vv/vvToolSegmentation.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolSegmentation.h"
  21 #include "vvSlicerManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25
  26 // Qt
  27 #include <QFileDialog>
  28 #include <QMessageBox>
  29
  30 // vtk
  31 #include "vtkImageContinuousErode3D.h"
  32 #include "vtkImageContinuousDilate3D.h"
  33
  34 //------------------------------------------------------------------------------
  35 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  36 // the main window menu.
  37 ADD_TOOL(vvToolSegmentation);
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //------------------------------------------------------------------------------
  42 void vvToolSegmentation::Initialize()
  43 {
  44   SetToolName("Segmentation");
  45   SetToolMenuName("Interactive Segmentation");
  46   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.ico");
  47   SetToolTip("Image interactive segmentation (trial).");
  48   SetToolExperimental(true);
  49 }
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //------------------------------------------------------------------------------
  54 vvToolSegmentation::vvToolSegmentation(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  55   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  56    vvToolBase<vvToolSegmentation>(parent),
  57    Ui::vvToolSegmentation()
  58 {
  59   // GUI Initialization
  60   Ui_vvToolSegmentation::setupUi(mToolWidget);
  61   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  62
  63   // Set how many inputs are needed for this tool
  64   AddInputSelector("Select one image");
  65
  66   // Init
  67   mKernelValue = 3; // FIXME must be odd. If even -> not symmetrical
  68 }
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70
  71
  72 //------------------------------------------------------------------------------
  73 vvToolSegmentation::~vvToolSegmentation()
  74 {
  75   DD("destructor");
  76   mRefMaskActor->RemoveActors();
  77   QWidget::close();
  78   mCurrentSlicerManager->Render();
  79 }
  80 //------------------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //------------------------------------------------------------------------------
  84 bool vvToolSegmentation::close()
  85 {
  86   DD("close");
  87   mRefMaskActor->RemoveActors();
  88   QWidget::close();
  89   mCurrentSlicerManager->Render();
  90   return true;
  91 }
  92 //------------------------------------------------------------------------------
  93
  94
  95 //------------------------------------------------------------------------------
  96 void vvToolSegmentation::InputIsSelected(vvSlicerManager * m)
  97 {
  98   DD("InputIsSelected");
  99   mCurrentSlicerManager = m;
 100   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
 101
 102   // Refuse if non 3D image
 103   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 104     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 105     close();
 106     return;
 107   }
 108
 109   // Change gui
 110   //mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 111
 112   // Open mask
 113   OpenBinaryImage();
 114 }
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void vvToolSegmentation::apply()
 120 {
 121   DD("apply");
 122 }
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124
 125
 126 //------------------------------------------------------------------------------
 127 void vvToolSegmentation::OpenBinaryImage()
 128 {
 129   DD("OpenBinaryImage");
 130
 131   // Load browser and select image
 132   QString Extensions = "Images files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his)";
 133   Extensions += ";;All Files (*)";
 134   QString filename =
 135     QFileDialog::getOpenFileName(this,tr("Open binary image"),
 136                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 137   DD(filename.toStdString());
 138   if (filename.size() == 0) return;
 139
 140   // Open Image
 141   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 142   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 143   std::vector<std::string> filenames;
 144   filenames.push_back(filename.toStdString());
 145   reader->SetInputFilenames(filenames);
 146   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 147   QApplication::restoreOverrideCursor();
 148
 149   if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 150     std::cerr << "Error while reading " << filename.toStdString() << std::endl;
 151     QString error = "Cannot open file \n";
 152     error += reader->GetLastError().c_str();
 153     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 154     return;
 155   }
 156
 157   mRefMaskImage = reader->GetOutput();
 158   int dim = mRefMaskImage->GetNumberOfDimensions();
 159   if (dim != 3 ) {
 160     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 161     close();
 162     return;
 163   }
 164
 165   reader = vvImageReader::New();
 166   reader->SetInputFilenames(filenames);
 167   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 168   mCurrentMaskImage = reader->GetOutput();
 169
 170   // Add a new roi actor
 171   mRefMaskActor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 172   mCurrentMaskActor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 173   std::vector<double> color;
 174   color.push_back(1);
 175   color.push_back(0);
 176   color.push_back(0);
 177   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 178   roi->SetFromBinaryImage(mRefMaskImage, 1, std::string("toto"), color, filename.toStdString());
 179   mRefMaskActor->SetBGMode(true);
 180   mRefMaskActor->SetROI(roi);
 181   mRefMaskActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 182   mRefMaskActor->Initialize(10, true);
 183   mRefMaskActor->SetContourVisible(true);
 184   mRefMaskActor->SetVisible(false);
 185   mRefMaskActor->Update();
 186
 187   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi2 = clitk::DicomRT_ROI::New();
 188   roi2->SetFromBinaryImage(mCurrentMaskImage, 1, std::string("toto"), color, filename.toStdString());
 189   mCurrentMaskActor->SetBGMode(true);
 190   mCurrentMaskActor->SetROI(roi2);
 191   mCurrentMaskActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 192   mCurrentMaskActor->Initialize(10, true);
 193   mCurrentMaskActor->Update();
 194
 195   // Prepare widget to get keyboard event
 196   grabKeyboard();
 197 }
 198 //------------------------------------------------------------------------------
 199
 200
 201 //------------------------------------------------------------------------------
 202 void vvToolSegmentation::keyPressEvent(QKeyEvent * event)
 203 {
 204   vvToolWidgetBase::keyPressEvent(event);
 205   //DD("key");
 206
 207   if (event->text() == "e") {
 208     Erode();
 209   }
 210   if (event->text() == "d") {
 211     Dilate(); // FIXME -> extend image BB !!
 212   }
 213   if (event->text() == "s") {
 214     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 215     writer->SetOutputFileName("a.mha");
 216     writer->SetInput(mCurrentMaskImage);
 217     writer->Update();
 218   }
 219 }
 220 //------------------------------------------------------------------------------
 221
 222
 223 //------------------------------------------------------------------------------
 224 void vvToolSegmentation::Erode()
 225 {
 226   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 227   vtkImageContinuousErode3D* erode = vtkImageContinuousErode3D::New();
 228   erode->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 229   vtkImageData* image = mCurrentMaskImage->GetVTKImages()[0];
 230   erode->SetInput(image);
 231   erode->Update();
 232   image->DeepCopy(erode->GetOutput());
 233   image->Update();
 234   UpdateAndRender();
 235   erode->Delete();
 236   QApplication::restoreOverrideCursor();
 237 }
 238 //------------------------------------------------------------------------------
 239
 240
 241 //------------------------------------------------------------------------------
 242 void vvToolSegmentation::Dilate()
 243 {
 244   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 245   vtkImageContinuousDilate3D* dilate = vtkImageContinuousDilate3D::New();
 246   dilate->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 247   vtkImageData* image = mCurrentMaskImage->GetVTKImages()[0];
 248   dilate->SetInput(image);
 249   dilate->Update();
 250   image->DeepCopy(dilate->GetOutput());
 251   image->Update();
 252   UpdateAndRender();
 253   dilate->Delete();
 254   QApplication::restoreOverrideCursor();
 255 }
 256 //------------------------------------------------------------------------------
 257
 258
 259 //------------------------------------------------------------------------------
 260 void vvToolSegmentation::UpdateAndRender()
 261 {
 262   bool visible = mCurrentMaskActor->IsVisible();
 263   bool cvisible = mCurrentMaskActor->IsContourVisible();
 264   mCurrentMaskActor->SetVisible(false);
 265   mCurrentMaskActor->SetContourVisible(false);
 266   // mCurrentSlicerManager->Render();
 267
 268   //mCurrentMaskActor->RemoveActors();
 269   mCurrentMaskActor->UpdateImage();
 270   mCurrentMaskActor->SetVisible(visible);
 271   mCurrentMaskActor->SetContourVisible(cvisible);
 272   mCurrentSlicerManager->Render();
 273 }
 274 //------------------------------------------------------------------------------