vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
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  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include <QFileDialog>
  25 #include <QMessageBox>
  26 #include <vtkLookupTable.h>
  27 #include <vtkRenderWindow.h>
  28
  29 //------------------------------------------------------------------------------
  30 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  31 // the main window menu.
  32 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  33 //------------------------------------------------------------------------------
  34
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  37   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  38    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  39    Ui::vvToolStructureSetManager() {
  40   // Setup the UI
  41   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  42   mTree->clear();
  43   mCurrentStructureSet = NULL;
  44
  45   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  46   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  47     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  48     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  49     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  50     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  51     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  52   }
  53   #include "vvDefaultLut.h"
  54
  55   // Add input selector
  56   AddInputSelector("Select image");
  57 }
  58 //------------------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //------------------------------------------------------------------------------
  62 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager() {
  63   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
  70   SetToolName("StructureSetManager");
  71   SetToolMenuName("StructureSet");
  72   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  73   SetToolTip("Display Structure Set.");
  74   SetToolExperimental(true);
  75 }
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //------------------------------------------------------------------------------
  80 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m) {
  81   // Hide the input selector
  82   QList<int> s;
  83   s.push_back(0);
  84   s.push_back(1);
  85   splitter->setSizes(s);
  86   // Connect open menus
  87   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  88
  89   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(openBinaryImage()));
  90
  91   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
  92
  93   // Seems that the following is not needed to refresh ...
  94   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
  95
  96   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(selectedItemChangedInTree()));
  97   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(visibleROIToggled(bool)));
  98   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(opacityChanged(int)));
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer) {
 105   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 106   //DD(slicer);
 107   //DD(view);
 108   //DD(slices);
 109   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 110     if (i != slicer);
 111     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 112   }
 113 }
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115
 116
 117 //------------------------------------------------------------------------------
 118 void vvToolStructureSetManager::open(int type) {
 119   DD(type);
 120   switch (type) {
 121   case 0: openBinaryImage(); return; // Open binary image;
 122   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 123   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 124   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 125   }
 126 }
 127 //------------------------------------------------------------------------------
 128
 129
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131 void vvToolStructureSetManager::addRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidgetItem * ww) {
 132   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 133   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 134   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 135   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 136   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 137   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 138     w->setBackground(i, brush);
 139   }
 140   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 141   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 142   // Connect ROI TreeWidget
 143   // TODO
 144 }
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146
 147
 148 //------------------------------------------------------------------------------
 149 void vvToolStructureSetManager::updateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 150   QTreeWidgetItem * ss;
 151   if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 152     // Main row item
 153     ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 154     //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 155     ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 156     ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 157     // Insert in list
 158     mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 159
 160     // Connect Structure TreeWidget
 161     // TODO
 162   }
 163   else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 164
 165   // Insert ROI
 166   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 167   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 168     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 169       addRoiInTreeWidget(rois[i], ss);
 170   }
 171 }
 172 //------------------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175 //------------------------------------------------------------------------------
 176 int vvToolStructureSetManager::addStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 177
 178   // Create actor for this SS
 179   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 180   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 181   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 182
 183   // Insert in lists and get index
 184   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 185   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 186   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 187
 188   // Return index
 189   return index;
 190 }
 191 //------------------------------------------------------------------------------
 192
 193
 194 //------------------------------------------------------------------------------
 195 void vvToolStructureSetManager::openBinaryImage() {
 196   DD("openBinaryImage");
 197   // Select current StructureSet (or create)
 198   int index;
 199   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 200   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 201     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 202       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 203       index = addStructureSet(mStructureSet);
 204       DD(index);
 205     }
 206     else { // Get first SS
 207       index = 0;
 208     }
 209   }
 210   else {
 211     index = mCurrentStructureSetIndex;
 212   }
 213   DD(index);
 214   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 215   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 216   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 217   mCurrentStructureSetIndex = index;
 218   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 219   DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 220
 221   // Open images
 222   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 223   Extensions += ";;All Files (*)";
 224   QStringList filename =
 225     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 226                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 227   if (filename.size() == 0) return;
 228
 229   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 230   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 231     DD(filename[i].toStdString());
 232
 233     // Open Image
 234     //init the progress events
 235     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 236     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 237     std::vector<std::string> filenames;
 238     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 239     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 240     mReader->Update(IMAGE);
 241     QApplication::restoreOverrideCursor();
 242
 243     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 244       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 245       QString error = "Cannot open file \n";
 246       error += mReader->GetLastError().c_str();
 247       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 248       delete mReader;
 249       return;
 250     }
 251     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 252     //  delete mReader;
 253
 254     // Check Dimension
 255     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 256     DD(dim);
 257     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 258     DD(bin_dim);
 259     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 260       std::ostringstream os;
 261       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 262          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 263       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 264       return;
 265     }
 266
 267     // Add a new roi to the structure
 268     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 269     //DD(n);
 270     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 271
 272     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 273
 274     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 275     DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 276     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 277       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 278       DD(color[0]);
 279       DD(color[1]);
 280       DD(color[2]);
 281       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 282     }
 283
 284     // Add a new roi actor
 285     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 286   } // end loop on n selected filenames
 287
 288   // Update the TreeWidget
 289   updateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 290
 291   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 292   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 293     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 294   }
 295   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 296     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 297   }
 298 }
 299 //------------------------------------------------------------------------------
 300
 301
 302 //------------------------------------------------------------------------------
 303 void vvToolStructureSetManager::apply() {
 304   close();
 305 }
 306 //------------------------------------------------------------------------------
 307
 308
 309
 310 //------------------------------------------------------------------------------
 311 // CURRENT ROI INTERACTION
 312 //------------------------------------------------------------------------------
 313
 314
 315 //------------------------------------------------------------------------------
 316 void vvToolStructureSetManager::selectedItemChangedInTree() {
 317   DD("selectedItemChangedInTree");
 318   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 319   DD(l.size());
 320   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 321   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) return; // Search for SS (first)
 322   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 323   DD(roi->GetName());
 324   //setCurrentSelectedROI(roi);
 325
 326   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 327   DD(roi->GetROINumber());
 328   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 329   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 330   mCurrentROI = roi;
 331   mCurrentROIActor = actor;
 332
 333   DD(actor);
 334   DD(actor->IsVisible());
 335   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 336   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 337   //actor->SetSelected(true); // remove old selection
 338
 339   DD("ici");
 340 }
 341 //------------------------------------------------------------------------------
 342
 343
 344 //------------------------------------------------------------------------------
 345 void vvToolStructureSetManager::visibleROIToggled(bool b) {
 346   DD(b);
 347   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 348   //mCurrentROIActor->Update();
 349 }
 350 //------------------------------------------------------------------------------
 351
 352
 353 //------------------------------------------------------------------------------
 354 void vvToolStructureSetManager::opacityChanged(int v) {
 355   //  if (!mCurrentROIActor) return;
 356   DD(v);
 357   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 358   DD("ici");
 359   mCurrentROIActor->Update();
 360   // Render !
 361   //  for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 362     mCurrentSlicerManager->Render();
 363     //}
 364 }
 365 //------------------------------------------------------------------------------
 366
 367
 368
 369
 370 //------------------------------------------------------------------------------
 371 //void vvToolStructureSetManager::getActorFromROI() {
 372 //  mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(n);
 373 //}
 374 //------------------------------------------------------------------------------
 375
 376