vv/vvToolSegmentation.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolSegmentation.h"
  21 #include "vvSlicerManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25
  26 // clitk
  27 #include "clitkConnectedComponentLabeling_ggo.h"
  28 #include "clitkConnectedComponentLabelingGenericFilter.h"
  29
  30 // Qt
  31 #include <QFileDialog>
  32 #include <QMessageBox>
  33
  34 // vtk
  35 #include "vtkImageContinuousErode3D.h"
  36 #include "vtkImageContinuousDilate3D.h"
  37 #include "vtkRenderWindow.h"
  38
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  41 // the main window menu.
  42 ADD_TOOL(vvToolSegmentation);
  43 //------------------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 void vvToolSegmentation::Initialize()
  48 {
  49   SetToolName("Segmentation");
  50   SetToolMenuName("Interactive Segmentation");
  51   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.ico");
  52   SetToolTip("Image interactive segmentation (trial).");
  53   SetToolExperimental(true);
  54 }
  55 //------------------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //------------------------------------------------------------------------------
  59 vvToolSegmentation::vvToolSegmentation(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  60   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  61    vvToolBase<vvToolSegmentation>(parent),
  62    Ui::vvToolSegmentation()
  63 {
  64   // GUI Initialization
  65   Ui_vvToolSegmentation::setupUi(mToolWidget);
  66   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  67
  68   // Set how many inputs are needed for this tool
  69   AddInputSelector("Select one image");
  70
  71   // Init
  72   mCurrentLabelUnderMousePointer = 0.0;
  73   mCurrentMousePosition.resize(3);
  74   mRefMaskImage = NULL;
  75   mCurrentState = State_Default;
  76   mKernelValue = 3; // FIXME must be odd. If even -> not symmetrical
  77   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  78   mDefaultLUTColor->SetNumberOfTableValues(256);
  79 #include "vvDefaultLut.h"
  80
  81 }
  82 //------------------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86 vvToolSegmentation::~vvToolSegmentation()
  87 {
  88   DD("destructor");
  89 }
  90 //------------------------------------------------------------------------------
  91
  92
  93 //------------------------------------------------------------------------------
  94 bool vvToolSegmentation::close()
  95 {
  96   DD("remo ref");
  97   if (mRefMaskActor) mRefMaskActor->RemoveActors();
  98   DD("remo mask");
  99   if (mCurrentMaskActor) mCurrentMaskActor->RemoveActors();
 100   for(int i=0; i<mCurrentCCLActors.size(); i++) {
 101     if (mCurrentCCLActors[i]) mCurrentCCLActors[i]->RemoveActors();
 102   }
 103   DD("wclose");
 104   QWidget::close();
 105   mCurrentSlicerManager->Render();
 106   return true;
 107 }
 108 //------------------------------------------------------------------------------
 109
 110
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112 void vvToolSegmentation::InputIsSelected(vvSlicerManager * m)
 113 {
 114   DD("InputIsSelected");
 115   mCurrentSlicerManager = m;
 116   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 117
 118   // Refuse if non 3D image
 119   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 120     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 121     close();
 122     return;
 123   }
 124
 125   // Change gui
 126   //mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 127
 128   // Open mask
 129   OpenBinaryImage();
 130
 131   // If cancel: stop
 132   if (mRefMaskActor == NULL) {
 133     close();
 134     return;
 135   }
 136
 137   // Update gui
 138   mToolInputSelectionWidget->hide();
 139
 140   // Connect mouse position
 141   connect(mCurrentSlicerManager, SIGNAL(MousePositionUpdatedSignal(int)),
 142           this, SLOT(MousePositionChanged(int)));
 143   connect(mCurrentSlicerManager, SIGNAL(KeyPressedSignal(std::string)),
 144           this, SLOT(KeyPressed(std::string)));
 145 }
 146 //------------------------------------------------------------------------------
 147
 148
 149 //------------------------------------------------------------------------------
 150 void vvToolSegmentation::apply()
 151 {
 152   DD("apply");
 153 }
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155
 156
 157 //------------------------------------------------------------------------------
 158 void vvToolSegmentation::OpenBinaryImage()
 159 {
 160   DD("OpenBinaryImage");
 161
 162   // Load browser and select image
 163   QString Extensions = "Images files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his)";
 164   Extensions += ";;All Files (*)";
 165   QString filename =
 166     QFileDialog::getOpenFileName(this,tr("Open binary image"),
 167                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 168   DD(filename.toStdString());
 169   if (filename.size() == 0) return;
 170
 171   // Open Image
 172   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 173   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 174   std::vector<std::string> filenames;
 175   filenames.push_back(filename.toStdString());
 176   reader->SetInputFilenames(filenames);
 177   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 178   QApplication::restoreOverrideCursor();
 179
 180   if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 181     std::cerr << "Error while reading " << filename.toStdString() << std::endl;
 182     QString error = "Cannot open file \n";
 183     error += reader->GetLastError().c_str();
 184     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 185     return;
 186   }
 187
 188   mRefMaskImage = reader->GetOutput();
 189   int dim = mRefMaskImage->GetNumberOfDimensions();
 190   if (dim != 3 ) {
 191     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 192     close();
 193     return;
 194   }
 195
 196   reader = vvImageReader::New();
 197   reader->SetInputFilenames(filenames);
 198   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 199   mCurrentMaskImage = reader->GetOutput();
 200
 201   // Add a new roi actor for the current mask
 202   mCurrentMaskActor = CreateMaskActor(mCurrentMaskImage, 1, 0, false);
 203   mCurrentMaskActor->Update(); // default color is red
 204   UpdateMaskSize(mCurrentMaskImage, mCurrentMaskSizeInPixels, mCurrentMaskSizeInCC);
 205
 206   // Add a mask actor for the reference
 207   mRefMaskActor = CreateMaskActor(mRefMaskImage, 0, 1, true);
 208   mRefMaskActor->SetContourVisible(true);
 209   mRefMaskActor->SetVisible(false);
 210   mRefMaskActor->SetContourColor(0,1,0); // green contour
 211   mRefMaskActor->UpdateColor();
 212   mRefMaskActor->Update();
 213   UpdateMaskSize(mRefMaskImage, mRefMaskSizeInPixels, mRefMaskSizeInCC);
 214
 215   // Update GUI
 216   UpdateMaskSizeLabels();
 217 }
 218 //------------------------------------------------------------------------------
 219
 220
 221 //------------------------------------------------------------------------------
 222 void vvToolSegmentation::UpdateMaskSizeLabels()
 223 {
 224   QString s("%1 pix (%2 cm3)");
 225   s = s.arg(mRefMaskSizeInPixels).arg(mRefMaskSizeInCC);
 226   mRefMaskSizeLabel->setText(s);
 227   QString s2("%1 pix (%2 cm3)");
 228   s2 = s2.arg(mCurrentMaskSizeInPixels).arg(mCurrentMaskSizeInCC);
 229   mCurrentMaskSizeLabel->setText(s2);
 230 }
 231 //------------------------------------------------------------------------------
 232
 233
 234 //------------------------------------------------------------------------------
 235 void vvToolSegmentation::UpdateMaskSize(vvImage::Pointer image, long & pix, double & cc)
 236 {
 237   pix = ComputeNumberOfPixels(image, GetForegroundValue());
 238   double vol = image->GetSpacing()[0]*image->GetSpacing()[1]*image->GetSpacing()[2];
 239   cc = pix * vol / (10*10*10);
 240 }
 241 //------------------------------------------------------------------------------
 242
 243
 244 //------------------------------------------------------------------------------
 245 long vvToolSegmentation::ComputeNumberOfPixels(vvImage::Pointer image, double value)
 246 {
 247   int n=0;
 248   vtkImageData * im = image->GetFirstVTKImageData();
 249   char * pPix = (char*)im->GetScalarPointer(); // FIXME char ?
 250   for(uint i=0; i<im->GetNumberOfPoints(); i++) {
 251     if (pPix[i] == value) n++;
 252   }
 253   DD(n);
 254   return n;
 255 }
 256 //------------------------------------------------------------------------------
 257
 258
 259 //------------------------------------------------------------------------------
 260 void vvToolSegmentation::KeyPressed(std::string KeyPress)
 261 {
 262   if (KeyPress == "g") {
 263     RegionGrowing();
 264   }
 265   if (KeyPress == "e") {
 266     Erode();
 267   }
 268   if (KeyPress == "d") {
 269     Dilate(); // FIXME -> extend image BB !!
 270   }
 271   if (KeyPress == "L") {
 272     Labelize();
 273   }
 274   if (KeyPress == "m") {
 275     Merge();
 276     UpdateAndRenderNewMask();
 277   }
 278   if (KeyPress == "s") { // Supress "Remove" one label
 279     if (mCurrentState == State_CCL) RemoveLabel();
 280   }
 281   if (KeyPress == "t") { // display remove ref contour
 282     mRefMaskActor->SetContourVisible(!mRefMaskActor->IsContourVisible());
 283     mRefMaskActor->UpdateColor();
 284     mCurrentSlicerManager->Render();
 285   }
 286   if (KeyPress == "w") {
 287     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 288     writer->SetOutputFileName("a.mha");
 289     writer->SetInput(mCurrentMaskImage);
 290     writer->Update();
 291   }
 292 }
 293 //------------------------------------------------------------------------------
 294
 295
 296 //------------------------------------------------------------------------------
 297 void vvToolSegmentation::RegionGrowing()
 298 {
 299   DD("RegionGrowing");
 300   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 301   // Merge labels if needed
 302   Merge();
 303   // Get mouse location
 304   DD(mCurrentLabelUnderMousePointer);
 305   DDV(mCurrentMousePosition, 3);
 306
 307   //   FIXME
 308
 309  // Build RG filter
 310
 311 clitk.private/deprecated/./mv_to_public.sh ~/src/clitk/clitk.private/tests_dav/ ~/src/clitk/clitk/segmentation/ clitkRegionGrowing.cxx
 312
 313 clitk.private/deprecated/./mv_to_public.sh ~/src/clitk/clitk.private/tests_dav/ ~/src/clitk/clitk/segmentation/ clitkRegionGrowing.cxx
 314
 315
 316 git format-patch --stdout --root -- clitkRegionGrowing.cxx >/tmp/patch
 317 git rm clitkRegionGrowing.cxx
 318 git commit clitkRegionGrowing.cxx -m "Moved from repository tests_dav to segmentation"
 319 /home/dsarrut/src/clitk/clitk/segmentation
 320
 321
 322 git am /tmp/patch
 323 git mv clitkRegionGrowing.cxx /home/dsarrut/src/clitk/clitk/segmentation//clitkRegionGrowing.cxx
 324 git commit clitkRegionGrowing.cxx /home/dsarrut/src/clitk/clitk/segmentation//clitkRegionGrowing.cxx -m Moved from repository tests_dav to segmentation
 325
 326
 327
 328   typedef args_info_clitkConnectedComponentLabeling ArgsInfoType;
 329   ArgsInfoType a;
 330   cmdline_parser_clitkConnectedComponentLabeling_init(&a);
 331   a.inputBG_arg = GetBackgroundValue();
 332   a.full_flag = false;  // FIXME set by gui
 333   a.minSize_arg = 100;  // FIXME set by gui
 334   typedef clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType> FilterType;
 335   FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 336   filter->SetArgsInfo(a);
 337   filter->SetInputVVImage(mCurrentMaskImage); // FIXME Check type is ok ? convert float ?
 338   filter->SetIOVerbose(true);
 339   filter->Update();
 340   DD(filter->GetOriginalNumberOfObjects());
 341   DD(filter->GetSizeOfObjectsInPixels().size());
 342   mCurrentCCLImage = filter->GetOutputVVImage();
 343   DDV(filter->GetSizeOfObjectsInPixels(), filter->GetSizeOfObjectsInPixels().size());
 344   DD("filter done");
 345 }
 346 //------------------------------------------------------------------------------
 347
 348
 349 //------------------------------------------------------------------------------
 350 void vvToolSegmentation::Merge()
 351 {
 352   if (mCurrentState != State_CCL) return;
 353
 354   DD("Merge");
 355   // Remove actors
 356   for(int i=0; i<mCurrentCCLActors.size(); i++) {
 357     if (mCurrentCCLActors[i]) {
 358       mCurrentCCLActors[i]->SetVisible(false);
 359       mCurrentCCLActors[i]->RemoveActors();
 360     }
 361   }
 362   mCurrentCCLActors.clear();
 363
 364   // Compute new mask
 365   vtkImageData * ccl  = mCurrentCCLImage->GetFirstVTKImageData();
 366   vtkImageData * mask = mCurrentMaskImage->GetFirstVTKImageData();
 367   int * pCCL = (int*)ccl->GetScalarPointer();
 368   char * pPix = (char*)mask->GetScalarPointer();
 369   for(uint i=0; i<ccl->GetNumberOfPoints(); i++) {
 370     if (pCCL[i] == 0) pPix[i] = GetBackgroundValue(); // copy BG. In CCL BG is always 0
 371   }
 372
 373   // Display new mask and remove ccl
 374   mCurrentCCLImage->Reset();
 375   mCurrentMaskActor->RemoveActors(); // kill it
 376   mCurrentMaskActor = CreateMaskActor(mCurrentMaskImage, 1, 0, false); // renew
 377   mCurrentMaskActor->Update();
 378   mCurrentMaskActor->SetVisible(true);
 379   // mCurrentSlicerManager->Render();
 380   mCurrentState = State_Default;
 381 }
 382 //------------------------------------------------------------------------------
 383
 384
 385 //------------------------------------------------------------------------------
 386 void vvToolSegmentation::Erode()
 387 {
 388   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 389   // Merge labels if needed
 390   Merge();
 391   // Get image and start erosion
 392   vtkImageContinuousErode3D* erode = vtkImageContinuousErode3D::New();
 393   erode->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 394   vtkImageData* image = mCurrentMaskImage->GetVTKImages()[0];
 395   erode->SetInput(image);
 396   erode->Update();
 397   image->DeepCopy(erode->GetOutput());
 398   image->Update();
 399   UpdateAndRenderNewMask();
 400   erode->Delete();
 401   QApplication::restoreOverrideCursor();
 402 }
 403 //------------------------------------------------------------------------------
 404
 405
 406 //------------------------------------------------------------------------------
 407 void vvToolSegmentation::Dilate()
 408 {
 409   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 410   // Merge labels if needed
 411   Merge();
 412   // Get image and start dilatation
 413   vtkImageContinuousDilate3D* dilate = vtkImageContinuousDilate3D::New();
 414   dilate->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 415   vtkImageData* image = mCurrentMaskImage->GetVTKImages()[0];
 416   dilate->SetInput(image);
 417   dilate->Update();
 418   image->DeepCopy(dilate->GetOutput());
 419   image->Update();
 420   UpdateAndRenderNewMask();
 421   dilate->Delete();
 422   QApplication::restoreOverrideCursor();
 423 }
 424 //------------------------------------------------------------------------------
 425
 426
 427 //------------------------------------------------------------------------------
 428 void vvToolSegmentation::UpdateAndRenderNewMask()
 429 {
 430   bool visible = mCurrentMaskActor->IsVisible();
 431   bool cvisible = mCurrentMaskActor->IsContourVisible();
 432   mCurrentMaskActor->SetVisible(false);
 433   mCurrentMaskActor->SetContourVisible(false);
 434   mCurrentMaskActor->UpdateImage();
 435   mCurrentMaskActor->SetVisible(visible);
 436   mCurrentMaskActor->SetContourVisible(cvisible);
 437
 438   mCurrentSlicerManager->Render();
 439   UpdateMaskSize(mCurrentMaskImage, mCurrentMaskSizeInPixels, mCurrentMaskSizeInCC);
 440   UpdateMaskSizeLabels();
 441 }
 442 //------------------------------------------------------------------------------
 443
 444 //------------------------------------------------------------------------------
 445 void vvToolSegmentation::Labelize()
 446 {
 447   if (mCurrentState == State_CCL) return; // Do nothing in this case
 448   DD("Labelize");
 449   // Waiting cursos
 450   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 451   mCurrentMaskActor->SetVisible(false);
 452
 453   // Build CCL filter
 454   vtkImageData* image = mCurrentMaskImage->GetVTKImages()[0];
 455   typedef args_info_clitkConnectedComponentLabeling ArgsInfoType;
 456   ArgsInfoType a;
 457   cmdline_parser_clitkConnectedComponentLabeling_init(&a);
 458   a.inputBG_arg = GetBackgroundValue();
 459   a.full_flag = false;  // FIXME set by gui
 460   a.minSize_arg = 100;  // FIXME set by gui
 461   typedef clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType> FilterType;
 462   FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 463   filter->SetArgsInfo(a);
 464   filter->SetInputVVImage(mCurrentMaskImage); // FIXME Check type is ok ? convert float ?
 465   filter->SetIOVerbose(true);
 466   filter->Update();
 467   DD(filter->GetOriginalNumberOfObjects());
 468   DD(filter->GetSizeOfObjectsInPixels().size());
 469   mCurrentCCLImage = filter->GetOutputVVImage();
 470   DDV(filter->GetSizeOfObjectsInPixels(), filter->GetSizeOfObjectsInPixels().size());
 471   DD("filter done");
 472
 473   /*
 474   // DEBUG
 475   vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 476   writer->SetInput(mCurrentCCLImage);
 477   writer->SetOutputFileName("bidon-ccl.mha");
 478   writer->Update();
 479   DD(mCurrentCCLImage->IsScalarTypeInteger());
 480   */
 481
 482   // Create actors
 483   int n = filter->GetSizeOfObjectsInPixels().size();
 484   mCurrentCCLActors.clear();
 485   for(int i=1; i<=std::min(n,10); i++) { // Start at 1 because 0 is BG. FIXME max by gui
 486     QSharedPointer<vvROIActor> actor = CreateMaskActor(mCurrentCCLImage, i, i+1, false);
 487     mCurrentCCLActors.push_back( actor );
 488     actor->Update();
 489   }
 490   //  mCurrentMaskActor->Update();
 491   mCurrentSlicerManager->Render();
 492
 493   // UpdateAndRender();
 494   mCurrentState = State_CCL;
 495   QApplication::restoreOverrideCursor();
 496 }
 497 //------------------------------------------------------------------------------
 498
 499 //------------------------------------------------------------------------------
 500 QSharedPointer<vvROIActor> vvToolSegmentation::CreateMaskActor(vvImage::Pointer image, int i, int colorID, bool BGMode)
 501 {
 502   static int depth = 1;
 503   depth += 1;
 504   QSharedPointer<vvROIActor> actor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 505   double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(colorID % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 506   std::vector<double> c;
 507   c.push_back(color[0]);
 508   c.push_back(color[1]);
 509   c.push_back(color[2]);
 510   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 511   roi->SetFromBinaryImage(image, i, std::string("toto"), c, std::string("titi"));
 512   if (BGMode) {
 513     actor->SetBGMode(true);
 514   }
 515   else {
 516     roi->SetForegroundValueLabelImage(i); // FG mode
 517     actor->SetBGMode(false); // FG mode
 518   }
 519   actor->SetROI(roi);
 520   actor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 521   actor->Initialize(depth+i, true); // +1 to start at 1 not 0
 522   actor->SetContourVisible(false);
 523   actor->SetVisible(true);
 524   return actor;
 525 }
 526 //------------------------------------------------------------------------------
 527
 528
 529 //------------------------------------------------------------------------------
 530 void vvToolSegmentation::MousePositionChanged(int slicer)
 531 {
 532   double x = mCurrentSlicerManager->GetSlicer(slicer)->GetCurrentPosition()[0];
 533   double y = mCurrentSlicerManager->GetSlicer(slicer)->GetCurrentPosition()[1];
 534   double z = mCurrentSlicerManager->GetSlicer(slicer)->GetCurrentPosition()[2];
 535   vtkImageData * image = mCurrentCCLImage->GetFirstVTKImageData();
 536   double Xover = (x - image->GetOrigin()[0]) / image->GetSpacing()[0];
 537   double Yover = (y - image->GetOrigin()[1]) / image->GetSpacing()[1];
 538   double Zover = (z - image->GetOrigin()[2]) / image->GetSpacing()[2];
 539   int ix, iy, iz;
 540
 541   mCurrentMousePosition[0] = Xover;
 542   mCurrentMousePosition[1] = Yover;
 543   mCurrentMousePosition[2] = Zover;
 544
 545   if (Xover >= image->GetWholeExtent()[0] &&
 546       Xover <= image->GetWholeExtent()[1] &&
 547       Yover >= image->GetWholeExtent()[2] &&
 548       Yover <= image->GetWholeExtent()[3] &&
 549       Zover >= image->GetWholeExtent()[4] &&
 550       Zover <= image->GetWholeExtent()[5]) {
 551     if (mCurrentState == State_Default) { // inside the mask
 552       mCurrentLabelUnderMousePointer = 1;
 553       return;
 554     }
 555     else { // inside the label image
 556       mCurrentLabelUnderMousePointer =
 557         mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetScalarComponentAsDouble(image, Xover, Yover, Zover, ix, iy, iz, 0);
 558       return;
 559     }
 560   }
 561   else {
 562     // DD("out of mask");
 563     mCurrentLabelUnderMousePointer = 0; // BG is always 0 in CCL
 564   }
 565 }
 566 //------------------------------------------------------------------------------
 567
 568
 569 //------------------------------------------------------------------------------
 570 void vvToolSegmentation::RemoveLabel() {
 571   DD("RemoveLabel");
 572   if (mCurrentLabelUnderMousePointer == 0) return;
 573   // First actor=0 and is label 1. Label 0 is not an actor, it is BG
 574   int actorNumber = mCurrentLabelUnderMousePointer-1;
 575   // Set actor invisible
 576   mCurrentCCLActors[actorNumber]->SetVisible(false);
 577   mCurrentSlicerManager->Render();
 578   // Set image label
 579   vtkImageData * image = mCurrentCCLImage->GetFirstVTKImageData();
 580   int * pPix = (int*)image->GetScalarPointer();
 581   int n = 0;
 582   for(uint i=0; i<image->GetNumberOfPoints(); i++) {
 583     if (pPix[i] == mCurrentLabelUnderMousePointer) pPix[i] = 0;
 584     if (pPix[i] != 0) n++; // count the number of pixels in the foreground
 585   }
 586   // Update mask size
 587   mCurrentMaskSizeInPixels = n;
 588   mCurrentMaskSizeInCC = mCurrentMaskImage->GetSpacing()[0] * mCurrentMaskImage->GetSpacing()[1] * mCurrentMaskImage->GetSpacing()[2] * n / (10*10*10);
 589   UpdateMaskSizeLabels();
 590 }
 591 //------------------------------------------------------------------------------