vv/vvToolROIManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolROIManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvImageWriter.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include "vvSlicer.h"
  25 #include "vvMeshReader.h"
  26 #include "vvStructSelector.h"
  27 #include "vvToolManager.h"
  28 #include "vvProgressDialog.h"
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  32 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  33
  34 // Qt
  35 #include <QFileDialog>
  36 #include <QMessageBox>
  37 #include <QColorDialog>
  38 #include <QAbstractEventDispatcher>
  39 #include <QXmlStreamReader>
  40
  41 // vtk
  42 #include <vtkLookupTable.h>
  43 #include <vtkRenderWindow.h>
  44
  45 //------------------------------------------------------------------------------
  46 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  47 // the main window menu.
  48 ADD_TOOL(vvToolROIManager);
  49 //------------------------------------------------------------------------------
  50
  51 int vvToolROIManager::nbTotalROI = 0;
  52
  53 //------------------------------------------------------------------------------
  54 vvToolROIManager::vvToolROIManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  55   QWidget(parent->GetTab()),
  56   vvToolBase<vvToolROIManager>(parent),
  57   Ui::vvToolROIManager()
  58 {
  59   // Store parent
  60   mMainWindow = parent;
  61
  62   // Assume the initial tab ROI index is 2
  63   mIndexFirstTab = 2;
  64
  65   // Build the UI
  66   Ui_vvToolROIManager::setupUi(this);
  67   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  68   mTree->clear();
  69   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  70   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  71
  72   // Disable "Load dicom" button -> not useful
  73   frame_4->hide();
  74
  75   // Set default LUT
  76   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  77   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  78     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  79     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  80     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  81     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  82   }
  83 #include "vvDefaultLut.h"
  84
  85   // Initialization
  86   mCurrentSlicerManager = NULL;
  87   mNumberOfVisibleROI = 0;
  88   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  89   mOpenFileBrowserFlag = true; // by default, open the file browser when the tool is launched
  90
  91   // InitializeNewTool must be called to start
  92 }
  93 //------------------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //------------------------------------------------------------------------------
  97 vvToolROIManager::~vvToolROIManager()
  98 {
  99   mROIActorsList.clear();
 100 }
 101 //------------------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //------------------------------------------------------------------------------
 105 // STATIC
 106 void vvToolROIManager::Initialize()
 107 {
 108   SetToolName("ROIManager");
 109   SetToolMenuName("Open ROI (binary image or RT-STRUCT)");
 110   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 111   SetToolTip("Display ROI from a binary image or a RT-struct file.");
 112   SetToolExperimental(false);
 113 }
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void  vvToolROIManager::InitializeNewTool(bool ReadStateFlag)
 120 {
 121   // Check if we need to start a new tool or read in the state file to load
 122   if (ReadStateFlag == false) {
 123     // Select the current image as the target
 124     int i = mMainWindow->GetSlicerManagerCurrentIndex();
 125     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[i];
 126     // Set it as current (only if not ReadStateFlag)
 127     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(mIndexFirstTab);
 128   }
 129   else {
 130     // Set the first tab in front to avoid displaying two roimanager
 131     // in the same tab. Because toolcreatorBase do show() and I am too
 132     // lazy to find another solution now.
 133     mMainWindow->GetTab()->setCurrentIndex(0);
 134
 135     // Read all information in the XML
 136     ReadXMLInformation();
 137
 138     // Check that a ROI is not already present
 139     mInitialImageIndex += mImageIndex;
 140     if (mInitialImageIndex >= mMainWindow->GetSlicerManagers().size()) {
 141       QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", QString("Image index %1 not found, abort.").arg(mInitialImageIndex));
 142       close();
 143       return;
 144     }
 145
 146     // Set the attached image
 147     mCurrentSlicerManager = mMainWindow->GetSlicerManagers()[mInitialImageIndex];
 148   }
 149
 150   // Tab insertion, check that another tool does not already exist for this image
 151   std::vector<vvToolBaseBase*> & tools =
 152     vvToolManager::GetInstance()->GetToolCreatorFromName(GetToolName())->GetListOfTool();
 153   if (tools.size() > 0) {
 154     for(uint i=0; i<tools.size()-1; i++) { // current tool is last
 155       vvToolROIManager * t = dynamic_cast<vvToolROIManager*>(tools[i]);
 156       if (mCurrentSlicerManager == t->GetCurrentSlicerManager()) {
 157         QMessageBox::warning(this, "ROIManager tool", "Already a ROI for this image, abort.");
 158         close();
 159         return;
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   // Display tool in the correct tab
 165   QWidget * tab = mMainWindow->GetTab()->findChild<QWidget*>("ROItab");
 166   tab->layout()->addWidget(this);
 167
 168   // If not read in a file we start automatically the browser to load
 169   // a roi file (binary image)
 170   if (ReadStateFlag) {
 171     mOpenFileBrowserFlag = false;
 172     InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 173     mOpenFileBrowserFlag = true;
 174   }
 175   else InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
 176
 177   // Load ROI (if read in the XML files, empty otherwise)
 178   OpenBinaryImage(mROIFilenames);
 179
 180   // Set the options to the open roi
 181   for(uint i=0; i<mROIActorsParamList.size(); i++) {
 182     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 183     QSharedPointer<vvROIActor> roi_param = mROIActorsParamList[i];
 184     roi->CopyParameters(roi_param);
 185
 186     // Update Tree
 187     QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[roi->GetROI()];
 188     QBrush brush(QColor(roi->GetROI()->GetDisplayColor()[0]*255,
 189                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[1]*255,
 190                         roi->GetROI()->GetDisplayColor()[2]*255));
 191     brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 192     w->setBackground(2, brush);
 193     w->setText(3, QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 194     roi->UpdateColor();
 195   }
 196
 197   // Display the ROI
 198   UpdateAllContours();
 199   UpdateAllROIStatus();
 200
 201   // Connect event from mainwindow to this widget
 202   connect(mMainWindow, SIGNAL(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)),
 203           this, SLOT(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)));
 204   connect(mMainWindow, SIGNAL(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)),
 205           this, SLOT(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)));
 206   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(Open()));
 207   //  connect(mOpenDicomButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenDicomImage()));
 208   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 209   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 210   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 211   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 212   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 213   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 214   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 215   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 216   connect(mReloadButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ReloadCurrentROI()));
 217   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 218   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(int)));
 219   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
 220   connect(mRemoveButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(RemoveROI()));
 221 }
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223
 224
 225 //------------------------------------------------------------------------------
 226 void vvToolROIManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 227 {
 228   // Initialization
 229   mCurrentSlicerManager = m;
 230   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 231
 232   // Change gui
 233   mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 234
 235   // Auto display browser to select new contours
 236   if (mOpenFileBrowserFlag) Open();
 237 }
 238 //------------------------------------------------------------------------------
 239
 240
 241 //------------------------------------------------------------------------------
 242 void vvToolROIManager::AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager * m)
 243 {
 244   if (m == mCurrentSlicerManager) {
 245     close();
 246     return;
 247   }
 248 }
 249 //------------------------------------------------------------------------------
 250
 251 void vvToolROIManager::RemoveROI()
 252 {
 253
 254   // Search the indice of the selected ROI
 255   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 256   if (l.size() == 0)
 257     return;
 258
 259   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 260   if (w == NULL) return;
 261   if (w == 0) return;
 262   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 263     return;
 264   }
 265
 266   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 267   if (roi == NULL) return;
 268
 269   // Get selected roi actor
 270   int n = roi->GetROINumber();
 271
 272   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 273   mROIActorsList[n]->RemoveActors();
 274   mROIActorsList.erase(mROIActorsList.begin()+n);
 275   mROIList.erase(mROIList.begin()+n);
 276   mTreeWidgetList.erase(mTreeWidgetList.begin()+n);
 277
 278   for (int i = n; i < mROIActorsList.size(); ++i) {
 279     mROIList[i]->SetROINumber(i);
 280     mTreeWidgetList[i].data()->setText(0, QString("%1").arg(mROIList[i]->GetROINumber()));
 281   }
 282   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 283   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 284     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 285   }
 286 }
 287 //------------------------------------------------------------------------------
 288
 289 //------------------------------------------------------------------------------
 290 void vvToolROIManager::close()
 291 {
 292   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 293   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 294   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 295   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 296   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 297   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 298   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 299   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 300   disconnect(mRemoveButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(RemoveROI()));
 301
 302   // Remove actors
 303   for (unsigned int i = 0; i < mROIActorsList.size(); i++) {
 304     mROIActorsList[i]->RemoveActors();
 305   }
 306   mROIActorsList.clear();
 307
 308   QWidget::close();
 309   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 310     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 311   }
 312 }
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316 //------------------------------------------------------------------------------
 317 void vvToolROIManager::SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager * m)
 318 {
 319   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 320   if (m == NULL) return;
 321   if (m != mCurrentSlicerManager) hide();
 322   else {
 323     show();
 324   }
 325 }
 326 //------------------------------------------------------------------------------
 327
 328
 329 //------------------------------------------------------------------------------
 330 void vvToolROIManager::Open()
 331 {
 332   // Open images
 333   QString Extensions = "Images or Dicom-Struct files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his *.dcm RS*)";
 334   Extensions += ";;All Files (*)";
 335   QStringList filename =
 336     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image or DICOM RT Struct"),
 337                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 338   if (filename.size() == 0) return;
 339   if (filename.size() > 1) { OpenBinaryImage(filename); return; }
 340
 341   // Try to read dicom rt ?
 342   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 343   if (s->IsDicomRTStruct(filename[0].toStdString())) OpenDicomImage(filename[0].toStdString());
 344   else OpenBinaryImage(filename);
 345
 346 }
 347 //------------------------------------------------------------------------------
 348
 349
 350 //------------------------------------------------------------------------------
 351 void vvToolROIManager::OpenBinaryImage(QStringList & filename)
 352 {
 353   if (filename.size() == 0) return;
 354
 355   vvProgressDialog p("Reading ROI ...", true);
 356   p.SetCancelButtonEnabled(false);
 357   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 358
 359   // For each selected file, open the image
 360   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 361     p.SetProgress(i, filename.size());
 362
 363     // Open Image
 364     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 365     std::vector<std::string> filenames;
 366     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 367     reader->SetInputFilenames(filenames);
 368     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 369
 370     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 371       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 372       QString error = "Cannot open file \n";
 373       error += reader->GetLastError().c_str();
 374       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 375       return;
 376     }
 377     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 378     std::ostringstream oss;
 379     oss << vtksys::SystemTools::
 380       GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename[i].toStdString()));
 381     std::string name = oss.str();
 382     AddImage(binaryImage, name, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value(),
 383              (!mBGModeCheckBox->isChecked()));
 384     mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename[i]);
 385   }
 386   QApplication::restoreOverrideCursor();
 387
 388   // Update the contours
 389   UpdateAllContours();
 390 }
 391 //------------------------------------------------------------------------------
 392
 393
 394 //------------------------------------------------------------------------------
 395 void vvToolROIManager::OpenDicomImage(std::string filename)
 396 {
 397   // GUI selector of roi
 398   vvMeshReader reader;
 399   reader.SetFilename(filename);
 400
 401   vvStructSelector selector;
 402   selector.SetStructures(reader.GetROINames());
 403   selector.SetPropagationCheckBoxFlag(false);
 404
 405   if (selector.exec()) {
 406     vvProgressDialog p("Reading ROI...", true);
 407     p.SetCancelButtonEnabled(false);
 408     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 409
 410     // Read information
 411     clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 412     s->Read(filename);
 413
 414     // Loop on selected struct
 415     std::vector<int> list = selector.getSelectedItems();
 416     for (uint i=0; i<list.size(); i++) {
 417       p.SetProgress(i, list.size());
 418
 419       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 420       filter.SetCropMaskEnabled(true);
 421       filter.SetImage(mCurrentImage);
 422       filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(list[i]));
 423       filter.SetWriteOutputFlag(false);
 424       filter.Update();
 425
 426       // Get image
 427       vvImage::Pointer binaryImage = vvImage::New();
 428       binaryImage->AddVtkImage(filter.GetOutput());
 429
 430       // Add to gui
 431       AddImage(binaryImage, s->GetROIFromROINumber(list[i])->GetName(), "", 0, true); // "" = no filename
 432       mOpenedBinaryImageFilenames.push_back(filename.c_str());
 433     }
 434
 435     QApplication::restoreOverrideCursor();
 436   }
 437   // Update the contours
 438   UpdateAllContours();
 439 }
 440 //------------------------------------------------------------------------------
 441
 442
 443 //------------------------------------------------------------------------------
 444 void vvToolROIManager::AddImage(vvImage * binaryImage,
 445                                 std::string name,
 446                                 std::string filename,
 447                                 double BG, bool modeBG)
 448 {
 449   // Check Dimension
 450   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 451   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 452   if (dim < bin_dim) {
 453     std::ostringstream os;
 454     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 455        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 456     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 457     return;
 458   }
 459
 460   // Compute roi index
 461
 462   int n = nbTotalROI;
 463   ++nbTotalROI;
 464   // Compute the name of the new ROI
 465   // std::ostringstream oss;
 466   // oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));
 467   // std::string name = oss.str();
 468
 469   // Set color
 470   std::vector<double> color;
 471   color.push_back(1);
 472   color.push_back(0);
 473   color.push_back(0);
 474
 475   // Create ROI
 476   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 477   roi->SetFromBinaryImage(binaryImage, mROIList.size(), name, color, filename);
 478
 479   // Add a new roi to the list
 480   mROIList.push_back(roi);
 481
 482   // Set BG or FG mode
 483   if (modeBG)
 484     roi->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 485   else
 486     roi->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 487
 488   // Change color
 489   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 490     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 491     roi->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 492   }
 493
 494   // Add a new roi actor
 495   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 496   actor->SetBGMode(modeBG);
 497   actor->SetROI(roi);
 498   actor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 499   actor->Initialize(n+1); // depth is n+1 to start at 1
 500   mROIActorsList.push_back(actor);
 501
 502   // CheckBox for "All"
 503   if (actor->IsVisible()) mNumberOfVisibleROI++;
 504   if (actor->IsContourVisible()) mNumberOfVisibleContourROI++;
 505   AllVisibleContourROIToggled(1);
 506
 507   // Add ROI in tree
 508   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(mTree)));
 509   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 510   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 511   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 512   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 513   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255,
 514                       roi->GetDisplayColor()[1]*255,
 515                       roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 516   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 517   w->setBackground(2, brush);
 518   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 519   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 520   mTree->resizeColumnToContents(0);
 521   mTree->resizeColumnToContents(1);
 522
 523   // Update
 524   UpdateAllROIStatus();
 525
 526   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() > 3) {
 527
 528     //Modifications to avoid display bug with a 4D image
 529     QSharedPointer<vvROIActor> CurrentROIActorTemp;
 530     CurrentROIActorTemp = mCurrentROIActor;
 531     mCurrentROIActor = actor;
 532
 533     int VisibleInWindow(0);
 534     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(VisibleInWindow)->SetCurrentPosition(-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,-VTK_DOUBLE_MAX,mCurrentSlicerManager->GetSlicer(VisibleInWindow)->GetMaxCurrentTSlice());
 535     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(VisibleInWindow)->Render();
 536
 537     VisibleROIToggled(false);
 538     VisibleROIToggled(true);
 539
 540     mCurrentROIActor = CurrentROIActorTemp;
 541
 542   }
 543
 544 }
 545 //------------------------------------------------------------------------------
 546
 547
 548 //------------------------------------------------------------------------------
 549 void vvToolROIManager::UpdateAllContours()
 550 {
 551   if (mCurrentSlicerManager == NULL) return;
 552   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 553   for(unsigned int i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 554     mROIActorsList[i]->Update();
 555   }
 556   //mCurrentSlicerManager->Render();
 557 }
 558 //------------------------------------------------------------------------------
 559
 560
 561 //------------------------------------------------------------------------------
 562 void vvToolROIManager::UpdateAllROIStatus()
 563 {
 564   int nbVisible = 0;
 565   int nbContourVisible = 0;
 566   int nb = mROIList.size();
 567   for(int i=0; i<nb; i++) {
 568     if (mROIActorsList[i]->IsVisible()) {
 569       nbVisible++;
 570     }
 571     if (mROIActorsList[i]->IsContourVisible()) {
 572       nbContourVisible++;
 573     }
 574   }
 575
 576   // change the states
 577   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 578   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(int)));
 579   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 580   else {
 581     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 582     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 583   }
 584   if (nbContourVisible == nb) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 585   else {
 586     if (nbContourVisible == 0) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 587     else mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 588   }
 589   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(int)));
 590   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 591 }
 592 //------------------------------------------------------------------------------
 593
 594
 595 //------------------------------------------------------------------------------
 596 void vvToolROIManager::SelectedItemChangedInTree()
 597 {
 598   // Search which roi is selected
 599   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 600   if (l.size() == 0) {
 601     //    mCurrentROIActor = 0;
 602     mCurrentROI = NULL;
 603     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 604     return;
 605   }
 606   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 607   if (w == NULL) return;
 608   if (w == 0) return;
 609   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 610     //    mCurrentROIActor = 0;
 611     mCurrentROI = NULL;
 612     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 613     return;
 614   }
 615   if (w == NULL) return;
 616   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 617   if (roi == NULL) return; // sometimes it is called while there is no roi anymore
 618
 619   // Get selected roi actor
 620   int n = roi->GetROINumber();
 621   QSharedPointer<vvROIActor> actor = mROIActorsList[n];
 622   mCurrentROI = roi;
 623   mCurrentROIActor = actor;
 624
 625   // Warning -> avoid unuseful Render here by disconnect slider
 626   // Update GUI
 627   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 628   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 629   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 630   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 631   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 632   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 633   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 634   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 635   disconnect(mRemoveButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(RemoveROI()));
 636
 637   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 638   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 639   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 640   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 641   mDepthSpinBox->setValue(actor->GetDepth());
 642   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 643   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 644   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 645
 646   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 647   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 648   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 649   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 650   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 651   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 652   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 653   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 654   connect(mRemoveButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(RemoveROI()));
 655
 656
 657   // Set the current color to the selected ROI name
 658   mROInameLabel->setAutoFillBackground(true);// # This is important!!
 659   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color : red; color : blue; }");
 660   QColor color = QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 661                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 662                         mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255);
 663   // QString values = QString("%1, %2, %3").arg(color.red()).arg(color.green()).arg(color.blue());
 664   // mROInameLabel->setStyleSheet("QLabel { background-color: rgb("+values+"); }");
 665
 666   QPalette* palette = new QPalette();
 667   QColor colorFG = QColor((1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[0])*255,
 668                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[1])*255,
 669                           (1-mCurrentROI->GetDisplayColor()[2])*255);
 670   palette->setColor(QPalette::WindowText,colorFG);
 671   palette->setColor(QPalette::Background, color);
 672   mROInameLabel->setPalette(*palette);
 673
 674   // Enable the group box (in case no selection before)
 675   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 676 }
 677 //------------------------------------------------------------------------------
 678
 679
 680 //------------------------------------------------------------------------------
 681 void vvToolROIManager::VisibleROIToggled(bool b)
 682 {
 683   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 684   if (b == mCurrentROIActor->IsVisible()) return; // nothing to do
 685   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 686   UpdateAllROIStatus();
 687   mCurrentSlicerManager->Render();
 688 }
 689 //------------------------------------------------------------------------------
 690
 691
 692 //------------------------------------------------------------------------------
 693 void vvToolROIManager::VisibleContourROIToggled(bool b)
 694 {
 695   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 696   if (mCurrentROIActor->IsContourVisible() == b) return; // nothing to do
 697   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 698   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 699   UpdateAllROIStatus();
 700   mCurrentSlicerManager->Render();
 701 }
 702 //------------------------------------------------------------------------------
 703
 704
 705 //------------------------------------------------------------------------------
 706 void vvToolROIManager::OpacityChanged(int v)
 707 {
 708   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 709   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 710   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 711   mCurrentSlicerManager->Render();
 712 }
 713 //------------------------------------------------------------------------------
 714
 715
 716 //------------------------------------------------------------------------------
 717 void vvToolROIManager::AllVisibleROIToggled(int b)
 718 {
 719   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 720   bool status = false;
 721   if ((mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 722       (mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 723
 724   for(uint i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 725     mROIActorsList[i]->SetVisible(status);
 726   }
 727   if (status) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 728   else  mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 729   mCheckBoxShow->setChecked(status);
 730   mCurrentSlicerManager->Render();
 731   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 732 }
 733 //------------------------------------------------------------------------------
 734
 735
 736 //------------------------------------------------------------------------------
 737 void vvToolROIManager::AllVisibleContourROIToggled(int b)
 738 {
 739   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(int)));
 740   bool status = false;
 741   if ((mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 742       (mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 743   // Update current
 744   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 745     mROIActorsList[i]->SetContourVisible(status);
 746   }
 747   // Update current selection
 748   if (status) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 749   else  mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 750   mContourCheckBoxShow->setChecked(status);
 751   mCurrentSlicerManager->Render();
 752   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(int)));
 753 }
 754 //------------------------------------------------------------------------------
 755
 756
 757 //------------------------------------------------------------------------------
 758 void vvToolROIManager::ChangeColor()
 759 {
 760   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 761   QColor color;
 762   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 763                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 764                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 765   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 766   if (!c.isValid()) return;// User cancel
 767
 768   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 769   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 770
 771   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 772   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 773                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 774                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 775   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 776   w->setBackground(2, brush);
 777   // Render
 778   mCurrentSlicerManager->Render();
 779 }
 780 //------------------------------------------------------------------------------
 781
 782
 783 //------------------------------------------------------------------------------
 784 void vvToolROIManager::ChangeContourColor()
 785 {
 786   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 787   QColor color;
 788   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 789                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 790                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 791   //  QColorDialog d(color);
 792   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 793   if (!c.isValid()) return; // User cancel
 794   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 795   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 796   mCurrentSlicerManager->Render();
 797 }
 798 //------------------------------------------------------------------------------
 799
 800
 801 //------------------------------------------------------------------------------
 802 void vvToolROIManager::ChangeContourWidth(int n)
 803 {
 804   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 805   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 806   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 807   mCurrentSlicerManager->Render();
 808 }
 809 //------------------------------------------------------------------------------
 810
 811
 812 //------------------------------------------------------------------------------
 813 void vvToolROIManager::ChangeDepth(int n)
 814 {
 815   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 816   mCurrentROIActor->SetDepth(n);
 817   // mCurrentROIActor->UpdateImage(); // FIXME
 818   mCurrentSlicerManager->Render();
 819   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 820   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 821   w->setText(3, QString("%1").arg(mCurrentROIActor->GetDepth()));
 822 }
 823 //------------------------------------------------------------------------------
 824
 825
 826 //------------------------------------------------------------------------------
 827 void vvToolROIManager::ReloadCurrentROI()
 828 {
 829   if (mCurrentROI->GetFilename() == "") {
 830     return; // do nothing (contour from rt struct do not reload)
 831   }
 832
 833   // Remove all contours/overlay first
 834   bool visible = mCurrentROIActor->IsVisible();
 835   bool cvisible = mCurrentROIActor->IsContourVisible();
 836   mCurrentROIActor->SetVisible(false);
 837   mCurrentROIActor->SetContourVisible(false);
 838   mCurrentSlicerManager->Render();
 839
 840   // Reload image
 841   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 842   reader->SetInputFilename(mCurrentROI->GetFilename());
 843   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 844   if (reader->GetLastError() != "") {
 845     // No message just ignore (because can be from dicom)
 846     // QMessageBox::information(mMainWindowBase, tr("Sorry, error. Could not reload"),
 847     //                          reader->GetLastError().c_str());
 848     return;
 849   }
 850
 851   // Free the previous image
 852   mCurrentROI->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->ReleaseData(); // Needed to free
 853   mCurrentROI->GetImage()->Reset();
 854   mCurrentROI->SetImage(reader->GetOutput());
 855
 856   mCurrentROIActor->RemoveActors();
 857
 858   // Update visu
 859   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 860   mCurrentROIActor->SetVisible(visible);
 861   mCurrentROIActor->SetContourVisible(cvisible);
 862   mCurrentSlicerManager->Render();
 863 }
 864 //------------------------------------------------------------------------------
 865
 866
 867 //------------------------------------------------------------------------------
 868 #if __cplusplus > 199711L
 869 void  vvToolROIManager::SaveState(std::shared_ptr<QXmlStreamWriter> & m_XmlWriter)
 870 #else
 871 void  vvToolROIManager::SaveState(std::auto_ptr<QXmlStreamWriter> & m_XmlWriter)
 872 #endif
 873 {
 874   // Get index of the image
 875   int n = mMainWindow->GetSlicerManagers().size();
 876   int index=-1;
 877   for(int i=0; i<n; i++) {
 878     if (mCurrentSlicerManager == mMainWindow->GetSlicerManagers()[i]) index = i;
 879   }
 880   if (index == -1) {
 881     std::cerr << "Error while writing state for ROIManager tool no currentimage founded." << std::endl;
 882     return;
 883   }
 884   m_XmlWriter->writeTextElement("Image_Index", QString::number(index));
 885
 886
 887   // Write ROI
 888   for(uint i=0; i<mROIActorsList.size(); i++) {
 889     QSharedPointer<vvROIActor> roi = mROIActorsList[i];
 890
 891     m_XmlWriter->writeStartElement("ROI");
 892     m_XmlWriter->writeTextElement("Image", mOpenedBinaryImageFilenames[i]);
 893
 894     m_XmlWriter->writeStartElement("Overlay");
 895     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[0]));
 896     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[1]));
 897     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetOverlayColor()[2]));
 898     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsVisible()));
 899     m_XmlWriter->writeAttribute("Opacity", QString("%1").arg(roi->GetOpacity()));
 900     m_XmlWriter->writeAttribute("Depth", QString("%1").arg(roi->GetDepth()));
 901     m_XmlWriter->writeEndElement();
 902
 903     m_XmlWriter->writeStartElement("Contour");
 904     m_XmlWriter->writeAttribute("Red",  QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[0]));
 905     m_XmlWriter->writeAttribute("Green",QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[1]));
 906     m_XmlWriter->writeAttribute("Blue", QString("%1").arg(roi->GetContourColor()[2]));
 907     m_XmlWriter->writeAttribute("Visible", QString("%1").arg(roi->IsContourVisible()));
 908     m_XmlWriter->writeAttribute("Width", QString("%1").arg(roi->GetContourWidth()));
 909     m_XmlWriter->writeEndElement();
 910
 911     m_XmlWriter->writeEndElement();
 912   }
 913 }
 914 //------------------------------------------------------------------------------
 915
 916
 917 //------------------------------------------------------------------------------
 918 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation()
 919 {
 920   std::string value="";
 921   mInitialImageIndex = -1;
 922   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == GetToolName().toStdString())) {
 923     m_XmlReader->readNext();
 924     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 925
 926     if (value == "Image_Index")
 927       mInitialImageIndex = m_XmlReader->readElementText().toInt();
 928
 929     if (m_XmlReader->isStartElement()) {
 930       if (value == "ROI") {
 931         ReadXMLInformation_ROI();
 932       }
 933     }
 934   }
 935 }
 936 //------------------------------------------------------------------------------
 937
 938
 939 //------------------------------------------------------------------------------
 940 void vvToolROIManager::ReadXMLInformation_ROI()
 941 {
 942   QString s;
 943   std::string value="";
 944   QSharedPointer<vvROIActor> param = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 945   param->SetVisible(true);
 946   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 947   // r->SetDisplayColor(1,1,1);
 948   param->SetROI(roi);
 949
 950   float r=1.0,g=1.0,b=1.0;
 951   float cr=1.0,cg=1.0,cb=1.0;
 952   float opacity = 0.7;
 953   bool visible = true;
 954   bool cvisible = true;
 955   int width = 1;
 956   int depth=1;
 957
 958   while (!(m_XmlReader->isEndElement() && value == "ROI")) {
 959     m_XmlReader->readNext();
 960     value = m_XmlReader->qualifiedName().toString().toStdString();
 961     if (value == "Image") {
 962       s = m_XmlReader->readElementText();
 963     }
 964
 965     if (value == "Overlay" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 966       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 967       if (!m_XmlReader->hasError())
 968         r = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 969       if (!m_XmlReader->hasError())
 970         g = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 971       if (!m_XmlReader->hasError())
 972         b = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 973       if (!m_XmlReader->hasError())
 974         visible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 975       if (!m_XmlReader->hasError())
 976         opacity = attributes.value("Opacity").toString().toFloat();
 977       if (!m_XmlReader->hasError())
 978         depth = attributes.value("Depth").toString().toFloat();
 979     }
 980
 981
 982     if (value == "Contour" && m_XmlReader->isStartElement()) {
 983       QXmlStreamAttributes attributes = m_XmlReader->attributes();
 984       if (!m_XmlReader->hasError())
 985         cr = attributes.value("Red").toString().toFloat();
 986       if (!m_XmlReader->hasError())
 987         cg = attributes.value("Green").toString().toFloat();
 988       if (!m_XmlReader->hasError())
 989         cb = attributes.value("Blue").toString().toFloat();
 990       if (!m_XmlReader->hasError())
 991         cvisible = attributes.value("Visible").toString().toInt();
 992       if (!m_XmlReader->hasError())
 993         width = attributes.value("Width").toString().toFloat();
 994     }
 995     param->SetOverlayColor(r,g,b);
 996     param->SetVisible(visible);
 997     param->SetOpacity(opacity);
 998     param->SetDepth(depth);
 999
1000     param->SetContourColor(cr,cg,cb);
1001     param->SetContourVisible(cvisible);
1002     param->SetContourWidth(width);
1003   }
1004   mROIFilenames.push_back(s);
1005   mROIActorsParamList.push_back(param);
1006 }
1007 //------------------------------------------------------------------------------