vv/vvToolResample.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "vvToolResample.h"
  20 #include "vvSlicer.h"
  21 #include "vvToolCreator.h"
  22
  23 #include <QFileInfo>
  24 #include <QMessageBox>
  25
  26 #define COLUMN_IMAGE_NAME 7
  27
  28 ADD_TOOL(vvToolResample);
  29
  30 //====================================================================
  31 vvToolResample::vvToolResample(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  32     vvToolWidgetBase(parent,f),
  33     vvToolBase<vvToolResample>(parent),
  34     Ui::vvToolResample()
  35 {
  36     Ui_vvToolResample::setupUi(mToolWidget);
  37
  38     mFilter = clitk::ImageResampleGenericFilter::New();
  39     mLastError ="";
  40
  41     mInputFileFormat = "";
  42     ComponentType = "";
  43     mPixelType = "";
  44     mCurrentSlicerManager=NULL;
  45
  46     mInputSize.resize(0);
  47     mInputSpacing.resize(0);
  48     mInputOrigin.resize(0);
  49     mOutputSize.resize(0);
  50     mOutputSpacing.resize(0);
  51
  52     xSizeLineEdit->setText("");
  53     ySizeLineEdit->setText("");
  54     zSizeLineEdit->setText("");
  55     xSpacingLineEdit->setText("");
  56     ySpacingLineEdit->setText("");
  57     zSpacingLineEdit->setText("");
  58     scaleSizeLineEdit->setText("");
  59     scaleSpacingLineEdit->setText("");
  60
  61     sizeRadioButton->setChecked(0);
  62     scaleSizeRadioButton->setChecked(0);
  63     isoSizeRadioButton->setChecked(0);
  64     spacingRadioButton->setChecked(0);
  65     scaleSpacingRadioButton->setChecked(0);
  66     isoSpacingRadioButton->setChecked(0);
  67
  68     gaussianFilterCheckBox->setCheckState(Qt::Unchecked);
  69
  70     xGaussianLineEdit->hide();
  71     yGaussianLineEdit->hide();
  72     zGaussianLineEdit->hide();
  73     gaussianFilterLabel->hide();
  74
  75     bSplineLabel->hide();
  76     bSplineOrderSpinBox->hide();
  77     bLUTFactorLabel->hide();
  78     bLUTSpinBox->hide();
  79     mDimension = -1;
  80
  81     QPalette qPalette;
  82     qPalette.setColor(QPalette::Foreground, QColor(Qt::blue));
  83     mInputFormatLabel->setPalette(qPalette);
  84     mInputDimLabel->setPalette(qPalette);
  85     mInputPixelTypeLabel->setPalette(qPalette);
  86     mInputSizeLabel->setPalette(qPalette);
  87     mInputSpacingLabel->setPalette(qPalette);
  88
  89     // Set how many inputs are needed for this tool
  90     AddInputSelector("Select an image to resample", mFilter);
  91
  92     // Connect signals & slots
  93
  94     connect(sizeRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
  95     connect(scaleSizeRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
  96     connect(isoSizeRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
  97     connect(spacingRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
  98     connect(scaleSpacingRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
  99     connect(isoSpacingRadioButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(UpdateControlSizeAndSpacing()));
 100
 101     connect(xSizeLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSpacingFromSize()));
 102     connect(ySizeLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSpacingFromSize()));
 103     connect(zSizeLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSpacingFromSize()));
 104     connect(xSpacingLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSizeFromSpacing()));
 105     connect(ySpacingLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSizeFromSpacing()));
 106     connect(zSpacingLineEdit, SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSizeFromSpacing()));
 107     connect(scaleSizeLineEdit,SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSizeFromScale()));
 108     connect(scaleSpacingLineEdit,SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSpacingFromScale()));
 109     connect(isoSizeLineEdit,SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSizeFromIso()));
 110     connect(isoSpacingLineEdit,SIGNAL(textEdited(QString)),this,SLOT(ComputeNewSpacingFromIso()));
 111
 112     connect(gaussianFilterCheckBox,SIGNAL(stateChanged(int)),this,SLOT(UpdateGaussianFilter()));
 113     connect(interpolationComboBox,SIGNAL(currentIndexChanged(QString)),this,SLOT(UpdateInterpolation()));
 114 }
 115 //====================================================================
 116
 117 //====================================================================
 118 void vvToolResample::Initialize() {
 119   SetToolName("Resample Image");
 120   SetToolMenuName("Resample");
 121   SetToolIconFilename(":/common/icons/resample.png");
 122   SetToolTip("Resample image with various interpolation methods.");
 123 }
 124 //====================================================================
 125
 126 //====================================================================
 127 void vvToolResample::InputIsSelected(vvSlicerManager* m) {
 128
 129     mCurrentSlicerManager = m;
 130     mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetImage();
 131     if (mCurrentImage.IsNull()) return;
 132     mInputFileName = mCurrentSlicerManager->GetFileName().c_str();
 133
 134     // Set current information
 135     mPixelType = mCurrentImage->GetScalarTypeAsString().c_str();
 136     //ds      ComponentType = mCurrentImageGetNumberOfScalarComponents();
 137     mDimension = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 138
 139     // Copy size, spacing ...
 140     mInputOrigin.resize(mDimension);
 141     mInputSpacing.resize(mDimension);
 142     mInputSize.resize(mDimension);
 143     for (int i = 0; i < mDimension;i++) {
 144         mInputOrigin[i] = mCurrentImage->GetOrigin()[i];
 145         mInputSpacing[i] = mCurrentImage->GetSpacing()[i];
 146         mInputSize[i] = mCurrentImage->GetSize()[i];
 147     }
 148
 149     // Get file format
 150     mInputFileFormat = itksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(mInputFileName.toStdString()).c_str();
 151
 152     // Display infos
 153     mInputFormatLabel->setText(mInputFileFormat);
 154     mInputSizeLabel->setText(GetVectorIntAsString(mInputSize));
 155     mInputDimLabel->setText(QString::number(mDimension)+"D");
 156     mInputSpacingLabel->setText(GetVectorDoubleAsString(mInputSpacing));
 157     mInputPixelTypeLabel->setText(mPixelType);
 158     mInputMemoryLabel->setText(GetSizeInBytes(mInputSize));
 159
 160     // Set current size
 161     scaleSizeRadioButton->setChecked(true);
 162     UpdateControlSizeAndSpacing();
 163     scaleSizeLineEdit->setText("100");
 164     ComputeNewSizeFromScale();
 165
 166     // Update output
 167     UpdateOutputInfo();
 168 }
 169 //====================================================================
 170
 171 //====================================================================
 172 void vvToolResample::UpdateOutputInfo() {
 173     mOutputSizeLabel->setText(GetVectorIntAsString(mOutputSize));
 174     mOutputSpacingLabel->setText(GetVectorDoubleAsString(mOutputSpacing));
 175     mOutputMemoryLabel->setText(GetSizeInBytes(mOutputSize));
 176 }
 177 //====================================================================
 178
 179 //====================================================================
 180 QString vvToolResample::GetSizeInBytes(std::vector<int> & size) {
 181     int t = 1;
 182     for (unsigned int i=0; i<size.size(); i++) t *= size[i];
 183     t *= mCurrentImage->GetScalarSize()*mCurrentImage->GetNumberOfScalarComponents();
 184     QString result = QString::number(t);
 185     result += " bytes (";
 186     if (t > 1000000000) {
 187         t /= 1000000000;
 188         result += QString::number(t);
 189         result += " GB)";
 190     }
 191     else if (t > 1000000) {
 192         t /= 1000000;
 193         result += QString::number(t);
 194         result += " MB)";
 195     }
 196     else if (t > 1000) {
 197         t /= 1000;
 198         result += QString::number(t);
 199         result += " KB)";
 200     }
 201     else result += ")";
 202     return result;
 203 }
 204 //====================================================================
 205
 206 //====================================================================
 207 QString vvToolResample::GetVectorDoubleAsString(std::vector<double> vectorDouble) {
 208     QString result;
 209     for (unsigned int i= 0; i<vectorDouble.size(); i++) {
 210         if (i != 0)
 211             result += " x ";
 212         result += QString::number(vectorDouble[i]);
 213     }
 214     return result;
 215 }
 216 //====================================================================
 217
 218 //====================================================================
 219 QString vvToolResample::GetVectorIntAsString(std::vector<int> vectorInt) {
 220     QString result;
 221     for (unsigned int i= 0; i<vectorInt.size(); i++) {
 222         if (i != 0)
 223             result += " x ";
 224         result += QString::number(vectorInt[i]);
 225     }
 226     return result;
 227 }
 228 //====================================================================
 229
 230 //====================================================================
 231 void vvToolResample::FillSizeEdit(std::vector<int> size) {
 232     xSizeLineEdit->setText(QString::number(size[0]));
 233     ySizeLineEdit->setText(QString::number(size[1]));
 234     if (size.size() > 2)
 235         zSizeLineEdit->setText(QString::number(size[2]));
 236 }
 237 //====================================================================
 238
 239 //====================================================================
 240 void vvToolResample::FillSpacingEdit(std::vector<double> spacing) {
 241     xSpacingLineEdit->setText(QString::number(spacing[0]));
 242     ySpacingLineEdit->setText(QString::number(spacing[1]));
 243     if (spacing.size() > 2)
 244         zSpacingLineEdit->setText(QString::number(spacing[2]));
 245 }
 246 //====================================================================
 247
 248 //====================================================================
 249 void vvToolResample::UpdateOutputSizeAndSpacing() {
 250     mOutputSize.resize(mDimension);
 251     mOutputSize = mInputSize;
 252     mOutputSpacing.resize(mDimension);
 253     mOutputSpacing = mInputSpacing;
 254     mOutputSize[0] = (int)xSizeLineEdit->text().toDouble();
 255     mOutputSize[1] = (int)ySizeLineEdit->text().toDouble();
 256     if (mDimension > 2)
 257         mOutputSize[2] = (int)zSizeLineEdit->text().toDouble();
 258
 259     mOutputSpacing[0] = xSpacingLineEdit->text().toDouble();
 260     mOutputSpacing[1] = ySpacingLineEdit->text().toDouble();
 261     if (mDimension > 2)
 262         mOutputSpacing[2] = zSpacingLineEdit->text().toDouble();
 263
 264     UpdateOutputInfo();
 265 }
 266 //====================================================================
 267
 268 //====================================================================
 269 void vvToolResample::UpdateControlSizeAndSpacing() {
 270     scaleSizeLineEdit->setText("");
 271     scaleSpacingLineEdit->setText("");
 272     isoSizeLineEdit->setText("");
 273     isoSpacingLineEdit->setText("");
 274
 275     xSizeLineEdit->setReadOnly(1);
 276     ySizeLineEdit->setReadOnly(1);
 277     zSizeLineEdit->setReadOnly(1);
 278     scaleSizeLineEdit->setReadOnly(1);
 279     isoSizeLineEdit->setReadOnly(1);
 280
 281     xSpacingLineEdit->setReadOnly(1);
 282     ySpacingLineEdit->setReadOnly(1);
 283     zSpacingLineEdit->setReadOnly(1);
 284     scaleSpacingLineEdit->setReadOnly(1);
 285     isoSpacingLineEdit->setReadOnly(1);
 286
 287     if (sizeRadioButton->isChecked()) {
 288         xSizeLineEdit->setReadOnly(0);
 289         ySizeLineEdit->setReadOnly(0);
 290         if (mDimension > 2)
 291             zSizeLineEdit->setReadOnly(0);
 292     }
 293     else {
 294         if (spacingRadioButton->isChecked()) {
 295             xSpacingLineEdit->setReadOnly(0);
 296             ySpacingLineEdit->setReadOnly(0);
 297             if (mDimension > 2)
 298                 zSpacingLineEdit->setReadOnly(0);
 299         }
 300         else if (scaleSizeRadioButton->isChecked())
 301             scaleSizeLineEdit->setReadOnly(0);
 302         else if (scaleSpacingRadioButton->isChecked())
 303             scaleSpacingLineEdit->setReadOnly(0);
 304         else if (isoSizeRadioButton->isChecked())
 305             isoSizeLineEdit->setReadOnly(0);
 306         else if (isoSpacingRadioButton->isChecked())
 307             isoSpacingLineEdit->setReadOnly(0);
 308     }
 309 }
 310 //====================================================================
 311
 312 //====================================================================
 313 void vvToolResample::ComputeNewSpacingFromSize() {
 314     double newSpacing = mInputSpacing[0]*mInputSize[0];
 315     xSpacingLineEdit->setText(QString::number(newSpacing/xSizeLineEdit->text().toDouble()));
 316     newSpacing = mInputSpacing[1]*mInputSize[1];
 317     ySpacingLineEdit->setText(QString::number(newSpacing/ySizeLineEdit->text().toDouble()));
 318     if (mDimension > 2)
 319     {
 320         newSpacing = mInputSpacing[2]*mInputSize[2];
 321         zSpacingLineEdit->setText(QString::number(newSpacing/zSizeLineEdit->text().toDouble()));
 322     }
 323     UpdateOutputSizeAndSpacing();
 324 }
 325 //====================================================================
 326
 327 //====================================================================
 328 void vvToolResample::ComputeNewSizeFromSpacing() {
 329     double newSize = mInputSpacing[0]*mInputSize[0];
 330     xSizeLineEdit->setText(QString::number(newSize/xSpacingLineEdit->text().toDouble()));
 331     newSize = mInputSpacing[1]*mInputSize[1];
 332     ySizeLineEdit->setText(QString::number(newSize/ySpacingLineEdit->text().toDouble()));
 333     if (mDimension > 2)
 334     {
 335         newSize = mInputSpacing[2]*mInputSize[2];
 336         zSizeLineEdit->setText(QString::number(newSize/zSpacingLineEdit->text().toDouble()));
 337     }
 338     UpdateOutputSizeAndSpacing();
 339 }
 340 //====================================================================
 341
 342 //====================================================================
 343 void vvToolResample::ComputeNewSpacingFromScale() {
 344     xSpacingLineEdit->setText(QString::number(mInputSpacing[0]*scaleSpacingLineEdit->text().toDouble()/100));
 345     ySpacingLineEdit->setText(QString::number(mInputSpacing[1]*scaleSpacingLineEdit->text().toDouble()/100));
 346     if (mDimension > 2)
 347         zSpacingLineEdit->setText(QString::number(mInputSpacing[2]*scaleSpacingLineEdit->text().toDouble()/100));
 348     ComputeNewSizeFromSpacing();
 349 }
 350 //====================================================================
 351
 352 //====================================================================
 353 void vvToolResample::ComputeNewSizeFromScale() {
 354     xSizeLineEdit->setText(QString::number(mInputSize[0]*scaleSizeLineEdit->text().toDouble()/100));
 355     ySizeLineEdit->setText(QString::number(mInputSize[1]*scaleSizeLineEdit->text().toDouble()/100));
 356     if (mDimension > 2)
 357         zSizeLineEdit->setText(QString::number(mInputSize[2]*scaleSizeLineEdit->text().toDouble()/100));
 358     ComputeNewSpacingFromSize();
 359 }
 360 //====================================================================
 361
 362 //====================================================================
 363 void vvToolResample::ComputeNewSpacingFromIso() {
 364     xSpacingLineEdit->setText(QString::number(isoSpacingLineEdit->text().toDouble()));
 365     ySpacingLineEdit->setText(QString::number(isoSpacingLineEdit->text().toDouble()));
 366     if (mDimension > 2)
 367         zSpacingLineEdit->setText(QString::number(isoSpacingLineEdit->text().toDouble()));
 368     ComputeNewSizeFromSpacing();
 369 }
 370 //====================================================================
 371
 372 //====================================================================
 373 void vvToolResample::ComputeNewSizeFromIso() {
 374     xSizeLineEdit->setText(QString::number(isoSizeLineEdit->text().toDouble()));
 375     ySizeLineEdit->setText(QString::number(isoSizeLineEdit->text().toDouble()));
 376     if (mDimension > 2)
 377         zSizeLineEdit->setText(QString::number(isoSizeLineEdit->text().toDouble()));
 378     ComputeNewSpacingFromSize();
 379 }
 380 //====================================================================
 381
 382 //====================================================================
 383 void vvToolResample::UpdateInterpolation() {
 384     if (interpolationComboBox->currentText() == "BSpline") {
 385         bSplineLabel->show();
 386         bSplineOrderSpinBox->show();
 387         bLUTFactorLabel->hide();
 388         bLUTSpinBox->hide();
 389     }
 390     else if (interpolationComboBox->currentText() == "Blut (faster BSpline)")   {
 391         bSplineLabel->show();
 392         bSplineOrderSpinBox->show();
 393         bLUTFactorLabel->show();
 394         bLUTSpinBox->show();
 395     }
 396     else {
 397         bSplineLabel->hide();
 398         bSplineOrderSpinBox->hide();
 399         bLUTFactorLabel->hide();
 400         bLUTSpinBox->hide();
 401     }
 402 }
 403 //====================================================================
 404
 405 //====================================================================
 406 void vvToolResample::UpdateGaussianFilter() {
 407     if (gaussianFilterCheckBox->isChecked()) {
 408         gaussianFilterLabel->show();
 409         xGaussianLineEdit->show();
 410         yGaussianLineEdit->show();
 411         if (mDimension > 2)
 412             zGaussianLineEdit->show();
 413     }
 414     else {
 415         gaussianFilterLabel->hide();
 416         xGaussianLineEdit->hide();
 417         yGaussianLineEdit->hide();
 418         zGaussianLineEdit->hide();
 419     }
 420 }
 421 //====================================================================
 422
 423
 424 //====================================================================
 425 void vvToolResample::apply() {
 426
 427     // Get resampler options
 428     std::vector<double> sigma;
 429     sigma.push_back(xGaussianLineEdit->text().toDouble());
 430     sigma.push_back(yGaussianLineEdit->text().toDouble());
 431     if (mDimension > 2) sigma.push_back(zGaussianLineEdit->text().toDouble());
 432
 433     mFilter->SetOutputSize(mOutputSize);
 434     mFilter->SetOutputSpacing(mOutputSpacing);
 435     mFilter->SetInterpolationName(interpolationComboBox->currentText().toLower().toStdString());
 436
 437     if (interpolationComboBox->currentText() == "BSpline")
 438         mFilter->SetBSplineOrder(bSplineOrderSpinBox->value());
 439     else if (interpolationComboBox->currentText() == "Blut (faster BSpline)") {
 440         mFilter->SetInterpolationName("blut");
 441         mFilter->SetBSplineOrder(bSplineOrderSpinBox->value());
 442         mFilter->SetBLUTSampling(bLUTSpinBox->value());
 443     }
 444     if (gaussianFilterCheckBox->isChecked())
 445         mFilter->SetGaussianSigma(sigma);
 446     //  mFilter->SetOutputFileName(OutputFileName.toStdString());
 447     mFilter->SetDefaultPixelValue(defaultPixelValueLineEdit->text().toDouble());
 448     mFilter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 449
 450     // Go !
 451     mFilter->Update();
 452     mOutput = mFilter->GetOutputVVImage();
 453     AddImage(mOutput,GetOutputFileName());
 454     close();
 455 }
 456 //====================================================================
 457 std::string vvToolResample::GetOutputFileName()
 458 {
 459     QFileInfo info(QString(mCurrentSlicerManager->GetFileName().c_str()));
 460     return (info.path().toStdString() + "/resampled_" + info.fileName().toStdString());
 461 }
 462