vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include <QFileDialog>
  25 #include <QMessageBox>
  26 #include <vtkLookupTable.h>
  27 #include <vtkRenderWindow.h>
  28
  29 //------------------------------------------------------------------------------
  30 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  31 // the main window menu.
  32 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  33 //------------------------------------------------------------------------------
  34
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  37   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  38    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  39    Ui::vvToolStructureSetManager() {
  40   // Setup the UI
  41   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  42   mTree->clear();
  43   mCurrentStructureSet = NULL;
  44
  45   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  46   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  47     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  48     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  49     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  50     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  51     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  52   }
  53   #include "vvDefaultLut.h"
  54
  55   // Add input selector
  56   AddInputSelector("Select image");
  57 }
  58 //------------------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //------------------------------------------------------------------------------
  62 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager() {
  63   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
  70   SetToolName("StructureSetManager");
  71   SetToolMenuName("StructureSet");
  72   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  73   SetToolTip("Display Structure Set.");
  74   SetToolExperimental(true);
  75 }
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //------------------------------------------------------------------------------
  80 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m) {
  81   // Hide the input selector
  82   QList<int> s;
  83   s.push_back(0);
  84   s.push_back(1);
  85   splitter->setSizes(s);
  86   // Connect open menus
  87   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  88
  89   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(openBinaryImage()));
  90
  91   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
  92
  93   // Seems that the following is not needed to refresh ...
  94   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
  95
  96   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(selectedItemChangedInTree()));
  97   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(visibleROIToggled(bool)));
  98
  99   //  TODO connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int), this, SLOT(opacityChanged(int))));
 100 }
 101 //------------------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //------------------------------------------------------------------------------
 105 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer) {
 106   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 107   //DD(slicer);
 108   //DD(view);
 109   //DD(slices);
 110   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 111     if (i != slicer);
 112     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 113   }
 114 }
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void vvToolStructureSetManager::open(int type) {
 120   DD(type);
 121   switch (type) {
 122   case 0: openBinaryImage(); return; // Open binary image;
 123   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 124   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 125   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 126   }
 127 }
 128 //------------------------------------------------------------------------------
 129
 130
 131 //------------------------------------------------------------------------------
 132 void vvToolStructureSetManager::addRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidgetItem * ww) {
 133   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 134   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 135   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 136   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 137   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 138   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 139     w->setBackground(i, brush);
 140   }
 141   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 142   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 143   // Connect ROI TreeWidget
 144   // TODO
 145 }
 146 //------------------------------------------------------------------------------
 147
 148
 149 //------------------------------------------------------------------------------
 150 void vvToolStructureSetManager::updateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 151   QTreeWidgetItem * ss;
 152   if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 153     // Main row item
 154     ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 155     //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 156     ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 157     ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 158     // Insert in list
 159     mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 160
 161     // Connect Structure TreeWidget
 162     // TODO
 163   }
 164   else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 165
 166   // Insert ROI
 167   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 168   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 169     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 170       addRoiInTreeWidget(rois[i], ss);
 171   }
 172 }
 173 //------------------------------------------------------------------------------
 174
 175
 176 //------------------------------------------------------------------------------
 177 int vvToolStructureSetManager::addStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 178
 179   // Create actor for this SS
 180   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 181   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 182   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 183
 184   // Insert in lists and get index
 185   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 186   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 187   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 188
 189   // Return index
 190   return index;
 191 }
 192 //------------------------------------------------------------------------------
 193
 194
 195 //------------------------------------------------------------------------------
 196 void vvToolStructureSetManager::openBinaryImage() {
 197   DD("openBinaryImage");
 198   // Select current StructureSet (or create)
 199   int index;
 200   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 201   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 202     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 203       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 204       index = addStructureSet(mStructureSet);
 205       DD(index);
 206     }
 207     else { // Get first SS
 208       index = 0;
 209     }
 210   }
 211   else {
 212     index = mCurrentStructureSetIndex;
 213   }
 214   DD(index);
 215   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 216   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 217   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 218   mCurrentStructureSetIndex = index;
 219   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 220   DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 221
 222   // Open images
 223   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 224   Extensions += ";;All Files (*)";
 225   QStringList filename =
 226     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 227                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 228   if (filename.size() == 0) return;
 229
 230   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 231   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 232     DD(filename[i].toStdString());
 233
 234     // Open Image
 235     //init the progress events
 236     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 237     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 238     std::vector<std::string> filenames;
 239     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 240     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 241     mReader->Update(IMAGE);
 242     QApplication::restoreOverrideCursor();
 243
 244     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 245       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 246       QString error = "Cannot open file \n";
 247       error += mReader->GetLastError().c_str();
 248       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 249       delete mReader;
 250       return;
 251     }
 252     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 253     //  delete mReader;
 254
 255     // Check Dimension
 256     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 257     DD(dim);
 258     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 259     DD(bin_dim);
 260     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 261       std::ostringstream os;
 262       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 263          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 264       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 265       return;
 266     }
 267
 268     // Add a new roi to the structure
 269     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 270     //DD(n);
 271     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 272
 273     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 274
 275     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 276     DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 277     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 278       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 279       DD(color[0]);
 280       DD(color[1]);
 281       DD(color[2]);
 282       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 283     }
 284
 285     // Add a new roi actor
 286     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 287   } // end loop on n selected filenames
 288
 289   // Update the TreeWidget
 290   updateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 291
 292   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 293   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 294     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 295   }
 296   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 297     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 298   }
 299 }
 300 //------------------------------------------------------------------------------
 301
 302
 303 //------------------------------------------------------------------------------
 304 void vvToolStructureSetManager::apply() {
 305   close();
 306 }
 307 //------------------------------------------------------------------------------
 308
 309
 310
 311 //------------------------------------------------------------------------------
 312 // CURRENT ROI INTERACTION
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316 //------------------------------------------------------------------------------
 317 void vvToolStructureSetManager::selectedItemChangedInTree() {
 318   DD("selectedItemChangedInTree");
 319   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 320   DD(l.size());
 321   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 322   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) return; // Search for SS (first)
 323   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 324   DD(roi->GetName());
 325   //setCurrentSelectedROI(roi);
 326
 327   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 328   DD(roi->GetROINumber());
 329   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 330   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 331   mCurrentROI = roi;
 332   mCurrentROIActor = actor;
 333
 334   DD(actor);
 335   DD(actor->IsVisible());
 336   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 337
 338   //actor->SetSelected(true); // remove old selection
 339
 340   DD("ici");
 341 }
 342 //------------------------------------------------------------------------------
 343
 344
 345 //------------------------------------------------------------------------------
 346 void vvToolStructureSetManager::visibleROIToggled(bool b) {
 347   DD(b);
 348   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 349   //mCurrentROIActor->Update();
 350 }
 351 //------------------------------------------------------------------------------
 352
 353
 354 //------------------------------------------------------------------------------
 355 void vvToolStructureSetManager::opacityChanged(int v) {
 356   DD(v);
 357   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 358   mCurrentROIActor->Update();
 359 }
 360 //------------------------------------------------------------------------------
 361
 362
 363
 364
 365 //------------------------------------------------------------------------------
 366 //void vvToolStructureSetManager::getActorFromROI() {
 367 //  mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(n);
 368 //}
 369 //------------------------------------------------------------------------------
 370
 371