vv/vvToolROIManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolROIManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvImageWriter.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include "vvSlicer.h"
  25 #include "vvROIActor.h"
  26 #include "vvMeshReader.h"
  27 #include "vvStructSelector.h"
  28 #include "vvToolManager.h"
  29 #include "vvProgressDialog.h"
  30
  31 // clitk
  32 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  33 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  34
  35 // Qt
  36 #include <QFileDialog>
  37 #include <QMessageBox>
  38 #include <QColorDialog>
  39 #include <QAbstractEventDispatcher>
  40 #include <QXmlStreamReader>
  41
  42 // vtk
  43 #include <vtkLookupTable.h>
  44 #include <vtkRenderWindow.h>
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  48 // the main window menu.
  49 ADD_TOOL(vvToolROIManager);
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 vvToolROIManager::vvToolROIManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  54   QWidget(parent->GetTab()),
  55   vvToolBase<vvToolROIManager>(parent),
  56   Ui::vvToolROIManager()
  57 {
  58   // Store parent
  59   mMainWindow = parent;
  60
  61   // Assume the initial tab ROI index is 2
  62   mIndexFirstTab = 2;
  63
  64   // Build the UI
  65   Ui_vvToolROIManager::setupUi(this);
  66   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  67   mTree->clear();
  68   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  69   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  70
  71   // Disable "Load dicom" button -> not useful
  72   frame_4->hide();
  73
  74   // Set default LUT
  75   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  76   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  77     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  78     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  79     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  80     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  81   }
  82 #include "vvDefaultLut.h"
  83
  84   // Initialization
  85   mCurrentSlicerManager = NULL;
  86   mNumberOfVisibleROI = 0;
  87   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  88   mOpenFileBrowserFlag = true; // by default, open the file browser when the tool is launched
  89
  90   // InitializeNewTool must be called to start
  91 }
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96 vvToolROIManager::~vvToolROIManager()
  97 {
  98   mROIActorsList.clear();
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104 // STATIC
 105 void vvToolROIManager::Initialize() {
 106   SetToolName("ROIManager");
 107   SetToolMenuName("Open ROI (binary image or RT-STRUCT)");
 108   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 109   SetToolTip("Display ROI from a binary image or a RT-struct file.");
 110   SetToolExperimental(false);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115
 116 //------------------------------------------------------------------------------
 117 void  vvToolROIManager::InitializeNewTool(bool ReadStateFlag)
 118 {
 119   // Check if we need to start a new tool or read in the state file to load
 120   if (ReadStateFlag == false) {
 121     // Select the current image as the target
 122     int i = mMainWindow->GetSlicerManagerCurrentIndex();
 123     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[i];
 124     // Set it as current (only if not ReadStateFlag)
 125     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(mIndexFirstTab);
 126   }
 127   else {
 128     // Set the first tab in front to avoid displaying two roimanager
 129     // in the same tab. Because toolcreatorBase do show() and I am too
 130     // lazy to find another solution now.
 131     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(0);
 132
 133     // Read all information in the XML
 134     ReadXMLInformation();
 135
 136     // Check that a ROI is not already present
 137     mInitialImageIndex += mImageIndex;
 138     if (mInitialImageIndex >= mMainWindow->GetSlicerManagers().size()) {
 139       QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", QString("Image index %1 not found, abort.").arg(mInitialImageIndex));
 140       close();
 141       return;
 142     }
 143
 144     // Set the attached image
 145     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[mInitialImageIndex];
 146   }
 147
 148   // Tab insertion, check that another tool does not already exist for this image
 149   std::vector<vvToolBaseBase*> & tools =
 150     vvToolManager::GetInstance()->GetToolCreatorFromName(GetToolName())->GetListOfTool();
 151   if (tools.size() > 0) {
 152     for(uint i=0; i<tools.size()-1; i++) { // current tool is last
 153       vvToolROIManager * t = dynamic_cast<vvToolROIManager*>(tools[i]);
 154       if (mCurrentSlicerManager == t->GetCurrentSlicerManager()) {
 155         QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", "Already a ROI for this image, abort.");
 156         close();
 157         return;
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   // Display tool in the correct tab
 163   QWidget * tab = qFindChild<QWidget*>(mMainWindow->GetTab(), "ROItab");
 164   tab->layout()->addWidget(this);
 165
 166   // If not read in a file we start automatically the browser to load
 167   // a roi file (binary image)
 168   if (ReadStateFlag) {
 169     mOpenFileBrowserFlag = false;
 170     InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 171     mOpenFileBrowserFlag = true;
 172   }
 173   else InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 174
 175   // Load ROI (if read in the XML files, empty otherwise)
 176   OpenBinaryImage(mROIFilenames);
 177
 178   // Set the options to the open roi
 179   for(uint i=0; i<mROIActorsParamList.size(); i++) {
 180     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 181     QSharedPointer<vvROIActor> roi_param = mROIActorsParamList[i];
 182     roi->CopyParameters(roi_param);
 183
 184     // Update Tree
 185     QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[roi->GetROI()];
 186     QBrush brush(QColor(roi->GetROI()->GetDisplayColor()[0]*255,
 187                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[1]*255,
 188                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[2]*255));
 189     brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 190     w->setBackground(2, brush);
 191     w->setText(3, QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 192     roi->UpdateColor();
 193   }
 194
 195   // Display the ROI
 196   UpdateAllContours();
 197   UpdateAllROIStatus();
 198
 199   // Connect event from mainwindow to this widget
 200   connect(mMainWindow, SIGNAL(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)),
 201           this, SLOT(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)));
 202   connect(mMainWindow, SIGNAL(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)),
 203           this, SLOT(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)));
 204   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(Open()));
 205   //  connect(mOpenDicomButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenDicomImage()));
 206   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 207   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 208   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 209   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 210   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 211   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 212   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 213   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 214   connect(mReloadButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ReloadCurrentROI()));
 215   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 216   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 217   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
 218 }
 219 //------------------------------------------------------------------------------
 220
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223 void vvToolROIManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 224 {
 225   // Initialization
 226   mCurrentSlicerManager = m;
 227   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 228
 229   // Refuse if non 3D image
 230   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 231     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 232     close();
 233     return;
 234   }
 235
 236   // Change gui
 237   mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 238
 239   // Auto display browser to select new contours
 240   if (mOpenFileBrowserFlag) Open();
 241 }
 242 //------------------------------------------------------------------------------
 243
 244
 245 //------------------------------------------------------------------------------
 246 void vvToolROIManager::AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager * m)
 247 {
 248   if (m == mCurrentSlicerManager) {
 249     close();
 250     return;
 251   }
 252 }
 253 //------------------------------------------------------------------------------
 254
 255
 256 //------------------------------------------------------------------------------
 257 void vvToolROIManager::close()
 258 {
 259   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 260   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 261   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 262   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 263   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 264   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 265   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 266   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 267
 268   // Remove actors
 269   for (unsigned int i = 0; i < mROIActorsList.size(); i++) {
 270     mROIActorsList[i]->RemoveActors();
 271   }
 272   mROIActorsList.clear();
 273
 274   QWidget::close();
 275   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 276     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 277   }
 278 }
 279 //------------------------------------------------------------------------------
 280
 281
 282 //------------------------------------------------------------------------------
 283 void vvToolROIManager::SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager * m) {
 284
 285   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 286   if (m == NULL) return;
 287   if (m != mCurrentSlicerManager) hide();
 288   else {
 289     show();
 290   }
 291 }
 292 //------------------------------------------------------------------------------
 293
 294
 295 //------------------------------------------------------------------------------
 296 void vvToolROIManager::Open()
 297 {
 298   // Open images
 299   QString Extensions = "Images or Dicom-Struct files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his *.dcm RS*)";
 300   Extensions += ";;All Files (*)";
 301   QStringList filename =
 302     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image or DICOM RT Struct"),
 303                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 304   if (filename.size() == 0) return;
 305   if (filename.size() > 1) { OpenBinaryImage(filename); return; }
 306
 307   // Try to read dicom rt ?
 308   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 309   if (s->IsDicomRTStruct(filename[0].toStdString())) OpenDicomImage(filename[0].toStdString());
 310   else OpenBinaryImage(filename);
 311
 312 }
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316 //------------------------------------------------------------------------------
 317 void vvToolROIManager::OpenBinaryImage(QStringList & filename)
 318 {
 319   if (filename.size() == 0) return;
 320
 321   vvProgressDialog p("Reading ROI ...", true);
 322   p.SetCancelButtonEnabled(false);
 323   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 324
 325   // For each selected file, open the image
 326   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 327     p.SetProgress(i, filename.size());
 328
 329     // Open Image
 330     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 331     std::vector<std::string> filenames;
 332     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 333     reader->SetInputFilenames(filenames);
 334     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 335
 336     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 337       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 338       QString error = "Cannot open file \n";
 339       error += reader->GetLastError().c_str();
 340       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 341       return;
 342     }
 343     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 344     AddImage(binaryImage, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value(),
 345              (!mBGModeCheckBox->isChecked()));
 346     mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename[i]);
 347   }
 348   QApplication::restoreOverrideCursor();
 349
 350   // Update the contours
 351   UpdateAllContours();
 352 }
 353 //------------------------------------------------------------------------------
 354
 355
 356 //------------------------------------------------------------------------------
 357 void vvToolROIManager::OpenDicomImage(std::string filename)
 358 {
 359   // GUI selector of roi
 360   vvMeshReader reader;
 361   reader.SetFilename(filename);
 362
 363   vvStructSelector selector;
 364   selector.SetStructures(reader.GetROINames());
 365   selector.SetPropagationCheckBoxFlag(false);
 366
 367   if (selector.exec()) {
 368     vvProgressDialog p("Reading ROI...", true);
 369     p.SetCancelButtonEnabled(false);
 370     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 371
 372     // Read information
 373     clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 374     s->Read(filename);
 375
 376     // Loop on selected struct
 377     std::vector<int> list = selector.getSelectedItems();
 378     for (uint i=0; i<list.size(); i++) {
 379       p.SetProgress(i, list.size());
 380
 381       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 382       filter.SetCropMaskEnabled(true);
 383       filter.SetImage(mCurrentImage);
 384       filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(list[i]));
 385       filter.SetWriteOutputFlag(false);
 386       filter.Update();
 387
 388       // Get image
 389       vvImage::Pointer binaryImage = vvImage::New();
 390       binaryImage->AddVtkImage(filter.GetOutput());
 391
 392       // Add to gui
 393       AddImage(binaryImage, s->GetROIFromROINumber(list[i])->GetName(), 0, true);
 394       mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename.c_str());
 395     }
 396
 397     QApplication::restoreOverrideCursor();
 398   }
 399   // Update the contours
 400   UpdateAllContours();
 401 }
 402 //------------------------------------------------------------------------------
 403
 404
 405 //------------------------------------------------------------------------------
 406 void vvToolROIManager::AddImage(vvImage * binaryImage, std::string filename,
 407                                 double BG, bool modeBG)
 408 {
 409   // Check Dimension
 410   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 411   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 412   if (dim < bin_dim) {
 413     std::ostringstream os;
 414     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 415        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 416     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 417     return;
 418   }
 419
 420   // Compute roi index
 421   int n = mROIList.size();
 422
 423   // Compute the name of the new ROI
 424   std::ostringstream oss;
 425   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));
 426   std::string name = oss.str();
 427
 428   // Set color
 429   std::vector<double> color;
 430   color.push_back(1);
 431   color.push_back(0);
 432   color.push_back(0);
 433
 434   // Create ROI
 435   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 436   roi->SetFromBinaryImage(binaryImage, n, name, color, filename);
 437
 438   // Add a new roi to the list
 439   mROIList.push_back(roi);
 440
 441   // Set BG or FG mode
 442   if (modeBG)
 443     roi->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 444   else
 445     roi->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 446
 447   // Change color
 448   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 449     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 450     roi->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 451   }
 452
 453   // Add a new roi actor
 454   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 455   actor->SetBGMode(modeBG);
 456   actor->SetROI(roi);
 457   actor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 458   actor->Initialize(n+1); // depth is n+1 to start at 1
 459   mROIActorsList.push_back(actor);
 460
 461   // CheckBox for "All"
 462   if (actor->IsVisible()) mNumberOfVisibleROI++;
 463   if (actor->IsContourVisible()) mNumberOfVisibleContourROI++;
 464
 465   // Add ROI in tree
 466   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(mTree)));
 467   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 468   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 469   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 470   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 471   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255,
 472                       roi->GetDisplayColor()[1]*255,
 473                       roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 474   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 475   w->setBackground(2, brush);
 476   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 477   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 478   mTree->resizeColumnToContents(0);
 479   mTree->resizeColumnToContents(1);
 480
 481   // Update
 482   UpdateAllROIStatus();
 483 }
 484 //------------------------------------------------------------------------------
 485
 486
 487 //------------------------------------------------------------------------------
 488 void vvToolROIManager::UpdateAllContours()
 489 {
 490   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 491   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 492   for(unsigned int i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 493     mROIActorsList[i]->Update();
 494   }
 495   mCurrentSlicerManager->Render();
 496 }
 497 //------------------------------------------------------------------------------
 498
 499
 500 //------------------------------------------------------------------------------
 501 void vvToolROIManager::UpdateAllROIStatus() {
 502   int nbVisible = 0;
 503   int nb = mROIList.size();
 504   for(int i=0; i<nb; i++) {
 505     if (mROIActorsList[i]->IsVisible()) {
 506       nbVisible++;
 507     }
 508   }
 509
 510   // change the states
 511   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 512   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 513   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 514   else {
 515     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 516     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 517   }
 518   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 519   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 520 }
 521 //------------------------------------------------------------------------------
 522
 523
 524 //------------------------------------------------------------------------------
 525 void vvToolROIManager::SelectedItemChangedInTree() {
 526   // Search which roi is selected
 527   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 528   if (l.size() == 0) {
 529     //    mCurrentROIActor = 0;
 530     mCurrentROI = NULL;
 531     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 532     return;
 533   }
 534   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 535   if (w == NULL) return;
 536   if (w == 0) return;
 537   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 538     //    mCurrentROIActor = 0;
 539     mCurrentROI = NULL;
 540     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 541     return;
 542   }
 543   if (w == NULL) return;
 544   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 545   if (roi == NULL) return; // sometimes it is called while there is no roi anymore
 546
 547   // Get selected roi actor
 548   int n = roi->GetROINumber();
 549   QSharedPointer<vvROIActor> actor = mROIActorsList[n];
 550   mCurrentROI = roi;
 551   mCurrentROIActor = actor;
 552
 553   // Warning -> avoid unuseful Render here by disconnect slider
 554   // Update GUI
 555   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 556   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 557   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 558   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 559   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 560   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 561   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 562   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 563
 564   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 565   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 566   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 567   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 568   mDepthSpinBox->setValue(actor->GetDepth());
 569   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 570   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 571   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 572
 573   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 574   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 575   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 576   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 577   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 578   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 579   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 580   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 581
 582
 583   // Set the current color to the selected ROI name
 584   mROInameLabel->setAutoFillBackground(true);// # This is important!!
 585   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color : red; color : blue; }");
 586   QColor color = QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 587                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 588                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255);
 589   // QString values = QString("%1, %2, %3").arg(color.red()).arg(color.green()).arg(color.blue());
 590   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color: rgb("+values+"); }");
 591
 592   QPalette* palette = new QPalette();
 593   QColor colorFG = QColor((1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[0])*255,
 594                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[1])*255,
 595                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[2])*255);
 596   palette->setColor(QPalette::WindowText,colorFG);
 597   palette->setColor(QPalette::Background, color);
 598   mROInameLabel->setPalette(*palette);
 599
 600   // Enable the group box (in case no selection before)
 601   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 602 }
 603 //------------------------------------------------------------------------------
 604
 605
 606 //------------------------------------------------------------------------------
 607 void vvToolROIManager::VisibleROIToggled(bool b) {
 608   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 609   if (b == mCurrentROIActor->IsVisible()) return; // nothing to do
 610   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 611   UpdateAllROIStatus();
 612   mCurrentSlicerManager->Render();
 613 }
 614 //------------------------------------------------------------------------------
 615
 616
 617 //------------------------------------------------------------------------------
 618 void vvToolROIManager::VisibleContourROIToggled(bool b) {
 619   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 620   if (mCurrentROIActor->IsContourVisible() == b) return; // nothing to do
 621   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 622   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 623   mCurrentSlicerManager->Render();
 624 }
 625 //------------------------------------------------------------------------------
 626
 627
 628 //------------------------------------------------------------------------------
 629 void vvToolROIManager::OpacityChanged(int v) {
 630   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 631   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 632   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 633   mCurrentSlicerManager->Render();
 634 }
 635 //------------------------------------------------------------------------------
 636
 637
 638 //------------------------------------------------------------------------------
 639 void vvToolROIManager::AllVisibleROIToggled(int b) {
 640   bool status = false;
 641   if ((mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 642       (mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 643
 644   for(uint i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 645     mROIActorsList[i]->SetVisible(status);
 646   }
 647   if (status) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 648   else  mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 649   mCheckBoxShow->setChecked(status);
 650   mCurrentSlicerManager->Render();
 651 }
 652 //------------------------------------------------------------------------------
 653
 654
 655 //------------------------------------------------------------------------------
 656 void vvToolROIManager::AllVisibleContourROIToggled(bool b) {
 657   bool status = false;
 658   if ((mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 659       (mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 660   // Update current
 661   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 662     mROIActorsList[i]->SetContourVisible(status);
 663   }
 664   // Update current selection
 665   if (status) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 666   else  mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 667   mContourCheckBoxShow->setChecked(status);
 668   mCurrentSlicerManager->Render();
 669 }
 670 //------------------------------------------------------------------------------
 671
 672
 673 //------------------------------------------------------------------------------
 674 void vvToolROIManager::ChangeColor() {
 675   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 676   QColor color;
 677   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 678                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 679                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 680   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 681   if (!c.isValid()) return;// User cancel
 682
 683   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 684   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 685
 686   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 687   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 688                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 689                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 690   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 691   w->setBackground(2, brush);
 692   // Render
 693   mCurrentSlicerManager->Render();
 694 }
 695 //------------------------------------------------------------------------------
 696
 697
 698 //------------------------------------------------------------------------------
 699 void vvToolROIManager::ChangeContourColor() {
 700   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 701   QColor color;
 702   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 703                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 704                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 705   //  QColorDialog d(color);
 706   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 707   if (!c.isValid()) return; // User cancel
 708   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 709   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 710   mCurrentSlicerManager->Render();
 711 }
 712 //------------------------------------------------------------------------------
 713
 714
 715 //------------------------------------------------------------------------------
 716 void vvToolROIManager::ChangeContourWidth(int n) {
 717   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 718   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 719   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 720   mCurrentSlicerManager->Render();
 721 }
 722 //------------------------------------------------------------------------------
 723
 724
 725 //------------------------------------------------------------------------------
 726 void vvToolROIManager::ChangeDepth(int n) {
 727   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 728   mCurrentROIActor->SetDepth(n);
 729   // mCurrentROIActor->UpdateImage(); // FIXME
 730   mCurrentSlicerManager->Render();
 731   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 732   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 733   w->setText(3, QString("%1").arg(mCurrentROIActor->GetDepth()));
 734 }
 735 //------------------------------------------------------------------------------
 736
 737
 738 //------------------------------------------------------------------------------
 739 void vvToolROIManager::ReloadCurrentROI() {
 740
 741   // Remove all contours/overlay first
 742   bool visible = mCurrentROIActor->IsVisible();
 743   bool cvisible = mCurrentROIActor->IsContourVisible();
 744   mCurrentROIActor->SetVisible(false);
 745   mCurrentROIActor->SetContourVisible(false);
 746   mCurrentSlicerManager->Render();
 747
 748   // Reload image
 749   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 750   reader->SetInputFilename(mCurrentROI->GetFilename());
 751   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 752   if (reader->GetLastError() != "") {
 753     // No message just ignore (because can be from dicom)
 754     // QMessageBox::information(mMainWindowBase, tr("Sorry, error. Could not reload"),
 755     //                          reader->GetLastError().c_str());
 756     return;
 757   }
 758
 759   // Free the previous image
 760   mCurrentROI->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->ReleaseData(); // Needed to free
 761   mCurrentROI->GetImage()->Reset();
 762   mCurrentROI->SetImage(reader->GetOutput());
 763
 764   mCurrentROIActor->RemoveActors();
 765
 766   // Update visu
 767   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 768   mCurrentROIActor->SetVisible(visible);
 769   mCurrentROIActor->SetContourVisible(cvisible);
 770   mCurrentSlicerManager->Render();
 771 }
 772 //------------------------------------------------------------------------------
 773
 774
 775 //------------------------------------------------------------------------------
 776 void  vvToolROIManager::SaveState(std::auto_ptr<QXmlStreamWriter> & m_XmlWriter)
 777 {
 778   // Get index of the image
 779   int n = mMainWindow->GetSlicerManagers().size();
 780   int index=-1;
 781   for(int i=0; i<n; i++) {
 782     if (mCurrentSlicerManager == mMainWindow->GetSlicerManagers()[i]) index = i;
 783   }
 784   if (index == -1) {
 785     std::cerr << "Error while writing state for ROIManager tool no currentimage founded." << std::endl;
 786     return;
 787   }
 788   m_XmlWriter->writeTextElement("Image_Index", QString::number(index));
 789
 790
 791   // Write ROI
 792   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 793     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 794
 795     m_XmlWriter->writeStartElement("ROI");
 796     m_XmlWriter->writeTextElement("Image", mOpenedBinaryImageFilenames[i]);
 797
 798     m_XmlWriter->writeStartElement("Overlay");
 799     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[0]));
 800     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[1]));
 801     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[2]));
 802     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsVisible()));
 803     m_XmlWriter->writeAttribute("Opacity", QString("%1").arg(roi->GetOpacity()));
 804     m_XmlWriter->writeAttribute("Depth", QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 805     m_XmlWriter->writeEndElement();
 806
 807     m_XmlWriter->writeStartElement("Contour");
 808     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[0]));
 809     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[1]));
 810     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[2]));
 811     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsContourVisible()));
 812     m_XmlWriter->writeAttribute("Width", QString("%1").arg(roi->GetContourWidth()));
 813     m_XmlWriter->writeEndElement();
 814
 815     m_XmlWriter->writeEndElement();
 816   }
 817 }
 818 //------------------------------------------------------------------------------
 819
 820
 821 //------------------------------------------------------------------------------
 822 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation()
 823 {
 824   std::string value="";
 825   mInitialImageIndex = -1;
 826   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == GetToolName().toStdString())) {
 827     m_XmlReader->readNext();
 828     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 829
 830     if (value == "Image_Index")
 831       mInitialImageIndex = m_XmlReader->readElementText().toInt();
 832
 833     if (m_XmlReader->isStartElement()) {
 834       if (value == "ROI") {
 835         ReadXMLInformation_ROI();
 836       }
 837     }
 838   }
 839 }
 840 //------------------------------------------------------------------------------
 841
 842
 843 //------------------------------------------------------------------------------
 844 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation_ROI()
 845 {
 846   QString s;
 847   std::string value="";
 848   QSharedPointer<vvROIActor> param = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 849   param->SetVisible(true);
 850   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 851   // r->SetDisplayColor(1,1,1);
 852   param->SetROI(roi);
 853
 854   float r=1.0,g=1.0,b=1.0;
 855   float cr=1.0,cg=1.0,cb=1.0;
 856   float opacity = 0.7;
 857   bool visible = true;
 858   bool cvisible = true;
 859   int width = 1;
 860   int depth=1;
 861
 862   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == "ROI")) {
 863     m_XmlReader->readNext();
 864     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 865     if (value == "Image") {
 866       s = m_XmlReader->readElementText();
 867     }
 868
 869     if (value == "Overlay" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 870       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 871       if (!m_XmlReader->hasError())
 872         r = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 873       if (!m_XmlReader->hasError())
 874         g = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 875       if (!m_XmlReader->hasError())
 876         b = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 877       if (!m_XmlReader->hasError())
 878         visible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 879       if (!m_XmlReader->hasError())
 880         opacity = attributes.value("Opacity").toString().toFloat();
 881       if (!m_XmlReader->hasError())
 882         depth = attributes.value("Depth").toString().toFloat();
 883     }
 884
 885
 886     if (value == "Contour" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 887       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 888       if (!m_XmlReader->hasError())
 889         cr = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 890       if (!m_XmlReader->hasError())
 891         cg = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 892       if (!m_XmlReader->hasError())
 893         cb = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 894       if (!m_XmlReader->hasError())
 895         cvisible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 896       if (!m_XmlReader->hasError())
 897         width = attributes.value("Width").toString().toFloat();
 898     }
 899     param->SetOverlayColor(r,g,b);
 900     param->SetVisible(visible);
 901     param->SetOpacity(opacity);
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