vv/vvToolSegmentation.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolSegmentation.h"
  21 #include "vvSlicerManager.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvToolInputSelectorWidget.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25
  26 // Qt
  27 #include <QFileDialog>
  28 #include <QMessageBox>
  29
  30 // vtk
  31 #include "vtkImageContinuousErode3D.h"
  32 #include "vtkImageContinuousDilate3D.h"
  33
  34 //------------------------------------------------------------------------------
  35 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  36 // the main window menu.
  37 ADD_TOOL(vvToolSegmentation);
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //------------------------------------------------------------------------------
  42 void vvToolSegmentation::Initialize()
  43 {
  44   SetToolName("Segmentation");
  45   SetToolMenuName("Interactive Segmentation");
  46   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.ico");
  47   SetToolTip("Image interactive segmentation (trial).");
  48   SetToolExperimental(true);
  49 }
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //------------------------------------------------------------------------------
  54 vvToolSegmentation::vvToolSegmentation(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  55   :vvToolWidgetBase(parent,f),
  56    vvToolBase<vvToolSegmentation>(parent),
  57    Ui::vvToolSegmentation()
  58 {
  59   // GUI Initialization
  60   Ui_vvToolSegmentation::setupUi(mToolWidget);
  61   setAttribute(Qt::WA_DeleteOnClose);
  62
  63   // Set how many inputs are needed for this tool
  64   AddInputSelector("Select one image");
  65
  66   // Init
  67   mKernelValue = 3; // FIXME must be odd. If even -> not symmetrical
  68 }
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70
  71
  72 //------------------------------------------------------------------------------
  73 vvToolSegmentation::~vvToolSegmentation()
  74 {
  75 }
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //------------------------------------------------------------------------------
  80 bool vvToolSegmentation::close()
  81 {
  82   mRefMaskActor->RemoveActors();
  83   QWidget::close();
  84   mCurrentSlicerManager->Render();
  85   return true;
  86 }
  87 //------------------------------------------------------------------------------
  88
  89
  90 //------------------------------------------------------------------------------
  91 void vvToolSegmentation::InputIsSelected(vvSlicerManager * m)
  92 {
  93   DD("InputIsSelected");
  94   mCurrentSlicerManager = m;
  95   mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
  96
  97   // Refuse if non 3D image
  98   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
  99     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 100     close();
 101     return;
 102   }
 103
 104   // Change gui
 105   //mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 106
 107   // Open mask
 108   OpenBinaryImage();
 109 }
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111
 112
 113 //------------------------------------------------------------------------------
 114 void vvToolSegmentation::apply()
 115 {
 116   DD("apply");
 117 }
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //------------------------------------------------------------------------------
 122 void vvToolSegmentation::OpenBinaryImage()
 123 {
 124   DD("OpenBinaryImage");
 125
 126   // Load browser and select image
 127   QString Extensions = "Images files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his)";
 128   Extensions += ";;All Files (*)";
 129   QString filename =
 130     QFileDialog::getOpenFileName(this,tr("Open binary image"),
 131                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 132   DD(filename.toStdString());
 133   if (filename.size() == 0) return;
 134
 135   // Open Image
 136   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 137   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 138   std::vector<std::string> filenames;
 139   filenames.push_back(filename.toStdString());
 140   reader->SetInputFilenames(filenames);
 141   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 142   QApplication::restoreOverrideCursor();
 143
 144   if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 145     std::cerr << "Error while reading " << filename.toStdString() << std::endl;
 146     QString error = "Cannot open file \n";
 147     error += reader->GetLastError().c_str();
 148     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 149     return;
 150   }
 151
 152   mMaskImage = reader->GetOutput();
 153   int dim = mMaskImage->GetNumberOfDimensions();
 154   if (dim != 3 ) {
 155     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 156     close();
 157     return;
 158   }
 159
 160   // Add a new roi actor
 161   mRefMaskActor = QSharedPointer<vvROIActor>(new vvROIActor);
 162   std::vector<double> color;
 163   color.push_back(1);
 164   color.push_back(0);
 165   color.push_back(0);
 166   clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = clitk::DicomRT_ROI::New();
 167   roi->SetFromBinaryImage(mMaskImage, 1, std::string("toto"), color, filename.toStdString());
 168   mRefMaskActor->SetBGMode(true);
 169   mRefMaskActor->SetROI(roi);
 170   mRefMaskActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 171   mRefMaskActor->Initialize(10, true);
 172   mRefMaskActor->Update();
 173
 174   // Prepare widget to get keyboard event
 175   grabKeyboard();
 176   //connect(this, SIGNAL(keyPressEvent(QKeyEvent*)), this, SLOT(keyPressed(QKeyEvent*)));
 177 }
 178 //------------------------------------------------------------------------------
 179
 180
 181 //------------------------------------------------------------------------------
 182 void vvToolSegmentation::keyPressEvent(QKeyEvent * event)
 183 {
 184   vvToolWidgetBase::keyPressEvent(event);
 185   //DD("key");
 186
 187   if (event->text() == "e") {
 188     Erode();
 189   }
 190   if (event->text() == "d") {
 191     Dilate(); // FIXME -> extend image BB !!
 192   }
 193   if (event->text() == "s") {
 194     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 195     writer->SetOutputFileName("a.mha");
 196     writer->SetInput(mMaskImage);
 197     writer->Update();
 198   }
 199 }
 200 //------------------------------------------------------------------------------
 201
 202
 203 //------------------------------------------------------------------------------
 204 void vvToolSegmentation::Erode()
 205 {
 206   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 207   vtkImageContinuousErode3D* erode = vtkImageContinuousErode3D::New();
 208   erode->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 209   vtkImageData* image = mMaskImage->GetVTKImages()[0];
 210   erode->SetInput(image);
 211   erode->Update();
 212   image->DeepCopy(erode->GetOutput());
 213   image->Update();
 214   UpdateAndRender();
 215   erode->Delete();
 216   QApplication::restoreOverrideCursor();
 217 }
 218 //------------------------------------------------------------------------------
 219
 220
 221 //------------------------------------------------------------------------------
 222 void vvToolSegmentation::Dilate()
 223 {
 224   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 225   vtkImageContinuousDilate3D* dilate = vtkImageContinuousDilate3D::New();
 226   dilate->SetKernelSize(mKernelValue,mKernelValue,mKernelValue);
 227   vtkImageData* image = mMaskImage->GetVTKImages()[0];
 228   dilate->SetInput(image);
 229   dilate->Update();
 230   image->DeepCopy(dilate->GetOutput());
 231   image->Update();
 232   UpdateAndRender();
 233   dilate->Delete();
 234   QApplication::restoreOverrideCursor();
 235 }
 236 //------------------------------------------------------------------------------
 237
 238
 239 //------------------------------------------------------------------------------
 240 void vvToolSegmentation::UpdateAndRender()
 241 {
 242   bool visible = mRefMaskActor->IsVisible();
 243   bool cvisible = mRefMaskActor->IsContourVisible();
 244   mRefMaskActor->SetVisible(false);
 245   mRefMaskActor->SetContourVisible(false);
 246   mCurrentSlicerManager->Render();
 247
 248   //mRefMaskActor->RemoveActors();
 249   mRefMaskActor->UpdateImage();
 250   mRefMaskActor->SetVisible(visible);
 251   mRefMaskActor->SetContourVisible(cvisible);
 252   mCurrentSlicerManager->Render();
 253 }
 254 //------------------------------------------------------------------------------