::VisibleROIToggled(bool b) {
 604   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 605   if (b == mCurrentROIActor->IsVisible()) return; // nothing to do
 606   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 607   UpdateAllROIStatus();
 608   mCurrentSlicerManager->Render();
 609 }
 610 //------------------------------------------------------------------------------
 611
 612
 613 //------------------------------------------------------------------------------
 614 void vvToolROIManager::VisibleContourROIToggled(bool b) {
 615   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 616   if (mCurrentROIActor->IsContourVisible() == b) return; // nothing to do
 617   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 618   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 619   mCurrentSlicerManager->Render();
 620 }
 621 //------------------------------------------------------------------------------
 622
 623
 624 //------------------------------------------------------------------------------
 625 void vvToolROIManager::OpacityChanged(int v) {
 626   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 627   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 628   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 629   mCurrentSlicerManager->Render();
 630 }
 631 //------------------------------------------------------------------------------
 632
 633
 634 //------------------------------------------------------------------------------
 635 void vvToolROIManager::AllVisibleROIToggled(int b) {
 636   bool status = false;
 637   if ((mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 638       (mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 639
 640   for(uint i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 641     mROIActorsList[i]->SetVisible(status);
 642   }
 643   if (status) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 644   else  mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 645   mCheckBoxShow->setChecked(status);
 646   mCurrentSlicerManager->Render();
 647 }
 648 //------------------------------------------------------------------------------
 649
 650
 651 //------------------------------------------------------------------------------
 652 void vvToolROIManager::AllVisibleContourROIToggled(bool b) {
 653   bool status = false;
 654   if ((mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 655       (mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 656   // Update current
 657   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 658     mROIActorsList[i]->SetContourVisible(status);
 659   }
 660   // Update current selection
 661   if (status) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 662   else  mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 663   mContourCheckBoxShow->setChecked(status);
 664   mCurrentSlicerManager->Render();
 665 }
 666 //------------------------------------------------------------------------------
 667
 668
 669 //------------------------------------------------------------------------------
 670 void vvToolROIManager::ChangeColor() {
 671   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 672   QColor color;
 673   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 674                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 675                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 676   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 677   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 678   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 679
 680   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 681   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 682                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 683                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 684   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 685   w->setBackground(2, brush);
 686   // Render
 687   mCurrentSlicerManager->Render();
 688 }
 689 //------------------------------------------------------------------------------
 690
 691
 692 //------------------------------------------------------------------------------
 693 void vvToolROIManager::ChangeContourColor() {
 694   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 695   QColor color;
 696   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 697                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 698                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 699   //  QColorDialog d(color);
 700   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 701   if (!c.isValid()) return; // User cancel
 702   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 703   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 704   mCurrentSlicerManager->Render();
 705 }
 706 //------------------------------------------------------------------------------
 707
 708
 709 //------------------------------------------------------------------------------
 710 void vvToolROIManager::ChangeContourWidth(int n) {
 711   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 712   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 713   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 714   mCurrentSlicerManager->Render();
 715 }
 716 //------------------------------------------------------------------------------
 717
 718
 719 //------------------------------------------------------------------------------
 720 void vvToolROIManager::ChangeDepth(int n) {
 721   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 722   mCurrentROIActor->SetDepth(n);
 723   // mCurrentROIActor->UpdateImage(); // FIXME
 724   mCurrentSlicerManager->Render();
 725   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 726   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 727   w->setText(3, QString("%1").arg(mCurrentROIActor->GetDepth()));
 728 }
 729 //------------------------------------------------------------------------------
 730
 731
 732 //------------------------------------------------------------------------------
 733 void vvToolROIManager::ReloadCurrentROI() {
 734
 735   // Remove all contours/overlay first
 736   bool visible = mCurrentROIActor->IsVisible();
 737   bool cvisible = mCurrentROIActor->IsContourVisible();
 738   mCurrentROIActor->SetVisible(false);
 739   mCurrentROIActor->SetContourVisible(false);
 740   mCurrentSlicerManager->Render();
 741
 742   // Reload image
 743   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 744   reader->SetInputFilename(mCurrentROI->GetFilename());
 745   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 746   if (reader->GetLastError() != "") {
 747     // No message just ignore (because can be from dicom)
 748     // QMessageBox::information(mMainWindowBase, tr("Sorry, error. Could not reload"),
 749     //                          reader->GetLastError().c_str());
 750     return;
 751   }
 752
 753   // Free the previous image
 754   mCurrentROI->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->ReleaseData(); // Needed to free
 755   mCurrentROI->GetImage()->Reset();
 756   mCurrentROI->SetImage(reader->GetOutput());
 757
 758   mCurrentROIActor->RemoveActors();
 759
 760   // Update visu
 761   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 762   mCurrentROIActor->SetVisible(visible);
 763   mCurrentROIActor->SetContourVisible(cvisible);
 764   mCurrentSlicerManager->Render();
 765 }
 766 //------------------------------------------------------------------------------
 767
 768
 769 //------------------------------------------------------------------------------
 770 void  vvToolROIManager::SaveState(std::auto_ptr<QXmlStreamWriter> & m_XmlWriter)
 771 {
 772   // Get index of the image
 773   int n = mMainWindow->GetSlicerManagers().size();
 774   int index=-1;
 775   for(int i=0; i<n; i++) {
 776     if (mCurrentSlicerManager == mMainWindow->GetSlicerManagers()[i]) index = i;
 777   }
 778   if (index == -1) {
 779     std::cerr << "Error while writing state for ROIManager tool no currentimage founded." << std::endl;
 780     return;
 781   }
 782   m_XmlWriter->writeTextElement("Image_Index", QString::number(index));
 783
 784
 785   // Write ROI
 786   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 787     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 788
 789     m_XmlWriter->writeStartElement("ROI");
 790     m_XmlWriter->writeTextElement("Image", mOpenedBinaryImageFilenames[i]);
 791
 792     m_XmlWriter->writeStartElement("Overlay");
 793     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[0]));
 794     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[1]));
 795     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[2]));
 796     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsVisible()));
 797     m_XmlWriter->writeAttribute("Opacity", QString("%1").arg(roi->GetOpacity()));
 798     m_XmlWriter->writeAttribute("Depth", QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 799     m_XmlWriter->writeEndElement();
 800
 801     m_XmlWriter->writeStartElement("Contour");
 802     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[0]));
 803     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[1]));
 804     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[2]));
 805     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsContourVisible()));
 806     m_XmlWriter->writeAttribute("Width", QString("%1").arg(roi->GetContourWidth()));
 807     m_XmlWriter->writeEndElement();
 808
 809     m_XmlWriter->writeEndElement();
 810   }
 811 }
 812 //------------------------------------------------------------------------------
 813
 814
 815 //------------------------------------------------------------------------------
 816 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation()
 817 {
 818   std::string value="";
 819   mInitialImageIndex = -1;
 820   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == GetToolName().toStdString())) {
 821     m_XmlReader->readNext();
 822     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 823
 824     if (value == "Image_Index")
 825       mInitialImageIndex = m_XmlReader->readElementText().toInt();
 826
 827     if (m_XmlReader->isStartElement()) {
 828       if (value == "ROI") {
 829         ReadXMLInformation_ROI();
 830       }
 831     }
 832   }
 833 }
 834 //------------------------------------------------------------------------------
 835
 836
 837 //------------------------------------------------------------------------------
 838 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation_ROI()
 839 {
 840   QString s;
 841   std::string value="";
 842   QSharedPointer<vvROIActor> param = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 843   param->SetVisible(true);
 844   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 845   // r->SetDisplayColor(1,1,1);
 846   param->SetROI(roi);
 847
 848   float r=1.0,g=1.0,b=1.0;
 849   float cr=1.0,cg=1.0,cb=1.0;
 850   float opacity = 0.7;
 851   bool visible = true;
 852   bool cvisible = true;
 853   int width = 1;
 854   int depth=1;
 855
 856   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == "ROI")) {
 857     m_XmlReader->readNext();
 858     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 859     if (value == "Image") {
 860       s = m_XmlReader->readElementText();
 861     }
 862
 863     if (value == "Overlay" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 864       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 865       if (!m_XmlReader->hasError())
 866         r = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 867       if (!m_XmlReader->hasError())
 868         g = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 869       if (!m_XmlReader->hasError())
 870         b = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 871       if (!m_XmlReader->hasError())
 872         visible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 873       if (!m_XmlReader->hasError())
 874         opacity = attributes.value("Opacity").toString().toFloat();
 875       if (!m_XmlReader->hasError())
 876         depth = attributes.value("Depth").toString().toFloat();
 877     }
 878
 879
 880     if (value == "Contour" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 881       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 882       if (!m_XmlReader->hasError())
 883         cr = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 884       if (!m_XmlReader->hasError())
 885         cg = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 886       if (!m_XmlReader->hasError())
 887         cb = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 888       if (!m_XmlReader->hasError())
 889         cvisible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 890       if (!m_XmlReader->hasError())
 891         width = attributes.value("Width").toString().toFloat();
 892     }
 893     param->SetOverlayColor(r,g,b);
 894     param->SetVisible(visible);
 895     param->SetOpacity(opacity);
 896     param->SetDepth(depth);
 897
 898     param->SetContourColor(cr,cg,cb);
 899     param->SetContourVisible(cvisible);
 900     param->SetContourWidth(width);
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