vv/vvToolROIManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolROIManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvROIActor.h"
  23 #include "vvSlicer.h"
  24 #include "vvROIActor.h"
  25
  26 // Qt
  27 #include <QFileDialog>
  28 #include <QMessageBox>
  29 #include <QColorDialog>
  30 #include <QAbstractEventDispatcher>
  31
  32 // vtk
  33 #include <vtkLookupTable.h>
  34 #include <vtkRenderWindow.h>
  35
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  38 // the main window menu.
  39 ADD_TOOL(vvToolROIManager);
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41
  42 //------------------------------------------------------------------------------
  43 vvToolROIManager::vvToolROIManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  44   // vvToolWidgetBase(parent, f),
  45   // if Qt::Widget -> No dialog in this case (in tab) ; PB = "invisible widget on menu" !
  46   // if "f" normal widget
  47   QWidget(parent->GetTab()->widget(4)),
  48   vvToolBase<vvToolROIManager>(parent),
  49   Ui::vvToolROIManager()
  50 {
  51   //  Insert the current QWidget into the tab layout (required)
  52   QWidget * mother = qFindChild<QWidget*>(parent->GetTab(), "ROItab");
  53   mother->layout()->addWidget(this);
  54   mMainWindow = parent;
  55
  56   // Build the UI
  57   Ui_vvToolROIManager::setupUi(this);
  58   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  59   mTree->clear();
  60   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  61   parent->GetTab()->setCurrentIndex(2);
  62
  63   // Set default LUT
  64   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  65   DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues());
  66   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  67     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  68     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  69     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  70     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  71     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  72   }
  73 #include "vvDefaultLut.h"
  74
  75   // Initialization
  76   mNumberOfVisibleROI = 0;
  77   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  78
  79   // Select the current image as the target
  80   int i = parent->GetSlicerManagerCurrentIndex();
  81   InputIsSelected(parent->GetSlicerManagers()[i]);
  82
  83   // Connect event from mainwindow to this widget
  84   connect(parent, SIGNAL(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)),
  85           this, SLOT(AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager *)));
  86   connect(parent, SIGNAL(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)),
  87           this, SLOT(SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager *)));
  88
  89   // mMainWindowBase->GetTab()->setTabIcon(mTabNumber, GetToolIcon());
  90 }
  91 //------------------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95 vvToolROIManager::~vvToolROIManager()
  96 {
  97   std::cout << "vvToolROIManager::~vvToolROIManager()" << std::endl;
  98 }
  99 //------------------------------------------------------------------------------
 100
 101
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103 // STATIC
 104 void vvToolROIManager::Initialize() {
 105   SetToolName("ROIManager");
 106   SetToolMenuName("Display ROI (binary image)");
 107   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 108   SetToolTip("Display ROI from a binary image.");
 109   SetToolExperimental(true);
 110 }
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115 void vvToolROIManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 116 {
 117   std::cout << "vvToolROIManager::InputIsSelected()" << std::endl;
 118   mSlicerManager = m;
 119
 120   // Signal/slot
 121   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
 122
 123   // Initialization
 124   mSlicerManager = m;
 125   mCurrentImage = mSlicerManager->GetImage();
 126
 127   // Refuse if 4D
 128   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 129     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 130     close();
 131     return;
 132   }
 133
 134   // Auto diusplay browser to select new contours
 135   OpenBinaryImage();
 136 }
 137 //------------------------------------------------------------------------------
 138
 139
 140 //------------------------------------------------------------------------------
 141 void vvToolROIManager::AnImageIsBeingClosed(vvSlicerManager * m)
 142 {
 143   if (m == mSlicerManager) close();
 144 }
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146
 147
 148 //------------------------------------------------------------------------------
 149 void vvToolROIManager::SelectedImageHasChanged(vvSlicerManager * m) {
 150   if (m != mSlicerManager) hide();
 151   else show();
 152 }
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154
 155
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157 void vvToolROIManager::OpenBinaryImage()
 158 {
 159   // Open images
 160   QString Extensions = "Images files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his)";
 161   Extensions += ";;All Files (*)";
 162   QStringList filename =
 163     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 164                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 165   if (filename.size() == 0) return;
 166
 167   // For each selected file, open the image
 168   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 169     // Open Image
 170     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 171     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 172     std::vector<std::string> filenames;
 173     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 174     reader->SetInputFilenames(filenames);
 175     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 176     QApplication::restoreOverrideCursor();
 177
 178     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 179       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 180       QString error = "Cannot open file \n";
 181       error += reader->GetLastError().c_str();
 182       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 183       return;
 184     }
 185     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 186     AddImage(binaryImage, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value(),
 187              (!mBGModeCheckBox->isChecked()));
 188     mOpenedBinaryImage.push_back(binaryImage);
 189   }
 190
 191   // Update the contours
 192   UpdateAllContours();
 193 }
 194 //------------------------------------------------------------------------------
 195
 196
 197 //------------------------------------------------------------------------------
 198 void vvToolROIManager::AddImage(vvImage * binaryImage, std::string filename,
 199                                 double BG, bool modeBG)
 200 {
 201   DD(modeBG);
 202
 203   // Check Dimension
 204   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 205   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 206   if (dim < bin_dim) {
 207     std::ostringstream os;
 208     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 209        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 210     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 211     return;
 212   }
 213
 214   // Compute roi index
 215   int n = mROIList.size();
 216   DD(n);
 217
 218   // Compute the name of the new ROI
 219   std::ostringstream oss;
 220   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(filename));
 221   std::string name = oss.str();
 222   DD(name);
 223
 224   // Set color
 225   std::vector<double> color;
 226   color.push_back(1);
 227   color.push_back(0);
 228   color.push_back(0);
 229
 230   // Create ROI
 231   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 232   roi->SetFromBinaryImage(binaryImage, n, name, color, filename);
 233
 234   // Add a new roi to the list
 235   mROIList.push_back(roi);
 236
 237   // Set BG or FG mode
 238   if (modeBG)
 239     roi->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 240   else
 241     roi->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 242
 243   // Change color
 244   DD("color");
 245   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 246     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 247     roi->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 248   }
 249
 250   // Add a new roi actor
 251   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 252   actor->SetBGMode(modeBG);
 253   actor->SetROI(roi);
 254   actor->SetSlicerManager(mSlicerManager);
 255   actor->Initialize(n+1); // depth is n+1 to start at 1
 256   mROIActorsList.push_back(actor);
 257
 258   // CheckBox for "All"
 259   if (actor->IsVisible()) mNumberOfVisibleROI++;
 260   if (actor->IsContourVisible()) mNumberOfVisibleContourROI++;
 261
 262   // Add ROI in tree
 263   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(mTree)));
 264   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 265   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 266   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 267   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 268   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255,
 269                       roi->GetDisplayColor()[1]*255,
 270                       roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 271   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 272   w->setBackground(2, brush);
 273   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 274   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 275   mTree->resizeColumnToContents(0);
 276   mTree->resizeColumnToContents(1);
 277
 278   // Update
 279   UpdateAllROIStatus();
 280 }
 281 //------------------------------------------------------------------------------
 282
 283
 284 //------------------------------------------------------------------------------
 285 void vvToolROIManager::UpdateAllContours()
 286 {
 287   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 288   for(unsigned int i=0; i<mROIList.size(); i++) {
 289     mROIActorsList[i]->Update();
 290   }
 291   for(int i=0; i<mSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 292     mSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 293   }
 294 }
 295 //------------------------------------------------------------------------------
 296
 297
 298 //------------------------------------------------------------------------------
 299 void vvToolROIManager::UpdateAllROIStatus() {
 300   int nbVisible = 0;
 301   int nb = mROIList.size();
 302   for(int i=0; i<nb; i++) {
 303     if (mROIActorsList[i]->IsVisible()) {
 304       nbVisible++;
 305     }
 306   }
 307   DD(nbVisible);
 308
 309   // change the states
 310   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 311   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 312   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 313   else {
 314     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 315     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 316   }
 317   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 318   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 319 }
 320 //------------------------------------------------------------------------------
 321